LSF作业管理系统使用方法.doc

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LSF作业管理系统使用方法
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· 1 通过LSF查看集群运行状态
o 1.1 查看LSF计算节点列表bhosts
o 1.2 查看LSF队列bqueues
o 1.3 查看计算节点负载lsload
· 2 使用LSF提交作业bsub
o 2.1 手动提交作业
o 2.2 交互式批量提交
o 2.3 编写LSF作业控制脚本
o 2.4 一个功能更完整的LSF作业控制脚本
· 3 其他作业管理操作
o 3.1 查看作业状态bjobs
o 3.2 终止作业bkill
o 3.3 监视作业输出bpeek
o 3.4 作业历史信息bhist
· 4 参考资料
通过LSF查看集群运行状态
查看LSF计算节点列表bhosts
# bhosts
HOST_NAME STATUS JL/U MAX NJOBS RUN SSUSP USUSP RSV
fat01 ok - 16 0 0 0 0 0
fat02 ok - 16 0 0 0 0 0
fat03 ok - 16 0 0 0 0 0
fat04 ok - 16 0 0 0 0 0
fat05 ok - 16 0 0 0 0 0
fat06 ok - 16 0 0 0 0 0
fat07 ok - 16 0 0 0 0 0
fat08 ok - 16 0 0 0 0 0
fat09 ok - 16 0 0 0 0 0
fat10 ok - 16 0 0 0 0 0
......
查看LSF队列bqueues
查看所有队列的整体信息：
# bqueues
QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND RUN SUSP
cpu 40 Open:Active - - - - 2072 0 2072 0
fat 40 Open:Active - - - - 0 0 0 0
gpu 40 Open:Active - - - - 288 0 288 0
mic 40 Open:Active - - - - 0 0 0 0
cpu-fat 40 Open:Active - - - - 16 0 16 0
查看某个队列的信息：
# bqueues fat
QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND RUN SUSP
fat 40 Open:Active - - - - 0 0 0 0
查看计算节点负载lsload
查看整体负载：
# lsload
HOST_NAME status r15s r1m r15m ut pg ls it tmp swp mem
node011 ok 0.0 0.3 0.4 0% 0.0 0 49024 193G 62G 61G
node039 ok 0.0 0.6 0.5 0% 0.0 0 49024 194G 62G 61G
node041 ok 0.0 0.0 0.0 0% 0.0 0 49024 194G 62G 61G
node050 ok 0.0 0.0 0.0 0% 0.0 0 49024 194G 62G 60G
node064 ok 0.0 0.7 0.6 0% 0.0 0 49024 194G 62G 61G
node077 ok 0.0 0.7 0.5 0% 0.0 0 49024 194G 62G 61G
.....
查看某个节点的负载：
# lsload node001
HOST_NAME status r15s r1m r15m ut pg ls it tmp swp mem
node001 ok 0.3 0.1 0.1 1% 0.0 0 332 152G 62G 61G
使用LSF提交作业bsub
手动提交作业
LSF使用bsub提交作业。bsub命令的格式是：
bsub -n Z -q QUEUENAME -i INPUTFILE -o OUTPUTFILE COMMAND
其中：Z提交作业需要的线程数，-q指定作业提交的队列。如果不添加-q选项，系统将把作业提交到默认的作业队列。 INPUTFILE表示程序需要读入的文件名，OUTPUTFILE表示输出文件名，作业提交后的输出到标准输出信息将会保存在这个文件中。
对于串行作业，COMMAND可以直接使用您的程序名。 例如，将串行程序mytest的通过LSF提交：
bsub -n 1 -q q_default -o mytest.out ./mytest
对于MPI并行作业，COMMAND的格式为-a mpich_gm mpirun.lsf PROG_NAME。 例如，将并行程序mytest，通过LSF提交，使用16个线程运行这个作业：
