Internet生物医学信息资源及其检索-PPT课件.pptx
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1、主要内容主要内容1.生物医学数据库:Pubmed 2.搜索引擎:google1.PubMed主要内容q1.1 PubMed1.1 PubMed概况 q1.2 PubMed数据来源q1.3 PubMed检索机制q1.4 PubMed检索运算符q1.5 PubMed检索方法q1.6 结果的显示、保存q1.7 其他辅助功能1.1 PubMed概况p创建机构:美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)n1997年6月开始向全球开放p特色:具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点,部分文献还可在网上直接免费获得全文。p与Medline光盘数据库的区别:检索机制、检索界面、检索
2、方法以及收录文献数量不同。1.2 PubMed数据来源pMEDLINE:pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations:每天收录,尚未经规范处理的数据。pubmed-in processpPublisher-Supplied Citations:由出版商提供的电子文献,每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。n自动转换匹配功能自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)n对于输入的检索词,PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换,再进行检索。词表匹配转换顺序是:MeSH表(MeSH
3、Translation Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词,PubMed将把短语分开,以单词为单位,分别重复以上的过程,检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词,则用单个词在所有字段查找,各个词之间也是AND逻辑关系。1.3 PubMed检索机制n短语检索短语检索(Phrase Searching)n也可称为强迫词组检索,即,如果要将短语作为一个词组进行检索,可用双引号“”将其引起来。如:“drug therapy”作为词组进
4、行检索的词,系统不进行自动转换匹配,也不进行MeSH词的扩检。1.3 PubMed检索机制1.4 PubMed检索运算符n逻辑运算符:n逻辑与:AND,逻辑或:OR,逻辑非:NOT。n当一个检索表达式中同时含有三个运算符时,运算顺序从左至右,括号可以改变运算顺序。n截词符:*,一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符,chem*表示用词根进行检索。n双引号:“”,表示对引号中的短语进行检索。n检索字段标识符:tag,tag为字段名称。ti,au,ta,la,pt。常用字段组成标识符标识符 字段名称字段名称 中文释义中文释义TI Title 题目AU Author 作者AD Affiliati
5、on 作者单位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写MH MeSH Terms 主题词PT Publication Type 出版类型nIP地址:http:/pubmed.govPubMed 网址高级检索主题检索期刊检索文献匹配临床咨询特 定 主题咨询1.5 PubMed检索方法n1.5.1 基本检索n1.5.2 高级检索n1.5.3 主题检索n1.5.4 其他辅助检索1.5.1 基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊关键词、词(词组)或短语:输入任意关键词:liver cancer、Lu
6、ng cancer;带 有 双 引 号”作 为 短 语 检 索:”cancer therapy”;带有连接号”-”作为一个词组检索:interleukin-6。限制检索字段:如liver cancerti作者:Smith J、Smithau2002年以后的文献如果作者有全称,可用全称1.5.1 基本检索期刊刊名:可用期刊全称:GENE THERAPYTA;可用期刊简称:JAMATA;(The Journal of the American Medical Association)刊名中含有特殊字符,如、&等,要去掉:如J HAND SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM 截词:
7、chemo*复杂表达式:liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索:liver cancer AND hasabstract1.5.1 基本检索n分析该检索课题,包含两个方面:n肝癌:liver cancer;n治疗:therapyn两个主题之间的逻辑关系是AND,即nliver cancer AND therapy 基本检索举例1:肝癌的治疗n分析该检索课题,包含两个方面:n作者为:马大龙(ma dl);n作者单位为:北京大学(peking universityad)。基本检索举例2:北京大学医学部马大龙教授发表的文献n我们分别得到了两个检索结果:n作者为:马大龙(m
8、a dl)的检索结果;n作者单位为:北京大学(peking universityad)的检索结果。n现在我们要利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来。基本检索举例2:北京大学医学部马大龙教授发表的文献1.5.2 高级检索p限制检索或条件检索:Limit (1)全文、摘要(2)动物、人类 (3)文献类型:(4)语种:(5)数据库子集的限定:(6)年龄组:n分析该课题,可知:n主题为肝癌治疗,即liver cancer and therapyn限制条件有两个:n语种为英文(English);n文献类型为综述(Review)高级检索举例:原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献1.5.3 主题检索n根
9、据medline数据主题标引的规范性,利用主题词进行的研究,对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面1.5.3 主题检索主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献n分析该检索课题,有两个概念:长春新碱(Vincristine)、白血病(leukemia):n对长春新碱来说是利用其治疗疾病,故其应组配副主题词“治疗应用(therapeutic use)”;n对白血病来说是利用药物来治疗,故其应组配副主题词“药物疗法(drug therapy)”。n同时这两个概念之间是AND的关系。主题检索举例:长春新碱(Vinc
10、ristine)治疗白血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用副主题词主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白
11、血病(leukemia)的文献第1步:检索长春新碱/治疗应用主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:检索白血病/药物疗法主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:检索白血病/药物疗法主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:检索白血病/药物疗法主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:检索白血病/药物疗法主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:
