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第一章

一，先翻译成中文，再名词解释：
Molecular biology; Central dogma; prion; holism; reductionism; genome; transcriptome; proteome ; metabolome

二 填空、选择与问答：
1.按照人们的意愿，改变基因中碱基的组成，以达到                的技术称为                   。
2. 因研究重组 DNA技术而获得诺贝尔奖的科学家是(     )
(a) A. Kkornberg  (b)W. Gilbert   (c) P.Berg  (d) B.McClintock
3.重组 DNA的含义是什么?

第二章
一 先翻译成中文，再名词解释：
Hypothesis of the inherited factor; gene; epigenetics; allele; pseudo alleles; cistron; muton; recon; Lactose operon;Deoxynucleotide acid; Z DNA; Trible Helix DNA; quadruplex DNA; denaturation; renaturation; negative superhelix; C value paradox; overlapping gene; repetitive gene; interrupted gene;splitting gene; Intron; exon; intron early; intron late; jumping gene; transposon; insertion sequence (IS ); pseudo gene; Retro-transposon; transposition burst;

二 问答题
1．什么是细菌的限制—修饰系统(restriction-modificaton system, R-M system)，细菌的限制—修饰系统有什么意义?
2. 某一生物DNA的chemicai complexity=8.82×108bp，复性动力学研究表明约有40%的DNA其Cot(1/2)=5, 请较详细地说明这部分DNA的特点。（E. coli DNA kinetic complexity=chemical complexity=4.2×108bp，Cot(1/2)=4）
3．何谓断裂基因( split gene)?何谓重叠基因( overlapping gene)?它们在生物进化与适应上有何意义?
4．什么是顺反子?用“互补”和“等位基因”说明“基因”这个概念。
5．细菌促旋酶突变通常是致死的，但是促旋酶／拓扑异构酶Ⅰ突变却可以成活，其原何在?
6．你如何证明 Ty元件在转座时经历了一个RNA中间体?
7．IS元件整合到靶位点时会发生什么，IS元件整合到靶位点时会发生什么?
8．列出一个转座子插入到一个新位点所要求的步骤。
9．比较基因组的大小和基因组复杂性的不同：
     —个基因组有两个序列，一个是 A，另—个是 B，各将2000bP长。其中—个是由400bp的序列重复5次而成，另一个则由50bp的序列重复40次而成，问：
     (1)这个基因组的大小怎样?
     (2)这个基因组的复杂性如何?
10．被加工的假基因与其他假基因有哪些不同?它是如何产生的？
11. 请描述 C值矛盾，并举一个例说明。
12．跳跃复制的结果是什么?
13．为什么卫星 DNA在密度梯度离心时会形成一个清晰的峰?
14. 为什么基因组 DNA在用限制性内切核酸酶消化时，哺乳类的卫星 DNA会产生特异的带?
15. 列举一个已知的 DNA序列编码一种以上蛋白质的三种方法。
三 填空
1.Cot1／2实验测定的是                  。
2.酵母的 Tyl元件是一种                ，它的转座需一段完整RNA转录物的合成，这个转录物又被复制成一个双螺旋 DNA，随后被整合到一个新的染色体位置。
3.严格地说限制性内切核酸酶(restriction endonuclease)是指已被证明是       的酶。基因工程中把那些具有识别               内切核酸酶统称为限制性内切核酸酶。
4.Ⅱ类限制性内切核酸酶分子量较小．一般在20～40kDa，通常由         亚基所组成。它们的作用底物为双链 DNA，极少数Ⅱ类酶也可作用于单链 DNA，或DNA／RNA杂合双链。这类酶的专一性强，它不仅对酶切点邻近的两个碱基有严格要求，而且对更远的碱基也有要求，因此，Ⅱ类酶既具有专一性，也具有             专一性，一般在识别序列内切割。切割的方式有                  ，产生末端的 DNA片段或                 的 DNA片段。作用时需要作辅助因子，但不需要           和            。
5.完全的回文序列具有两个基本的特点，就是：(1)                          
                       (2)                                                                          。
6．由于不同构型的 DNA插入 EB的量不同，它们在琼脂糖凝胶电泳中的迁移率也不  同， SC DNA的泳动速度             ，OC DNA泳动速度              ， LDNA居中，通过凝胶电泳和 EB染色的方法可将不同构型的 DNA分别开来。
7．转座子主要由下列部分组成：(l)                      （2）            
    (3)                      。
8.第一个报道的全测序的单链 DNA噬菌体是φX174，DNA长5386个碱基对，共    个基因，为一环状 DNA分子，基因组的最大特点是                  。
9．分子遗传学认为，生物体的第I类遗传信息是指                。第II类遗传信息是指                    。
10．卫星DNA形成的理论主要有         、         、           。
11． 检测某DNA分子具有呼吸作用，这意味着，该DNA分子的序列具有              特点.
12．                    对T.噬菌体γⅡ区的突变研究提出了顺反子假说。              对玉米胚乳色斑不稳定遗传现象进行研究提出了基因跳跃的概念.               对E. coli半乳糖代谢操纵子突变型研究重新发现了基因跳跃现象。              对人工合成的3（dG—dC）核苷酸研究提出DNA存在Z—DNA构象。

