高通量测序简介.pptx
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1、高通量测序技术高通量测序技术2017年年3月月21号号主要内容n一、高通量测序简介n二、Solexa和Semiconductor测序原理n三、高通量测序部分应用n高通量测序(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序(“Next-generation”sequencing),可一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序;n可以对一个物种的基因组和转录组进行深入、细致和全貌的分析,所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。一、高通量测序简介高通量测序的发展1992年Lynx Therapeutics MPSS2003年Polony Sequencin
2、g(哈佛)2005年454 Pyrosequencing2006年Solexa Sequencing-By-Synthesis2007年ABI SOLID2008年Helicos tSMS Sequencing2009年Ion Torrent Semiconductor Sequencing2011年Picfic Biosciences SMRT Sequencing高通量测序的主要代表平台有:p罗氏的(Roche)的454测序仪(Roche GS FLX sequencer);pIllumina的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer);pABI的SOLi
3、D测序仪(ABI SOLiD sequencer);pThermo Fisher的离子半导体测序仪(Ion Semiconductor sequencer).Illumina solexa文库制备二、Solexa和Semiconductor测序原理Lane 1Lane 2Lane 8.TileEach lane contains 2 columnsEach column contains 60 tilesEach tile is imaged 4 times per cycleFLOWCELL簇生成,模板变性OHOHflowcelldiol P7 P5 dioldiolTemplate hyb
4、ridizationdioldiol Initial extensiondioldiol Denaturation桥式扩增dioldiol1st cycle denaturation1st cycle annealingdioldioln=301st cycle extensiondioldioldioldiol2nd cycle denaturation2nd cycle annealingdioldioldioldioldioldiol2nd cycle extensionclusters并行合成测序法(SBS,SEQUENCING-BY-SYNTHESIS)和可逆性末端终止技术(REVE
5、RSIBLE TERMINATOR CHEMISTRY)CAGTCATCACCTAGCGTA5GTCAGTCAGTCAGT35First base incorporatedCycle 1:Add sequencing reagentsDetect SignalCleave Terminator and DyeCycle 2-n:Add sequencing reagents and repeat信号收集读取碱基序列在测序过程中,每种碱基被激发后都会发出特殊波长的荧光在每个循环过程中每一个簇只对应一张图像测序通量读 长测序时长数据量2150bp29h100-200GB275 bp18h50-80
6、GB175 bp11h25-30GB适用范围全基因组测序、全外显子测序、转录组测序特 点高通量、灵活性、简便NextSeq 500测序通量读 长测序时长数据量275bp24h3.3-3.8GB2150bp24h4.5-5.1GB2250bp39h7.8-8.5GB2300bp55h13.2-15GB适用范围靶向测序、小基因组测序、靶向基因表达分析特 点唯一一台在单次运行产生2x300 bp双端reads的测序仪。MiSeqIllumina 测序平台展示测序通量读 长测序时长数据量2150bp1-3.5d1300-1500GB175 bp650-750GB150 bp215-250GB适用范围全
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