crystalmaker教程.pdf

1目录概述.2Graphics window 绘图窗口.2Tools Palette 工具面板.2Sidebar 侧边栏.3Overview Window 观察视图窗口.3菜单详细介绍.3FILE 子菜单.3.Edit 子菜单.16.Selection 子菜单.18.model 子菜单.23.Rendering 渲染子菜单.29.transform 子菜单.33.Window 子菜单.40.Help 子菜单.46Tools palette 详细介绍.48操作工具.48选择工具.49测量工具.50屏幕尺寸工具.52缩放工具.53旋转工具.53旋转模式工具.53Overview 详细介绍.55Views.55History.56Files.56Log.57旋转.58结构旋转(Rotatiing the Structure).58旋转面板(Rotation Pad).58旋转坐标系(Rotate about a screen axies).59自动旋转.59用鼠标进行旋转操作.602概述概述Graphics window 绘图窗口绘图窗口 包括应用菜单，菜单介绍：File 打开、创建、保存和关闭文件。输出相关的文本和图片Edit 编辑文本、结构和化学键；拷贝图片到剪切板，或者取消上步操作Selection 选择原子相关的操作，例如标注、显示、隐藏原子Model 选择结构模型显示的形式Rendering 对模型的显示进行不同的设置Transform 旋转、测量图片命令。可以测量化学键角度，或者产生粉末/单晶衍射花样Window 对 Crystalmaker 操作界面进行设置Help 提供在线帮助和用户手册Tools Palette 工具面板工具面板工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶体进行精确位向操作。用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。在工具面板的最上3面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。Sidebar 侧边栏侧边栏包括 Site Browser 位置浏览器和 Notes pane 注释界面：Site browser 提供关于结构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、同时在 Site Browser 中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。在 Notes pane 中，可以保存关于结构的文本信息。可以通过拖动 Side browser 和 Notes pane 之间的分隔栏来显示/隐藏二者。Overview Window 观察视图窗口观察视图窗口Overview Window 提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细节等信息，由 Views,History,file 和 Log 四部分构成。菜单详细介绍菜单详细介绍FILE 子菜单子菜单一File New Crystal 新建晶体4出现以下 Edit Crystal 对话框：此窗口由三部分组成：一、对称数据；二、晶格参数；三、非对称基元中原子列表。1 空间群符号 用户可以直接输入空间群，或者点击 Browse，然后选择一个空间群。空间群符号可以以一下三种格式输入：(1)国际符号必须输入正确的格式，字符之间要有空格(例如 C2/c 应该输入“C 2/c”)。可以使用简写的国际符号(例如“C 2/c”)，或者使用完整的国际符号(“C 1 2/c 1”)。完整的符号可以进行非传统的对称设置。(2)Schoenflies 符号必须使用括号，符号间不能有空格。列入 C62h应该输做：C2h(6)。(3)空间群号在晶体学国际表中。Crystalmaker 假定为空间群的标准设置。230 种空间群都包含在程序中。如果用户的输入不能被 Crystamaker 识别，警告三角号会出现。空间群浏览器空间群浏览器在空间群浏览器中，用户可以从列表中选择一个空间群。在 Edit Crystal 中点击Browse，或者选择 Window Palettes Spacegroup Browser 命令，就可以显示 Spacegroup Browser。