支气管扩张病原微生物的特征及宏基因组学第二代测序技术在病原微生物检测中的应用研究.pdf
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1、中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生 收稿日期:2023 年 12 月 21 日 作者简介:刘庆(1982),男,汉族,四川人,本科,主治医师,研究方向为支气管扩张。-140-支气管扩张病原微生物的特征及宏基因组学第二代测序技术在病原微生物检测中的应用研究 刘 庆 李 丽 百色市人民医院,广西 百色 533000 摘要:摘要:目的 探究宏基因组学第二代测序技术(mNGS)在支气管扩张病原微生物特征。方法 选取我院 2022.12022.12 收入支气管扩张患者 180 例,分别展开痰液、肺泡灌洗液以及 mNGS 检测,分析病原微生物特征及 3 种方式检出率。结果 180 例患者中痰液检出菌群
2、62 株、肺泡灌洗液 54 株、mNGS 为 152 株,其中 mNGS 检测出病原菌种类较多,在痰液、肺泡灌洗液中检出铜绿假单胞菌分别为 21 株、29 株,mNGS 为 21 株,mNGS 中总计检出病毒47 株;mNGS 在不同病原体的整体检出数量高于高于痰液、肺泡灌洗液,其中革兰阴性菌、真菌检出上存在差异性,P0.05。结论 支气管扩张患者病原微生物组成中已革兰氏阴性菌为主,相比较痰液与肺泡灌洗液,采取宏基因组测序能提高多菌感染检出,有助于临床选择合理的抗菌药物治疗,值得应用。关键词:关键词:支气管扩张;病原微生物;宏基因组学;检测 中图分类号:中图分类号:R446 0 引言 支气管扩
3、张是一种不可逆的慢性呼吸道疾病,若合并肺部感染,将造成肺功能衰竭,死亡率极高。若广泛应用于临床,会造成细菌的抗药性增加,病原菌种类改变,造成肺部感染的预防和治疗难度增加1。目前临床上常用的致病菌检测技术包括痰培养、血液培养、染色及血清学等,这些技术都面临着培养周期长,检测灵敏度低,检测时间长等问题。但是,在病害发生后,如何对病原体进行快速、精确的分析是防治病害的关键所在2。元基因组二代测序(mNGS)技术是目前应用最为广泛的一种诊断技术,利用二代测序技术,能够实时获取样本中的 DNA 片段序列,并对其进行生物信息学分析和比对,能够实时地发现样本中的微生物种类和序列数目3。在临床上,mNGS 可
4、以实现对难以培养或不易培养的病原微生物的快速、无偏见的检测,还可以实现细菌、真菌、病毒、寄生虫等多种疾病的鉴别。是一种新型的、罕见的、非典型的、非典型的感染性疾病的病原体鉴别方法。当前,mNGS 已被广泛应用于各种疾病的病因学检测,并具有较高的检测效率4。本文对二代元基因组测序技术在临床上的应用进行了简要的介绍,并对二代元基因组测序技术在临床上的应用进行了综述。1 资料与方法 1.1 一般资料 本研究选择 180 名住院病人作为研究对象,其入选条件为:(1)根据其临床特征,并满足中国成人支气管扩张症诊断与治疗专家共识4的诊断条件;(2)对电子支气管镜术有一定的适应能力。排除条件:(1)合并有较
5、重的心血管病、肺、循环功能障碍,对支气管镜术有较强的抵抗力;(2)患有不能合作的严重心理疾病的病人;(3)同时伴有诸如胸水等其它肺病;(4)有任何不能行支气管镜术的病人。该试验得到了道德委员会的认可。1.2 方法 1.2.1 血清学检测 在治疗前,要求患者在清晨采集患者的第一口痰液、肺泡灌洗液,做菌落培养、涂片检查、抗酸染色,并做早期血清学检查,并抽取血液进行病原学检查,包括抗酸杆菌 DNA 定量、呼吸道病原体 IgM 抗体。1.2.2 传统病原学检查和 mNGS 支气管肺泡灌洗液样本的收集:在进行手术之前,全部病人都按照手术的标准进行了常规的检测,并且在住院后的 4872 小时之内,对病人进
6、行了纤维支气中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生-141-管镜的检查,并且对检查过程中的脉搏、血氧饱和度、呼吸等生命参数进行了监控。用 1%的利多卡因,将患者的喉咙和肺部注射,吸入氧气,然后进入内窥镜,将 10-25 ml 的灌洗液储存在 4下。全部病例均在支气管镜下进行肺泡灌洗,并收集支刷物和肺泡灌洗两份,分别送到实验室做常规的细菌培养和细菌培养。对被检测的 mNGS 样品的采集、运输和保存均严格按照公司和检验所制定的规程进行。由于本课题所用的 mNGS 只测定了 DNA 序列,所以并没有包含 RNA 病毒。1.3 统计学处理 采用SPSS 22.0 统计软件,计量资料用s表示,采用 t 检
7、验,计数资料用百分比表示,采用2检验,P0.05 为差异有统计学意义。2 结果 2.1 病原微生物分布情况 在 180 名病人的痰液中,共发现 62 株细菌,54株肺泡灌洗液,153 株 mNGS,其中 mNGS 所发现的致病菌类型很多,其中痰液中有 21 株铜绿假单胞菌,肺泡灌洗液中有 29 株,mNGS 中有 21 株,mNGS 共发现了 47 株病毒。详见表 1。2.2 3 种检测方法针对不同病原体的检出率比较 mNGS 在各种病原体的总体检测值比痰液、肺泡灌洗液要高,而在革兰阴性菌和真菌的检测值上也有一定的差别,P0.05。见表 2。3 讨论 支气管扩张症的发生,是因为病人出现了气道结
8、构的变化,而肺部的细菌很容易在病人体内进行定植,从而产生了一个炎症环境,从而导致了机体的免疫功能失调,从而导致了肺部感染的发生和进展5。由于已知病原体发生变异,新病原体层出不穷,再加上常规病原体的局限和抗生素的不合理应用,给该病的防治带来了困难。因哮喘病人多伴发肺部感染,临床常用抗生素,但在使用前对其进行快速有效的病原菌检测是关键6。表 1 病原微生物分布情况 菌株 痰液 肺泡灌洗液 mNGS 革兰阴性菌 铜绿假单胞菌 21 29 21 鲍曼不动杆菌 2/2 肺炎克雷伯杆菌 11 5 5 流感嗜血杆菌 2 2 30 大肠埃希菌 5 1 2 革兰阳性菌 肺炎链球菌 1 1 7 金黄色葡萄球菌 1
9、 3 2 萜烯诺卡菌/1/真菌 烟曲霉 2 2 6 黄曲霉 1 2 1 米曲霉 2/白色念珠菌 6 2 6 光滑假丝酵母菌 3/热带假丝酵母菌 1 1/克柔假丝酵母菌 1/病毒 鼻病毒/5 流感病毒/15 人类冠状病毒/3 人类疱疹病毒/24 结核分枝杆菌 结核分枝杆菌/3 病原微生物 肺炎支原体/2 其他 3 5 19 表 2 3 种检测方法针对不同病原体的检出率比较(例,%)组别 革兰阴性菌 革兰阳性菌 真菌 病毒 其他 痰液(n=62)41(66.13)2(3.23)16(25.81)/3(4.84)肺泡灌洗液(n=54)37(68.52)5(9.26)7(12.96)/5(9.26)m
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