基于基因表达数据库的急性髓系白血病细胞焦亡预后分析及GZMB调节机制研究.pdf
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1、3376党庆秀,等基于基因表达数据库的急性髓系白血病细胞焦亡预后分析及GZMB调节机制研究基于基因表达数据库的急性髓系白血病细胞焦亡预后分析及 GZMB调节机制研究党庆秀,李洋?,郭嫣婷,沈洋灵,顾伟英1苏州大学附属第三医院,常州市第一人民医院血液科,江苏常州2 130 0 3;江苏大学医学院,江苏镇江212031【摘要】目的:通过生物信息分析与实验相结合探讨急性髓系白血病(acutemyeloid leukemia,A M L)细胞焦亡相关基因在AML患者的预后价值,并验证AML治疗的新靶点。方法:在基因表达谱数据库(TCGA、GTEx)中选取AML细胞焦亡相关基因表达数据,采用R语言筛选A
2、ML患者和健康对照组中细胞焦亡差异表达基因。对差异的基因进行单因素 Cox及Lasso回归分析并构建预后模型。应用单因素和多因素 Cox回归分析风险模型、临床特征与AML患者预后的相关性。Kaplan-Meier法分析预后模型中GZMB表达量与患者生存率的关系,将AML患者分成GZMB高表达组和低表达组并进行基因集富集分析(GSEA)。并采用Westernblot验证AML中GZMB/Caspase-3/GSDME介导的细胞焦亡。结果:45个焦亡相关基因在AML患者组和正常组中存在差异表达(P0.05)。其中7 个基因(BAK1、CA SP3、G ZM B、G PX4、NLRP2、GSDMB和
3、CSDMA)被纳入风险模型构建。年龄、FAB分型、风险评分与AML患者预后相关(P0.05),且风险评分是AML的独立危险因素(P0.05)。G ZM B高表达组的总生存率显著低于低表达组,差异有统计学意义(P0.05)。G SEA 富集分析显示GZMB主要参与了细胞因子信号通路、NK细胞、B细胞、T细胞免疫调节等信号途径(P0.05,FDR25%)。W e s t e r n b l o t 实验结果初步证实AML中存在GZMB/Caspase-3/GSDME介导的细胞焦亡调节途径。结论:通过生物信息学方法,构建了7 个细胞焦亡相关基因的AML预后模型,GZMB高表达与AML发生发展及不良预
4、后相关,并参与GZMB/Caspase-3/GSDME途径介导的细胞焦亡。【关键词】急性髓系白血病;TCGAGTEx;细胞焦亡;GZMB【中图分类号】R733.71【文献标识码】AD0I:10.3969/j.issn.1672-4992.2023.18.008【文章编号】16 7 2-4992-(2 0 2 318-337 6-0 8Prognostic analysis of pyroptosis and molecular mechanism of GZMB in acute myeloidleukemia based on TCGA and GTEx databaseDANG Qingx
5、iu,LI Yang,GUO Yanting,SHEN Yangling,GU WeiyingDepartment of Hematology,the Third Afiliated Hospital of Soochow University,the First Peoples Hospital of Changzhou,Jiangsu Chang-zhou 213003,China;The School of Medicine,Jiangsu University,Jiangsu Zhenjiang 212031,China.Abstract】O b j e c t i v e:Bi o
6、i n f o r ma t i c s a n a l y s i s w a s u s e d t o s c r e e n d i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d g e n e s (D EG s)i n a c u t emyeloid leukemia(AML)and further validation and analysis of their prognostic value were performed,in order to i-dentify and validate novel targets for AML t
7、herapy.Methods:The expression data and clinical characteristics of AMLand normal samples were downloaded from TCGA and GTEX database.R software was used to screen the DEGs intumor tissues and healthy controls.The DEGs were identified by Cox regression analysis and prognostic analysis wascarried out
8、by Lasso analysis.Univariate and multivariate Cox regression were applied to analyze the correlation be-tween risk model,clinical traits and prognosis of AML patients.Kaplan-Meier method was used to analyze the rela-tionship between GZMB expression and survival rate in the prognosis model.AML patien
