基于机器学习的超声造影分析综述.pdf
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1、ISSN 10049037,CODEN SCYCE4Journal of Data Acquisition and Processing Vol.38,No.4,Jul.2023,pp.741-758DOI:10.16337/j.10049037.2023.04.001 2023 by Journal of Data Acquisition and Processinghttp:/Email:sjcj Tel/Fax:+8602584892742基于机器学习的超声造影分析综述万鹏1,刘晗2,赵俊勇1,薛海燕2,刘春蕊2,邵伟1,孔文韬2,张道强1(1.南京航空航天大学计算机科学与技术学院,南京
2、 211106;2.南京鼓楼医院超声诊断科,南京 210008)摘要:超声造影(Contrastenhanced ultrasound,CEUS)通过外周静脉注入超声造影剂,显著增强来自肿瘤微血管的血流信号,便于临床医生以实时、动态的方式评估肿瘤血管生成、周边浸润等,广泛应用于多器官病变诊断、预后评估和治疗方案规划等方面。近年来,以深度学习为代表的机器学习方法快速发展,为动态超声造影智能分析带来新的机遇。深度学习方法很大程度上拓宽了超声造影临床应用范围,提高了其诊疗效能。但与常规超声影像类似,超声造影仍然存在斑点噪声、呼吸运动干扰和标准化程度低等问题,使得动态灌注时间、空间信息挖掘面临挑战。本
3、文系统性回顾了近年来超声造影智能分析相关工作,涵盖良恶性鉴别、恶性分级、疗效预测和诊疗方案选择等方面应用,总结了当前影像组学及深度学习方法在超声造影分析领域的最新进展,并指出当前研究的局限性和未来发展方向。关键词:超声造影;深度学习;影像组学;疾病诊断中图分类号:TP391 文献标志码:AContrastEnhanced Ultrasound Analysis Based on Machine Learning:A SurveyWAN Peng1,LIU Han2,ZHAO Junyong1,XUE Haiyan2,LIU Chunrui2,SHAO Wei1,KONG Wentao2,ZHA
4、NG Daoqiang1(1.College of Computer Science and Technology,Nanjing University of Aeronautics&Astronautics,Nanjing 211106,China;2.Department of Ultrasound,Nanjing Drum Tower Hospital,Nanjing 210008,China)Abstract:Contrastenhanced ultrasound(CEUS)is a powerful diagnostic tool that enhances blood flow s
5、ignals from tumor microvessels through the peripheral venous injection of ultrasound contrast agents.This enables clinical physicians to dynamically evaluate tumor angiogenesis in realtime.CEUS imaging is widely used for the diagnosis,postoperative evaluation,and treatment planning of multiple organ
6、s.In recent years,deep learning techniques have made considerable progress,offering new opportunities for the intelligent analysis of dynamic CEUS.Deep learning methods have widened the scope of clinical applications largely,improving its efficacy of diagnosis and treatment.However,similar to the tr