四 判断
1． 真核生物中，mRNA×DNA出现R—Loop的电镜图象。
2.将提取的某种DNA分别置于含有与不含EB（溴化乙锭）的琼脂糖凝胶中电泳，发现其迁移率不同。
3．原核生物中具有Direct Repeats的Tn9复合因子较具Inverted Repeats的Tn10复合因子的稳定性差。
4. Z-DNA在活体细胞内能稳定存在。
5.两种GC%含量相同的DNA分子，分别在pH=12和pH=7的变性缓冲液中进行的变性反应，测得的Tm值不同
6.进行DNA复性动力学研究时，应保持缓冲液的Na+浓度为0.18～0.2M，复性反应的温度一般控制在低于Tm值25℃左右。
7.各种类型的转座因子均具有“限制转座频率的负控制”机制。
8.同相重叠基因可以产生长度不同，序列相似的isoform protein，而异相重叠基因仅能产生结构与功能完全不同的蛋白质。
9. Cot1／2与基因组大小相关。
10．C0C1/2与基因组复杂性相关
11．拓扑异构酶 Ⅰ和Ⅱ可以使 DNA产生正向超螺旋。
12．拓扑异构酶Ⅰ 解旋需要ATP酶。

五 选择题
1．证明 DNA是遗传物质的两个关键性实验是：肺炎球菌在老鼠体内的毒性和 T2噬菌体感染大肠杆菌。这两个实验中主要的论点证据是：(      )
    (a)从被感染的生物体内重新分离得到DNA，作为疾病的致病剂
    (b) DNA突变导致毒性丧失
    (c)生物体吸收的外源 DNA(而并非蛋白质)改变了其遗传潜能
    (d) DNA是不能在生物体间转移的，因此它一定是一种非常保守的分子
    (e)真核生物、原核生物、病毒的DNA能相互混合并彼此替代
2．1953年Watson和 Crick提出：(      )
    (a)多核苷酸 DNA链通过氢键连接成一个双螺旋
    (b)DNA的复制是半保留的，常常形成亲本—子代双螺旋杂合链
    (c)三个连续的核苷酸代表一个遗传密码
    (d)遗传物质通常是 DNA而非RNA
    (e)分离到回复突变体证明这一突变并非是一个缺失突变
3．双链DNA中的碱基对有：(     )
    (a) A-U      (b) G-T    (c) C-G    (d) T-A   (e) C-A
4．组成转座子的旁侧 IS元件可以：(      )
    (a)同向
    (b)反向
    (c)两个都有功能
    (d)两个都没有功能
5．复制转座：(        )
    (a)复制转座子，即在老位点上留有一个拷贝
    (b)移动元件转到一个新的位点，在原位点上不留元件
    (c)要求有转座酶
    (d)要求解离酶
    (e)涉及保守的复制，在这个过程中转座子序列不发生改变
6．非复制转座：(       )
    (a)复制转座子，即在原位点上留有一个拷贝
    (b)移动元件到一个新的位点，在原位点上不留元件
    (c)要求有转座酶
    (d)要求解离酶
    (e)涉及保守的复制，在这个过程中转座子序列不发生改变
7．一个转座子的准确切离：(         )
    (a)切除转座子和两个靶序列
    (b)恢复靶 DNA到它插入前的序列
    (c)比不准确切离更经常发生
8．下面哪个(些)是在非复制转座中转座酶所起的作用?(       )
    (a)切除转座子
    (b)在靶位点产生一个交错切口
    (c)将转座子移到新位点
    (d)将转座子连到靶位点的交错切口上
9 Alu因子：(      )
    (a)是病毒反转录转座子超家族的成员
    (b)每个哺乳动物基因组中有20 000到500 000个拷贝里被发现