5Spacegroup Browser 的上部为搜索界面，下面为晶系、点阵类型和空间群的列表，显示了空间群的一些信息。搜索空间群：搜索空间群：(1)在 Spacegroup Browser 的上部搜索空格中输入空间群符号；(2)按回车键。如果搜索到空间群，其相应的晶系、点阵类型和符号就会加亮，相关信息就会出现在窗口的下面。显示非传统空间群：显示非传统空间群：选择 Show All Settings 显示各种非传统空间群。.2设定对称性（高级对称选项）编辑晶体的第一步是以空间群的形式设置它的对称性。用户有时定义对称性需要更大的灵活性：也许在使用一种非传统的空间群设置，或者想要手动输入对称性位置。这种情况下，可以点击 Edit Crystal 中的 Options 选项，出现 Symmetry Options 对话框：6单选按钮：空间群在这种情况下生成一般等价位置(GEPs)；限定晶格常数选项限定晶格常数选项如果选择了 Constrain lattice parameters，在 Edit Crystal 窗口中只有未限定的晶格常数会出现(在立方晶体中为 a)。用户需要输入单胞边长(单位为埃)，以及坐标轴间的角度。Crystalmaker 就会自动根据对称性设定晶格常数。这就意味着，在立方晶体中只需要输入a 值。少数情况下需要关闭此选项。例如，保留原子对称信息情况下研究单胞变形。自定义自己定义一般等价位置(GEPs)。点击 Output 打印 GEPs。点击 Add 按钮编辑新的一般等价位置，如下格式：+x -y +z1/2+x 1/2-y +z选择行，点击 Remove 来删除已经存在的 GEP。7原始误差原始误差 使用 Origin Offset 可以让程序明白在用户数据和 Crystalmaker 的对称性之间存在误差。以分数形式输入误差值。3晶格参数如果选择了 Constrain lattice parameters，在 Edit Crystal 窗口中只有未限定的晶格常数会出现(在立方晶体中为 a)。用户需要输入单胞边长(单位为埃)，以及坐标轴间的角度。Crystalmaker 就会自动根据对称性设定晶格常数。这就意味着，在立方晶体中只需要输入a 值。少数情况下需要关闭此选项。例如，保留原子对称信息情况下研究单胞变形。4原子位移参数原子位移参数用来定义热椭圆体：描述由于温度引起的原子位置的不稳定，晶体中的缺陷，以及其他统计学不规则。在 Crystalmaker 中，用户可以添加、编辑原子位移参数。为了简化窗口，这些数据通常被隐藏，但使用 Show 选项可以显示出来。添加新的位移参数：(1)选择 Use Displacement Parameters 选项；(2)选择 Displacement Parameters；(3)选择想要编辑位置的行；(4)在 Selection Type 菜单中选择位移参数的类型；(5)输入相关数据。编辑已经存在的位移参数：(1)选定 Use Displacement Parameters 选项；8(2)在 Show 菜单中选择 Displacement Parameters；(3)选择想要编辑的行，输入新的数据。5标号、占位率和位置坐标 在 Edit Crystal 窗口中，显示了非对称基元的位置列表。Crystalmaker 使用这些位置的坐标来生成完成的单胞。对于化学占位：如果这个位置有序，就输入元素符号；如果这个位置无序，就输入最多三个元素及其占位，格式如下：Si 0.7 Al 0.2 Ge 0.1。总占位率不能超过 1。二File New Molecular 新建分子1输入数据选择 File New Molecular 命令创建新分子，或者选择 Edit Structure 命令编辑已经存在的分子。分子编辑对话框如下：列表中显示了位置标注、坐标和占位率。如何在列表中添加新原子：(1)点击 Add;(2)输入原子标注，最多六位符号；(3)输入 x,y,z 的坐标；(4)输入原子的化学占位率 如果原子位置有序，输入元素符号；如果原子位置无序，输入元素符号以及它们的占位率(就像化学式)，占位率总和最大为 1(5)点击 Remove 删除原子。三File Open 打开文件文件格式的自动识别使用该命令可以打开非 Crystalmaker 文本文件，如果它们的格式为 Crystalmaker 所支持。这就意味着用户可以通过拖动文件到 Crystalmaker 中，从而轻松的打开复杂的数据库文件。