基于RNA-Seq探讨原发性肝癌不同中医证型循环免疫细胞丰度差异.pdf
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1、第42 卷第9期2023年9 月基于RNA-Seq探讨原发性肝癌不同中医证型循环免疫细胞丰度差异山东中医杂志SHANDONG JOURNAL OF TRADITIONAL CHINESE MEDICINEVol.42,No.9Sep.2023胡锐1-2,孙嘉玲,钟欣1.2,李静3,张(1.广州中医药大学,广东广州510 0 0 6;2.深圳市中医院,广东深圳518 0 33;3.澳门科技大学,澳门999078)摘要目的:利用转录组测序技术(RNA-Seq揭示原发性肝癌不同中医证型外周免疫环境的微观差异。方法:纳入原发性肝癌患者8 1例及健康人50 例,分别为原发性肝癌组和健康对照组,其中原发性
2、肝癌组包括脾虚湿困证17 例、湿热蕴毒证2 0 例、气虚血瘀证2 6 例及肝肾阴虚证18 例,提取受试者外周血单个核细胞(PBMC)用于RNA-Seq测序,利用生物信息学分析技术对两组外周2 8 种免疫细胞浸润丰度进行分析。结果:健康对照组与原发性肝癌组的循环免疫细胞群存在广泛差异,其中原发性肝癌组效应CD8T细胞、效应记忆CD8+T细胞、滤泡辅助T细胞、自然杀伤样T细胞、中央记忆CD4+T细胞、效应CD4+T细胞、Th1辅助细胞、肥大细胞、幼稚及活化B淋巴细胞丰度均低于健康对照组,而中性粒细胞、巨噬细胞、CD56+自然杀伤细胞、活化树突状细胞、幼稚树突状细胞、单核细胞及髓源性抑制细胞(MDS
3、C)丰度均高于健康对照组(P0.05)。相关性分析显示,2 8 种循环免疫细胞之间存在广泛的交互作用。效应CD8T细胞、效应记忆CD8T细胞、效应CD4+T细胞、-S-T细胞、巨噬细胞及Th17辅助细胞在原发性肝癌不同中医证型中存在差异(P0.05)。其中气虚血瘀证及肝肾阴虚证效应CD8T细胞表达水平低于脾虚湿困证及湿热蕴毒证(P0.05);效应记忆CD8T细胞在肝肾阴虚证患者中丰度最低,与脾虚湿困证、湿热蕴毒证比较,差异均有统计学意义(P0.05)。效应CD4+T细胞在气虚血瘀证中浸润丰度最低,与脾虚湿困证、湿热蕴毒证比较,差异有统计学意义(P0.05)。-8-T 细胞在脾虚湿困证水平最低,
4、Th17辅助细胞和巨噬细胞均在气虚血瘀证丰度最低,与肝肾阴虚证比较,差异均有统计学意义(P0.05)。结论:不同中医证型原发性肝癌循环免疫细胞丰度存在差异,可能成为中医药宏观论治指导下的微观干预靶标。关键词原发性肝癌;脾虚湿困证;湿热蕴毒证;气虚血瘀证;肝肾阴虚证;循环免疫细胞;转录组测序技术中图分类号R273D0I:10.16295/ki.0257-358x.2023.09.010Exploration on the Difference of Circulating Immune Cell Abundance in DifferentTraditional Chinese Medicine
5、 Syndromes of Primary Liver Cancer Based on RNA-SeqHU Ruil-2,SUN Jialing,ZHONG Xin2,LI Jing,收稿日期】2 0 2 3-0 3-14ZHANG Wei?,SUN Xinfeng,FENG Wenxing,ZHOU【基金项目】国家自然科学基金青年科学基金项目(编号:8 2 2 0 5Xiaozhou?209);深圳市科技计划项目(编号:JCYJ20210324120405015);广东省中医药局项目(编号:2 0 2 3130 2);广州中医药大学研究生科研创新项目(编号:A1-2606-21-429-00
6、1Z38)【作者简介】胡锐(1995一),女,湖北恩施人,2 0 19年级硕士研究生,研究方向:中医药防治慢性肝病的研究。电话:1347 6 2 97 7 31;邮箱:。【通信作者】周小舟(196 4一),女,湖南岳阳人,医学博士,主任医师,博士研究生导师,主要从事中医药防治慢性肝病的研究。邮箱:。长卫,孙新锋,冯文杏,周小舟2文献标志码A文章编号0 2 57-358 X(2023)09-0955-08(1.Guangzhou University of Traditional ChineseMedicine,Guangzhou 510006,China;2.Shenzhen Hos-pita
7、l of Traditional Chinese Medicine,Shenzhen518033,China;3.Macau University of Science andTechnology,Macau 999078,China)955.2023年9月Abstract Objective:To reveal the microscopic differences of peripheral immune environment in differenttraditional Chinese medicine(TCM)syndromes of primary liver cancer by
8、 using Transcriptome sequencingtechnology(RNA-Seq).Methods:A total of 81 patients with primary liver cancer(PLC)and 50 healthy ordinarypeople were included as the primary liver cancer group and the healthy control group.The primary liver cancergroup included 17 cases of spleen deficiency and dampnes