    (C)大约长30Obp
    (d)包括一个与反转录酶基因有同源的可读框
    (e)被转录
    (0有LTR
10. 下面哪些关于Alu序列的描述是正确的?(      )
    (a)所有Alu序列都是相同的
    (b)Alu序列来源于有翻译功能的7SL RNA
    (C)Alu序列是靠RNA聚合酶Ⅱ转录的
    (d)Alu序列永远不会存在于结构基因中
    (e)这些序列有一个区段与病毒的 DNA复制起点同源
11．基因组是：(     )
   (a)一个生物体内所有基因的分子总量
   (b)一个二倍体细胞中的染色体数
   (c)遗传单位
   (d)生物体的—个特定细胞内所有基因的分子的总量
12．下列哪些基因组特性随生物的复杂程度增加而上升?(      )
    (a)基因组大小
    (b)基因数量
    (c)基因组中基因的密度
    (d)单个基因的平均大小
13．以下关于假基因的陈述哪些是正确的?(  )
    (a)它们含有终止子
    (b)它们不被转录
    (c)它们不被翻译
    (d)它们可能因上述任一种原因而失活
    (e)它们会由于缺失或其他机理最终从基因组中消失
    (f)它们能进化为具有不同功能的新基因
14. 关于回文序列，下列各项中，(       )是不正确的
    (a)是限制性内切核酸酶的识别序列    (b)是某些蛋白的识别序列
    (c)是基因的旁侧序列                (d)是高度重复序列
15．关于宿主控制的限制修饰现象的本质，下列描述中只有(     )不太恰当
    (a)由作用于同一 DNA序列的两种酶构成
    (b)这一系统中的核酸酶都是Ⅱ类限制性内切核酸酶
(c)这一系统中的修饰酶主要是通过甲基化作用对 DNA进行修饰
(d)不同的宿主系统具有不同的限制—修饰系统

第三章

一，先翻译成中文，再名词解释：
Replicon; semiconservative replication; semi-discontinuous replication;
leading strand; lagging strand ; dUMP fragment ; replisome ; telomerase;

二 问答题:
1. 设计实验克隆大肠杆菌的复制子
2．将mtDNA放在含52Ci/mmol的H3一T条件下开始进行体外复制，中途转入5Ci/mmol H3—T条件下复制，接近未期时又转入52ci/mmol H3—T条件下复制，完成一个周期，如果两个子代DNA分子还未分离，它的放射自显影图象是                  。
3．试证明一个基因中只有一条 DNA链作为模扳被转录。
4.描述 Meselson-Stahl试验，说明这一实验加深我们对遗传理解的重要性。
5.描述 Matthew和Franklin所做的证明 DNA半保留复制的实验。
6．什么是质粒的相容性?什么是不相容群?机制是什么?
7．Co1El衍生质粒拷贝数调节机理的机理是什么?
8.解释在DNA复制过程中，后随链是怎样合成的。
9．描述滚环复制过程及其特征。
10. 研究表明小麦成熟胚，未成熟幼胚，幼嫩花序，叶片细胞中端粒DNA的长度分别为30 kb，80kb, 45kb, 23kb。请讨论这一研究结果的分子生物学机理。（8分）
11. 某一质粒载体具有 Tetr和 Kanr的表型，在 Kan抗性基因内有一Bgl Ⅰ的切点。现用Bgl Ⅰ切割该载体进行基因克隆，问：(1)转化后涂皿时应加什么样的抗生素?(2)培养后长出的菌落具有什么样的抗性基因型?(3)如何利用抗性变化筛选到含有插人片段的重组体?