四File Open in the same window 在当前窗口打开文件9五File import 导入外部文件可以导入的外部文件格式后缀包括：ATOMS 格式：ATOMS 是一个生成晶体结构图片的程序，有 USA 的 Shape Sofrware 出品。ATOMS 拥有一个随版本改变的专有文本格式。以下为 ATOMS 的两种不同的文本格式：第一次显示时，程序会显示一个单胞；Transform Set Range 命令扩展原子范围。ATOMS，version 5.0 ATOMS，version 4.910CCL 格式：格式：CCL 格式是一种灵活的格式，用于控制晶体结构最小二乘拟合。“A”（原子）、“S”（对称性）和“C”（单胞参数）卡片。其他卡片会被忽略。Chem3D Cartesian 格式：Chem3D 是一种用在不同电脑系统中的分子模型包裹。它的 Cartesian 文件格式是一种基本的正交坐标格式。11第一行是读取原子的总数。随后的行包含了元字符号、原子数和正交坐标。Cif 格式：cif 是指晶体学信息文件（Crystallographic Information File），是国际晶体学联合会制定的一种晶体结构标准文件格式。cif 文件第一行是晶体介绍，以 data_开始，后面跟自己想写的东西。从第二行开始，基本上是以变量（也可以叫数据名称，以下划线_开始），后面跟对应的值（包括数字和字符串等各种量），如下例：loop_atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_adp_type_atom_site_occupancy#以上是变量Ti Ti 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00#数据行O O 0.00000 0.00000 0.20800 0.00000 Uiso 1.00#数据行如果有很多重复的变量取不同的值，可以用 loop_简化表示，在 loop_ 以下有多少变量，每一数据行对应就有多少列。当出现新的变量名时，上一个 loop_自动结束。cif 文件里的变量可以自己定义，但是有一些标准化的变量集，称为词典（dictionary）。使用时一般参照标准词典里的常用变量就可以了。CSSR 格式：这些文件是由 Daresbury 实验室的晶体学数据系统所生成。它们拥有一个非常简单的格式，其包括了单胞常数、空间群符号、数据库信息以及非对称基元中的原子位置坐标。Cambridge FDAT 格式：剑桥结构数据库Gsas 格式：晶体结构精修类型，可以对 x 射线和中子粉末衍射的数据进行处理。ICSD 格式：ICSD 无机晶体数据库（inoganic crystal structure database）文件类型，几乎囊括了所有无机晶体的结构信息，上万条数据记录。Macmolecule 1.x 格式：Crystalmaker 1.x 版本文件MDL molfile 格式：MDL MolFile(*.mol)(分子设计)文件格式。MDL SDfile 格式：MDL SDfile（Structure-Data File）分子结构数据文件PDB 格式:12PDB（protein database）蛋白质数据库格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。下面对 PDB 文件中各个参数的意义做个解释：REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用 Refmac 进行结构优化,该记录将自动插入输出的 PDB。CRYST1(NMR 除外)该记录用来记述晶胞结构参数(a,b,c,空间群)以及 Z 值(单位结构中的聚和链数)。SCALEn(n=1,2,3)(NMR 除外)该记录介绍数据中直角坐标向部分晶体学坐标的转换。ATOM该记录记述标准氨基酸以及核酸的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。HETATM该记录记述了标准氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。TER该记录表示链的末端。在每个聚合链的末端都必须有 TER 记录,但是由于无序序列而造成的链的中断处不需要该记录。MODEL当一个 PDB 文件中包含多个结构时(例:NMR 结构解析),该记录出现在各个模型的第一行。MODEL 记录行的第 11-14 列上记入模型序号。