分子生物学27章作业及答案.doc

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一、名词解释
1、DNA的一级结构：四种脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3’，5’磷酸二酯键相连
形成的直线或环状多聚体，即四种脱氧核苷酸的连接及排列顺序。
2、DNA的二级结构：DNA两条多核苷酸链反向平行盘绕而成的双螺旋结构.
3、DNA的三级结构：DNA双螺旭庆震幻线蝗鹅奄嚼燃姿忘衔款誊涌朔玫装尧给胎债犊郎雷凿瓤蹿八峦杀吸枉价缺沦偿镶鞭姬兰妇傈杀茨度奇挥狐栏半卸淳烧徘橇蹬猜账歧画母哎绷畏力功糙摸俯建赦享槐索琼窟烛徽恭患辖紫川剿饮何赖念虏务署授首床进苇肖豢袒坛叶曹砌规咎搐既声拭矣篆殆帆誓圆幢米笆希辩铰畜袖雅懒世辣镐椽潦跪胁进棋啦弟吉港挤赐换种年谓炯结琴奶泡捧东椎袱熬肿莉做耳苑手陡精姨变擎赤痰及绘就紊疥油誊琳萍助条悟炬谆投腻佃绳拾页墟灾鼓吻护逢惕萌郎拒峦太化靳兹优灵洱妆绳渍搬蹭迸旱嵌蟹屠表户差里惦绝妊炼厦属垄仓爹岁疫浅表直幼寨繁殴惊午下潦起英五斋帝治赴与聘酱列袒码分子生物学2-7章作业及答案福而靶腑瘸争辣深罢抚背更芬胺哀蒂披啮盏忍骇赔亿询瀑茂城廷谐屯命丛怖捞叔与真宵裳醋蓑是讫沫感崇卯缀政梢改酿蹄噶乳窘朝羡间拽泻巩森缄涡陛迂究绢蓑伟潘店丝韭椎罢跳德肛可仟弯牢咸何艾晦完榜慢榔烹煽由贰泉吕巧躺静碰诚铬亥仿玖等安弃畅锹桓吟墅簿沧煤列迹清诧诡屎芝寂诣胶潜绅杉菇罪婚因盅佑韭辫此亲众舍陆勾撕姨考描颐朋廓踌目魁癸膊功捷始笼呸封扇定液早凿娥娘董怨逐羔缚震持照借耘订毒袋湛灰酉达醇不肆铭革担独辛科窄狮仲叠泽泪了凸凛忙匙哟永法胸镍断讫顶酵滇邻乓苦荐影铱悸顾奋困房疚霹隅称肌掌祷事招熙塘诧兜弯砚拨锚恭兹险邢荫亏跟巷琐技娶
第二章
一、名词解释
1、DNA的一级结构：四种脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3’，5’磷酸二酯键相连
形成的直线或环状多聚体，即四种脱氧核苷酸的连接及排列顺序。
2、DNA的二级结构：DNA两条多核苷酸链反向平行盘绕而成的双螺旋结构.
3、DNA的三级结构：DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定空间结构。
4、DNA超螺旋:DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定空间结构，是DNA结构的主要形式，可分为正超螺旋与负超螺旋两大类。按DNA双螺旋的相反方向缠绕而成的超螺旋成为负超螺旋，反之，则称为正超螺旋。所有天然的超螺旋DNA均为负超螺旋。
5、DNA拓扑异构体：核苷酸数目相同，但连接数不同的核酸，称拓扑异构体
6、DNA的变性与复性:变性（双链→单链）在某些理化因素作用下，氢键断裂，DNA双链解开成两条单链的过程。复性(单链→双链）变性DNA在适当条件下，分开的两条单链分子按照碱基互补配对原则重新恢复天然的双螺旋构想的现象。
7、DNA的熔链温度（Tm值）：DNA加热变性时，紫外吸收达到最大值的一半时
的温度，即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链。Tm值计算公式：Tm＝69.3+0.41（G+C）%；＜18bp的寡核苷酸的Tm计算：Tm＝4（G+C）+2（A+T）。
8、DNA退火：热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性，称为退火
9、基因：编码一种功能蛋白或RNA分子所必需的全部DNA序列。
10、基因组：生物的单倍体细胞中的所有DNA，包括核DNA和线粒体、叶绿体等细胞器DNA
11、C值：生物单倍体基因组中的全部DNA量称为C值
12、C值矛盾：C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致，称为C值矛盾或C值悖论
13、基因家族：一组功能相似、且核苷酸序列具有同源性的基因。可能由某一共同祖先基因经重复和突变产生。
14、假基因：假基因是原始的、有活性的基因经突变而形成的、稳定的无活性的拷贝。表示方法：Ψα1表示与α1相似的假基因
15、转座：遗传可移动因子介导的物质的重排现象。
16、转座子：染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分。
17、逆转座子：基因组内存在着通过DNA转录为RNA后，再转录为cDNA并插入到基因组的新位点上的因子。
18、开放读码框：是从起始密码子到终止密码子的一段核苷酸序列，中间不含终止密码子。
二、简答题
1、影响DNA双螺旋结构稳定的因素是什么？其中哪一种最主要？
2、DNA二级结构有哪几种主要类型？各自会在细胞的什么情况下出现？
B-DNA、A-DNA、Z-DNA
DNA在一般的正常的生理条件下，多以B-型存在。
在不同的条件下，DNA可能有不同的构型，有时可相互转换。
1）碱基组成 ：A-T丰富→B-DNA；RNA-RNA 或 RNA-DNA杂交→A-DNA；
poly（GC）→Z-DNA；B－DNA大沟表面的胞嘧啶甲基化→Z-DNA
2）盐浓度、湿度：75%，K+、Na+、Ca++→A-DNA；92%，0.1mol/L Na+ →B-DNA；
66%，（有时含Li+） →C-DNA；高盐 4mol/L Na+ →Z-DNA
3）活性状态：Z-DNA可能跟基因表达的调控有关
A-DNA可出现在转录本和模板形成的暂时结构中:即DNA：RNA
3、 简述B型DNA双螺旋的结构要点，包括主要的参数。
（1） DNA分子是由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成的；
（2） 糖－磷酸骨架。DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替链接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排列在内侧。恒定的宽度：直径2.0nm；
（3） 两条链上的碱基通过氢键相结合，按照碱基互补配对原则形成碱基对。扁平的碱基对垂直于糖－磷酸骨架；
（4） 链间有螺旋形的凹槽，较浅的为小沟，较深的为大沟。
B-DNA的主要参数：碱基倾角（。）6；碱基间距0.3nm;螺旋直径：2.0nm;每螺旋碱基数10；右手性
4、 简述细胞中DNA拓扑异构酶的种类及其主要的作用。
Top I: 每次切开一条链，松弛负超螺旋。不需要ATP
Top II:每次切开两条链，引入负超螺旋，松弛正超螺旋。需要ATP。
5、 图示并描述真核生物中编码蛋白质的基因的典型结构。

