滩羊C1H3orf33和CNV14基因拷贝数变异与生长性状的关联研究.pdf

实验旨在研究 C3orf33 同源基因（C1H3orf33）和拷贝数 14 基因（CNV14）拷贝数变异对滩羊生长性状的影响，采用 CNVplex 检测试剂盒对宁夏地区 150 只滩羊 1 号染色体C3orf33同源基因（C1H3orf33）的拷贝数变异（CNV）进行分析并探讨其与生长性状之间的相关关系。结果表明：C1H3orf33基因CNV与滩羊的体重、体高、体长、胸围和管围显著相关，CNV14区域与体重、体高和体长显著相关，系统进化树显示，C1H3orf33基因与人类及其他哺乳动物的同源基因高度相似，说明C1H3orf33基因可能在转录调控中发挥重要作用，CNV14区域可能是绵羊育种中标记辅助选择（MAS）的候选位点。关键词：滩羊；C1H3orf33；CNV14；拷贝数变异；生长性状中图分类号：S826.2 文献标识码：A DOI 编号：10.19556/j.0258-7033.20220222-01拷 贝 数 变 异（Copy Number Variation，CNV）是指染色体上 DNA 片段大小介于 1 kb 到数兆范围内的缺失、插入、重复和复杂多位点的变异1。近年来，大量研究都表明有些CNVs与绵羊生长发育和生产性能等经济重要性状有关2-11，CNVs也成为了动物经济性状和适应性性状相关的重要分子标记。滩羊是生长在我国宁夏盐池县境内的一种特有的绵羊品种，具有色泽鲜红、脂肪分布均匀、肉质细嫩和不膻不腥等特点，是公认的优质羊肉。到目前为止，通过滩羊常规育种结合分子标记辅助育种的深入研究，滩羊的生长和繁殖性状得到了很大的改善12，但CNVs与绵羊经济重要性状尤其与体重和体尺等生长性状的关系尚未得到充分研究。CNV被认为是影响表型差异的重要原因，研究和探讨绵羊CNV与其重要性状的关系将有助于揭示其内在的分子遗传结构并有助于进一步实施分子育种。然而目前，相关的研究仍然较少，其分析方法的应用也在探索阶段，可借鉴的方法和标准仅来自于少量的人类复杂疾病的研究，所以有必要在绵羊育种研究中寻找适合自身特点的CNV关联研究方法。本研究开展了 26 个候选CNVs与滩羊生长性状的相关性研究，探索滩羊生长、体尺等重要经济性状的遗传机理，为了解滩羊基因组的结构特征、进一步揭示复杂性状的遗传基础提供重要参考，也为寻找滩羊不同生长发育阶段的重要功能基因和分子机制奠定基础。1 材料与方法1.1 实验动物 选择宁夏盐池朔牧滩羊繁育有限公司饲养的 150 只出生日期、初生重相近的滩羊为研究对象，公母各半，颈静脉采血 5 mL，EDTA 抗凝，-20冻存。1.2 主要试剂及仪器 血液全基因组 DNA 提取试剂盒（DP3031）、2Taq PCR 预 混 试 剂 II（KT211），购于天根生化科技（北京）有限公司；CNVplex 检测试剂盒，购于上海天昊生物科技有限公司；PCR 仪，购于宁夏众意泰商贸有限公司；紫外分光光度计，购自岛津企业管理（中国）有限公司；ThermoNandrop 2000C超微量分光光度仪，购于宁夏众意泰商贸有限公司。1.3 滩羊基因组 DNA 的提取与浓度检测 采用血液基因组 DNA 提取试剂盒提取滩羊 DNA，通过分光光度计收稿日期：2022-02-22；修回日期：2022-08-10资助项目：宁夏自治区基金项目（2021A0491）；滩羊育种专项（2018NYYZ04）作者简介：马丽娜（1985-），女，宁夏石嘴山人，硕士，助理研究员，主要从事家畜遗传育种研究，E-mail：malina_*通讯作者：额尔和花（1971-），女，蒙古族，内蒙古赤峰人，硕士，副研究员，主要从事家畜遗传育种研究，E-mail：-124-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 03 期与 1.5%琼脂糖凝胶电泳检测 DNA 浓度和纯度。1.4 滩羊生长性状数据测定1.4.1 滩羊生长性状数据测定内容 跟踪检测滩羊初生重、二毛体重、3月生长性状、6月生长性状（体高、体长、体重、胸围、管围）、9 月生长性状（体高、体长、体重、胸围、管围）。1.4.2 表型数据测定方法 初生重：羔羊在出生后 3 h未吃初乳时测得的体重，单位为 kg，结果保留 1 位小数。二毛体重：羔羊在出生后 55 d 左右进行二毛鉴定时测得的体重，单位为 kg，结果保留 1 位小数。体重：禁食 24 h，禁水 2 h 的羊只在自然状态下测得的体重，单位为 kg，结果保留 1 位小数。体尺测量包括体高、体长、胸围、管围。体高：受测羊只在坚实平坦的地面端正站立时肩甲最高点到地面的垂直距离，单位为 cm，结果保留 1 位小数，用测杖测量。