9、ts were divided into highGZMB expression group and low GZMB expression group,and gene set enrichment analysis(GSEA)was performed.Western blot and ELISA were used to verify GZMB/Caspase-3/GSDME-mediated cell scorching in AML.Results:Forty-five DEGs were analyzed for prognosis,and 7 genes(BAK1,CASP3,G
10、ZMB,GPX4,NLRP2,GSDMB and【收稿日期】2023-0304【修回日期】2023-05-21【基金项目】江苏省常州市十四五卫生领军人才工程资助项目(编号:KY20221336);江苏省卫生健康委员会重点项目(编号:ZD2021043)【作者简介】党庆秀(1991一),女,山东济南人,医师,硕士研究生,主要从事血液肿瘤研究。E-mail:【通信作者】顾伟英(197 2 一),女,江苏常州人,主任医师,博士生导师,主要从事血液科肿瘤临床研究。E-mail:g u w e i y i n g 2 0 0 1 16 3.c o mModernOncology2023,:3376-33
11、83MODERNONC31,No.183377.2023年0 9 月第31卷第18 期现代肿瘤医学GSDMA)were included in the risk model construction.Age,FAB subtypes,and risk score were significantly associat-ed with the prognosis of AML patients.The overall survival rate of the group with high expression of GZMB was lowerthan that of the group wi
12、th low(P0.05).GSEA enrichment analysis showed that GZMB was mainly involved in cy-tokine signaling pathway,natural killer cell,B cell and T cell immune regulation signaling pathway(P2,adjustP0.051.4预后模型的构及独立预后分析使用“limma”包分别合并TCGA分型差异基因表达数据和生存数据。使用“survival”包对分型差异基因表达数据和生存数据进行单因素Cox回归分析,设置显著性过滤条cox-p
13、filter=0.05,得到预后相关基因并绘制森林图。使用“glm-net”包和 survival”包对TCGA队列预后相关基因和生存数据构建lasso回归模型,同时对模型进行交叉验证及优化,找到误差最小的点及对应基因(即参与模型构建基因),并得到基因系数(Coef系数),从而得到风险得分计算公式。风险评分计算公式为:风险评分=ZGii(G i、i分别代表模型中的基因表达水平、系数)。根据风险评分的中位值分别将TC-GA数据分为高风险组和低风险组,使用 pheatmap”包绘制风险曲线、“Rtsne”包和“ggplot2”包进行PCA和t-SNE分析,使用“timeROC”包绘制1、3、5年的
14、ROC曲线,检验分组的可靠性。使用“survival”包和“survminer”包比较高低风险组的生存差异。结合模型中的风险评分,使用单变量和多变量Cox回归分析寻找AML患者的独立预后因素1.5GSEA富集分析按TCGA数据库中AML样本GZMB表达的中位值,将样本分为低表达(C1)组和高表达(C2)组。利用GSEA.4.3.2软件进行KEGG分析,采用缺省加权富集统计的方法,随机组合次数设为10 0 0 次。P0.05和FDR0.25的基因组被认为是显著富集。1.6慢病毒转染工稳定细胞株pSLenti-U6-shRNA-CMV-EGFP-F2A-Puro-WPRE慢病毒及NC对照GLPNC
15、购自中国和元生物公司,并用其感染MOLM-13和HL-60白血病细胞将细胞收集于15mL离心管中,离心收集。加人2 mL预热新鲜培养基将其重悬,细胞密度约为110 5 110/mL;加M0I=100的病毒体积至细胞悬液。为提高转染率,添加终浓度为5gmL的Polybrene;轻柔混匀,将混合液放人孵箱培养约30 分钟。取出,8 0 0 g离心30 6 0 分钟离心后吹打混匀细胞病毒混合液,转入6 孔板中,放人孵箱中培养12 2 4h,更换新鲜培养基继续培养48 7 2 h,继续更换为含有嘌呤霉素的培养基进行阳性细胞筛选持续观察细胞转染情况1.7实时荧光定量PCR(RT-q PC R)检测GZM
16、B水平,进行稳转验证利用Trizol法提取细胞总RNA,逆转录成cDNA。以cDNA为模板,进行RT-qPCR,以GAPDH为内参,采用AceQ Universal SYBRqPCRMasterMix(Vazyme)试剂完成RT-qPCR反应,每个样品均重复3次,采用相对定量的方法分析相应基因的表达量差异。使用GraphpadPrism8.0统计学软件对数据进行统计分析,RT-qPCR数据用均数标准差(x s)表示,两两比较用t检验,以P0.05为差异有统计学意义。引物GZMB(上游:AGGTGCCGTGGCTTCCTGATAC;下游:CTGGGTCGGCTCCTGTTCTTTG)3378基于
17、基因表达数据库的急性髓系白血病细胞焦亡预后分析及 GZMB调节机制研究党庆秀,等1.8细胞分组及细胞形态观察将HL-60和MOLM-13细胞分别分为3组:Control组:向未转染的细胞株培养基中加人无菌PBS溶液;LPS+ATP组:向未转染的细胞培养基中加人50 0 ng/mL的LPS诱导2 4h后再加人5mmol/L的ATP刺激4h;LPS+A T P+shGZMB组:向转染的细胞株培养基中加人50 0 ng/mL的LPS诱导2 4h后再加人5mmol/L的ATP刺激4h。1.9Western blot法检测蛋白的表达收集细胞,裂解蛋白,采用BCA蛋白定量试剂盒(中国,碧云天)测定蛋白浓度