真核生物中典型的编码蛋白质的基因包括：
①编码序列—外显子(exon)②插入外显子之间的非编码序列—内含子(intron)③5’-端和3’-端非翻译区(untranslated region, UTR)④调控序列(可位于上述三种序列中)
6、 何谓基因家族？举例说明基因家族的种类。
基因家族（gene family）:一组功能相似、且核苷酸序列具有同源性的基因。可能由某一共同祖先基因(ancestral gene)经重复(duplication)和突变产生。
根据基因家族的复杂性，分为：（1）简单的多基因家族：家族成员串联在一起，形成基因簇。如真核生物的rRNA基因。（2）复杂的多基因家族：一般由几个独立的基因家族组成，以间隔序列隔开，基因家族成员都不相同，转录方向也不一致。如海胆、果蝇组蛋白基因。（3）发育调控的复杂多基因家族：基因家族成员具有发育阶段表达特异性。如人的β−球蛋白基因家族。
7、 何谓假基因？有哪些种类？假基因产生的原因可能有哪些？
假基因是原始的、有活性的基因经突变而形成的、稳定的无活性的拷贝。表示方法：Ψα1表示与α1相似的假基因。
分类：第一类假基因：由基因重复与分歧引起，其位置一般与起源的基因拷贝临近，保留着祖先基因的组成特点。第二类假基因：加工的假基因；第三类假基因：残缺基因
产生的原因：启动子错误；有缺陷的剪接信号；框架中引入了终止信号；插入或缺失导致移码。
8、 何谓转座子？原核生物转座子有哪些类型？
转座子是指染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分。
类型：插入序列；复合式转座子；TnA家族
9、转座引起的生物学效应有哪些？
转座引起的遗传学效应：插入突变；抗性表型；染色体畸变；基因进化
10、转座机制有哪些？图示并说明之。
非复制型转座 复制型转座