体长：受测羊只在坚实平坦的地面端正站立时胸突到坐骨节后端的直线距离，单位为 cm，结果保留 1 位小数，用测杖测量。胸围：受测羊只在坚实平坦的地面端正站立时由肩甲后端绕胸一周的长度，单位为cm，结果保留 1 位小数，用皮尺测量。管围：受测羊只在坚实平坦的地面端正站立时左前肢管骨最细处的水平周长，单位为 cm，结果保留 1 位小数，用皮尺测量。1.5 候选CNV的拷贝数检测方法 候选CNV的拷贝数由 CNVplex检测得出。CNVplex是一种基于延长双连接和多重荧光 PCR 的高通量多重CNV分析方法。采用毛细管电泳将扩增产物按大小和颜色进行分离，PCR 产物的相对量与目标序列的量成正比13。对候选CNV使 用 NCBI（https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/）和Ensembl（https:/asia.ensembl.org/index.html）数 据 库搜索相关基因组区域并识别基因。1.6 数据分析 采用 GraphPad Prism Version 6 软件（Inc.Prism，USA）对实验数据进行 Pearson 相关系数统计。2 结 果2.1 滩羊血液全基因组 DNA 浓度和纯度 基因组 DNA浓度约为 50 ng/L，图 1 结果表明提取的基因组 DNA无降解，证实 DNA 浓度和纯度满足本实验要求。2.2 滩羊生长性状统计 跟踪检测滩羊初生重、二毛体重、3 月生长性状、6 月生长性状（体高、体长、体重、胸围、管围）、9 月生长性状（体高、体长、体重、胸围、管围）。滩羊表型数据结果见表 1。2.3 候选基因与拷贝数的选择 为了获得可能与绵羊生长性状相关的候选CNVs，通过 PubMed 数据库（https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）和动物 QTLdb 数据库（https:/www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/OA/index）中数量性状位点（QTLs）注释，本研究筛选出26 个CNVs进行进一步检测（图 2）。2.4 CNVs的分布 根据绵羊基因组序列，利用 Primerv 5.0 软件设计用于CNVs基因分型的引物。各CNV的染色体位置、目标位点序列和 PCR 片段大小见表 2。2.5 CNVs与滩羊生长性状之间的关系 用 Kolmogorov-Smirnov 和 Shapiro-Wilk 正态性检验来检验生长性状和CNVs数据的正态分布14。为探讨CNVs与绵羊生长性状之间的关系，本研究进行了CNVs与滩羊生长性状 Pearson 的相关分析（表 3）。在 26 个CNVs中，CNV2 和CNV14与生长性状显著相关。CNV2 与体高、体长、胸围和管围存在显著的正相关性，CNV14与体长、表 1 滩羊不同时期生长性状统计图 1 滩羊血样 DNA 提取图项目性别体重,kg体高,cm体长,cm胸围,cm初生重4.570.254.250.37平均4.380.31二毛体重12.421.3511.501.98平均11.81.633 月生长性状21.312.0153.633.2462.453.2170.033.5219.621.5658.553.5661.232.1368.965.1平均19.871.6955.632.1361.212.5669.424.326 月生长性状34.813.6663.774.1863.423.6682.905.6830.613.8863.984.0063.903.1082.685.26平均32.713.7795.764.0963.663.3882.795.479 月生长性状44.348.1067.803.6068.103.2382.484.0340.904.4264.263.1767.153.5579.044.87平均42.625.4165.363.3967.643.3981.264.45 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15-125-2023 年 第 59 卷 第 03 期 Science and Technology科学技术 表 2 26 个选择的拷贝数变异及其相应的特异性引物信息图 2 滩羊 CNVR 染色体分布图谱CNV IDCNV位置(Oar_v3.1）引物序列（5 3）片段长度,bpCNV1chr1:177868533-177868586 F:AATCTTCTTTCACTGAAACTCAGCCTG;R:CTATCTTCCCTGTTGCAATGTCAGTTT114CNV2chr1:229998204-229998257 