9、s syndrome,20 cases of damp-heat accumulationand toxicity syndrome,26 cases of qi deficiency and blood stasis syndrome and 18 cases of liver and kidneyyin deficiency syndrome.Peripheral blood mononuclear cells(PBMC)of examinee were extracted for RNA-Seqsequencing.The infiltration abundance of 28 kin
10、ds of peripheral immune cells in two groups was analyzed bybioinformatics.Results:There were extensive differences in the circulating immune cell populations betweenthe healthy control group and the primary liver cancer group.Among them,the primary liver cancer grouphas lower abundance of effector C
11、D8+T cells,effector memory CD8+T cells,follicular helper T cells,naturalkiller like T cells,central memory CD4+T cells,effector CD4+T cells,Thl co helper cells,mast cells,immatureand activated B lymphocytes compared to the healthy control group,while neutrophils,macrophages,CD56+natural killer cells
12、,activated dendritic cells,immature dendritic cells,monocytes,and myeloid suppressor cells(MDSC)were significantly higher than those of the healthy control group(P0.05).Correlation analysis showedthat there were extensive interactions between 28 circulating immune cells.There were differences in the
13、abundance of effector CD8+T cells,effector memory CD8+T cells,effector CD4+T cells,-delta-T cells,macrophages and Th17 helper cells in different TCM syndrome types of PLC(P0.05).The expression levelof CD8+T cells in qi deficiency and blood stasis syndrome and liver-kidney yin deficiency syndrome was
14、lower than that in spleen deficiency and dampness syndrome and dampness-heat accumulation and toxicitysyndrome(P0.05).The abundance of effector memory CD8+T cells was the lowest in patients with liver-kidneyyin deficiency syndrome,and there were significant differences compared with that of syndrome
15、 of spleendeficiency and dampness,syndrome of dampness-heat accumulation and toxicity(P0.05).The abundance ofeffector CD4+T cells was the lowest in patients with qi deficiency and blood stasis syndrome,and therewere significant differences compared with that of syndrome of spleen deficiency and damp
16、ness,syndrome ofdampness-heat accumulation and toxicity(P0.05),具有可比性。本研究通过深圳市中医院伦理委员会审核批准,伦理审批号:深中医伦审(研)2 0 18 58。1.2西医诊断标准参照原发性肝癌诊疗规范(2 0 19年版)7 确定PLC的西医诊断标准。有乙型或丙型病毒性肝炎,或任何原因引起肝硬化者:肝内直径2 cm结节,动态增强MRI、动态增强CT、超声造影或肝细胞特异性对比剂Gd-EOB-DTPA增强MRI4项检查中至少有2 项显示动脉期病灶明显强化、门静脉期和/或平衡期肝内病灶强化低于肝实质,即“快进快出”的肝癌典型特征,则
17、可做出肝癌的临床诊断。对于发现肝内直径 2 cm结节,则上述4种影像学检查中只要有1项典型的肝癌特征,临床即可确诊。1.3中医辨证标准参照原发性肝癌诊疗规范(2 0 19年版)7 中医内科学 8 进行中医辨证分型,分为脾虚湿困证、气虚血瘀证、湿热蕴毒证、肝肾阴虚证4个证型。1.4纳入与排除标准纳人标准:18 岁年龄8 5岁;符合PLC胡锐等:基于RNA-Seg探讨原发性肝癌不同中医证型循环免疫细胞丰度差异第42 卷第9期诊断标准,且中医辨证符合上述分型者;患者自愿参加此次观察性研究。排除标准:转移性肝癌和(或)其他恶性肿瘤患者;免疫相关性疾病或造血系统功能障碍疾病患者;近期遭受严重创伤或合并感
