合成生物学 非特异性过加氧酶(UPO)的研究综述.pdf
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1、Synthetic Biology Journal 2022,3(6)12351249特约评述佛学2022 年第 3 卷第 6 期 I DOI:10.12211/2096-8280.2022-028非特异性过加氧酶(UPO)的研究综述赖铭元,韦健,许建和,郁惠蕾(华东理工大学,生物反应器工程国家重点实验室,上海200237)摘要:未活化的CH键选择性插入活性氧是目前有机合成面临的最具挑战性之一。真菌非特异性过加氧酶(UPO)是一类高度糖基化的硫代血红素酶,催化的反应包括正构烷煌中未活化的CH键的羟基化、烯煌和芳煌 的环氧化、含杂原子(N、S)化合物的氧化、乙醛裂解、M脱烷基化、脱酰化和酚类的单
2、电子氧化。UP0以 凡。2为氧供体与电子受体,不需要任何辅因子,是目前最具发展潜力的氧化酶之一。然而,UP0的异源表达困难 与选择性差的问题仍限制着UP0的发展。近两年,通过信号肽改造或更换的方法在UP0的异源表达方面取得了 重要突破,对UP0结构功能关系的深入研究以及蛋白结构预测算法的发展也将助力UP0的分子改造,为解决 UP0选择性差的问题奠定基础。本文聚焦于UP0的异源表达、选择性问题与Hz。2原位再生,综述了 UP0的最新 发展以及存在的技术瓶颈,并对解决这些瓶颈问题的方案做出展望。关键词:非特异性过加氧酶;未活化cH键;氧化反应;异源表达;选择性中图分类号:Q814 文献标志码:AR
3、eview of research on unspecific peroxygenases(UPOs)LAI Mingyuan,WEI Jian,XU Jianhe,YU Huilei(State Key Laboratory of Bioreactor Engineering,East China University of Science and Technology,Shanghai 200237,China)Abstract:The selective insertion of oxygen species through unactivated C一H bonds is one of
4、 the most challenging tasks in organic synthesis.Fungal unspecific peroxygenases(UPOs)are a class of highly glycosylated thioheme enzymes that catalyze reactions including hydroxylation of unactivated C一H bonds in n-alkanes,epoxidation of alkenes and aromatics,oxidation of heteroatom(N,S)compounds,e
5、ther cleavage,A-dealkylation,deacylation and one-electron oxidation of phenols.As one of the most promising oxidases in synthetic chemistry,UPOs use H2O2 as the oxygen donor and the electron acceptor,and do not require cofactors other than heme.This paper reviews the classification and development p
6、rocess of UPOs,and focuses on the heterologous expression,selectivity engineering and H2O2 in situ regeneration of UPOs.Since the first discovery of UPOs from Agrocybe aegerita in 2004,UPOs have attracted much attention due to the advantages described above.However,the difficulties of heterologous e
7、xpression and poor selectivity of UPOs still limit their development.The difficulty of heterologous expression makes it hard to收稿日期:2022-05-16修回日期:2022-07-07基金项目:国家重点研发计戈1K2019YFA0905000)引用本文:赖铭元,韦健,许建和,郁惠蕾.非特异性过加氧酶(UPO)的研究综述J.合成生物学,2022,3(6):1235-1249Citation:LAI Mingyuan,WEI Jian,XU Jianhe,YU Huil
8、ei.Review of research on unspecific peroxygenases(UPOs)J.Synthetic Biology Journal,2022,3(6):1235-12491236合成生物学第3卷mine new variants of UPOs,and native UPOs are difficult to be characterized and applied in biocatalysis due to the slow growth rate of their hosts.In the past two years,important breakth
9、roughs have been made in the heterologous expression of UPOs through the modification or replacement of signal peptides,revealing the important role of signal peptides in this process.However,the specific role of signal peptides in the secretory expression and three-dimensional structure formation o
10、f UPOs remain elusive.With the in-depth research on the mechanism of signal peptides affecting the heterologous expression of UPOs and the development of artificial intelligence(AI)algorithms,the combination of genome mining and signal peptide prediction will be the key for discovering new UPOs.The
11、poor selectivity of UPOs also hinders the development and application of UPOs.This paper reviews different types of reactions that UPOs catalyze,and reveals the problem that UPOs have broad substrate range but poor selectivity.In-depth research on the structure-function relationship of UPOs and the
12、development of protein structure prediction algorithms will help the engineering of UPOs and lay a foundation for solving the problem of poor substrate selectivity.This paper also compares several methods for the in situ regeneration of H2O2,and concluded that the multi-enzyme cascade method is the
13、most economical and practical method for the in situ regeneration of H2O2.Heterologous expression Change hostA Signal peptide modification or replacementPoor selectivity Molecular modificationIn situ regeneration of H2O2 Photochemical method Electrochemical methodA Enzymatic cascadeKeywords:unspecif
14、ic peroxygenase(UPO);unactivated C一H bond;oxidation reaction;heterologous expression;selectivity1引言氧化还原酶催化的氧化还原反应为绝大多数 的生物提供了生长代谢所必需的能量与物质,而 这些氧化还原酶也为有机合成提供了新选择。相 较于以昂贵的过渡金属作为催化剂插入活性氧,酶催化反应具有立体选择性和区域选择性高、绿 色环保等优点。根据催化的反应类型以及辅因子依赖型,氧 化还原酶可分为氧化酶(EC1.X.3.X)、过氧化物酶(EC1.1L1.X)、过加氧酶(EC 1.11.2.1)、单加氧酶(EC 1.