序号从 1 开始顺序记入,在 11-14 列中从右起写。比如说有 30 个模型,则第 1 至 9 号模型,该行的 7-13 列空白,在 14 列上记入 1-9 的数字;第 10-30 号模型,该行的 7-12 列空白,13-14 列上记入 10-30 的数字。ENDMDL与 MODEL 记录成对出现,记述在各模型的链末端的 TER 记录之后。END该记录标志 PDB 文件的结束,是必需的记录。B-factoerB 因子是晶体学中的一个重要参数,晶体学中结构因子可以表达为坐标 x,y,z 与 Bj 因子的函数。物理学上对于 Bj 的表征有很多理论模型,最成功的是由 Debye 和 Waller 提出的。将固体内振荡的量子本质计算在内后,他们将 Bj 表征为绝对温度 T 和其他各基本参数的函数。由此可见,Bj 与原子的质量等基本性质有关,也与实验温度有关。B 因子体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”(diffusion),这个“模糊度”实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态。B 因子越高,“模糊度”越大,相应部位的构象就越不稳定。在晶体学数据中,B 因子一般是以原子为单位给出的,我们可以换算成相应残基的 B 因子,从而分析残基的构象稳定性 1)。另外,计算出的 B 因子中实际上包含了实验中的很多因素,如晶体结构测定的实验误差等,精度高的晶体结构数据提供较可靠的 B 因子数据。此外，另外温度因子还和占有率相关，如果本身结构解析过程中占有率低，也会导致温度因子升高。这个时候只能说是 Xray 收集数据的时候这个地方的信号比较弱，而和结构本身的构象如何，没有关系。PDB 中的晶体学数据是以原子为单位的,它所给出的 B 因子是相对于每个原子的，统计13中,首先将原子的 B 因子换算成残基的 B 因子,即把每个残基所有原子的 B 因子取平均值。由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大,B 因子相对较高,所以在统计中除去了这部分残基，具体方法是将数据中 B 因子高的残基去掉 10%,对剩下的残基进行统计,计算平均值。R-facoterR 因子同上，也是一种衡量晶体图像模型和 X 射线衍射数据的参数。SHELX 格式:晶体结构分析工具，用于晶体结构测定和精修STRUPLO 格式:晶体结构绘图六FileNew window with this view 新建一个窗口，打开的是与当前同样的视图。七Filetake snapshot 快照八Fileplace molecule 摆放一个分子到需要的文件中去在建立的分子结构文件中，点击 place molecule 选择需要添加的分子文件以 Crystalmaker二元分子文件保存（.cmmf 格式），把它直接加到已知晶体中。打开后，成功将名为 damp 的分子文件添加到用户当前窗口（黄色 S 原子）中。使用工具和旋转工具，对分子进行编辑。九Fileclose 关闭文件Fileclose all 关闭所有文件FileClose without saving 关闭文件，不保存14FileClose all without saving 关闭所有文件，不保存十Filesave 保存Filesave as 另存为十一Fileexport 输出文件Graphics 格式：存储像图到文件：(1)选择 File-Export-Graphics，出现对话框；(2)设置图片输出大小、分辨率，然后点击 export；(3)设置文件名和存储路径；从下拉菜单中选择文件格式（bmp、jpg、png 等）；保存即可。Video 格式：存储视频到文件Web Page 格式：存储脚本到文件Crystalmaker 生成一个显示所有结构细节的网页，网页上图片会和屏幕中图片的大小相同。选择 File-Export-Web Page 命令可以生成一个 HTML 的纯文本文件，其中包含了 JPEG格式的图片文件。用户可以使用任何 web 浏览器观看这个 HTML 文件。这是在网上发布晶体结构的理想方法。Coordinates 格式：存储原子坐标到文件用户可以使用 File-Export-coordinate 命令来生成一个包含所有原子位置坐标的文本文件。包括分数坐标和正交坐标两部分。