12、检索白血病/药物疗法主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献第2步:检索白血病/药物疗法n我们通过两个主题检索分别得到了:n“长春新碱/治疗应用”的检索结果n“白血病/药物疗法”的检索结果n下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来,就需要用到检索史主题检索举例:长春新碱(Vincristine)治疗白血病(leukemia)的文献n1.5.5.1 文献匹配器n1.5.5.2 临床咨询和系统评价1.5.4 其他辅助检索1.5.4.1 文献匹配器n系统提供有两种用来查找特定文献的方式:单篇文献匹配器(Single Citation Matcher)和多
13、篇文献匹配器(Batch Citation Matcher)。n如果要查找某一篇文献,点击单篇引文匹配器,输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索,系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献,则点击多篇引文匹配器,然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项,其他项目没有时可省略。单篇文献匹配器(Single Citation Matcher)多篇文献匹配器(Batch Citation Matcher)输入格式1.5.4.2 临床咨询和系统评价n可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献,如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等;n也可以用它来检索临床
14、实践过程中遇到的一些具体问题,如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。1.5.4.2 临床咨询和系统评价临床咨询1.5.4.2 临床咨询和系统评价系统评价1.5.4.2 临床咨询和系统评价检索医学遗传学研究方面的文献1.6 结果的显示、保存n显示n保存1.6.1 结果的显示n显示格式:系统提供的显示格式很多,一般较常用的有以下3种:n(1)Summary:为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。n(2)Abstract:显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外,还包括摘要信息,以便用户了解文
15、献详细内容。n(3)MEDLINE:以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。1.6.1 结果的显示1.6.1 结果的显示n保存记录n在“send to”下拉菜单中选择“File”,可完成将记录保存为文件。n选择“E-mail”,则可将结果发送至邮箱。n在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存;而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。1.6.2 检索结果的保存 1.6.2 检索结果的保存 1.7 其他辅助功能n1.7.1 检索策略的存储和调用
16、n1.7.2 全文链接n1.7.3 相关文献链接1.7.1 检索策略的存储和调用n使用My NCBI(Cubby)n首先要登记注册n保存检索策略n定期浏览新的检索结果1.7.2 全文链接1.7.2 全文链接1.7.3 相关文献链接1.7.3 相关文献链接2.Google主要内容n2.1 Google概况n2.2 Google检索语法 n2.3 Google一般检索功能n2.4 Google scholar2.1 Google概况n1998年由美国斯坦福大学的两位博士生Larry Page 和Sergey Brin创立;nGoogle由英文单词“googol”变化而来,表示“1”后面带有100个
17、0的数字。n搜索结果排序的核心技术是网页级别PageRankTM技术:根据网页被链接的次数来评定某一网页的重要性,决定排名次序;n不仅可以搜索纯文本文件,还能查找、等文件格式,同时开发了图像检索功能。2.2 Google检索语法n基本检索语法n高级检索语法基本检索语法nGoogle 搜索不区分英文字母大小写,所有的字母均当做小写处理;n支持“*”:如:“肝*瘤”n词组搜索:用引号n自动and查询n逻辑“或”的关系用“+”连接n逻辑“非”的关系用“-”连接高级检索语法intitle:限制你搜索的网页标题;intitle:george bush inurl:用于搜索网页上包含的URL,这个语法对寻
18、找网页上的搜索,帮助之类的很有用。inurl:help intext:只搜索网页部分中包含的文字(也就是忽略了标题、URL等的文字)。intext: intext:html 高级检索语法site:可以限制你搜索范围的域名。site:loc.gov link:可以得到一个所有包含了某个指定URL的页面列表.例如link: 就可以得到所有连接到Google的页面。nfiletype:搜索文件的后缀或者扩展名,注意filetype:htm和filetype:html会得到不同的结果。你也可以搜索各种不同的页面脚本语言,比如ASP,PHP,CGI等;Google对部分Microsoft的文档也做了索引
19、,比如PowerPoint(PPT),Excel(XLS),and Word(DOC)等等,以pdf、swf文档(flash动画)等。leading economic indicators filetype:pptleading economic indicators filetype:pdf高级检索语法related:搜索和指定页面相关的页面,比如你搜索related:,会得到很多搜索引擎,如HotBot、Yahoo!、Northern Light等。related: info:提供一个和指定URL更多信息的页面列表,包括URL缓存的连接、URL的连接,和URL相关的连接、URL的页面。注意
20、:这里搜索的结果取决于Google是否对该URL进行了索引,如果没有的话,搜索结果将会少很多。info: info: phonebook:用于查询电话号码。phonebook:John Doe CA phonebook:(510)555-1212 2.3 Google一般检索功能2.4 Google scholarGoogle 学术搜索学术搜索nGoogle 学术搜索可以从一个位置搜索众多学科和资料来源:来自学术著作出版商、专业性社团、预印本、各大学及其他学术组织的经同行评论的文章、论文、图书、摘要和文章。nGoogle 学术搜索可帮助在整个学术领域中确定相关性最强的研究。nGoogle 学术
21、搜索按相关性对搜索结果进行排序。最有价值的参考信息会显示在页面顶部。Google 排名技术会考虑到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他学术文献引用的频率。Google 学术搜索技巧学术搜索技巧n按作者搜索按作者搜索 输入加引号的作者姓名:d knuth。要增加结果的数量,请不要使用完整的名字,使用首字母即可。作者:knuth 、作者:d knuth 或 作者:donald e knuth 。n按标题搜索按标题搜索 输入加引号的论文标题:针刺镇痛频率特异性的进一步证明。Google 学术搜索会自动查找此论文以及提及此论文的其他论文。Google 学术高级搜索学术高级搜索检索实
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