15、13.12.x)与双加氧酶(EC 1.13.11.EC 1.14.11.x、EC 1.14.12.x)E1这些氧化还原酶通常 以血红素、黄素或者是金属离子作为辅因子,其 依赖的电子受体也有所不同。氧化酶中,含铜氧 化酶以作为电子受体,黄素氧化酶以与Fe、酿等氧化剂作为电子受体;含血红素的过氧化物 酶与过加氧酶以H2O2为电子受体;单加氧酶与双 加氧酶以作为电子受体(表1)。与过氧化物 酶不同,过加氧酶以H2O2为电子受体与氧供体,第 3 卷 1237表1氧化还原酶分类Tab.1 Classification of oxidoreductases(according to the webpage
16、 Enzyme Nomenclature of theNC-IUBMB https:/iubmb.qmul.ac.uk/enzyme/EC 1/)名称编号辅因子电子受体催化作用氧化酶EC 1.x 3.x金属离子(Cu等)o2将电子从底物或辅因子转移到分子氧上黄素C)2、Fe3+、酸等过氧化物酶EC 1.11.1.x血红素h2o2催化两个电子从底物转移到h2o2过加氧酶EC 1.11.2.1血红素h2o2催化氧原子从H2O2转移到底物上单加氧酶EC 1.13.12.x血红素、黄素等催化1个氧原子从转移到底物中双加氧酶EC 1.13.11.x黄素、金属离子等O2催化2个氧原子从转移到底物中EC 1
17、.14.11.xEC 1.14.12.x选择性地将H2O2上的氧加到底物上,而过氧化物 酶基本不催化底物加氧反应例外:氯过氧化物 酶(chloride peroxidase,EC 1.11.1.10)具有过加 氧酶活性。选择性氧化未活化的CH键是有机合成梦寐 以求的反应之一,目前罕有化学法能实现该步 骤。细胞色素P450单加氧酶(P450s)是少数能催 化未活化CH键氧化的氧化酶之一卬5,但是存 在着稳定性差、底物负载量低及辅因子依赖等缺 点,导致其极难应用于工业生产。非特异性过 加 氧 酶(unspecific peroxygenase,UPO)的蛋白 结构与P450s相似,都含有半胱氨酸配
18、体配位的血 红素辅基,这也使得UP0与P450s的催化机制类 似。与P450s相比,UPO不催化氧分子的还原活 化,而是直接利用过氧化氢形成具有催化活性的 氧-铁基阳离子自由基配合物,因此,UPO不需要 昂贵的NAD(P)H提供还原力。总而言之,UPO 理论上具有与P450s同样的催化特性,而不依赖于 烟酰胺辅因子的还原力和复杂的电子传递链,因 此,UPO具有很好的应用潜力。2 UP0的发现和分类upo是一类高度糖基化的硫代血红素酶,归 类于血红素硫酸盐过加氧酶(HTP)超家族。同亚类的还有5种酶,即髓过氧化物酶(EC 1.11.2.2,CF+H2O2+H+=HC10+旦0)、脂肪 酸过加氧酶
19、(EC 1.11.2.3,fatty acid+H2O2-3-or 2-hydroxy fatty acid+H20):10 植物种子过加氧酶(EC 1.11.2.4,RXH+R200H-ROH+RH)E11 3-甲基-L-酪氨酸酶过加氧酶(EC1.H.2.5,3-methyl-L-tyrosine+H2O23-hydroxy-5-methyl-L-tyrosine+旦0)和L-酪氨酸酶过加氧酶(ECI.11.2.6,L-tyrosine+H2O2-L-dopa+H2O)13o2004 年,Ullrich 等14首次于 Agrocybe aegerita(一种食用蘑菇)中发现UPO,其表现出
20、与氯过氧化物酶(/CPO).力相似的催化活性,因此将其命名为卤素过加氧酶(haloperoxidase peroxygenase)18o进一步研究发现该卤素过加氧 酶基本无法对底物进行卤化,但是对芳香族底物 具有明显的环氧化与羟化作用,因此改名为 AaeAPO(agrocybe aegerita aromatic peroxygenase)加。随着对其催化底物谱的测定,发现AoeAPO的活性 并不局限于芳香族化合物,而对杂环和脂肪族底物 都具有过加氧酶活性。因此,在2011年,过氧化氢 依赖型单加氧酶最终被命名为非特异性过加氧酶(unspecific peroxygenase,UPO,EC 1
