LsABF4基因在叶用莴苣抽薹中的作用分析.pdf
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1、北京农学院学报2 0 2 4,39(2):49-55Journal of Beijing University of Agriculturehttp:/doi:10.13473/ki.issn.1002-3186.2024.0201LsABF4基因在叶用莴苣抽墓中的作用分析朱俊萱+,邹小丽+,朱嘉齐,王惠玉,刘超杰,韩莹琰,郝敬虹*(农业应用新技术北京市重点试验室/植物生产国家级实验教学示范中心/北京农学院植物科学技术学院,北京10 2 2 0 6)摘要:【目的】探明LsABF4基因在叶用莴苣高温诱导抽墓过程中的作用机制,为将来培育抗抽墓叶用莴苣品种提供理论支持。【方法】以易抽墓叶用莴苣品种G
2、B-30为材料,采用同源克隆的方法克隆出LsABF4基因,运用生物信息学软件和网站在线对基因进行比对、分析和预测编码的氨基酸序列构成、蛋白质结构等,通过病毒诱导基因沉默技术分析LsABF4基因在叶用莴苣抽墓中的作用。【结果】LsABF4基因的CDS序列全长为9 7 8bp,共编码32 5个氨基酸,蛋白相对分子量为358 8 5.2 1Da,理论等电点值为9.47,不稳定指数为48.9 6,该蛋白为不稳定蛋白,蛋白平均疏水指数为一0.9 39,是亲水蛋白;该转录因子含有bZIP_plant_BZIP46保守结构域,并且其高级结构主要由螺旋和无规则卷曲两种结构组成;对基因LsABF4瞬时沉默后,分
3、析茎长测量数据发现,沉默组植株茎长明显高于对照组和空载组。通过石蜡切片技术对茎尖花芽分化的情况进行观察分析,结果呈现出对照组和空载组的植株茎尖生长点呈锥形,花芽尚未分化,而沉默组植株茎尖生长点呈扁平状,已进人花芽分化期。表明通过病毒诱导技术对LsABF4沉默可以促进叶用莴苣抽墓。【结论】LsABF4基因是典型的ABF转录因子,具有ABF蛋白家族的功能,对叶用莴苣抽掌过程起抑制作用。关键词:叶用莴苣;LsABF4;抽;瞬时沉默中图分类号:S636.2文章编号:10 0 2-318 6(2 0 2 4)0 2-0 0 49-0 7 文献标志码:AAnalysis of the role of Ls
4、ABF4 gene in bolting of leaf lettuceZHU Junxuan+,ZOU Xiaoli+,ZHU Jiaqi,WANG Huiyu,LIU Chaojie,HAN Yingyan,HAO Jinghong(Beijing Key Laboratory of New Technology in Agricultural Application/National Demonstration Center for Experimental PlantProduction Education/College of Plant Science and Technology
5、,Beijing University of Agriculture,Beijing 102206,China)Abstract:Objective To explore the mechanism of LsABF4 gene in the process of high temperature induced bolting of leaf let-tuce,and to provide theoretical support for the cultivation of anti-bolting leaf lettuce varieties in the future.MethodsTh
6、eLsABF4 gene was cloned by homologous cloning using the lettuce variety GB-30 for easy bolting leaves.Bioinformatics soft-ware and website were used to compare,analyze and predict the encoded amino acid sequence and protein structure of the gene.The role of LsABF4 gene in leaf lettuce bolting was an