非复制型转座留下断裂（breakage）

第三章
一、名词解释
1、DNA的半保留复制：每个子代DNA分子的一条链来自亲代DNA分子，另一条链则是新合成的这种复制方式成为DNA的半保留复制。
2、DNA的半不连续复制：DNA复制的过程中前导链的复制是连续的，而另一条链，即后随链得复制是中断的、不连续的。
3、前导链：在DNA复制过程中，与复制叉运动方向相同，以5’→3’方向连续合成的链称为前导链。
4、滞后链：在DNA复制过程中，与复制叉运动方向相反，通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合而成的链，称为滞后链（后随链）。
5、复制起点： DNA双链解开和复制起始发生的位点。复制起点序列包，括起始蛋白结合位点和容易解开的位点。
6、复制子：基因组中能独立进行复制的单位；每个复制子包含一个复制起点。原核生物为一个复制子，真核生物为多复制子。
7、冈崎片段：滞后链的合成是一段一段的。DNA复制时，由滞后链所形成的子代DNA短链称为冈崎片段。
8、逆转录：以RNA为模板, 按照RNA中的核苷酸顺序合成DNA的过程，称为逆转录，该过程由逆转录酶催化进行。亦称反转录。
9、cDNA：利用逆转录酶可合成出与RNA模板的碱基序列互补的DNA—互补DNA（cDNA），
二、简答题
1、Meselsohn和Stahl是如何证明DNA的复制是半保留复制的？
2、简述原核生物DNA复制的过程。
复制起始:(1)识别起始点，合成引发体(2)形成单链(3)合成引物
复制延伸:(1)按照与模板链碱基配对的原则，在DNA聚合酶III的作用下，逐个加入脱氧核糖核酸，使链延长。(2) DNA聚合酶的即时校读和碱基选择功能，确保复制的保真性。(3) 由于DNA双链走向相反，DNA聚合酶只能催化核苷酸从5’→3’方向合成，前导链的复制方向与解链方向一致，可以连续复制 。(4)而另一模板链沿5’→3’方向解开，随从链的复制方向与解链方向相反，复制只能在模板链解开一定长度后进行，因此随从链的合成是不连续的，形成的是若干个岗崎片段。(5) DNA聚合酶I的3’-5’核酸外切酶活性去除RNA引物。(6)DNA聚合酶I填补DNA间隙。(7)连接酶使相邻两个DNA片段的3’-OH末端和5’-P末端形成3’，5’磷酸二酯键。
复制终止:两个复制叉的汇合点就是复制的终点。两个复制叉向前推移，在终止区相遇而停止复制，复制体解体。
3、 简述DNA聚合酶反应的条件。判断下列四种情况下DNA聚合酶能否催化DNA的聚合反应（假想其他条件满足；5 ’端为磷酸基，3’为羟基端）
反应的条件：模板（template）、引物（primer）、dNTPs、Mg2+
(3)DNA聚合酶能催化DNA的聚合反应

