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MRIcro中文说明书.doc
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1、精品文档MRIcro 使用说明(人工翻译版)MRIcro 系统 win95或者随后的Linux系统需求 x86,或SUN微系统的x86 (我觉得这不是问题,支持32位的就行)硬件 支持16或24位色的当前版本 1.40 build 1(这说明书有点老叻)费用 免费作者 Chris Rorden描述:把医疗图像转化为SPM友好分析格式。(SPM,即Scanning Probe Microscopy,扫描探针显微)。可以逐次分析查看分析格式的图像。创建分析格式的头文件。创建3D兴趣区域(通过计算容量和密度)兴趣区域的多层叠加。旋转图像来符合SPM的模版图像。输出图像格式包括BMP,JPEG,PNG
2、,TIF。结合图像:多个图像的相关查看。(观察相同坐标的PET或MRI扫描)介绍MRIcro允许在装有windows和Linux系统的电脑上浏览医疗图像。这是一个单机运行的程序,这他包裹郑重补充SPM的工具。MRIcro可以有效率的浏览和输出脑图像。除此之外,它还能使神经生理学家鉴定有意义的区域。MRIcro可以创建给其他平台输出脑图像的分析格式的头文件。对其他Windows程序熟悉的使用者将发现这个软件非常简单好用。把鼠标停在按钮上一段时间将在这个按钮上出现一个文字暗示。万不得已,我们还揍了一个简要的使用手册来描述基本的功能。加载图像和主信息面板MRIcro可以浏览各种各样的图像格式,包括S
3、PM分析格式。分析格式的图像包括两个部分:一个是包括原始图像资料的img格式文件和一个描述图像维度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板显示了头文件的信息和一系列的按钮这样你就可以打开浏览头文件。Open Analyze format hdr/img pair这个按钮是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的图像。当你按下这个按钮的时候,一个是你选择头文件去打开的对话会出现。MRIcro这时候就会试图打开一个邮箱头名字的图像文件。 图1 主要信息面板。Show extended header information这个按钮可以打开一个窗口来显示当前打开的头文件的信息。slice浏览面
4、板slice浏览面板是你可以选择加载映像文件的表象。滑动选择要显示的片。(你可以在滑动条右边的编辑框编辑,或者请按Fn1/Fn2来观察连续的上一个或者下一slice,也可以用鼠标的滚轮来切换,如果有的话)。图2 slice浏览面板 当你浏览轴向面、横断面和冠状面视图的时候,你通过独立地调整三个编辑框可以设置X,Y,Z三个坐标。改变图像亮度和控制对比度值的按钮在sun这个按钮旁边和反对比图像。这些数值描述了窗口的中心和窗口显示的宽度。窗口中心(window centre)指的是显示中等灰度的图像强度,同时窗口的宽度描述的范围在亮白和完全黑色之间。点击“auto contrast”(显示是以一个黑
5、色箭头指向一个有缺口的白圈)设置图像的1%为完全的黑或完全的白。自动平衡工作对MRI扫描来说很好用,但是对CT扫描来说通常不太好用,这时骨头显示的比背景和脑组织都要亮。对CT扫描来说,你可以通过在“View”窗口选择一个“Contrast PresetCT”来做一个好的设置。例如,“Bone”这个预设置把窗口中心设置在400到2000之间(这样相对合理一些),这通常对CT扫描中发亮的骨是有效的。图3 你可以通过按住鼠标右键把需要调节对比度的区域从图像中框出来,来调节这个区域的对比度。亮度值(窗口中心)和对比度值(窗口宽度)的调节与选区是成比例的。注意:如果你选择了任何兴趣区的绘图工具,这个就不