三 填空
1.在 DNA合成中负责复制和修复的酶是               。
2.染色体中参与复制的活性区呈Y型结构，称为               。
3.合成前导链的RNA引物是               催化的，合成后随链冈崎片段的RNA引物是               催化的
4. 在 DNA复制过程中，连续合成的子链称             ，另一条非连续合成的子链称为             。
5.DNA后随链合成的起始要一段短的           ，它是由               以核糖核苷酸为底物合成的              。
6. DNA后随链合成的起始要一段短的           ，它是由               以核糖核苷酸为底物合成的              。
7. 复制叉上DNA双螺旋的解旋作用由           催化的，它利用来源于ATP水解产生的能量沿 DNA链单向移动。在 DNA复制和修复过程中修补 DNA螺旋上缺口的酶称为              。
8.帮助 DNA解旋的           与单链DNA结合，使碱基仍可参与模板反应。
9. DNA引发酶分子与 DNA解旋酶直接结合形成一个            单位，它可在复制叉上沿后随链下移，随着后随链的延伸合成 RNA引物。
10. 如果 DNA聚合酶出现错误，会产生一对错配碱基，这种错误可以被一个通过甲基化作用来区别新链和旧链的特别              系统进行校正。
11. 在大肠杆菌中发现了             种 DNA聚合酶。 DNA修复时需要 DNA聚合酶
              。
12.真核生物中有5种DNA聚合酶。它们是(l)            (2)           (3)      
  (4)             (5)                 。
13. 在 DNA修复过程中，需要第二种酶，                ，作用是将 DNA中相邻的碱基                 起来。            DNA聚合酶具有外切核酸酶的活性。有两种外切核酸酶的活性，它们分别从               和             降解 DNA。DNA聚合酶              只有               外切核酸酶活性。
14．DNA聚合酶 Ⅰ的Klenow大片段是用             切割 DNA聚合酶Ⅰ得到的分子量为76KDa的大片段，具有两种酶活性：(1)                             (2)                                的活性。

第四章

一， 先翻译成中文，再名词解释：
transcription; sense strand; coding strand; antisense strand; promoter; terminator; transcriptional unit； promoter clearance; RNA polymerase; general transcription factor; gene-specific transcription factor; cis action element; trans action factor; sense strand; S.D. sequence; hnRNA(heterogenuous nuclear RNA); hn RNP; enhancer; silencer; Insulater; Rho-independent terminator; Rho-dependent terminator; Zinc finger; lucine zipper; primary transcript; RNA processing; cap site; capping; CPSF[cleavage and poly(A) specificity factor];CSF(cleavage stimulation factor); RNA splicing；spliceosome; cis-splicing; trans-splicing; constitutive splicing; alternative splicing; RNA editing