7、aditional ultrasound imaging,CEUS is faced with the challenges of interference from speckle noise,respiratory motion,and low standardization,making the analysis of spatialtemporal information of dynamic perfusion become difficult.This paper systematically reviews recent research on the intelligent a
8、nalysis of CEUS,covering clinical applications such as benignmalignant differentiation,malignant grading,therapeutic prediction,and the selection of diagnosis and treatment plans.We summarize the latest advances of radiomic and deep learning methods in the area of CEUS imaging analysis,and highlight
9、 the limitations of 基金项目:国家自然科学基金(62136004,62276130);江苏省重点研发计划(BE2022842)。收稿日期:20230522;修订日期:20230621数据采集与处理 Journal of Data Acquisition and Processing Vol.38,No.4,2023current research and future directions for development.Key words:contrastenhanced ultrasound(CEUS);deep learning;radiomics;disease d
10、iagnosis引 言医学超声(Medical ultrasound)是一种利用超声波成像的影像技术,广泛应用于临床疾病筛查、病变诊断、预后评估和手术导航中。与临床常见的计算机断层扫描(Computer tomography,CT)和磁共振成像(Magnetic resonance imaging,MRI)相比,超声影像能够以实时、动态扫描的方式显示人体各器官组织,具有安全性高、可操作性强、成本低、无辐射危害和易于携带等优势,在大规模疾病筛查和长期监护等方面具有不可替代的地位,成为胎儿健康情况检查1、甲状腺/乳腺结节检测23、肝脏疾病4和心脏疾病诊断5等领域首选的影像检查。在临床诊疗中,血管生
11、成是肿瘤生长、侵袭的基础,是评估肿瘤恶性程度、转移复发可能性的重要依据67。由于人体血细胞的回声信号远低于周围组织,常规超声难以捕捉血流信号,显示其空间分布及血流状态的变化。彩色多普勒超声利用多普勒技术,以彩色编码方式实时显示血管解剖结构、血流方向、速度等信息,辅助临床医生观察病变组织的血供特征8。然而常规彩超只能显示 0.5 mm 以上的大血管,对肿瘤内部及周边微小血管内血流信号敏感性较低,难以观察其微循环灌注模式。为了提高超声成像对微血管血流的敏感性,超声造影(Contrastenhanced ultrasound,CEUS),又称对比增强超声,如图 1所示,通过外周静脉注入超声造影剂(六
12、氟化硫SF6),显著增强来自微血管血流的背向散射信号并抑制组织回声,极大地提高了图像信噪比910。由于超声造影剂直径只有 5 m,低于人体红细胞直径,超声造影图像分辨率显著提高,使得常规彩超下难以发现或无法明确诊断的病灶得以鉴别。与其他对比增强影像,如计算机断层造影(Contrastenhanced computer tomography,CECT)相比,超声造影在具有传统超声无辐射、实时动态成像优势的同时,能够勾画出肿瘤滋养血管的形态,显示其空间分布及走向。临床诊断主要依靠医师持续观察病变组织及周边实质的造影增强模式,以肝癌诊疗为例,利用肿瘤与正常实质间血供差异,超声造影能够敏感地显示癌灶的