21、.11.2.1.),已发现这类酶催化的反应包括羟基化、环氧化、脱烷基化、芳构化、硫氧化、氮氧化、脱氯和卤 化物氧化:20o目前发现的UPO基本来源于真菌,NCBI等数 据库中收录的UPO序列超过4000条。Muniba Faiza等21搭建了一个在线数据库(),包含从800多个真菌基 因组中挖掘的1948个过加氧酶编码蛋白序列。这 个数据库提供了关于每个序列的分类和基序等信 息,并具有对UPO序列分析的同源性搜索等功能。根据UPO的蛋白质大小,目前将其分为两类:短链过加氧酶(I类)与长链过加氧酶(II类)。1238合成生物学第3卷短链过加氧酶平均大小在29 kDa左右,长链过加 氧酶平均大小在
22、44 kDa左右。这两类UPO在活性 位点上也存在差异,短链过加氧酶以一个保守的 组氨酸作为电荷稳定剂,而在长链过加氧酶中,作为电荷稳定剂的则是一个精氨酸。I类和II类 的 UPO 中分别存在-PCP-EHD-E 和-PCP-EGD-R-E 的保守氨基酸,在不属于AoeUPO亚群的长链UPO 中,其保守序列可能有所偏差。3 UPO的异源表达由于UPO的高度糖基化,它们易溶于水且在 水环境中相当稳定,但同时也说明了 UPO需要进 行复杂的修饰,其中包括糖基化、二硫键桥的形 成、N端和C端序列的切割以及辅基的结合 这导致异源功能性表达成为阻碍UPO研究和应用 的瓶颈。目前解决UPO异源表达问题往往
23、需要更换合 适的异源表达宿主,或对UPO特别是其信号肽进 行分子改造。原核宿主并不适合UPO的功能性表达。Zong 等2报道了快CPO在大肠杆菌中的表达,发现 非糖基化酶分泌到外周质中,超过90%的/CPO 为包涵体,只有在高压下(207 MPa)经过冗长的 重新折叠过程才能获得活性全酶,收率仅为5%,这说明了恢复糖基化酶活性的难度之大。Carro等对野生型”“UPO进行密码子优化,使 用乳糖自诱导培养基进行诱导培养,成功在大肠 杆菌中表达”“UPO。Linde等匐在大肠杆菌中 异源表达来源于 Collariella virescens 和 Daldinia caldariorum的UPO。但
24、是大肠杆菌无法对UPO进 行糖基化修饰,而糖基化对UPO活性影响很大,同时还会影响UPO的水溶性与pH稳定性。MroUPO 去糖基化之后,对 NBD(5-nitro-l,3-benzodioxole,5-硝基-1,3-苯并二氧戊环)的氧化 活性下降约80%,而Cg/UPO则是对NBD完全失 去氧化活性,TteUPO和MUPO对NBD的氧化活 性也严重受损。所以,UPO作为一种高度糖基 化的酶,要研究以大肠杆菌为宿主表达UPO,首 先要研究如何恢复非糖基化UPO的活性。近年来的研究主要集中于构建真菌异源表达 系统。2014年,Molina等通过5轮进化,引入 9个突变(其中5个突变在信号肽,其余
25、4个在 UPO蛋白),AaeUPO突变进化体PADA-I成功在 酿酒酵母中实现功能性表达,总活性提高了 3250 倍,并首次提出信号肽对UPO的异源表达至关重 要。Molina等又以毕赤酵母为表达系统成功表达 了 PADA-I,使毕赤酵母表达的AoeUPO蛋白含量 从最初的0.007 mg/L显著提高到217 mg/L。米曲霉Aspergillus oryzae)也是较为成熟的 异源表达模式菌株。与酵母相比,米曲霉与UPO 部分原宿主(霉菌)亲缘关系更加接近,因此,米曲霉也被尝试应用于UPO的异源表达。Novezymes公司成功在米曲霉中异源表达来源于 Coprinopsis cinerea
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