二 问答题:
1 概括典型原核生物启动子的结构和功能，并解释什么是保守序列。
2 简述原核生物RNA聚合酶全梅的组成以及各个亚基的功能
3 比较 E．coli rRNA和 tRNA的转录和加工。
4 阐述原核生物的转录终止。
   (1)转录终止的两种主要的机制是什么?
   (2)为什么在细菌转录终止中很少涉及到Pho因子?
   (3)怎样能阻止转录的终止?
5 原核生物与真核生物的mRNA的各有什么特点?
6，β-地中海贫血症患者不能合成β-球蛋白。将患者与正常人β-球蛋白基因的DNA序列进行比较分析发现，除第一个intron中有一个碱基发生了改变外，所有序列相同，但其mRNA分子比正常人多出约100多个核苷酸。根据这一结果，说明患者缺失β-球蛋白的原因。
7 说明研究两个已知蛋白质间相互作用关系的酵母双杂交技术的分子生物学原理。
8 举三例RNA的研究成就并说明其在推动分子生物学发展中的重要意义。
9 说明constitutive splicing与alternative splicing, cis-splicing与trans-splicing之间在概念及机制上的区别。
10 简述前体mRNA经过剪接形成mRNA的过程。
11 核内mRNA前体是按 GU／AG规则进行剪接的，还有什么机制可以从RNA初级转录物中剪接内含子?
12 哪三个序列对原核生物mRNA的精确转录是必不可少的?
13 什么是可变剪接？它是怎样造成：
    (1)在不同的组织中基因活性不同？(2)单个基因翻译产生两个不同的多肽？
14 什么是增强子? 它们与其他调控序列有何不同? 增强子具有哪些特点?
15 在酵母中，上游激活序列是如何调控半乳糖基因的表达?
16 说明真核生物前体 RNA加工的类别及机理。
17 说明原核生物与真核生物转录元件(cis and trans)的特点。
18 在DNA分离过程中，酚通常与氯仿联合使用，即使不联合使用也要在苯酚抽提后用氯仿再抽提一次，为什么?
19 比较真核生物与原核生物转录起始的第一步有什么个同。
20．概括说明σ因子对启动子调节的辅助功能。
21．什么是增效与减效突变?
22．解释因子是怎样选择专一性启动子共有序列而启动不同基因表达的(考虑对环境压力的应答)。
23． rpoN基因编码σ因子:σ54，它具有不同于已知原核生物的因子的特征。请与E. coli的因子：σ70(RpoD)作比较讨论这些特征。
24 区别(1)启动子增效突变与启动子减效突变；(2)上游序列和下游序列。
说明因 RNA聚合酶—启动子不同的相互作用如何导致不同基因的转录。
25. 一个基因如何产生两种不同类型的mRNA分子?
26. 在一个克隆基因的分析中发现：—个含有转录位点上游3.8kb DNA的克隆，其mRNA直接转录活性比仅含有3.1kb上游 DNA的克隆的转录活性大50倍。这表明了什么?
27．哪些转录因子含有 TBP?为什么它们被称为定位因子?请用一个模型解释为什么所 有三种RNA聚合酶都能与 TBP发生作用?
28．什么是转录起始前复合体?
29．RNA聚合酶Ⅱ起始转录后，起始复合物必须转变为延伸复合物。因此聚合酶复合物必须解旋一小段 DNA。在线性 DNA上，解旋需要ATP， TFⅡE， TFⅡH和解旋酶活性。然而，超螺旋 DNA的转录并不需要这些因子。请解释这一现象。
30．RNA聚合酶Ⅲ特异性地转录小分子RNA，但为什么不转录5.8S rRNA?
31．请列举剪接体组装过程中的各个步骤，其中哪一个复合物是具有活性的剪接体?
32．列举前体mRNA剪接过程中发生的6种RNA-RNA相互作用?
33．通过遗传筛选，在酵母中分离得到许多与前体mRNA剪接有关的基因。其中几个基因编码RNA解旋酶。如何解释前体mRNA的剪接需要多个RNA解旋酶?这些酶可能在哪一步反应中起作用?
34．前体mRNA剪接体的催化中心是什么?它是如何形成的?有什么证据可以证明这个模型?
35．据说前体mRNA的剪接是从Ⅱ型剪接进化而来的。有什么证据可以证明这一点?是如何发生的?这种进化为什么对生物体有利?
36．比较RNA聚合酶 Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ催化的转录终止过程和转录产物3’端的形成。
37．组蛋白mRNA3’端的加工需要什么样的RNA结构?如何证明所涉及的是RNA的二级结构而不是初级结构?在其他反应中会形成类似的结构吗?
38．为什么把同样的第一外显子(SL外显子)加在所有mRNA上对锥虫是有利的?
39．如何确定在一个多内含子基因的剪接过程中，内含子被切除的顺序?
40．将带有启动子和终止子在内的玉米Adh完整基因导入E. coli细胞内没有得到表达，其主要原因是什么？
41.有一个被认为是 mRNA的核苷酸序列，长300个碱基，你怎样才能：
    (1)证明此RNA是mRNA而不是 tRNA或rRNA。
    (2)确定它是真核还是原核mRNA。
42. 最初科学家是如何证明内含子两端的保守序列对正确剪接的重要性？
43, 包含s 70 的E.coli RNA聚合酶全酶识别的一个的E.coli启动子-10 框的非模板序列为5’-CATAGT-3’，（a）在第一个位置发生的C→T突变是Up-mutantion还是Down-mutation？为什么？ （b）在最后位置发生的T→A突变，是Up-mutantion还是Down-mutation？为什么？
44，根据提供的（a）mouse total DNA × mouse globin pre-mRNA ，
（b）mouse total DNA × mature mouse globin mRNA 杂交的电镜图像，说明你得到的信息。