13、大小、浸润范围和形态,在评估肝癌恶性程度9、定位消融范围、确认复发癌12等方面具有重要临床价值。如图 2所示,超声造影分析包括定性和定量两种方式(如表 1所示):(1)定性评估动态灌注过程中造影增强形态、增强方向及消退程度等特征;图 1超声造影成像原理11Fig.1Imaging principle of CEUS11742万鹏 等:基于机器学习的超声造影分析综述(2)定量分析病灶内及周边灌注强度随时间变化模式,包括峰值强度、曲线下面积、达峰时间和平均渡越时间等1314。灌注曲线即感兴趣区域内平均时间强度曲线(Time intensity curve,TIC),经灌注模型(如 Logarith
14、mic 或 Gammavariate 函数)拟合消除可能的扰动15。其中,定性评估依赖医师临床经验,主观性强,存在观察者内/间差异,可重复性有限;定量灌注参数虽然能够表征肿瘤血供模式,但丢失了空间信息,难以直观刻画肿瘤内部异质增强模式。此外,该方式依赖人工选取的感兴趣区域(Region of interest,ROI),同样存在主观局限性。由成像原理可知,造影空间分布特征及其动态增强模式均与肿瘤及周边组织血管生成、细胞分布及坏死情况相关。如胆管细胞癌造影往往表现为周边不均匀高增强,是因为其周边癌细胞分布,中心组织为纤维间质。当前,临床分析主要依赖诊断经验或回顾性统计分析,总结归纳不同肿瘤分型典
15、型的增强模式,推断其组织病理形态。事实上,该假设与影像组学基本一致,量化造影增强特征将进一步提高其临床效能1617。近年来,以深度学习为代表的机器学习方法为影像组学带来新的机遇,以卷积神经网络(Convolutional neural network,CNN)18、递归神经网络(Recurrent neural network,RNN)19和 Transformer20为代表的深度网络能够以数据驱动的方式表征造影增强模式,挖掘与病灶组织学相关联的灌注特征,如肿瘤血管生成、组织血供和肿瘤微环境等,对指导临床疾病诊疗具有重要指导意义。在此背景下,本文首次回顾了机器学习方法在超声造影智能分析中的应用
16、,总结最新进展、当前研究的局限性及后续潜在发展方向。其中,第 1章介绍超声造影预处理、分析主要任务,包括运动校正、病灶识别、灌注可视化和分类等;第 2 章介绍当前结合机器学习的超声造影智能分析在临床中的最新应图 2临床超声造影定性/定量分析Fig.2Qualitative/quantitative assessment of clinical CEUS表 1临床超声造影定性/定量评估方式Table 1Qualitative/quantitative evaluation method of clinical CEUS评估方式定性评估定量评估观察内容不同阶段造影增强模式:增强程度,增强均匀性,血
17、管构筑形态,消退程度,增强方向等基于时间强度曲线(TIC)的动能参数分析:峰值强度,达峰时间,曲线下面积,平均渡越时间,完全消退时间优势保留空间信息,直观刻画微血管空间分布量化肿瘤灌注过程,便于统计分析局限性主观性强可重复性差敏感性低丢失空间信息,ROI选取主观743数据采集与处理 Journal of Data Acquisition and Processing Vol.38,No.4,2023用,涵盖良恶性鉴别、恶性分级、疗效预测和治疗方案选择等;最后,第 3章面向深度学习方法讨论了当前超声造影灌注模式分析研究的局限性、挑战及后续可能的发展方向;第 4章为全文总结。全文结构如图 3所示。
18、1 影像分析任务 呼吸运动校正是动态超声造影定量分析的首要步骤,尤其是在腹部肝脏超声造影分析中。周期性器官运动将使感兴趣区域内的超声信号混叠周边组织回声,以临床常见灌注曲线分析为例,呼吸运动造成灌注峰值、达峰时间等参数估计偏差,影响临床定量评估。其次,病灶自动检测、识别是影像组学分析的必要步骤。部分工作尝试挑选关键帧进行标注,然而,肿瘤内部新生血管分布不均匀、且存在浸润性生长特性,单一增强模式难以有效鉴别病灶和周边组织的边界。为了更加直观地评估异质增强模式,灌注参量成像是目前广泛应用的可视化方法之一,它能通过提取像素级灌注参数以表征不同组织血流灌注差异。然而单个参量视图只能反映单一维度灌注信息
19、,如曲线下面积视图仅反映了血供容量差异,因此需要新的灌注可视化方法以全面表征异质增强模式,为后续挖掘与肿瘤病理相关联的灌注特征提供基础。最后,灌注影像分类是实现临床疾病辅助诊断、患者分层及预后评估等应用的必要途径,如图 4所示,一系列机器学习方法,如多视图融合、动态因子分析、结构化支持向量机、深度置信网络图 3超声造影智能分析综述结构Fig.3Review framework of CEUS intelligent analysis图 4基于灌注曲线相似性度量的病灶识别21Fig.4Lesion recognition based on similarity measure of perfus