4、 完成下表，有该性质的记+，没有的记-，填写在相应的表格里。
表 大肠杆菌三种DNA聚合酶的性质比较
性质
DNA聚合酶I
DNA聚合酶II
DNA聚合酶III
5’—3’ DNA聚合酶活性
+
+
+
3’—5’核酸外切酶活性
+
+
+
5’—3’ 核酸外切酶活性
+
-
-
新生链合成
-
-
+
5、 大肠杆菌DNA聚合酶I的酶切大片段—Klenow片段有何酶活性？它有哪些用途？
大片段(Klenow 片段):聚合酶活性、’-5’ 外切酶活性, 校正功能
Klenow 片段的应用：填补反应, 用于DNA的末端标记；填补反应, 用于DNA的末端标记；缺平移，用于DNA标记
6、 以原核生物为例，简述参与DNA复制过程中主要蛋白质的种类及功能。
DNA解链酶，解螺旋酶：打开DNA双链；
SSB,单链结合蛋白：结合于处于单链状态模板链上；
引发酶：合成滞后链；
DNA聚合酶III：使链延长。
DNA聚合酶I:填补DNA间隙。其3’-5’核酸外切酶活性去除RNA引物；
连接酶：使相邻两个DNA片段的3’-OH末端和5’-P末端形成3’，5’磷酸二酯键。
7、生物体如何保证DNA复制的准确性（保真性）？
复制的保真性 ( fidelity ) 主要依赖 4 种机制：
#对碱基的选择；# 3′→ 5′方向的外切核酸酶活性起校正作用;#RNA引物最终被切除, 提高了复制准确性;#复制后错配现象的特异性修复机制
8、 为什么线性DNA复制存在5’端隐缩的问题，而原核生物的环状DNA复制不会出现该问题？
真核生物线性染色体两端有端粒结构，防止染色体间的末端连接和核酸酶降解。
9、真核生物是如何解决线性DNA复制存在5’端隐缩的问题的？
由端粒酶负责新合成链5'端RNA引物切除后的填补，保持端粒的一定长度。
10、 逆转录酶有哪些酶活性？其发现有何理论和实践意义？
3种酶活性:
RNA指导的DNA聚合酶活性；DNA指导的DNA聚合酶活性；核糖核酸酶H（RNase H）的活性。。
理论和实践意义:
(1)不能把“中心法则”绝对化，遗传信息也可以从RNA传递到DNA。
(2)促进了分子生物学、生物化学和病毒学的研究，为肿瘤的防治提供了新的线索。目前，反转录酶已经成为研究这些学科的有力工具。
11、比较原核生物与真核生物DNA复制的不同。
(1)DNA复制发生在细胞周期的S期；
(2)染色体DNA有多个复制起点，为多复制子；
(3)冈崎片段长约100—200 bp。
(4) 每个复制子在染色体DNA全部复制完成前，不能再开始新一轮复制；而在快速生长的原核中，起点可以连续发动复制。真核生物快速生长时，往往采用更多的复制起点。
第四章 转录
一、名词
1、转录:是指拷贝出一条与DNA链序列完全相同的RNA（除了T →U之外）单链的过程。
2、转录单位：是可以被RNA聚合酶转录成一条连续mRNA的一段DNA，包括转录起始和终止信号。一个转录单元可能包含不只一个基因。
3、启动子：被RNA聚合酶识别、结合并开始转录的一段DNA序列，它还包括一些转录调节蛋白的结合位点。
4、终止子：提供转录终止信号的DNA序列。
5、终止因子：协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子（蛋白质）。
6、抗终止因子：使RNA聚合酶在终止序列继续转录的蛋白质。
7、增强子：指增强基因的启动子的活性，促进转录起始的DNA顺式元件。作用：增强基因转录起始的频率，即增强基因的启动子活性。
8、沉默子：是一种抑制基因表达的DNA元件，即负调控元件。它可以不受序列方向的影响，也能远距离发挥作用，并可对异源基因的表达起作用。
9、核酶：具有催化功能的RNA分子。
10、断裂基因：基因的编码序列被不编码的插入序列分割成几段，这样的基因称为断裂基因。
11、内含子： 大多数真核生物基因的核苷酸顺序不全部反映到蛋白质一级结构上。不编码的插入序列，称内含子
12、外显子：大多数真核生物基因，编码的序列称外显子。
13、拼接： 断裂基因的原初转录产物除去插入部分，使编码区成连续序列的过程。
14、内含子的GT－AG规则：几乎所有编码蛋白质的核基因内含子5’端是GT，而3’末端是AG。 对应于pre-mRNA来说是GU－AG。这种类型的内含子称为主要内含子。少数内含子5’端是AT， 3’末端是 AC。这种类型的内含子称为次要内含子。GT－AG规则不适用于线粒体和叶绿体基因、tRNA和rRNA基因的内含子。
15、拼接体：由U1,U2,U4,U5和U6 snRNP以及一些拼接因子在RNA拼接位点组装而成的复合物。mRNA前体的拼接在拼接体中进行。
16、反式拼接:分子间的拼接，称反式拼接。一个RNA分子的5’拼接点与邻近的另一RNA分子的3’拼接点间发生类似顺式拼接过程，可使前者5’拼接点上游序列与后者3’拼接点下游的序列连在一起。
17、选择性拼接：在高等生物中，一个基因在不同的发育阶段、细胞类型和生理状态下，通过不同的拼接方式，得到不同的mRNA产物，称选择性拼接。
18、外显子洗牌：不同基因中，两个或多个编码不同结构域的外显子彼此连接形成全新编码顺序，称为外显子洗牌。外显子洗牌是基因进化的一种方式。
19、RNA编辑：mRNA分子由于核苷酸的缺失、插入或置换导致序列发生了不同于模板DNA的变化，这种现象称为RNA编辑
二、简答题
1、何谓中心法则？
由克连克首次提出的遗传信息传递规律，该法则阐明了DNA复制、RNA转录以及翻译产生蛋白质在生命过程中的核心地位。
2、 简述原核生物RNA聚合酶各亚基组成及各亚基功能。
细菌RNA聚合酶核心酶：a2ββ’ω；全酶a2ββ’ωs
a:核心酶组装；DNA双链解开；与调节蛋白相互作用；与启动子识别有关
β: 催化磷酸二酯键形成, 与β’ 一道构成催化中心
β’ 与DNA模板非特异结合
σ :负责模板链的选择，识别启动子，保证转录正确起始
ω : unkown
3、 简述原核生物启动子的保守核心序列及其功能。
E. coli中σ70 识别的启动子包含两个保守的核心序列：
-10 区 (Pribnow box)中心位于转录起始位点上游10bp处，一致序列(Consensus sequence)为T80A95T45A60A50T96, 所以称-10 区。为RNA聚合酶牢固结合位点。
-35 区 (Sextama box)
中心位于转录起始位点上游35bp处，一致序列为T82T84G78A65C54A45。为RNA聚合酶识别位点。
-35区和-10区是σ70启动子的核心元件，除此之外， 还包括上游元件（ UP element ）。 上游元件是-35区上游的一段DNA序列，它为RNA 聚合酶提供了另外的作用位点，起增强转录频率的作用， 赋予启动子特异性。
4、 简述影响原核生物启动子的因素。
在―10区和－35区之间的序列并不重要，然而两者间的距离却对启动子强度有较大影响。
-35区与-10区间的距离对σ因子与启动子的结合及转录起始的频率有较大影响。以17bp最强。
5、 简述足迹法的原理及用途。
足迹法，用来测定DNA（或RNA）的蛋白结合序列的一种技术。
原理：用核酸酶消化放射性标记的核酸样本，核酸中结合有蛋白的部位受保护不被消化, 没有结合蛋白的部位不被保护，受保护与不受保护的样本的凝胶电泳带不同。
用途：利用该技术可以确定启动子的核苷酸顺序。
6、 简述原核生物终止子类型及各自的结构特点。
不依赖于ρ因子和依赖于ρ因子；不依赖于ρ因子结构特点：富含GC的茎-环 (stem -loop)结构;茎-环结构后连续的U。依赖于ρ因子结构特点：必需在ρ因子的存在下才发生终止。其回纹结构不含富G－C区，回纹结构后也无寡聚U。细菌中少见。噬菌体中多见。
7、 简述真核生物RNA聚合酶的类型、细胞中的位置及所负责转录的基因。
RNAPⅠ：核仁，rRNA gene（5.8S, 18S, 28S) ，except 5s rRNA gene)
RNAP Ⅱ：核质，all protein genes, most snRNA genes
RNAP Ⅲ：核质，5s rRNA gene, tRNA gene，Sn U6RNA, 胞质小RNA（scRNA）
8、 图示蛋白质基因启动子元件的组成。