18、,按照每孔2 0 mg蛋白量进行SDS-PAGE电泳,并转移至PVDF膜上,5%BSA封闭1 2 h后,与一抗4孵育过夜。加人辣根过氧化物酶(HRP)标记的二抗,室温孵育2 h。加人化学发光剂,曝光显影。GZMB抗体购自英国Abcam公司GADPH抗体、HRP标记二抗购自中国博士德公司,GSDME抗体、Caspase-3抗体、Cleaved-caspase-3抗体均购自美国Proteintech公司。1.10统计学分析Kaplan-Meier生存曲线进行生存分析,同时在UALCAN(h t t p s:/u a l c a n.p a t h.u a b.e d u)在线分析网站比较候选基因的
19、表达量与AML预后相关性。除RT-qPCR外的统计均使用R语言软件(V4.1.1)完成,P0.05为差异有统计学意义。2结果2.1焦亡相关基因在AML患者和健康对照者中的表达差异在7 0 个健康人和151个AML患者样本中,对51个焦亡相关基因进行差异分析发现45个焦亡相关基因存在表达差异(P1;NLRP2、CA SP1、G ZM B、A I M 2、PYCA RD、CHMP2A、CH M P3、G PX4、CA SP9、BA K 1、CH M P4B 和 GSD-MA),4个基因为低风险基因(HR1;CASP6、CA SP3、ELA NE和 GSDMB)(图 1)2.3构建并验证AML预后基
20、因模型进行LASSO回归分析(图2 A),同时对模型进行交叉验证及优化(图2 B),找到误差最小的点及对应的7 个基因(BA K 1、CA SP3、G ZM B、G PX4、NLRP2、G SD M B、G SD M A)构建预后模型,各基因系数(Coef系数)如表2 所示。根据风险评分公式计算的中位数,将132 名患者分为低风险亚组(6 7名)和高风险亚组(6 5名),对所得到的参与模型构建基因进行降维处理后行PCA和t-SNE分析,结果显示,模型可以很好的区分高、低风险组病人(图2 C、D)。根据患者风险评分,对患者由低到高进行排序(图3A)。图3B显示随着风险评分的增加,患者死亡人数增加
21、、生存时间缩短。生存分析显示两组存在显著差异(图3C,P0.001)。1年、3年和5年的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.7 6 2,0.7 0 9,0.7 49(图3D),表明该预后模型具有较好的灵敏度和特异性。3379MODERNONCO31.No.182023年0 9 月第31卷第18 期现代肿瘤医学表2 参与模型构建的基因及其Coef系数Tab.2Risk Coefficient of genes in the prognostic gene signatureGeneCoefBAK10.1186CASP3-0.0694GZMB0.1994GPX40.0744NLRP20.1643G
22、SDMB-0.1993GSDMA0.38312.4验证模型的独立预后价值对TCGA队列患者采用年龄(阈值为6 5岁)、性别、FAB分型和风险模型的Risk score进行Cox回归分析。单因素Cox分析显示年龄、风险评分为预后因素(图4A,HR=1.035,95%CI:1.019 1.051;HR=2.262,95%CI:1.738 2.943)。多因素Cox回归分析显示,在纳人其他因素后,年龄、风险评分仍是一个独立因素(图4B,HR=1.025,95%CI:1.008 1.041;HR=2.053,95%CI:1.536 2.743)。PvalueHazardratioBAKI0.0012.
23、085(1.345-3.231)CASP10.0051.287(1.077-1.536)CASP30.0100.668(0.492-0.907)CHMP2A0.0321.690(1.047-2.728)CHMP30.0101.884(1.163-3.052)CHMP4B0.0111.982(1.166-3.370)ELANE0.0050.915(0.860-0.974)GZMB0.0011.315(1.114-1.553)GPX40.0022.005(1.278-3.144)CASP90.0061.953(1.211-3.151)CASP60.0080.653(0.476-0.896)NLRP
24、20.0321.205(1.016-1.429)PYCARD0.0021.601(1.197-2.140)GSDMB0.0360.740(0.558-0.981)GSDMA0.00122.135(3.875-126.434)AIM20.0091.306(1.068-1.597)020 40 6080 100 120Hazardratio图1单因素Cox回归筛选的P0.05的16 个预后相关基因Fig.1 Forest plots showed that the sixteen genes were all significantly correlated with the OS of AML
25、patients according to the univariate Cox regressionanalysis(P0.05)A16141395-B161616141414131311997752CD29.5-1.0-10-9.0-0.5-0-8.580.0-0-0.5-8.0-2-Risk-10-Risk-1.07.5-highhighlow1ow-1.5-7.0-6-54.32-6-5-43-2-2.50.02.515-i0-5F510Log LambdaLog(a)PC1tSNE2图2 Lasso构建AML细胞焦亡预后相关模型A:16个预后相关差异基因的lasso回归分析;B:对模
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