三 填空
1．真核生物基因启动子包括             ，           ，             Box，原核生物基因启动子包括            ，            ，           box。
2．原核生物的启动子包括有                 个site，它们分别是                 以RNA的第一个Nt是             或              。
3．真核生物成熟mRNA的Cap结构特点是             ，加尾识别序列是      。
4 写出两种合成后不被切割或拼接的RNA：            和           。
5 真核生物的mRNA加工过程中，5’端加上           ，在3’端加上       ，后者由         催化。如果被转录基因是不连续的，那么，          一定要被切除，并通过             过程将              连接在一起。这个过程涉及许多RNA分子，如Ul和U2等，它们被统称为           。它们分别与一组蛋白质结合形成                               ，并进一步地组成40S或60S的结构,叫                 。
6 真核生物mRNA的加尾识别序列是                               。
核基因组mRNA内含子剪接的Chambon rule是         。snRNA的作用是        。切除内含子不需能量，仅由内含子中的A发生          反应来完成。
7 Enhancer存在于             序列中，其调控机理是                    。
四 选择
1.Ⅰ型内含子能利用多种形式的鸟嘌呤，如：(      )
    (a)GMP  (b)GDP  (c)GTP  (d) dGDP  (e)ddGMP(2’，3’-双脱氧GMP)
2.Ⅰ型剪接需要(      )
    (a)单价阳离子
    (b)二价阳离子
    (c)四价阳离子
    (d) Ul snRNP
    (e)一个腺苷酸分支点
    (f)一个鸟膘呤核苷酸作为辅助因子
3.在Ⅰ型剪接的过程中，(       )
    (a)游离的G被共价加到内含子的5’端
    (b)GTP被水解
    (c)内含子形成套马索结构
    (d)在第一步，G的结合位点被外来的 G占据，而在第二步时，被3’剪接位点的G所取代
    (e)被切除的内含子继续发生反应，包括两个环化反应
4．σ因子的结合依靠(      )
   (a)对启动子共有序列的长度和间隔的识别
 (b)与核心酶的相互作用
   (c)弥补启动子与共有序列部分偏差的反式作用因子的存在
   (d)转录单位的长度
 (e)翻译起始密码子的距离
5． DNA依赖的RNA聚合酶的通读可以靠(  )
   (a)ρ因子蛋白与核心酶的结合
   (b)抗终止蛋白与一个内在的ρ因子终止位点结合，因而封闭了终止信号
   (c)抗终止蛋白以它的作用位点与核心酶结合，因而改变其构象，使终止信号不能被核心酶识别
   (d)NusA蛋白与核心酶的结合
   (e)聚合酶跨越抗终止子蛋白——终止子复合物
6．σ因子专一性表现在：(      )
 (a)σ因子修饰酶(SME)催化σ因子变构，使其成为可识别应激启动子的σ因子
   (b)不同基因编码识别不同启动子的σ因子
   (c)不同细菌产生可以互换的σ因子
   (d)σ因子参与起始依靠特定的核心酶
   (e)σ因子是一种非专一性蛋白，作为所有RNA聚合酶的辅助因子起作用

第五章

一 ，先翻译成中文，再名词解释：
Translation, messenger RNA, transfer RNA, ribosomal RNA, ORF(open reading frame); GGC (general genetic codon) , codon in codon, paracodon, wobble hypothesis, Super wobble; isoaccepting tRNA; polycistron, monocistron; AARS; peptidyl site; aminoacyl sitge; exit site; S.D. sequence; Kozak sequence; codon usage; IRES