Visible Coordinates 格式：存储可视坐标到文件Crystal Coordinates 格式：存储晶体学坐标到文件Distance&angles 格式：存储键长和键角到文件如果用户想要记录晶体中化学键长度和角度的信息，可以在 Crystalmaker 中生成一个15详细列表，并存储为化学键文件。这个文件包含了单胞中所有原子的位置坐标，以及每个非对称基元中原子的化学键角度和长度。用户可以吧最邻近化学键距离、角度和位置坐标信息存储在化学键文件里面。这个文本文件可以使用文字编辑器进行编辑。Distances 给出了非对称基元中原子离默认原子之间的键的距离Angles 给出了不同邻近组合之间的化学键角度Crystalmaker text 格式：存储 cmtx 文件到文件CrystalMaker 可以生成关于结构中原子环境的详细信息，包括背景颜色、化学键搜索输出和化学键角度信息。这些数据以 Bonds File 的文件输出，这个文本文件可以在任何文本编辑器或文字处理器中读取。Chem3D Cartesian 格式：同 importCIF 格式：同 importMacmolecule 1.x 格式：同 importPDB 格式:同 import注：内部文件格式Crystalmaker 中的文件扩展名如下：非 Crystalmaker 文本格式使用以下文件扩展名：16十二Fileprint setup 打印页面设置 Fileprint preview 打印预览Fileprint 打印十三Fileexit 退出.Edit 子菜单子菜单一Editundo 撤销二Editselect all 窗口内的分子全部选择三Editclear selection 放弃选择四Editcopy graphics 复制图片到剪切板：17同 fileexportgraphics 在对话框中选择输出的维数、实际大小、分辨率，然后点击 copy。五 Editstructure 编辑结构即对晶体或分子的结构进行编辑，同 filenew crystal/molecule。六 Editbonding 编辑键长一当定义了晶体结构，就可以继续定义原子间的化学键和配位多面体。用户可以在结构中特定的原子间产生化学键。Crystalmaker 不限定每个位置的化学键数，但最好保证这种化学键的真实性！定义或编辑化学键如下：选择 edit Bonding 命令，出现 Editing Bonding 对话框，对其中的化学键数据进行编辑。添加/删除化学键：(1)点击 Add，出现新行；点击 Remove，删除化学键。(2)在给定菜单中，选择 From 到 To 原子类型；(3)点击 Bmin，输入最小的化学键距离；(4)点击 Bmax，输入最大的化学键距离。(5)点击 Info，预览配位数状态，检查化学键范围是否足够大。注意，最大键长应该显示在 Bmax 栏。Crystalmaker 会按照 1.15(rA+rB)计算最大键长，rA和 rB分别是 From 和 To 原子的半径。七 Editelements 编辑元素周期表选择 Edit elements，可以对元素表中元素的颜色和半径进行编辑。当定义一个新的结构时，Crystalmaker 试图把输入元素与它的周期表中的元素相匹配。成功匹配后，就会得到元素半径和颜色值。这样就省去了每次自己是指原子颜色和半径的麻烦。Crystalmaker 依靠原18子半径来生成化学键和多面体。但是，原子半径随结构不同而变化，由化学键类型和配位角度所决定。Crystalmaker 提供原子半径，共价半径，Van-der-Waals 半径和离子半径。元素表还设置了默认颜色。Crystalmaker 以原子半径(加上 15%)的综合为指导，来决定哪些化学键需要生成。这就意味着如果原子半径适合目前的晶体类型，自动化学键生成就会失效。因此，使用正确的化学表就显得尤为重要。Crystalmaker 的默认化学表使用 Shannon&Prewitt,1969/1976 中的离子半径数据。对于无机物晶体，我们建议：Shannon&Prewitt Ionic“Crystal”Radii对于有机物晶体，我们建议：(1)CSD Crystalmaker Covalent Radii;(2)CPK Covalent Radii;(3)CPK Van-der-Waals Radii在 Element Set 下拉菜单中选择元素表选择要编辑的元素行；点击 Radius，输入新的数值，修改半径；点击 Colour，选择新的颜色；点击 Apply 完成编辑。