F:ACAATTTGAATGACTGTTGTTCCCTAA;R:AGAAAGATTACTTGGGATGTTTATTTGTTGG129CNV3chr2:32129241-32129293F:TTCCAAGTCAGTGAGTTTTAACACTGG;R:CTATGCTTGAGGACCCTGGAGGAAAT111CNV4chr3:41906847-41906899F:CCTTTAGAAGAGATCATGCTGGGCT;R:GGTTTTGCTCATCTCTGTGCTTCTAAC105CNV5chr5:39627965-39628019F:CCTGAACTTGAGTACTCTCATTCATCCA;R:CAGTAAAGTCAATCTTCTGACACCAGG129CNV6chr5:42496386-42496439F:CAGATTACACATTCTGCCCAGAGAAAG;R:GCTAATCTGATGTCCTCAGAGAGGAAA120CNV7chr5:42586609-42586657F:ATCTGAACAGGCTGCAGAATCGT;R:CTGTGTGGGGAGCATCTGTATTTGT99CNV8chr5:82585108-82585160F:TTTTGGGGAGACTGCTCTTGGG;R:GTCAGCACTGAAGACAAGCTGGAAAG99CNV9chr7:3333401-3333452F:CTCAAAATAAAGACTTTCCCCACAGAG;R:AAACTCTTGGCCAAGAGTTTGAATTCC120CNV10chr8:52873494-52873547F:GGGACGTGGGTTTCTCTGAGACTT;R:GTCCTAGGCTTGTTTTGATGAGTTGG102CNV11chr9:11626574-11626622F:GAAATGTTTTCTGCCATATCCTCAACC;R:AAGGATGTCACAGCCAGCCTTC99CNV12chr9:12377646-12377699F:GACCAAAACTTGAGGGTTTGAGACAAC;R:AGGAATGCATCCTTTCACAGTTCTAGA126CNV13chr9:39982345-39982398F:TCAAGTTTTAAGGATGCTTCTGGAGAC;R:CCTCAGAGAAATCTGATCAGAAAGTGC126CNV14chr9:65741140-65741193F:TATTTTGTCATTGCTGTGTTGGTGG;R:TGGTGTTGAGAGATGTATTGAGAAGGG108CNV15chr9:66763707-66763760F:GAGAAAGCATCAGGTGGGAAACC;R:GACTGTTGCTCTCTTGTCCTACCAAAA102CNV16chr9:72149243-72149296F:CTGCTGAAATGAAGCATGATGTGTGTT;R:GGCTAAGCATGAGATCTGATTTCCTTT126CNV17chr11:33824737-33824787 F:GCCCAGGCAGAAGACAGTGAATAA;R:GACATTGCCTTATTCACACACATTCCT105CNV18chr13:57948379-57948428 F:AGCTCTGCAAACAACAGGGCAACT;R:GATTCCCTTTAGTAGAGGAGAGGGCA102CNV19chr15:15985312-15985365 F:CTATGCAAAGTGTGTATGCTTAGCACC;R:TTTGATGGGAGGACTAAACTTGACATG114CNV20chr15:63465205-63465257 F:GATACACTGGTCATGGTTTTACCACTG;R:TATCCAACCTTGAAGTGTTGGCAACT111CNV21chr16:1214063-1214116F:GCTGAAGCAATCACAAGAACTCTTCTC;R:CTTCCCTAGATGCTATCACCACAGCTA114CNV22chr16:1299006-1299055F:AAGTAGCAGTAGAAAGTTCTGGAGGGC;R:AAGCTCAGCCCCTGAGGAAACAT102CNV23chr16:31175037-31175090 F:TCAGAGAGAAAGGTAACAACCCAATGA;R:AAACAGTTCACCCTCAGTAAGAACCAA117CNV24chr17:9403993-9404044F:GAAACTAAGGCCCAGAGAGATGCAT;R:GCCTCTTGCAGTCTTATTCAAAGCAGT111CNV25chr18:53391386-53391438 