6、管用(按下快捷键Fn10来取消)。图4 这个柱状图从侧面显示了这个名为“IconT1”图像的图像强度。用户也可以自定义兴趣区域来创建条形图(看ROI部分详细介绍)。注意:Mn临界值列出,这个可以用来设置目标图像的图像强度比例来匹配一个SPM模版(详细请见指南部分)。Histogram这个按钮(在面板的左侧底部)显示立体像素在当前打开图像的亮度分布。(见上图)滑动条上面显示的六个图标可以让你选择图像的展现方式:轴向,矢状,冠状,和投射(前面三个同时),自由旋转,多层面,三维渲染。如果这个图像跟选择的按钮不匹配,图像也就不会保存为轴向格式。在投射视图中,三个编辑栏显示在slice浏览区的靠上位置。
7、可以使你独立的设置你想要观察的X,Y,Z坐标(也可以点击在图像上,来直接跳到鼠标所在的坐标)。如果你想同时观察一个以上的图像(启动MRIcro不止一次),你可以“yoke”视图,这样同一个视图可以打开多次,成为每个图像(要用这种特性来进行工作,首先确保“yoke”复选框是打勾的)。Yoking将试图通过原图和原始坐标来匹配slice。这样你就可以比较一个图像和模版的正常化程度(原意是normalisation),同时能够通过比较PET扫描和分量T1 MRI扫描图像来定位PET扫描的结构。如果要同时查看一系列的横断和冠状slice,按下“multislice”按钮(有一个与一个箭头型slice紧
8、挨着的三轴向slice的图标)。要运行这个功能,先要加载一个图像。每个slice可以在”options”窗口选择出,如这个手册“other commands”部分所说。选择自由旋转按钮一起一个名为”Free Rotate”新窗口的出现(见下图)。这个窗口可以是你选择你想看那个斜剖部分。你可以独立的选择查看的,相片旋角(yaw),滚动,和倾斜度。除此之外,你可以选择你想看那一片。“pivot”设置使你能够设置图像的轴向旋转运动。你也可以”nudge”(这是一个键,推进的意思)。(把图像放在框架中间) 。最后,你可以设置新的图像尺寸。习惯的视图可以保存为,绘图图像(用”file/save as p
9、icture“命令),打印图格式,或者按在自由旋转窗口下面的”Save”按钮来创建一个8位的由你的旋转状态描述分析格式图片。注意,自由旋转工具中混合观察居中的和物体居中,这两者的坐标,可能会使你迷惑。(mix viewer centered和object centered)。此外,当自由旋转的多重区域增益选定”interpolate”复选框,你可能会在这些区域周围看见一个轻微的光晕。你可以通过按”3D“这个按钮生成一个3D立体渲染图(显示出一个矢状的大脑皮层描述)。这个功能描述的细节在这个手册”volume rendering page“部分。图5 自由旋转视角可以用来定制视图。Mirror按
10、钮(它在标准或者镜像文本中出现显示字母”LR“,这取决于镜像是否被选择)使你能够翻转图像的左或者右。如果你选择镜像,在镜像模式中会出现一个消息提醒你:它不是好的编写区域。有一个下拉菜单是选择颜色的色彩对照表(LUT)。在默认状态下,MRIcro以黑白状态或者高温金属的配色方案显示图片。然而,MRIcro也可以读取Osiris(欧西李斯)格式的色彩对照表,它可以让你使用不同的配色方案来查看图片。MRIcro支持(ship with)多个Osiris分布的色彩对照表,而且你还可以自己制定习惯的色彩LUTs。如果MRIcro在它自己的目录内发现任何LUT格式的文件,”drop-down”的下拉菜单将
11、会列出这些文件的名字。从下拉菜单中选择你想要的配色方案。有一个下拉菜单使你能够通过不规则尺寸的立体像素的选择来决定MRIcro怎样来显示图片。(例如你可以在X维上用2mm,Y上1mm的立体像素来显示图片)。首先,图像可以在“square”模式下浏览图像,这种情况下所有的像素都是正方形的,不管图像内部的像素是什么维度的。第二,亦可以在“stretch”状态下浏览图像,这种情况下使用“邻近估算法”(nearest neighbor approximation)”使立体像素尺寸跟slice内部维度成比例来浏览图像(尽管投射和多slice视图不是成比例的)。最后你可以在“smooth”模式下浏览:立体