点击 Import 按钮，就会显示要加载的文件点击 Export，设定文件名和存储位置，然后完成保存。八 Editpreferences 面板显示优先权设置包括记录当前的设置，重新使用上次保存的设置，使用默认设置三种。19.Selection 子菜单子菜单一Selectionselect 选择Select all 全部选择Atoms 选择所有原子Textboxes 选择所有文本Vectors 选择所有向量Nearest neighbours 选择 与所选定原子 相邻（有化学键相连）的 原子Entire molecule 选择 与选定原子 相邻（有化学键相连）的 所有原子Invert selection 反向选择，即选择未选定的原子Clear selection 撤销选定二Selectionshow all 显示20三Selectionhide 隐藏Selection 隐藏所选择的原子Unselected atoms 隐藏未选择的原子Other molecules 隐藏其他的分子（即只显示与所选定原子有化学键相连的原子团）四Selectiondetach 所选择的原子相连的化学键断裂五Selectionduplicate 复制所选择的原子选定 Offset，输入偏移量，然后点击 OK。六Selectiondelete 删除所选择的原子七Selectionatoms 编辑所选择原子的信息1 culour 编辑所选原子的颜色2 Style 编辑所选原子的风格形式Blank 空白，即不显示21Hollow dashed 中空，虚线轮廓Hollow 中空，实线轮廓Hollow striped 中条纹状，实线轮廓Hollow hatched 中网状，实线轮廓Hollow equatorial 中经纬状，实线轮廓Plain while 白色平面Plane black 黑色平面Filled 正常填充元素颜色Filled equatorial 正常填充元素颜色，有经纬纹Filled with shine 正常填充元素颜色，有光照点Two tone 填充两个色调Beach ball 填充沙滩球图案Random fill 随机填充Rendered 三维渲染Rendered two tone 填充两个色调，三维渲染Rendered beach ball 填充沙滩球图案，三维渲染Rendered translucent 填充半透明，三维渲染3 Reset colour&styles 重设所选择原子的颜色和形式4 Change atoms type 改变所选原子类型点击后，出现如下对话框，可对原子的类型、标号、颜色、半径进行编辑。5 Edit coordinates 编辑所选原子的坐标Specify 单选按钮：选择 Direct Coordinates 单选按钮，编辑单个选定原子的绝对位置坐标；选择 Relative Offset 单选按钮，移动选定原子或原子团；Basis 单选按钮：选择 Fractional Coordinates 单选按钮，编辑晶体学坐标；选择 Orthogonal Coordinates 单选按钮，编辑屏幕坐标；通过设定 x、y、z 的数值进行编辑226 Turn labels on 显示所选原子的标识7 Labels to textboxes 编辑所选原子的标识八Selectionbonds 编辑所选择原子相邻的化学键信息1Style 化学键的风格类型可以对化学键的形式和颜色进行修改，最后点击 ok 即可。Style 的下拉菜单分别包括：Blank：空的Dashed line：虚线Dotted line：点线Dual-band cylinder：双色带状圆柱Line：线状Multi-band cylinder 多带状圆柱Plain cylinder 平面圆柱Rendered cyclone 三维渲染圆柱Rendered Dual-band cylinder：三维渲染双色带状圆柱Rendered Multi-band cylinder 三维渲染多带状圆柱Striated cyclone 细纹状圆柱2 Reset styles 重设化学键风格九Selectionvectors 编辑所选择原子的向量信息1Add 在原子上添加矢量：(1)选择原子或原子团；(2)选择 Selection Add Vector 命令，出现对话框：23(3)输入方向坐标UVW；(4)如果想要改变矢量的长度，选择 Specify Length 选项，输入一个长度值。(5)为矢量选择一个颜色；(6)选择 From 或 Through 按钮选择一个矢量的样式；(7)点击 OK 完成设置。