F:TTATCATTAGCTCCACCTGGGAAGTCC;R:CAGAACCTCCCCTACCACCTTCATTT111CNV26chr26:8482596-8482650F:GCATAGACTGATGGATTCTTTACTGCTG;R:CACCATCTGGGGAGCCTTATCTTACTA129CNV1CNV2CNV4CNV3CNV5CNV6CNV7CNV8CNV9CNV10CNV11CNV12CNV13CNV14CNV15CNV16CNV17CNV18CNV19CNV20CNV22CNV21CNV23CNV24CNV25CNV261 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 1415 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 X MT-126-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 03 期体高和体重也表现出显著的正相关性，但与胸围和管围未达到显著水平。2.6 CNV2（C1H3orf33）和CNV14区域的生物信息学分析 结果发现，CNV2、C1H3orf33基因的第 4 外显子存在基因拷贝数变异（图 3）。虽然在绵羊C1H3orf33上还没有报道，但其同源基因C3orf33在人类基因研究已有大量报道15-16。研究结果表明，C3orf33在细胞的增殖、转化和死亡中起着至关重要的作用，通过抑制人类转录因子AP-1的激活发挥转录调控作用。为了探究C1H3orf33基因在绵羊生长性状中的潜在作用，本研究进一步分析了C1H3orf33在绵羊不同组织中的表达。根据 NCBI 数据库羊组织 Atlas 项目（BioProject:PRJEB6169）数据，发现C1H3orf33基因主要在垂体、乳腺、睾丸和卵巢高度表达，在肌肉、瘤胃和淋巴结低表达（图 4）。这一结果表明C1H3orf33基因可能对生长激素发挥重要作用，主要对 1 岁内绵羊的生长发育有正向调控作用。基因功能（GO）分析显示，C1H3orf33属于细胞外空间项，主要参与 DNA 结合转录因子活性的调控和 ERK1、ERK2 级联过程的负调控（表 4）。2.7 系统发育树分析 本研究通过使用 Ensembl 在线生物信息学工具 GeneTrees 构建C1H3orf33的系统发育基因树17，发现绵羊C1H3orf33基因与山羊（98.30%）、奶牛（94.56%）以及人类（82.31%）同源基因 C3orf33具有高度相似聚类（图 5），说明绵羊C1H3orf33与人类C3orf33可能具有相似的功能。2.8 CNV14 基因结构与功能分析 CNV14位于滩羊 9号染色体 65 Mb 左右（图 6）。研究表明CNV14区域与绵羊胴体重和免疫球蛋白 A 水平性状相关的 3个 QTL 重叠。在控钾通道的上游修饰符亚 V 成员 1（KCNV1）和下游的多个域（CSMD3），主要表达在脑和睾丸，相关多元化的功能包括调节神经递质释表 4 C1H3orf33基因本体分析图 4 C1H3orf33在绵羊不同组织类型中的表达谱图 3 C1H3orf33中检测到的 CNV2 片段结构表 3 CNVs 与生长性状之间的 Pearson 相关性注：*表示差异显著（P0.05），*表示差异极显著（P0.01）。CNV ID体长体高体重管围胸围CNV1 0.145 0.095 0.122 0.076-0.058CNV2 0.186*0.222*0.223*0.193*0.193*CNV3-0.012 0.025-0.018 0.053-0.018CNV4 0.005 0.04 0.066 0.013-0.085CNV5 0.051 0.034 0.034-0.019-0.07CNV6-0.154-0.124-0.111-0.125-0.049CNV7-0.137-0.161-0.152-0.093-0.088CNV8-0.101-0.036-0.052-0.032-0.099CNV9-0.063-0.03-0.065-0.086-0.121CNV10 0.028 0.047 0.056 0.009-0.073CNV11-0.022 0.031 0.08 0.018-0.079CNV12 0.093 0.074 0.104 0.066-0.121CNV13-0.002 0.038 0.063 0.033-0.094CNV14 0.180*0.184*0.179*0.13 