7、alyzed by virus induced gene silencing technique.ResultsJ The totallength of the CDS sequence of LsABF4 gene was 978 bp,encoding 325 amino acids,the relative molecular weight of the pro-tein was 35 885.21 Da,the theoretical isoelectric point value was 9.47,and the instability index was 48.96.This pr
8、otein wasan unstable protein,and the average protein hydrophobic index was-0.939,which was a hydrophilic protein,The transcrip-tion factor contains the conserved domain of bZIP_plant_BZIP46,and its higher structure is mainly composed of a helix andrandom coil.After instantaneous silencing of LsABF4
9、gene,analysis of stem length measurement data showed that stem lengthof plants in silent group was significantly higher than that in control group and vector group.The results showed that the收稿日期:2 0 2 4-0 2-15基金项目:国家自然科学基金面上资助项目(32 0 7 2 56 0);北京市自然科学基金-教委联合重点资助项目(K Z2 0 2 310 0 2 0 34);北京市种质创制和品种选
10、育联合攻关项目(G20220628003)第一作者:朱俊萱(2 0 0 3一),女,黑龙江哈尔滨人,研究方向为园艺,E-mail:32 9 349 2 2 0 2 q q.c o m邹小丽(2 0 0 0 一),女,广西南宁人,硕士研究生,研究方向为蔬菜生理与分子生物学,E-mail:通信作者:郝敬虹(19 8 0),女,山东济宁人,教授,博士,研究方向为蔬菜生理与分子生物学,E-mail:h a o j i n g-50growth points of the stem tips of the blank control group and the negative control grou
11、p were conical,and the flower buds werenot differentiated,while the stem tips of the experimental group were flat,and the flower buds had entered the differentiationstage.The result indicated that the silencing of LsABF4 by virus induction technique could promote bolting of leaf lettuce.ConclusionJ
12、LsABF4 gene is a typical ABF transcription factor,which has the function of ABF protein family and can inhibitthe bolting process of leaf lettuce.Keywords:leaf lettuce;LsABF4;bolting;instantaneous silence叶用莴苣(Lactuca sativa L.),菊科莴苣属,一、二年生的半耐寒蔬菜,俗称生菜,原产于欧洲地中海沿岸,作为一种常见的蔬菜,有广泛的种植面积和市场需求。由于叶用莴苣喜欢冷?的生长环