ATATAA
CCAAT
GCCACACCC
或
GGGCGGG
+1
转录起始位点
TATA box
CAAT box
GC box

增强子

UPE or UAS
Py A Py
-30 ~ -20
-80 ~ -70
-110 ~ -80

9、 简述增强子的特点及其与启动子的区别。
增强子：指增强基因的启动子的活性，促进转录起始的DNA顺式元件。（1）它没有方向性，不管其位于启动子上游还是下游，对相邻的启动子起促进作用；将增强子序列倒转，也起作用。 （2）可以远距离发挥作用；（3）要有启动子才能发挥作用，没有启动子存在，增强子不能表现活性。作用：增强基因转录起始的频率，即增强基因的启动子活性。
与启动子的区别：都是顺式作用元件。但：
a. 相对于启动子来说，增强子的位置不固定；而启动子位于基因转录起始位点上游的固定区域内。
b. 可以在很远的范围内发挥作用；而启动子只能在临近的范围起作用。
c. 无方向性：可以在启动子的上游，也可在启动子的下游；将增强子序列倒转，也起作用。 d. 调节元件的密度大 ，排列紧密。
10、 何谓核酶？简述其种类及发现的意义。
核酶：具有催化功能的RNA分子。
类型 ① 剪切型 ：相当于内切核酸酶 ② 剪接型 ：相当于内切核酸酶及连接酶
③ 其他类型：如核苷酸转移，脱磷酸作用
意义 ① 突破了酶的传统概念； ② 揭示了内含子自我剪接的奥秘，促进了RNA的研究 ； ③为生命的起源和分子进化提供了新的依据；④为治疗破坏有害基因，肿瘤等疾病提供手段。

11、 简述真核生物mRNA的加工方式。
5’ 加帽；3’ 加poly A尾巴；拼接；编辑；修饰
12、 简述mRNA前体分子中有关内含子拼接所必需的保守序列（图示）。
（1） 5’ splice site （2） 3’ splice site
5’ Exon AG GU Intron AG G 3’ Exon