0.042CNV15 0.16 0.128 0.16 0.088-0.02CNV16-0.042-0.01-0.013-0.033-0.069CNV17-0.085-0.075-0.032-0.093-0.07CNV18-0.083-0.054-0.069-0.068-0.044CNV19 0.105 0.104 0.124 0.079-0.057CNV20 0.051 0.054 0.054 0.009-0.048CNV21 0.006-0.008 0.007-0.02-0.098CNV22 0.016-0.006 0.028-0.028-0.125CNV23 0.155 0.119 0.11 0.088-0.067CNV24 0.098 0.06 0.054 0.025-0.076CNV25-0.03-0.052-0.032-0.029-0.121CNV26-0.04-0.011 0.005-0.074-0.11427.75 KbExonUTRIntronC1H3orf33CNV2fragmentC1H3orf33AbomasumAdrenal glandAlveolar macrophagesBrain stemCaecumCerebellumCerebrumCerpus luteumDuodenumHypothalamusKidneyLiverLungLymph node mesentericLymph node prescapularMammary glandMuscleOmentumOvarian folliclesOvaryPeyers patchPituitaryPlacenta+membranesRectumRumenSkinSpleenTestesThyroid glandTonsilUterusVentricleWhole embryoSamplesRPKM1.51.2510.750.50.250调控路径生物学方面来源GO:0005615Cellular componentsExtracellular spaceEnsemblGO:0051090 Biological processRegulation of DNA-binding transcriptionfactor activityEnsemblGO:0070373Negative regulation of ERK1 and ERK2 cascadeEnsembl27.74 KbCNV2fragmentExonUTRIntron-127-2023 年 第 59 卷 第 03 期 Science and Technology科学技术 放、心率、胰岛素分泌、神经元兴奋性、上皮电解质运输、平滑肌收缩、细胞体积和树突发育调控18。此外，CNV14周围还存在其他一些蛋白编码，这些编码可以识别激素和不同种类的 RNA，如 miRNA、lincRNA、snRNA 和 rRNA（表 5）。CNV14及其周围基因的详细功能有待进一步研究。3 讨 论CNVs是一种广泛的基因组结构变异，会导致基因组区域拷贝数的变化，范围从 1 kb 到数 Mb 不等，已被证明在体细胞和生殖细胞中都有出现19，通过其剂量效应影响基因表达水平20-21，进而影响家畜的生长发育性状，可与单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）相比，但CNVs能更好地解释遗传多样性和表型多样性20，在生物学研究中越来越重要。近年大量研究都揭示了家畜动物基因组中普遍存在CNVs，绵羊 135 个CNV区域覆盖了约 10.5 Mb 的虚拟绵羊基因组，染色体区域包含了不同物种间重复的图 6 C1H3orf33基因中检测到的 CNV14片段示意图左图表明滩羊C1H3orf33基因与山羊、奶牛、人类同源基因 C3orf33 高度相似。右图为山羊、奶牛和人类同源基因 C3orf33 基因结构比对图。图 5 来自 Ensembl 数据库的C1H3orf33系统发育基因树5.00 MbCNV14 RegionSYBUU6CSMD3ENSOARG0000002360863.5 Mb68.5 MbENSOARG00000026542CNV14FragmentENSOARG00000024425KCNV1PKHD1L15S_rRNAENSOARG00000011963EBAG9NUDCD1TRHRTMEM74Legend:Protein CodingNon-Protein CodingChromosome 9Reptiles and birds：54 homologsBears：4 homologsMustelinae：2 