11种金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析.pdf
《11种金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《11种金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析.pdf(7页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、收稿日期:修回日期:基金项目:福建省林业科技项目()福建省科技创新领军人才专项(/)作者简介:丁祥青()男 研究方向:园林植物与应用:.通信作者邹双全()男研究员 研究方向:森林培育与药用观赏植物栽培:.种金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析丁祥青 陈丝雨 陈佳婷 毕远洋 曾姣艳 邹双全(.福建农林大学园林学院福建 福州.福建农林大学林学院福建 福州.福州外语外贸学院福建 福州)摘要:对 种金花茶植物叶绿体全基因组序列进行蛋白编码序列筛选利用 在线程序、等软件解析了 种金花茶叶绿体基因组密码子使用模式探讨了其密码子偏好性的主要影响因素 结果表明:种金花茶叶绿体基因组密码子使用偏好性均较弱蛋白质编
2、码区序列富含/碱基密码子第 位以/结尾为主 金花茶叶绿体基因组密码子偏好性形成受选择压力、突变压力等多种因素共同影响主要受选择压力影响 确定了 种金花茶叶绿体基因组的 个相同的最优密码子分别为、和 此外金花茶叶绿体基因组相对同义密码子使用度的聚类结果为金花茶的系统进化研究提供了依据开放科学(资源服务)标识码()关键词:金花茶 叶绿体基因组 密码子偏好性 系统进化中图分类号:.文献标识码:文章编号:():./.(.).(.):()()./.().:核酸通过密码子编码氨基酸编码相同氨基酸的密码子被定义为同义密码子 除蛋氨酸()和色氨酸()外其余氨基酸均由 个同义密码子编码 同义密码子的非随机使用被
3、定义为密码子使用偏好性()研究表明多种因素会影响同义密码子偏好性如基因表达水平、基因长度和 组成等而突变压力和选择压力是影响生物体密码子偏倚的主要因素 通常亲缘关系较远的物种的叶绿体基因组密码子使用偏好性相对区别较大密码子偏好性不仅能反映物种或基因的起源和进化而且对基因功能和蛋白质表达也会产生重要影响对叶绿体基因组密码子使用偏好性的研究有利于在叶绿体基因工程中选择合适的基因以提高外源基因的表达效率山茶花具有极高的观赏价值在我国已具有上千年的栽培和观赏历史属于传统的十大名花以红、福建农林大学学报(自然科学版)第 卷 第 期 ()年 月粉、白为主色调 金花茶隶属于山茶科()山茶属()是一种古老的山
4、茶花其花色金黄艳丽 金花茶的叶、花等器官中含有多酚、多糖、黄酮类、皂苷、氨基酸等多种活性成分是良好的食用药材具有清热解毒、利尿利湿的作用最近的研究表明其在降低血脂、血糖和防癌、抗癌方面可能具有特殊功效 目前金花茶的花作为良好的泡茶材料而畅销叶绿体是含绿色色素的质体 内含有独立的基因组即叶绿体基因组()叶绿体基因组被认为是内共生起源的 在古老的诱捕事件中原始的真核生物捕获并吞噬了古蓝藻成为内共生体随着时间的推移蓝藻基因组中大量基因转移到真核生物核基因组中导致其在遗传上依赖于真核生物而成为质体基因组 叶绿体基因组因体积小、拷贝数高等特点在基因工程方面备受关注与核基因转化相比叶绿体转化具有外源基因表
5、达效率高、定点整合、无位置效应现象、遗传稳定、无花粉漂移等优势 叶绿体基因组密码子偏好性研究的目的通常是在植物中构建成熟和稳定的叶绿体转基因系统黄色山茶花的培育是山茶植物育种中的难题金花茶是通过基因工程培育黄色山茶花的重要材料研究金花茶叶绿体基因组密码子偏好性有助于推进黄色山茶花的培育进程也可为进一步了解其他物种叶绿体基因组的密码子使用模式提供参考 材料与方法.序列获取与筛选利用重测序数据组装并注释了抱茎金花茶()、显脉金花茶()、簇蕊金花茶()、夏石金花茶()、柠檬黄金花茶()、小果金花茶(.)、东兴金花茶()、防城金花茶(.)、毛籽金花茶()、平果金花茶()、武鸣金花茶()的叶绿体全基因组
6、序列 使用 脚本提取蛋白质编码区()后删除重复、小于 和起始密码子非 的 检查确认剩下的 长度均为 的倍数含起始密码子()和终止密码子(、和)且序列中间未含终止密码子最终从 种金花茶得到 条 序列.密码子组成分析使用(:/./)和:/.:/获得 的平均 含量()密码子第、位的 含量(、)和有效密码子数()使用 .软件获得相对同义密码子使用度()使用 获得密码子第 位()、()、()和()含量.密码子偏好影响因素分析利用 绘制 分析、分析和中性绘图分析的散点图 为同义密码子第 位 含量 为 与 的平均值.同义密码子分析使用 整理数据后利用 绘制同义密码子分析热图.最优密码子分析选取 的密码子为高
7、频密码子选取 最高和最低的基因并计算 将.(高表达 低表达)的密码子作为高表达密码子 最后将既为高频又为高表达的密码子定义为最优密码子.系统进化数构建在 软件中利用金花茶叶绿体基因组密码子的 绘制树状聚类图基于金花茶叶绿体基因组的 序列和全基因组序列采用最大似然法()法分别构建系统进化树福建农林大学学报(自然科学版)第 卷 结果与分析.密码子组成 种金花茶植物的、均低于且 表明 种金花茶叶绿体基因组序列富含/碱基不同位置的 含量相差较大叶绿体基因组密码子使用偏好/和/结尾的密码子(表)研究表明 为 通常当 时基因组或基因密码子使用偏好性较强且基因表达量较高而 较高说明基因含有较多种类的稀有密码
8、子此类基因往往低表达且密码子偏好性较弱 种金花茶植物叶绿体基因组 的取值范围.均大于 此外金花茶植物密码子的 为 说明没有偏好性极强的密码子 这些结论均表明金花茶密码子偏好程度低表 种金花茶植物叶绿体基因组编码序列的密码子参数特征 物种 含量 含量 含量 含量 含量抱茎金花茶.显脉金花茶.簇蕊金花茶.夏石金花茶.柠檬黄金花茶.小果金花茶.东兴金花茶.防城金花茶.毛籽金花茶.平果金花茶.武鸣金花茶.影响密码子偏好性的因素.分析 种金花茶叶绿体基因组 的 和 分布相似(图)只有少数点靠近曲线但大多数点的 低于预期值且位于曲线以下(图中每个点代表 个基因)说明金花茶叶绿体基因组密码子使用偏好性受突变
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 11 金花 茶叶 基因组 密码子 偏好 分析
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【自信****多点】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【自信****多点】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。