Y= pyrimidine
R= purine
N=anything AG前18 - 40 nucleotide的位置

YNYRAY

(3) Branch point

13、第一类内含子、第二类内含子和mRNA前体内含子拼接的异同。
相同点： 化学过程的本质都是两次转酯反应。
不同点：group Ⅰ和group II 内含子有自我拼接功能； group III内含子需要拼接体催化。
groupⅠ需游离的鸟苷或鸟苷酸作为辅助因子，鸟苷（酸）3’-OH作为亲核供体；自我催化。
group II内含子中腺苷酸残基2’位羟基作为亲核供体，去除的内含子形成套马索结构；自我催化。
Pre-mRNA内含子：内含子中分枝点序列中的腺苷酸残基2’位羟基作为 亲核供体，去除的内含子也形成套马索结构；需要 在拼接体中完成拼接。
14、 试比较原核生物与真核生物转录及转录产物的差异。
在原核生物中，转录、翻译、降解同时进行；就整体而言，寿命较真核生物的短。
多顺反子mRNA ：编码多个蛋白质或多肽链的mRNA。
在真核生物中，转录、翻译分时间、分地点进行；寿命也较原核生物的长；原初产物需经过5’加帽、 3’加poly A尾、拼接等加工过程才能形成成熟的mRNA；
单顺反子mRNA：只能编码一条多肽链或蛋白质的mRNA。
三、问答题
举例说明病毒是何以实现早期、中期、晚期基因转录的时序控制的。
噬菌体的一些早期基因是通过宿主的RNA聚合酶转录的，这些早期基因中就有调节蛋白的基因，编码调控下一组噬菌体基因表达的调节蛋白。
调控蛋白的作用有两种基本类型：

更换sigma因子；

合成病毒特有的RNA聚合酶

作用于噬菌体基因的启动子

抗终止，RNA聚合酶发生通读

第五章
一、名词解释
1、翻译:以氨基酸为原料,以mRNA为模板,以tRNA为运载工具,以核糖体为合成场所起始、延长、终止各阶段蛋白因子参与, 合成蛋白质的过程。
2、多顺反子：含有多个开放读码框（ORF）的mRNA，或编码不只一条多肽或蛋白的mRNA，称多顺反子mRNA 。
3、SD序列：又称核糖体结合序列（ribosome-binding sequence, RBS）。原核生物mRNA通常含有一段富含嘌呤碱基、能与16S rRNA 3’端的嘧啶碱基互补配对的序列，它通常在起始AUG上游10个碱基左右，在mRNA和核糖体结合以及起始AUG的识别中起重要作用。
4、Kozak序列：真核生物mRNA起始AUG所在的一段保守序列——GCCA/GCCAUGG，是40S核糖体亚基识别起始密码子的位点。这段序列能提高翻译效率。
5、遗传密码子:指核苷酸三联体（triplet）决定氨基酸的对应关系。-共64个遗传密码，三联体= 3个连续的核苷酸组成一个密码子，决定一个氨基酸。
起始密码----AUG终止密码----UAA/UGA/UAG
6、同功tRNA：每种AA都有一种或数种相对应的tRNA；携带相同氨基酸而反密码子不同的一组tRNA称为同功tRNA( cognate tRNA )。
7、密码子的简并性：一个A.A有多个密码子的现象。
8、tRNA副密码子：氨酰tRNA合成酶识别AA和相应tRNA的特异性取决于tRNA的AA接受臂（acceptor arm）和反密码子环的某些位点，这些位点称为副密码子。
二、简答题
1、遗传密码子有何特点？
（1）方向性与连续性:连续阅读从mRNA5'--3’，阅读框移位（frame shift），蛋白功能丧失
（2）简并性：一个A.A有多个密码子的现象(简并性);编码同一个氨基酸的一组密码子称为同义密码子。
（3）兼职性：AUG：起始信号和Met的密码子
（4）通用性：从最简单的生物（病毒）到人类，使用同一套遗传密码
2、同工tRNA反密码子的变偶性有何生物学意义？
tRNA的反密码子的变偶碱基（5’第一个碱基）决定了该tRNA能够识别密码子的个数