homologsDog，coyote，wolf，fox：6 homologsFeliformia：6 homologsC3orf33，DonkeyCetaceans and Even-toed ungulates：5 homologsC3orf33，GoatC3orf33，Sheep Bovinae：6 homologsC3orf33，Siberian musk deerC3orf33，MegabatC3orf33，HedgehogPrimates and Rodents：6 homologs C3H3orf33，ChimpanzeeC3orf33，BonoboC3orf33，HumanC3orf33，GorillaENSPPYG00000014227，OrangutanC3orf33，GibbonOld World monkeys：12 homologsNew World monkeys：4 homologsC3orf33，RabbitXenarthran mammals：2 homologsPrimates and Rodents：28 homologsAfrican mammals：3 homologsC3orf33，MicrobatMarsupials：4 homologsENSOAN G00000010032，PlatypusC3orf33，ReedfishC3orf33，Elephant sharkENSEBUG00000007067，HagfishF32A11.1，Caenorhabditis elegansCiona sea squirts：2 homologsBony vertebrates：77 homologsENSOARG00000023608ENSOARG00000026542ENSOARG00000024425ENSOARG000000119635S_rRNAEBAG9PKHD1L1TRHRTMEM74NUDCD1SYBUKCNV1U6CSMD363.5 Mb68.5 Mb5 MbCNV14 regionCNV14 FragmentLegendProtein CodingNon-Protein CodingChromosome 9-128-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 03 期CNVRs22，山羊发现了 161 个拷贝数变异，平均每只山羊 17.9 个 CNVRs 23。在大尾寒羊、阿勒泰羊和藏羊中，常染色体上检测到的CNVRs包含 3 130 个基因，其中 5 个基因与脂肪沉积相关24。CNVs是由基因组结构变异导致的表型多样性。本研究中滩羊检测到 1 296个CNV区域（CNVRs），其中 556 个（43%）是新的CNVR25。关于家畜生长性状与遗传多态性的相关性已经开展了大量的研究。发现 2 个CNVs与绵羊生长性状之间存在显著关联，其中CNV27与胸宽和管围均显著相关26。MYLK4基因CNV显著影响山羊体重、体长和体高27，Opn4基因对贵州黑山羊生长性状具有多拷贝变异体效应，拷贝数变异位点与其体长性状存在显著相关28。贵州白山羊CADM2基因的CNV与体高、体长具有极显著的相关性，CADM2-CNV可作为山羊生长性状分子标记辅助选择育种的候选基因29。在家畜驯化过程中，CNVs作为遗传变异重要的来源29，被广泛用于家畜特定表型的改良30。CNV重叠基因（BTG3，PTGS1和PSPH）与胎儿肌肉发育、前列腺素（PG）合成有关31。本研究筛选到C1H3orf33基因CNV2与滩羊的体重、体高、体长、胸围和管围显著相关，CNV14区域与体重、体高和体长显著相关。前人研究表明C3orf33是人类C1H3orf33的同源基因，在转录调控中发挥重要作用15-16，它编码一种分泌蛋白，通过ERK1/2 途径抑制 Elk1 的转录活性32。功能研究表明过表达C3orf33会显著抑制AP-1活性和DNA结合能力，过表达C3orf33会显著下调 ERK1/2 的磷酸化水平33。除了调节细胞生长和增殖外，AP-1 还可以激活和影响多种信号通路34。既往研究表明，感染、生长因子和癌细胞均会影响AP-1相关信号通路的表达，导致癌细胞分裂、分化和凋亡。研究发现C1H3orf33主要在垂体、乳腺、睾丸和卵巢中表达，认为C1H3orf33可能在生长激素中扮演重要角色。综上所述，本研究通过 Pearson 相关分析发现C1H3orf33基因CNV（CNV2）与滩羊体重和体尺生长性状极显著正相关，推测C1H3orf33可能通过介导基因转录、增殖、细胞周期进程和细胞分化正向影响生长性状，对滩羊生长发育过程起到正调控作用。