18、染性疾病者;长期使用激素者;患有精神疾病或神志不清不能配合者;难以排除其他临床试验影响者;妊娠或哺乳期妇女;病例资料不全者。2方法2.1高通量测序使用含乙二胺四乙酸真空抗凝管采集两组受试者新鲜外周血约6 mL,并在2 h内分离其外周血单个核细胞(PBMC),提取样品总RNA并使用超微量分光光度计(型号Nanodrop,赛默飞世尔科技公司,美国)对其完整性、纯度、浓度及是否存在DNA污染进行监测,利用多聚胸腺嘧啶、T重复寡核苷酸磁珠富集含polyA尾的mRNA,片段化模块酶试剂(型号#E6150S,纽英伦生物技术有限公司,美国)对纯化的mRNA随机打断,片段化的mRNA逆转录合成双链cDNA,经
19、洗涤纯化、末端修复、连接测序接头等操作后选定2 0 0 bp大小的cDNA开始聚合酶链式反应(PCR)预扩增,构建cDNA文库,文库质检合格后使用10 Ilumina高通量测序仪(因美纳科学器材有限公司,美国)得到待检测片段的序列信息。全部样本的高通量测序由东南大学实验室完成。2.2生物信息学分析将原始测序序列进行过滤操作,对获得的有效数据Q20、Q 30 及GC含量(鸟嘌呤和胞嘧啶所占比率)进行计算,使用HISAT2(v2.0.5)构建参考基因组序列,对样本基因表达水平进行定量分析,使用FPKM对基因表达矩阵进行深度和基因长度校正。2.3免疫浸润分析利用单样本基因集富集分析对PBMC表达矩阵
20、进行免疫浸润分析,分析2 8 种免疫细胞丰度差异。2.4统计学方法样本基因表达矩阵使用RStudio(4.0.2 版)进行注释分析,软件SPSS26.0和GraphPadPrism9用于统计分析。非正态分布的计量资料采用秩和检验,计数资料使用卡方检验;分类变量资料运用Pearson卡方检验、Spearman检验进行相关分析。取=0.05为检验水准。957.2023年9月3结果3.1PLC患者外周免疫背景分析3.1.1循环免疫细胞群丰度分析分析两组受试者2 8 种免疫细胞表达情况,包括不同状态下的T淋巴细胞、B淋巴细胞、树突状(DC)细胞、自然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞、肥大细胞及嗜酸性粒细胞、
21、单核细胞、中性粒细胞等。2 8 种免疫细胞丰度直方图提示健康对照组与原发性肝癌组的循环免疫细胞群存在广泛差异,其中原发性肝癌组效应CD8+T细胞、效应记忆CD8+T细胞、滤泡辅助T组别:申健康对照组*1.2-山东中医杂志细胞(Tfh)、自然杀伤样T细胞(NKT)、中央记忆CD4+T细胞、效应CD4+T细胞、Th1辅助细胞、肥大细胞、幼稚及活化B淋巴细胞丰度低于健康对照组,而中性粒细胞、巨噬细胞、CD56+NK细胞、活化DC细胞、幼稚DC细胞、单核细胞及髓源性抑制细胞(MDSC)丰度高于健康对照组,差异均有统计学意义(P0.05)。见图 1、表 1。3.1.2循环免疫细胞群相关性分析相关性分析结
22、果显示,2 8 种循环免疫细胞之间存在广泛的交互作用。其中活化B淋巴细胞(cor=原发性肝癌组*站第42 卷第9期nsns ns ns nsnsnsnsnsnsns:0.90.6日中3*T细胞中性粒细胞滤泡辅助T维效应CD8+T细胞自然杀伤样T细胞效应记忆CD8+T中央记忆CD4TCD56*自然杀伤细胞T细胞巨噬细胞+T细胞Th1辅助细胞T细胞T细胞肥大细胞单核细胞幼稚B淋巴细胞活化B淋巴细胞活化树突状细胞效应CD4+T细胞幼稚树突状细胞髓源性抑制细胞4+T细胞Th2辅助细胞Th17辅助细胞调节性T细胞记忆B淋巴细胞自然杀伤细胞CD56自然杀伤细胞中央记忆CD8*嗜酸性粒细胞浆细胞样树突状细胞
23、效应记忆CD4+T图1健康对照组和原发性肝癌组2 8 种循环免疫细胞丰度箱线图表1健康对照组和原发性肝癌组差异循环免疫细胞群浸润丰度分析 M(P25,Prs)细胞类型活化B淋巴细胞效应CD4+T细胞效应CD8T细胞活化树突状细胞CD56+自然杀伤细胞中央记忆CD4T细胞效应记忆CD8T细胞幼稚B淋巴细胞幼稚树突状细胞髓源性抑制细胞巨噬细胞肥大细胞单核细胞自然杀伤样T细胞中性粒细胞滤泡辅助T细胞Th1辅助细胞958健康对照组0.97(0.90,1.01)0.90(0.89,0.92)1.19(1.18,1.20)0.90(0.88,0.92)0.78(0.77,0.80)1.23(1.22,1.
24、24)1.16(1.15,1.18)1.22(1.18,1.25)0.88(0.86,0.89)1.38(1.37,1.38)0.80(0.78,0.82)0.69(0.63,0.72)1.15(1.14,1.17)0.75(0.73,0.78)0.82(0.78,0.88)0.82(0.80,0.83)0.80(0.79,0.81)原发性肝癌组0.91(0.79,0.98)0.89(0.86,0.92)1.16(1.15,1.18)0.92(0.88,0.98)0.75(0.72,0.79)1.21(1.20,1.23)1.14(1.12,1.15)1.18(1.11,1.24)0.89(0
25、.87,0.91)1.38(1.37,1.39)0.84(0.81,0.87)0.73(0.67,0.82)1.16(1.15,1.19)0.73(0.70,0.75)0.92(0.85,1.07)0.79(0.78,0.81)0.78(0.77,0.80)P值0.0050.0310.0010.0090.0010.0010.0010.0030.0320.0450.0010.0020.0250.0010.0010.0010.0012023年9 月0.92,P0.001)及活化DC细胞(cor=0.81,P0.001)分别与幼稚状态存在显著正相关。肥大细胞与幼稚DC细胞(cor=0.86,P0.0
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- 基于 RNA Seq 探讨 原发性 肝癌 不同 中医 循环 免疫 细胞 差异
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