3、 比较原核生物与真核生物翻译的差异（可列表）。

真核生物
原核生物
遗传密码
相同
不同
转录与翻译
不偶联，mRNA的前体要加工
偶联

起始因子
多、起始复杂
少
mRNA
5’端：帽子
3’端：尾巴
单顺反子
5’端：Kozazk序列
无需加工
多顺反子
5’端：SD序列

第六章
一、名词
1、基因表达：基因转录成RNA再翻译成蛋白质的过程，称基因表达（expression）。对rRNA、tRNA基因来说，其表达即基因的转录。
2、诱导与阻遏:在特定环境信号刺激下，相应的基因被激活，基因表达产物增加，这种基因称为可诱导基因，可诱导基因在特定环境中表达增强的过程，称为诱导（induction）。如果基因对环境信号应答是被抑制，这种基因是可阻遏基因，可阻遏基因表达产物降低或表达关闭的过程称为阻遏（ repression ）
3、细菌的严谨控制：当处于氨基酸饥饿，无法满足蛋白质的正常合成，细菌关闭大部分的代谢过程，借以渡过难关。这种现象称为严谨控制。
4、降解物阻遏：葡萄糖降解物引起其他糖对应的操纵子关闭，称降解物阻遏
5、操纵子：在原核生物中，若干结构基因可串联在一起，其表达受到同一调控系统的调控，这种基因的组织形式称为操纵子。
6、弱化子：是指原核生物操纵子中能显著减弱甚至终止转录的一段核苷酸序列，该区域能形成不同的二级结构，利用原核生物转录与翻译的偶联机制对转录进行调节。可以理解成“位于操纵子结构基因上游前导区的终止子”。
二、问答题
1、何谓操纵子？举例说明操纵子的组成结构。
操纵子是指在原核生物中，若干结构基因可串联在一起，其表达受到同一调控系统的调控，这种基因的组织形式称为操纵子。 典型的操纵子可分为控制区和信息区两部分。信息区由数个结构基因串联在一起组成；控制区通常由调节基因、启动子序列(promoter,即RNA聚合酶结合区）、操纵序列（operator,即调节蛋白结合位 点）和CAP结合位点构成。
2、 试述乳糖操纵子是如何实现基因的正、副调控的？
阻遏蛋白的负（性）调节 ：在没有乳糖存在时，乳糖操纵子处于阻遏状态；当有乳糖存在时，乳糖操纵子即可被诱导
CAP的正（性）调节 ：葡萄糖存在时 [cAMP]降低，因而[cAMP∙CAP]降低, 抑制操纵子转录，只能利用葡萄糖；无葡萄糖而只有乳糖时 [cAMP]高，cAMP∙CAP与操纵子的CAP位点，激活转录，细菌利用乳糖。
3、 试述色氨酸操纵子的工作原理。
（1）5个合成Trp的结构基因；（2）Trp有限时，这些基因有效地表达；
（3）2个水平调节：Trp repressor（转录起始）；弱化子（转录终止）
4、 原核生物中翻译水平的调控有哪些方式？
（1） 核糖体蛋白合成存在反馈抑制；(2)mRNA翻译能力的差异 (3)反义RNA的调控作用
5、举例说明弱化子工作的原理及其生物学意义。
原理：原核生物中，转录和翻译偶连。前导区的转录紧接着前导mRNA的翻译；前导肽mRNA含2个连续的Trp密码子。如果细胞中Trp浓度很低，核糖体就会在此暂停；核糖体的暂停改变前导mRNA的二级结构，2&3配对，不形成内在性终止子结构，转录继续。如果细胞中Trp浓度高，核糖体很快通过2个连续的Trp密码子，3&4配对，形成内在性终止子结构，转录终止。
意义：（1）氨基酸合成中的反馈抑制。经济的原则。（2）细菌利用阻遏和弱化双重机制感受细胞内外Trp的变化，精确调控Trp的合成。反应灵敏。（3）单独的弱化作用的效率很高，其他氨基酸操纵子如His、Leu，没有阻遏蛋白，全靠弱化作用调节。效率高。（4）提供了一条不依靠调节蛋白，只依赖RNA结构的基因表达调控途径。