13、境,在夏季高温条件下极易抽墓,导致产品品质和产量的降低,影响其商业价值。迄今为止,叶用莴苣因高温而引发提前抽墓的机制尚不完全明确。因此对叶用莴苣夏季抗抽墓性的提高和调控其抽墓机制,并制定相应的科学管理措施,对叶用莴苣抗抽墓性的发展具有重大意义。脱落酸(abscisic acid,ABA)是植物相应非生物胁迫的重要信号分子,在植物的抽墓过程中起关键作用2 。脱落酸响应元件结合因子(abscisic acid(ABA)-responsive element binding factors,ABFs)是bZIP转录因子的一个亚族,在植物体内功能涉及响应ABA和非生物胁迫3。近年来,已经相继从许多种植
14、物中获得了AREB/ABF转录因子的基因序列4。且前人研究表明,ABF基因对植物的抗性和对逆境适应性的提高起重要的作用。例如在烟草中,过表达NtABF1和NtABF2基因可以增强植株对抗非生物胁迫的能力5;过表达拟南芥AtABF3后,转基因紫花首藉耐盐和抗氧化能力显著提高6 。目前有关叶用莴苣ABF基因影响抽墓方面的研究尚有空白。因此,该研究以易抽墓叶用莴苣品种GB-30为材料,克隆得到ABF转录因子基因LsABF4,通过生信网站和软件多种方式进行序列比对、预测编码等生物信息学分析,采用病毒诱导的基因沉默方法,旨在探究LsABF4基因影响叶用苣抽的分子机制,为今后叶用莴苣抗抽品种培育奠定坚实基
15、础。1试验材料及方法1.1植物材料于2 0 2 2 年11月16 日在北京农学院蔬菜种业创新与高效利用科研团队实验室进行。试验材料为实验室保存编号的易抽墓生菜品种GB-30,选取饱满种子约30 0 颗,清水浸泡3h,随后将其均匀平铺于培养皿上的湿润滤纸上,使其在常温黑暗环北京农学院学报境下萌发直至露白。然后将种子播种在7 2 孔的育苗穴盘中培养生长。待多数幼苗生长至3叶1心阶段时进行第一次筛选,去除受其他因素影响而未发育好的植株,将剩余幼苗移栽至直径为10 cm的营养钵中。当幼苗生长至5叶1心时进行第二次筛选,取长势良好且大小一致的幼苗进行TRV病毒侵染沉默处理。培养条件为:昼夜温度为2 0/
16、13;光照时长为14h;黑暗时长为10 h;相对湿度保持在6 0%7 0%。以处理当天为第0 天,处理后第0、8、16、2 4、32 天观察取样,重复3次,保存于一8 0 冰箱。1.2提取RNA与反转录提取叶用莴苣叶片和茎尖中总RNA的过程参照TIANGEN植物总RNA提取试剂盒说明书,通过1%的琼脂糖凝胶电泳对提取获得的RNA进行质量检测,使用NanoDrop2000对浓度进行测定。合成cDNA第一链的过程参照全式金反转录试剂盒说明书,并将得到的cDNA样本储存于一2 0 冰箱中,用于后续的LsABF4基因克隆。1.3叶用莴苣LsABF4基因全长及沉默片段克隆从NCBI中查找得到LsABF4
17、的CDS区序列,并以此为模板在线设计用于体外克隆的引物LsABF4-F/R(表1),通过 Snap Gene工具确定叶用莴苣LsABF4基因沉默的靶基因区域,从中选取400bp的序列片段,在其两端插入KpnI同源臂序列设计沉默片段引物Vigs-LsABF4-F/R(表1)。以叶用莴苣cDNA为模板,使用诺唯赞高保真酶扩增LsABF4基因全长CDS及靶基因片段。1.4叶用莴苣LsABF4生物信息学分析对基因的开放阅读框架分析采用NCBI OR-Ffinder;使用ProtParam对基因的理论等电点、相对分子量和蛋白质氨基酸种类进行比对分析;用NCBI蛋白BLAST搜索同源序列;蛋白质二级结构的
18、预测采用 NPS-SOPMA;通过 NCBI CD-Search搜索分析蛋白质的保守结构域;用 Cell-PLoc2.0对亚细胞进行定位;信号肽用SignalP5.0分析;利用WISS-MODEL预测蛋白质的三维结构;在BioXM2.6中获取LsABF4编码的氨基酸序列后,通过使第39 卷2024年第2 期引物名称Name of primerLsABF4-FLsABF4-RVigs-LsABF4-FVigs-LsABF4-RLsABF4-qFLsABF4-qR18S-F18S-RpTRV2-FpTRV2-R用Blast工具在NCBI数据库中获取不同种属的ABF氨基酸序列,并对其进行比较分析,最
19、后利用MEGA11.0软件构建LsABF4系统进化树。1.5VIGS介导叶用莴苣LsABF4基因沉默1.5.1VIGS载体的构建使用单酶切法,KpnI酶单切pTRV2载体,使其线性化,诺唯赞重组酶同源重组40 0 bp序列片段与线性化载体,转化入大肠杆菌后,菌落PCR进行鉴定与测序,将序列比对正确的重组质粒pTRV2-LsABF4转化入农杆菌GV3101,摇菌制备侵染液。1.5.2农杆菌侵染设置3个处理组:1.对照组,仅注射清水,以排除试验过程中其他因素的影响;2.空载组,将pTRV2空载体与pTRV1空载体按照1:1的比例混合后注射,用于矫正载体本身可能带来的影响;3.沉默组,将pTRV2-
