基于SA-CycleGAN的3T磁共振图像生成方法.pdf
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1、第26卷第9期2023年9月软件工程 S O F T W A R E E N G I N E E R I N GVol.26 No.9Sep.2023文章编号:2096-1472(2023)09-0052-07DOI:10.19644/ki.issn2096-1472.2023.009.010收稿日期:2 0 2 3-0 2-0 6基于S A-C y c l e G A N的3 T磁共振图像生成方法李 琳1,浦贵阳2,李 杨3,王树超4,蒋明峰3 1.浙江理工大学信息科学与工程学院,浙江 杭州 310018;2.中移(杭州)信息技术有限公司,浙江 杭州 310000;3.浙江理工大学计算机科学
2、与技术学院,浙江 杭州 310018;4.中国人民解放军联勤保障部队第九三医院神经外科,浙江 杭州 ;摘 要:磁共振成像(M a g n e t i c R e s o n a n c e I m a g i n g,MR I)广泛应用于临床诊断,相较于1.5 T MR I,3 T MR I具有高对比度和高信噪比等优势。文章提出了一种基于生成对抗网络融合自注意力机制(S A-C y c l e G A N)的超场强磁共振图像生成方法,利用生成对抗网络从1.5 T MR I生成3 T MR I,并将自注意力机制嵌入生成对抗网络框架,引入谱归一化处理,在减少函数振荡的同时加速模型收敛;为提高生成图
3、像的真实性,将先验信息引入网络,提出组合损失函数。使用5 0对3 D磁共振图像训练网络,并用1 0对图像进行测试。实验结果表明:所提S A-C y c l e G A N方法生成的磁共振图像的峰值信噪比(P S N R)和结构相似性(S S I M)高于S R G A N、C y c l e G A N等对比方法。关键词:磁共振成像;生成对抗网络;自注意力机制;谱归一化;组合损失函数中图分类号:T P 3 9 1 文献标志码:AA M e t h o d f o r G e n e r a t i n g 3 T MR I B a s e d o n S A-C y c l e G A NLI
4、 Lin1,PU Guiyang2,LI Yang3,WANG Shuchao4,JIANG Mingfeng3 1.School of Information Science and Engineering,Zhejiang Sci-Tech University,Hangzhou 310018,China;2.China Mobile(Hangzhou)Information Technology Co.,Ltd.,Hangzhou 310000,China;3.School of Computer Science and Technology,Zhejiang Sci-Tech Univ
5、ersity,Hangzhou 310018,China;4.Neurosurgery of the 903th Hospital of PLA,Hangzhou 310004,C;A b s t r a c t:Magnetic Resonance Imaging(MRI)is widely used in clinical diagnosis,and compared to 1.5T MRI,3T MRI has advantages such as high contrast and high signal-to-noise ratio.This paper proposes a sup
6、er-field magnetic resonance image generation method based on the integration of Generative Adversarial Network and Self-attention mechanism(SA-CycleGAN).GAN is used to generate 3T MRI from 1.5T MRI,and the SA mechanism is embedded in the GAN framework.At the same time,spectral normalization processi
7、ng is introduced,which reduces the function oscillation and accelerates the model convergence.In order to improve the authenticity of the generated image,prior information is introduced into the network and a combined loss function is proposed.The network is trained with 50 pairs of 3D MRI images an
8、d tested with 10 pairs of images.The experimental results show that the proposed SA-CycleGAN can generate higher Peak Signal-to-noise Ratio(PSNR)and Structural Similarity(SSIM)values of magnetic resonance images than contrast methods such as SRGAN(Super Resolution GAN)and CycleGAN.K e y w o r d s:ma