20、ion curves21744万鹏 等:基于机器学习的超声造影分析综述和三维卷积神经网络等,被相关研究应用于特定临床任务。1.1运动校正为了抑制呼吸运动带来的干扰,当前研究可分为基于图像配准2223、呼吸门控2425及混合型呼吸补偿方法2627,如表 2概述。其中,图像配准算法通过估计二维仿射变换或非刚性形变场,直接对齐超声造影序列。相关研究大多集中在基于特征点的配准算法(Pointbased registration,PBRT),其校正性能取决于特征点对造影增强纹理、亮度和对比度等变化是否敏感。Bakas等28比较了 19种基于特征点的配准算法,指出紧凑实时图像描述符(Compact and
21、 realtime descriptors,CARD)在对齐肝脏超声造影序列任务中具有最优性能。该类型方法可视为病灶跟踪算法,基于初始病灶轮廓和帧间形变场跟踪病灶位置变化,完全依赖超声造影模态本身。实际上,超声造影反映了组织血供的变化,而高对比度解剖结构,如肝包膜、大血管等特征更多地保留在常规灰阶超声视图中。利用临床双幅成像技术,更多研究尝试从灰阶超声中估计病灶运动信息,并同步校正超声造影视图。由于两两配准超声图像存在计算成本高、耗时长和易受噪声干扰等缺点,同时保留足够的关键帧并不会影响灌注影像分析,相关学者提出呼吸门控算法2425,通过估计患者呼吸运动曲线并提取特定相位超声子序列,恢复无运动
22、干扰的灌注曲线。门控算法的本质是从高维动态图像中提取对应位置信息的低维分量,相关算法包括主成分分析30、非负矩阵分解31和独立成分分析32。但由于呼吸相关的不确定因素较多,如患者心率、情绪和咳嗽等,相同呼吸相位超声序列未必对应相同的病灶位置,且目标可能处于平面外(Outofplane)。Wang等30提出同时评估呼吸曲线的幅度和相位信息,但该方法需要为每个受试者指定筛选阈值。进一步,相关学者提出混合型补偿算法,即将呼吸门控和图像配准算法结合,通过配准进一步校正表 2肝脏超声造影运动校正方法比较Table 2Comparison of motion correction method of li
23、ver CEUS运动校正方式图像配准呼吸门控图像聚类混合型算法基于像素相似性的配准算法29:互信息相似性度量;基于特征点的配准算法28:SURF,SIFT,HOG,CARD基于降维的呼吸曲线估计:PCA30,NMF31,ICA32基于图像相似性的聚类算法33:谱聚类,稀疏子空间聚类多阶段校正方法:呼吸曲线估计和图像配准27,图像配准和参考帧挑选34,运动特征估计和图像聚类35优势适用于跨模态图像配准噪声、亮度、尺度不敏感计算成本低对不规则呼吸运动、平面外运动不敏感对不规则呼吸运动、平面外运动不敏感局限性噪声敏感计算成本高信息冗余计算成本高耗时长信息冗余对不规则呼吸运动、平面外运动(Outofp
24、lane motion)校正性能差依赖图像相似性度量多阶段校正复杂度高745数据采集与处理 Journal of Data Acquisition and Processing Vol.38,No.4,2023同一相位超声子序列36。Zhang等34提出了一种基于配准相似性测度的半自动化帧选择法。首先全局配准常规超声序列,然后在呼吸周期内保留与模板帧相似的灌注时刻,该方法可以理解为一种优化的挑帧策略。类似地,部分研究尝试了基于图像聚类的校正算法,包括谱聚类和稀疏子空间聚类等33。本文作者在早期工作中提出了基于运动估计的呼吸补偿方法35,结合连续最优传输算法对常规灰阶超声图像中解剖结构灰度和位置
25、联合建模,通过最优匹配映射估计运动信息,最后结合聚类算法挑选出具有相同位置的超声子序列。1.2病灶识别在常规超声造影检查中,超声医师需要反复观察动态灌注过程,分析病变组织及周边实质造影增强特征。无论是定性观察增强形态,还是定量分析灌注曲线,临床医师都需要手动勾勒病变区域轮廓以持续评估血流灌注变化。然而,手工勾画病变区域高度依赖医师的专业积累,不同医师勾画存在主观差异,即使是同一名医师,其不同时刻的观察也可能存在差异,临床评估客观性有限。为了减少观察者间/内的差异性,一系列自动或半自动分割方法应用于 CEUS 成像中的病变区域识别21,3738。不同于传统二维或三维病灶识别任务,超声造影病灶分割
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