20、LsABF4与pTRV1空载体以1:1的比例混合后注射。采用5mL无菌注射器在生菜叶片背面将菌液注入,注射完成后,置于计算机温室中进行培养和观察,培养条件为:昼夜温度在2 0/13;光照时长为14h;黑暗时长为10 h;相对湿度保持在6 0%7 0%。1.5.3植株表型观察及检测为观察植株外观形态变化,以侵染处理当天作为第0 天,每8 d观测 1次植株茎长。在注射2 1d后,提取注射后植株新长出的叶片的RNA,以反转录所得的cDNA为模板,使用通用引物pTRV2-F/R(表1)进行PCR克隆,以检测TRV病毒是否成功导人植株。1.5.4基因沉默效果检测用qRT-PCR法对叶用莴苣LsABF4基
21、因沉默效果进行检测,内参基因选取叶用莴苣18 SribosomalRNA,查阅相关资料以设定荧光引物LsABF4-qF/qR(表1),设置3个朱俊萱等:LsABF4基因在叶用莴苣抽薹中的作用分析表1研究中使用的引物及其序列Tab.1 Primers used in the study and their sequences引物序列(5-3)Sequenceofprimer(5-3)CATCTCTAGCTCGCCAGTCACCTAGTGTCGGTCGTCTCTCcctccatggggatccggtaccTATAGGAGGAGTTGATTCAAATGTGGgagacgcgtgagctcggtacc
22、CTCCTTCTGTCTCTTAAGTCTTTCGTTGTTTTTCCTCTTCGGAGGGTTGTCTTGCCAATCCATCTGGTGTGAGTGAAGAAGGGCAATGCACTTCAACCCGATTCACCTGGGAGATGATACGCTGTTCGTGTCTGAAGTTTTAGGTT51引物功能Primerfunction克隆克隆荧光定量荧光定量测序生物学重复和3个技术重复以排除其他因素影响,利用 2-AACt 法对检测基因相对表达量进行计算。1.5.5植株茎尖花芽分化观察茎长观测第2 4天出现明显表型差异后,对叶用莴苣茎尖取样,每个处理各3 株,取其茎尖部位快速放入现配的FAA固定液
23、(38%甲醛5mL,冰醋酸5mL50%乙醇9 0mL配制而成)中,将材料脱水透明处理,然后装人蜡屑包埋浸蜡,使用切片机切片,在温水中展片,烘干后进行染色处理,切片制成后使用荧光正置显微镜观察观察并拍照分析结果。1.6数据处理试验数据采用Excel2016软件进行录人和整理,通过使用IBMSPSSStatistics22软件,应用单因素方差分析法进对不同处理间均值的显著性差异比较分析(P0.05,D u n c a n),并利用AdobePhotoshop 2022和Excel 2016软件作图。2结果与分析2.1叶用莴苣LsABF4基因克隆如图1所示,提取叶用莴苣茎尖RNA并反转录为cDNA,
24、设计引物扩增LsABF4基因CDS区域。LsABF4基因 CDS序列全长为 9 7 8 bp,RT-PCR结果(图1中18)与 NCBI中数据一致。2.2LSABF4蛋白理化性质分析及亚细胞定位预测利用ProtParam网站分析结果表明该基因编码的蛋白质由32 5个氨基酸组成,蛋白相对分子量和理论等电点分别为358 8 5.2 1Da和9.47,不稳定指数为48.9 6,属于不稳定蛋白。蛋白质平均疏水指数为一0.9 39,是亲水蛋白。通过TMHMM对蛋522 000 bp1.500 bp1 000bp750bp500bp250bp-100 bp-M.DNA标准DL2000;18.LsABF4基
25、因克隆结果图1LsABF4基因PCR扩增电泳图M.DL2000 DNA marker;1-8.LsABF4 gene clone resultsFig.1 PCR amplification electrophoresis of LsABF4 gene白质信号肽的分析,发现LsABF4蛋白没有信号肽及跨膜结构,可以推断出该蛋白不属于分泌蛋白。通过Cell-Ploc2.0亚细胞定位预测结果显示,LsABF4蛋白定位于细胞核中,表明LsABF4蛋白可能在细胞核内发挥其生物学功能。2.3LsABF4转录因子结构分析通过使用NCBI CD-search对蛋白质的保守结构分析,发现LsABF4蛋白中含有
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