二， 问答
1．(1)如何区分由启动子起始转录的RNA片段与5’端被加工过的RNA片段;
   (2)证明多肽是从氨基端到羧基端方向合成的
2. 什么是摇摆假说?
3. 简述真核与原核细胞中翻译起始的主要区别。
4. 如果你发现了一种新蛋白质，你将如何进行下一步研究?请按先后顺序列出基本方案。
5.起始tRNA具有哪两种与其他 tRNA不同的特性?
6.氨基酸分子如何与正确的tRNA分子连接?
7．谈谈保证蛋白质翻译准确率的主要机制有哪些？
8．氨酰tRNA合成酶的功能是什么?
9. 经过测序分析，欲克隆的一段 DNA序列如下:
   GAATTCCGGCGGCGGGGTTTTCATTATTATGATCGTTGACATGGGACAAGGGGCTCCTATAATAGGTGCATTTGTAGGGGATGTGGCCACATGATAGCGCGTCGAGGCATTCAGGACCGATATTGTCATATTGCCAGCATGCTGCAGCGCGCCAACTTAGTTACAACTTATACGATGATTTTAAAAAAGAATATCAAATAGCCATCCACCCGAAAGACCACCGCAAGTATCGGTACGATCGTACCAGCACACACCACAGTCGCCAGTCTGTTACCAAATAATAAAGTTGATAATTAATTCACATCTACCTGGGTAACCCAGGTAGATGTGAATTTTAGAATTC
    这段序列被克隆到某多拷贝质粒的一个EcoRⅠ限制性位点，并表达了一个小肽，请找出这段序列中所含有的以下几个功能位点：
    (l)两个EcoRⅠ位点
    (2)一个启动子
  (3)一个转录起始位点
    (4)一个转录终止子
    (5)一个核糖体结合位点
    (6)一个翻译起始密码子．
    (7)一个翻译终止子
    另请标出相应的调控序列及编码区的氨基酸。
10．许多自发突变涉及 DNA中单碱基的置换，而且当它们发生在编码序列之内时可能引起多肽中单个氨基酸的置换。当 Try被其他氨基酸替代时可能是由于哪些单碱基的置换?
11．一种野生型E.coli，菌株的一种蛋白质的108位为Val残基，分离出三种突变体(A，B 和 C)发现它们在这个位置分别是 Gly,Glu和 Leu。A和 B的回复突变株中这个位置上的氨基酸分别是Trp和 Lys，突变 C没有做进一步的实验，解释上述结果并推测六种菌株中该位置上的密码。

三 填空
1         可使每个氨基酸和它相对应的tRNA分子相偶联形成一个         分子。
2          包括两个tRNA分子的结合位点：           ，即 P位点，紧密结合与多肽链延伸尾端连接的 tRNA分子，和         ，即 A位点，结合带有一个氨基酸的tRNA分子。
3．                 催化肽键的形成，一般认为这个催化反应是由核糖体大亚基上的              分子介导的。
4．释放因子蛋白与核糖体上 A位点的             密码结合，导致肽基转移酶水解连接新生多肽与tRNA分子的化学键。
5．任何mRNA序列能以三种               的形式被翻译，而且每一种都对应一种完全不同的多肽链。
6．在所有细胞中，都有一种特别的                 识别              密码子 AUG，它携带一种特别的氨基酸，即            ，作为蛋白质合成的起始氨基酸。
7．核糖体沿着 mRNA前进，它需要另一个延伸因子           ，这一步需要      的水解。当核糖体遇到终止密码(       、        、        )的时候，延长作用结束，核糖体和新合成的多肽被释放出来。翻译的最后一步被称为         ，并且需要—套             因子。
8. tRNA的二级结构是         ， 三级结构是         。

第六章

一，先翻译成中文，再名词解释：
cis-acting element; trans-acting factor; structural gene; regulatory gene; operon;
RBS (Ribosome binding site); repressive protein; operator gene; UCE(upstream control element); activating protein; effector; inducer; corepressor; repressor; regulon; attenuator; RNAi; si RNA; antisense RNA; molecular chaperon; parental imprinting, imprinted gene; PCD; intein 蛋白内含子又称为内蛋白子（intein）
Estein 蛋白外显子又称为外蛋白子（estein） Epigenetics,
histone code, ubiquitin.

二，问答
1．衰减作用如何调控E. coli中色氨酸操纵子的表达?
2．说明原核生物基因表达的正控制诱导型（positive inducible control）和负控制阻遏型（Negative