9、gnetic resonance imaging;generative adversarial network;self-attention mechanism;spectral normalization;combined loss function0引言(I n t r o d u c t i o n)磁共振成像(MR I)是临床医学常见的影像检查手段,其具有无电离辐射和非侵入性无创伤等特点,因此在临床医学的病理检查和诊断中得到广泛应用1。对于磁共振成像设备来说,高场强能带来更好的成像质量,磁共振成像的信噪比与主磁场强度通常成正比,3 T的图像质量和信噪比均比1.5 T的高,并第 26卷第
10、 9期李 琳等:基于 SA-CycleGAN 的 3T 磁共振图像生成方法且能显示更好的解剖细节和组织对比。在神经放射学中使用3 T磁体的优势远远大于其劣势,更高强度的磁体在结构和血管扫描、弥散和灌注成像等方面的诊断潜力正在提高,但是使用3 T磁体就意味着高场强的成本会大幅增加。超场强磁共振图像生成可以在不升级硬件的情况下,通过算法实现由1.5 T MR I生成近似3 T MR I,较大幅度地提高了MR I的图像质量。1相关工作(R e l a t e d w o r k)生成对抗网络2(G e n e r a t i v e A d v e r s a r i a l N e t w o r
11、 k s,G A N)常用来实现超场强图像生成,它结合了生成器和判别器两个神经网络的系统,上述神经网络通过在零和博弈框架中相互竞争得以实现。自推出以来,人们对与大脑相关的G A N框架的应用产生了浓厚的兴趣,S R G A N3首次将G A N应用于单图像的超分辨率重建,J I A N G等4也将G A N应用到MR I领域。此外G A N已经成功运用到数据增强、图像翻译及图像分割等领域,这些研究证实了G A N网络具有广泛的应用前景5-1 2。本文将C y c l e G A N作为研究的基本网络,并且专注于研究提高生成医学图像的准确性和真实性1 3。近年来,图像合成在医学成像界获得了很大的
12、关注,由低场强MR I向高场强MR I的生成、合成技术日益完善。R O Y等1 4使用基于字典的稀疏重建处理图像合成,并且使用基于示例的方法进行稀疏表示,该方法已经成功运用到3 T MR I合成7 T MR I1 5。D A R等1 6提出了基于条件生成对抗网络的多对比MR I合成新方法,保留了生成图像的中高频细节。目前,研究人员可以使用基于学习的方法合成高场强图片,例如线性回归、稀疏学习和随机森林等1 7-1 9。随着深度学习的发展,高场强MR I的合成也有了新的方法,不仅减轻了对手工制作特征的需求,而且已成功应用于各种图像合成问题。X I A N G等2 0提出了一种深度嵌入C N N,即
13、基于3 T磁共振图像合成计算机断层扫描(C T)图像的方法。Q U等2 1利用空间域和小波域的互补信息完成了低场强到高场强MR I的合成,目前基于C N N的方法通常直接确定复杂的3 T到7 T映射,而不需要显式利用多尺度信息。有研究表明,通过整合有价值的先验信息可以改善网络学习2 2。综上研究表明,目前基于深度学习的MR I超场强重建方面的研究不足,针对现有理论,本文提出了一种基于生成对抗网络融合自注意力机制的生成方法S A-C y c l e G A N,用于从1.5 T MR I生成3 T MR I。首先以C y c l e G A N的损失函数为基础,在生成器中加入先验信息对网络进行约
14、束,提出了新的组合损失函数;其次将自注意力引入生成对抗网络作为卷积的补充,有助于生成器生成图像的细节表达,判别器可以更准确地对全局图像结构执行复杂的几何约束;最后使用非局部模型将自注意力模块引入生成对抗网络框架,以便生成器和判别器都可以有效地在空间区域之间建立关系依赖。2 MR I样本数据库(MR I s a m p l e d a t a b a s e)每一张3 D磁共振图像的大小是2 5 62 5 61 7 6像素值,其中(a)横断面的尺寸为1 7 6 2 5 6,(b)冠状面的尺寸为1 7 6 2 5 6,(c)矢状面的尺寸为2 5 62 5 6。本文使用3 D S l i c e r
15、中的S l i c e r E l a s t i x模块,以3 T MR I作为模板,将1.5 T MR I配准到3 T图像模板上,实现空间域图像配准,经过配准后,使用MR I c r o将每一张3 D图像切割成3种不同截面的2 D图片,建立样本数据库。现有6 0对3 D磁共振图像,经切片后共有4 1 3 0 0对2 D样本图片,其中横断面和冠状面分别有1 5 3 6 0对图片,矢状面有1 0 5 8 0对图片。在深度学习中,用于训练和测试的数据可能会不足且不平衡,深度网络模型容易过度拟合且泛化能力很差,由于医院和患者的状况并不总是适合于收集数据,并且具有相同疾病的患者数据也并非总是可用。此
16、外,神经网络需要在大量准确而可靠的数据上进行训练,数据不正确或表示不正确可能会导致系统的性能变差。所以,本文使用数据扩增方法生成足够多且平衡的图像。图1 无损变换F i g.1 L o s s l e s s t r a n s f o r m a t i o n对于具有很多重要信息的图片,例如医学图像,最好执行不会增加或丢失图片信息的图像增强变换。因此,本文选择使用无损变换、非刚性变换和先进扩增技术完成医学图像扩增。如图1所示,无损变换是借助P y t h o n实现,具体方法主要包括水平翻转、垂直翻转和随机旋转。经过数据扩增,建立了一个标准数据库。该数据库共有1 0万组2 D样本数据对,其