2Edit Vector 编辑原子矢量：(1)使用箭头工具选择一个或多个矢量；(2)选择 Selection Edit Vector；(3)调整位向、颜色和矢量样式，点击 OK 键完成。3Delete Vector 命令 删除原子矢量十Selectioncalculate centroid 计算选择的原子团边界到质心距离选择原子团（黄色区域），执行 Selectioncalculate centroid 命令，得到距离。如：十一.SelectionCenter on selection 将选择的部分移到窗口正中央十二.Selectionmake polyhedron 生成多面体的中心Make Polyhedron 命令会在已存在原子的质心生成一个新的位置，并在质心和顶点原子24之间生成化学键。有了这些化学键，就可以显示多面体了。Make polyhedron 命令有众多选项。用户可以选择至少两个原子或原子团，执行该命令，编辑质心原子的原子类型和位置标注；选择是否显示任何对称位置；选择在质心原子和顶点原子之间是否生成化学键，以及对称位置上是否也生成化学键。.model 子菜单子菜单.1改变晶体模型Crystalmaker 中提供六种模型结构，对于每种模型，用户都可以选择是否显示：单胞外形，轴矢量，表面覆盖。不同的模型可以在 Model 菜单中选择。（1）Ball and Stick：Ball-and-stick plots 描述了以线或者圆柱相连接的实心球，代表了化学键。每个原子的半径是它的 Space-filling 半径的百分数(默认 40%),其最小半径为 0.4 埃。用户可以使用 Model Options Atoms paneRelative Radius and Minimum Radius 对 ball-and-stick 中的球体大小进行编辑。（2）Space Filling：Space-filling plots 描述了在一个结构中原子是如何堆簇在一起的。这些原子呈球状，半径对应其实际的原子半径。如果用户定义了键，软件会在必要的时候使用球叠加校正。（3）Polyhedral：复杂结构可以使用配位团作为几何单元(多面体),从而省略原子和原子键(例如，一个 SiO4团代表了四面体，其中 Si 原子在中心，O 原子在顶点)，达到简化的目的。Crystalmaker 可以构建任意凸多面体。注意：必须定义原子键才能生成多面体！（4）Wireframe：对于复杂结构，wire-fame 结构对比较有用，这通常是在屏幕上旋转结构的最快模型。未键合的原子好比一个个独立的像素。每对原子间的线分割表示键。（5）Stick：25本模型包括经过渲染的原子键的圆柱形化学键，而未键合的原子显示为球形。这在显示化学键结构和分子几何时特别有用，但对于复杂结构画起来会比 wireframe 慢。（6）Thermal Ellipsoid：本模型适用于结构的位置中包含原子位移参数的情况。Thermal Ellipsoid 模型和 ball-and-stick 模型类似，但是在这个结构中一些原子呈椭圆形，表现出热振动、无序的各向异性，并显示出了在原子位置上的不确定性。椭圆的大小依赖于位移参数和其他可能因素。注意：用户可以同时使用 polyhedral,ball-and-stick,wire-frame，stick 在一个模型中。2 Show Surface 显示原子表面表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质3 Hide unit cell 隐藏单胞4 Hide axes 隐藏坐标（窗口左下角）5 Model options 模式选择自定义不同渲染效果的模型或更简单点儿的“线性艺术”。（1）atoms 原子选项在 Atoms 面板中，用户可以根据元素类型或位置自定义原子显示的样式。列表中显示了按照元素类型分类的原子球体、热椭圆体和多面体。点击灰色的三角按钮，用户可以关闭或打开这些原子。所有位置使用默认值：点击 Use Default Style 按钮，所有位置显示 Default 行的球、椭圆或多面体样式。线性宽度保留高分辨率：选中 Scale pen widths。Sphere 球体选项：同 Selection-atoms-styles 说明。Ellipsoid 椭球体选项：使用 Atoms 面板的 Ellipsoid 行，可以按照元素或位置调整热椭圆体的样式。