12、像素尺寸是成比例的并且使用“邻近估算法”(这就会创建一个24比特的图像,投射视图是正确成比例的)。使用变焦因素功能(在slice浏览面板的右下方)来设置图像的比例,MRIcro允许你使用一倍到六倍的比例,这取决与你图像的尺寸和原始比例。这时你也许想要调整窗口的尺寸了(通过拖曳视窗的右下角)。兴趣面板区域MRIcro允许你涂画你感兴趣的三维区域(ROIs)。这对注解受到伤害脑区是非常有用的。除此之外,ROIs的容量是计算过的。换而言之,数个不同的独立ROIs可以相互叠加(在脑的图像上是以相同的模版来标准化了),这样可以让神经生理学家来评估共同受损的区域了。ROIs可以存储到硬盘里以备将来查验。所
13、有的ROIs都涂画在MRI图像的上方,而不是直接画在MRI图像上的。这意味着既可以用ROIs查看脑图像也可以不用ROIs。MRIcro提供了相当数量的工具来生成和浏览ROIs。这些工具显示在“Region of interest”的一系列按钮上。下面对这些按钮从左到右来一一介绍。图6 兴趣区域面板包括了很多工具来标记病灶和特定的区域。如果你选择了一个ROI,体积将显示在左下角,这里是2.6立方厘米。“open roi”按钮(它看起来好像是一个打开后出现ROI的文件夹)可以选择ROIs打开。如果你想打开多个ROIs,你可以按下“Ctrl”键选择你要打开的多个ROI的名字。ROI信息按钮(它以一个
14、“i”的图标显示)能够显示图像“interest”区的平均密度同时可以生成一个关于图像的直方图(这与“slice浏览部分”的直方图是一样的)。“save ROI”按钮(它是一个这样的图标一个硬盘上叠加了一个ROI),这样你就能把你做的ROI存到硬盘上了。使用“delet ROI on this slice(删除这张slice上的ROI)”按钮(好像一个铅笔橡皮)可以只移除当前所浏览slice上的ROI。这个按钮在你做ROI时犯了一个描绘轮廓或者填充错误时是有用的。点击“delete entire ROI”(这个按钮像一个废纸篓)可以从内存里删掉现在所有的ROIs。如果在你做一个新的ROI之前,
15、你已经打开了多个ROIs,你或许就会用到这个功能(你可以一次画一个ROI)。“Delet entire ROI”按钮(是一个废纸篓上有一个ROI叠在上面的图标)可以用来关闭一个ROI。接下来,有一个下拉菜单来定义你接下来要画的一个ROI的颜色(在你同时看多个ROI的时候会自动启用一个多色彩的设置)。这个选择是红色,绿色,蓝色,白色,或者黑色。这可以使你选择一个显著的色彩。在你把图像打印成黑白前你可以把ROI设置成黑白色。在加载多个ROIs之后,你可以在“ROI”菜单选择“ROI density colorbar”这一项画出ROIs相叠加的部分。这些颜色指出了相互叠加ROIs的数目。最左边的颜色
16、(深紫色)显示单个ROI的条目(即各个ROI自己的不跟其他ROI重叠的部分)。最右边的颜色(深红色)显示的则是重叠最多的部分。这个功能如下图所示。图7 这张图显示MRI有四个叠加的ROIs的多张slices。右上角的色条值得是ROI的强度(深紫色是一个ROI覆盖的区域,深红色是四个ROI共同覆盖的区域)。这四个图也示范了选择窗口显示右半球的功能。-这里连续的slices彼此叠加。多slices可以产生横断面slices(上面板)或者冠状面slices(下面板)。选择一种两种画笔中的一种来勾描ROI的轮廓。这里有俩画笔:“closed”画笔(快捷键Fn6)会自动靠近你已经画的任何轮廓线。“ope
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