17、中横断面和冠状面切片有4 0 0 0 0对图片,矢状面切片有2 0 0 0 0对图片。3基于S A-C y c l e G A N的3 T磁共振图像生成算法(3 T MR I g e n e r a t i o n a l g o r i t h m b a s e d o n S A-C y c l e G A N)S A-C y c l e G A N网络主要包含四个模块,分别为两个生成器结构模块、两个判别器结构模块,如图2所示。S A-C y c l e G A N网络对输入数据要求较低,适用性强。图2 C y c l e G A N网络模型F i g.2 T h e n e t w o
18、 r k m o d e l o f C y c l e G A N3.1S A-C y c l e G A N网络结构C y c l e G A N本质上是两个镜像对称的生成对抗网络,两者35软件工程2023年9月构成一个环形网络。如图2所示,两个生成对抗网络共享两个生成器,并且各自带一个判别器。该网络可以在不使用任何配对的图像集合下,捕捉一个图像集合的特殊性,并找出这些特征如何转化为其他图像集合。这个网络已经成功运用于风格迁移、对象转换、季节转移及图像增强等领域。在源域X和目标域Y之间存在某种潜在关系的假设下,C y c l e G A N的目标是学习映射G:XY和F:YX,使G(X)的图
19、像分布与Y域的图像分布无法区别。因此,可以通过循环一致性损失约束上述过程:LC y c l e G A N(G,F)=EXPd a t a(X)F(G(X)-X1 +EYPd a t a(Y)G(F(Y)-Y1 (1)公式(1)中,Pd a t a(X)是X的分布,Pd a t a(Y)是Y的分布。该网络除了两个生成器模型G和F,还引入了两个判别器DX和DY,判别器DX旨在区别真实样本X和生成样本F(Y),判别器DY旨在区别真实样本Y和生成样本G(X)。在1.5 T MR I生成3 T MR I过程中,输出的3 T图像结果不仅要与1.5 T图像整体相似,还要尽可能地保留细节,更重要的是不能包含
20、虚假信息,不然可能会导致误诊。可以在训练过程中加入额外的损失函数进行约束,将3 T图像作为先验信息加入C y c l e G A N,保证图像内容的一致性,防止在生成过程中产生虚假的信息。使用激活函数L e a k y R e L U,解决了R e L U函数在输入小于零的部分梯度为0的问题。输入小于0的部分存在微小梯度,从而避免输入为负时停止反向传播,其表示如下:f(x)=x,x 0a x,x 0(2)L e a k y R e L U函数的输出为负无穷到正无穷,即扩大了R e L U函数的范围,公式(2)中,a的值一般设置为一个较小值,如0.0 1。3.1.1生成器网络结构模型生成器结构如
21、图3所示,主要由编码器、转换器、解码器组成。首先,编码部分是利用不同大小的卷积层(C o n v)和图像增强层(R e f l e c t i o n P a d 2 d)进行特征提取;其次,数据进入转换器,使用9次残差模块将图像数据恢复增强,通过在神经网络传递的同时,添加一条直连路径的方式,就可以确保梯度有效传递和改善网络的性能,残差模块可以保留原始图片特征以便用于解码器的输入;最后,解码器通过反卷积层(C o n v T r a n s p o s e)重新构建低级特征,输出目标图像。图3 生成器模型F i g.3 G e n e r a t o r m o d u l e3.1.2判别器
22、网络结构模型相比生成器,C y c l e G A N的判别器结构功能简单,它仅用于判断输入图像是否是某一特定域的图像。如图4所示,判别器首先使用多层卷积与激活函数对图像进行特征提取和处理,其次输出一个3 0 3 0 1的张量实现判别生成图像真假的目的。此外,生成对抗网络中判别器训练程度与生成器梯度消失成反比,并且模型的稳定性与判别器D的连续性相关。为了令判别器D满足利普希茨连续性,对函数变化的剧烈程度有所限制,因此在判别器参数矩阵上运用了谱归一化。图4 判别器模型F i g.4 D i s c r i m i n a t o r m o d u l e3.2组合损失函数C y c l e G
23、 A N的损失函数主要是对抗损失和循环一致性损失,在此基础上对其进行了改进,形成新的组合损失函数。将先验信息加入网络作为损失函数的一部分,该网络包含前向循环和反向循环,并且共享生成器和判别器。从数据集中随机选择1.5 T和3 T图像作为输入图像对,并将1.5 T对应的3 T图像作为先验信息Ip r i o r输入网络,输入图像对中的1.5 T和3 T图像不要求对应。在正向循环中,生成器GH将1.5 T图像生成3 T图像,生成器FL将生成的3 T图像转换回对应的1.5 T图像。反向循环则是生成器FL将3 T图像生成为1.5 T图像,生成器GH将生成后的1.5 T图像转换为3 T图像。判别器D用来
24、评估样本是来自真实图像而不是生成图像的概率,而生成器GH和FL试图生成不易被判别器区分的图像。该过程使用对抗损失进行约束:LG A N(GH,DH,X,Y)=EYPd a t a(Y)l gDH(Y)+EXPd a t a(X)l g(1-DH(GH(X)(3)LG A N(FL,DL,X,Y)=EXPd a t a(X)l gDL(X)+EYPd a t a(Y)l g(1-DL(GL(Y)(4)尽管上述的对抗性损失能够让生成器G和生成器F学习到Y和X的分布,但没有保证从X得到G(X)时图像的内容不变,因为G(X)只需要符合域Y分布即可,并没有对其施加约束,所以X到G(X)包含很多种可能的映
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