CNV会影响基因融合、基因功能阻断及基因位置效应35。虽然CNV14位于基因间区，但它也可能影响编码蛋白基因和/或非编码蛋白转录本的表达水平，特别是在邻近的基因组区域，从而影响表型变异36。在牛中发现 2 个CNV区域（1 个内含子CNV和 1 个基因间CNV）与生长性状相关37，检测到马有 37 个CNVs（30.3%）位于基因间区13。如今，随着测序技术的不断发展和进步，绵羊全基因组CNVs数据也在迅速积累12，这将有助于揭示绵羊重要经济性状和复杂疾病性状的遗传结构。因此，探究CNV影响动物表型的机制值得深入研究。4 结 论在滩羊中检测到C1H3orf33与体重、体高、体长、胸围和管围显著相关，CNV14与体重、体高和体长显著相关。系统进化树显示，C1H3orf33与人和其他哺表 5 绵羊 9 号染色体 5Mb 内CNV14区域的蛋白编码基因和非蛋白编码基因基因类型基因名称基因全称或 RNA 类型染色体分布位置（Oar_v3.1）蛋白编码基因CSMD3CUB and Sushi Ultiple Domains3chr9:63467978-65150507KCNV1Potassium Voltage-gated Channel Modifiersub Family Member1chr9:67128756-67139904SYBUSyntabulinchr9:67398859-67499734EBAG9Estrogenreceptor Bindingsite Associatedanti Gen9chr9:67497404-7520957PKHD1L1PKHD 1 Like1chr9:67516602-67735156NUDCD1Nudc Domain Containing1chr9:67742799-67852024TRHRThyrot Ropinreleasing Hormone Receptorchr9:67963019-68,022,410TMEM74Trans Membran Eprotein74chr9:68279525-68286652ENSOARG00000011963Predictionchr9:67272919-67276099非蛋白质编码 RNA 基因ENSOARG00000023608miRNAchr9:64570292-64570382ENSOARG00000026542lncRNAchr9:65395017-65398312U6snRNAchr9:65841475-65841580-ENSOARG00000024425miRNAchr9:66550188-665502945S_rRNArRNAchr9:67199556-67199596-129-2023 年 第 59 卷 第 03 期 Science and Technology科学技术 乳动物的同源基因高度相似，提示该基因在物种进化中发挥转录调控作用。关联分析证实了C1H3orf33和CNV14可作为滩羊生长性状的遗传标记，为CNVs作为绵羊育种中新的 MAS 标记的潜在应用提供新的思路。参考文献：1 Bhanuprakash V,Chhotaray S,Pruthviraj D R,et al.Copy number variation in livestock:A mini reviewJ.Vet World,2018,11(4):535-541.2 Zhang L,Ma X M,Xuan J L,et al.Identification of MEF2B and TRHDE gene polymorphisms related to growth traits in a New Ujumqin Sheep populationJ.PLoS One,2016,11(7):1-12.3 Di G R,Sutera A M,Mastrangelo S,et al.Genome-wide asso-ciation study between CNVs and milk production traits in Valle del Belice sheepJ.PLoS One,2019,14(4):1-13.4 Erdenee S,Li J,Kang Z,et al.Sheep zinc finger proteins 395(ZNF395):insertion/deletion variations,associations with growth traits,and mRNA expressionJ.Anim 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