点击椭圆标志左侧的复选框来关闭热椭圆体功能。那个位置或元素的原子会显示小椭圆。用户可以改变26它们的样式，以此区别于其他椭圆位置。可以使用 Atoms 面板右下侧的 Thermal Ellipsoid Sphere 来设置球体半径。Polyhedron 面体选项：一当生成化学键，配位多面体就可以显示。作为化学键生成过程的一部分，Crystalmaker会搜索有化学键位置周围的多面体。高的配位位置会自动给予填充的三维多面体样式。低配位的位置会给予默认的空白样式。未键合的位置会显示孤立的原子球。Crystalmaker 提供以下多面体样式：Blank 这钟样式以红十字表示，可以用于显示多面体顶点原子。Ball-and-stick 显示一个中心原子，和它的配位原子有或者没有化学键。可以选择化学键显示为cylinders 或者 wireframe 样式。Stick仅仅使用圆柱体或线画出从一个位置到它的配位原子的化学键Frame Polyhedra这种多面体样式，包括画出多面体的边缘以及从中心原子到多面体顶点的化学键。Translucent Polyhedra这种样式类似于 Open Polyhedra 样式，不同的是多面体面为半透明样式Plain Solid Polyhedra面以原子颜色绘制；边以高亮的颜色绘制，以此区分于背景颜色Stripe-fill Polyhedra面以颜色条文填充，边以更粗的条文绘制。Rendered Solid Polyhedra这种多面体拥有和原子颜色一样的不透明表面，按照光照方向和反射设置会出现阴影。Sphere style顶点原子设为球（2）bonds 化学键选项化学键以连接原子间的圆柱体或线表示。在如下的 Bonds 面板中，用户可以对化学键的样式或颜色进行设置：Style：改变化学键的样式，同 selection-bonds-style27Colour1：选择颜色所有位置使用默认值：点击 Use Default Style 按钮，所有位置显示默认值。线性宽度保留高分辨率：选中 Scale pen widths。调整表示化学键的圆柱体的半径：在 Ball&Stick 和 Stick 中输入新的百分数值。(3)surface 表面选项对于任何模型，我们都可以给它覆盖一个表面。表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质，并表现出更多的常规状态。点击 Apply 完成设置。Colour：设置颜色选择 Use Atom Colours 按钮，球体表面显示可其下面原子一样的颜色；选择 Use Same Colour 按钮，为表面设定一个统一的颜色；Surface type：表面覆盖可以使用以下三种表面样式：DensityDensity-fill 球模拟了烟雾粒子的外观。单个球体用随机的点渲染，点的密度随到中心距离的增加而减少DotDot-surface 球用来加重外表面。单个的球体被看做是中空、外边面有一层点的球Smooth-shadedSmooth-shaded 球模拟具有光滑表面的中控球的外观。这种模式的处理速度要慢于其他模式Opacity：滑动按钮，为表面设定透明度28Sphere size：表面球体半径值（4）unit cell 单胞选项新晶体可以用一个单胞来展示。单胞展示是目前原子范围内最核心的单元。左侧 unit cell frame 单胞框架：Style：选择 Solid 或者 dashed 样式，Width：线宽依赖于分辨率，所以为了在高分辨率打印或输出图片有一个较好的线宽，其值设置应小于 1 pt；Colour：颜色多选按钮：用户可以选择显示一个居中的单胞或者多个单胞；对于 densely-packed 结构，单胞框架会变得隐藏，应该关闭 Atom overlap correction。单胞框架会叠加到结构上。Label Edges 选项添加标注到 x(A),y(B),z(C)。右侧 axial vectors 坐标轴矢量：为了确定晶体的位向，用户可以显示一组平行于结构晶体学坐标轴的坐标。这个坐标轴矢量显示在图片窗口的左下角。矢量的颜色和标注，在 xyz 和 abc 按钮之间选择一个，作为坐标标注；为三个轴选择新的颜色；（5）label 原子标注Crystalmaker 提供自动的原子标注，这些标注还会随结构的转动而移动。标注会以高亮的颜色显示(黑色或白色)，以和背景颜色形成对比。29Type：标注的类型Auto number 原子数：例如 0,1,2Chemical e