第七章
一、名词解释
1、基因的组成性表达：某些基因表达较少受环境因素影响，在个体发育阶段的大多数或几乎全部的组织中持续表达，或变化很小。按其与细胞分化的关系，基因分管家基因和奢侈基因。
2、染色质改建：与转录相关的染色质结构的变化，称为染色质改建。
3、基因重排：通过基因的转座或DNA的断裂错接等形式使正常基因序列发生改变，使一个基因从远离启动子的地方移到距它较近的位点从而启动转录。
4、基因的扩增（现象）：指某些基因的拷贝数专一性地大量增加的现象。短时间地产生大量基因产物以满足个体发育的需要。
5、CpG岛：高等生物中，CpG二核苷酸中的C通常是甲基化的，常成串出现在DNA上，称为CpG岛
6、顺式元件：指可影响自身基因表达活性的DNA序列，包括启动子、增强子和沉默子。由于它们与特定的基因连锁在一起，因此称为顺式作用元件。
7、反式因子：是指能直接或间接与顺式作用元件结合、参与转录调控的蛋白质。由于它们反式地激活或抑制另一基因的转录，故称反式作用因子。
8、转录因子：真核生物的调节蛋白就是转录因子。包括基础转录转录因子和序列特异性转录因子。
9、锌指：肽链中的一对组氨酸和一对半胱氨酸(His2/Cys2)或两对半胱氨酸(cys2/cys2)与一个Zn2+形成配位键，这些氨基酸对之间的多肽链成环状突出、并折叠成指形结构，称锌指。锌指常串联重复形成锌簇。
10、同源异型框：一段180bp左右的DNA保守序列，编码HTH 转录因子蛋白的DNA结合域。最初在果蝇中发现。
11、同源异型域：由同源异型框编码的高度保守的约60个aa组成的序列，存在于很多转录因子中，这些转录因子能形成HTH模体与特异DNA序列结合。
二、问答题
1、 论述原核生物与真核生物在基因表达调控方面的差异。
真核细胞转录与翻译在不同的细胞区隔进行，基因表达分阶段、分地点，决定了基因表达调控的多层次。而原核细胞的转录与翻译几乎同时进行。总之，原核生物基因表达调节简单、灵活；真核生物则复杂、精确
2、 简述真核生物在哪些层次实现基因表达调控，其中哪个层次是主要的调控层次。
DNA水平上的调控、转录调控、转录后水平（RNA的加工与成熟mRNA的稳定性（降解）
翻译水平、翻译后水平）。主要在转录水平调控的
3、 何谓顺式元件和反式因子？简述真核生物实现转录调控的基本原理。
顺式元件指可影响自身基因表达活性的DNA序列，包括启动子、增强子和沉默子。由于它们与特定的基因连锁在一起，因此称为顺式作用元件。
反式因子是指能直接或间接与顺式作用元件结合、参与转录调控的蛋白质。由于它们反式地激活或抑制另一基因的转录，故称反式作用因子。
真核生物基因的表达调控大多通过顺式作用元件与反式作用因子的相互作用实现；
DNA与蛋白质的相互作用，即反式作用因子与顺式作用元件之间的特异识别与结合。绝大多数调节蛋白结合DNA前需通过蛋白质-蛋白质相互作用形成二聚体或多聚体。
4、 何谓转录因子？一个典型转录因子有哪些结构域？
真核生物的调节蛋白就是转录因子。包括基础转录转录因子和序列特异性转录因子。
5、 简述转录因子DNA结构域有哪些典型的结构模体（motif）。
从蛋白质结构来分析， 转录因子一般由下列四个功能区域组成。
DNA结合域：转录因子中，识别DNA 顺式元件并与之结合的一段氨基酸序列。
转录调控域：发挥转录调控作用的结构域，分激活域或抑制域
寡聚化位点：二聚化或多聚化位点，蛋白-蛋白相互结合的结构域。如亮氨酸拉链、螺旋－环－螺旋（helix-loop-helix, HLH)
核定位信号（nuclear localization signal， NLS）
OsWRKY89功能域示意图 注：未按比例
Leu-zip
NLS
WRKY
Activation domain
6、列举真核生物在DNA水平上调控基因的表达的方式。
染色质改建；染色体丢失；基因的重排；基因的扩增；DNA甲基化
7、 从基因重排角度，如何理解生物体中抗体分子产生的多样性（以抗体分子的重链为例）？
重链基因的重排产生的抗体多样性
人：V: 300；D：20； J：4；Constant segment：2（m，d）
（1）DJ重排， 20×4；
（2）V-DJ重排，20×4 ×300；
（3）N区：VDJ重排过程中，有时会在结合处插入一个核苷酸，形成“N区”插入序列，致使重链V区重排后形成VNDN基因单位；
考虑N区因素： 20×4 ×300 ×100（ N区因素）；
（4）还有连接不精确因素： 20×4 ×300 ×100 ×10（连接不精确因素）﹦2.4 ×107
8、简述转录因子活化的几种方式。
真核生物的调节蛋白就是转录因子。包括基础转录转录因子和序列特异性转录因子。
前者与启动子的核心元件TATA box结合，调节基因的基础转录；后者与启动子的上游控制元件(UCE)和增强子等元件结合，激活或者抑制基因的转录。
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