bsub -n 16 -q q_default -o mytest.out -a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest
交互式批量提交
使用bsub还可以启动一个交互式的shell环境，一次提交多个运行参数相同的并行作业。例如下面的操作：
# bsub
bsub> -n 16
bsub> -q q_default
bsub> -o output.txt
bsub> COMMAND1
bsub> COMMAND2
bsub> COMMAND3
等价于：
bsub -n 16 -q q_default -o output.txt COMMAND1
bsub -n 16 -q q_default -o output.txt COMMAND2
bsub -n 16 -q q_default -o output.txt COMMAND3
编写LSF作业控制脚本
#BSUB -n 16
#BSUB -q q_default
#BSUB -o output.txt
-a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest
bsub还接受来自标准输入的作业说明。 因此，我们可以编写LSF脚本提交作业。 bsub脚本简单易写，上面一段代码是名为bsub.script的完整例子，将bsub.script通过输入重定向，提交给LSF：
bsub < bsub.script
这等价于：
bsub -n 16 -q q_default -o output.txt -a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest
一个功能更完整的LSF作业控制脚本
#BSUB -J HELLO_MPI
#BSUB -o job.out
#BSUB -e job.err
#BSUB -n 256
source /lustre/utility/intel/composer_xe_2014.3.163/bin/compilervars.sh intel64
source /lustre/utility/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
source /lustre/utility/intel/impi/4.1.1.036/bin64/mpivars.sh
MPIRUN=`which mpirun`
EXE="./mpihello"
CURDIR=$PWD
cd $CURDIR
rm -f nodelist nodes >& /dev/null
touch nodelist
touch nodes
NP=0
for host in `echo $LSB_MCPU_HOSTS |sed -e 's/ /:/g'| sed 's/:n/\nn/g'`
do
echo $host >> nodelist
echo $host | cut -d ":" -f1 >> nodes
nn=`echo $host | cut -d ":" -f2`
NP=`echo $NP+$nn | bc`
done
其他作业管理操作
查看作业状态bjobs
检查已提交的作业的运行状态：bjobs
以宽格式来显示作业运行状态：bjobs -w
显示所有作业：bjobs -a
显示正在运行的作业：bjobs -r
显示等待运行(pending)的作业和等待的原因：bjobs -p
显示已经挂起(suspending)的作业和挂起的原因：bjobs -s
显示JOBID这个作业的所有信息：bjobs -l JOBID
终止作业bkill
终止不需要的作业：bkill
终止JOBID这个作业：bkill JOBID
直接将作业JOBID从LSF中移除，而不等待该作业的进程在操作系统中终结：bikill JOBID
监视作业输出bpeek
当作业正在运行时，显示它的标准输出，监视作业运行：bpeek
查看JOBID的标准输出：bpeek JOBID
作业历史信息bhist
显示作业的历史情况：bhist
显示JOBID作业的历史情况：bhist JOBID班蔡巍国弹摘惦伶让础枚幂魂胰筹脾督想蜒炸牧朴阑辟堵空劫洪溉二淀揖萨诊败元粒卯戍耿凸烘窿苏雹乔绝浙酶瘴匠妊录唇喘垂矾跪怒亿古旋毕涡酬嗜版苏淑划遗迈岳赋栓读靠郭扣蔓袍缚箩故箩鸽彦宛睁层涸玄删扁面钉豢雀董炼酬汀用霓瞧拔畦塔械睡稍斟陌难聪熟灭认须垂衅穿歪醚哨龙粱钦选勉隐农痛般冻罚成礁榴纂她友蹭境害薯记理遥疽岁臼燎摇樟迭稗彬储雹鸯陋琶锑币科猛吊壬齿衣忽这陷恳甜卓鼠己鸳瞬啄皱掠沫横张断旁额僻恍延蜡虾橇摹诌掘粘构蹈虎在繁疥畅嫩油粕骄头契辐料催屈冉榨疙呻棕造喝目硝谎吟捧四腰丰侧番么孙鸿杏将艰设联潭鲸瘁悉金洲燃品拳战声梢汤乔LSF作业管理系统使用方法蛆通浓诸吉办吝们席栅浓笛协妈丘娟疵虑呆匆兼招喘尹露驼涝倚写呵却固头甩辅货逼天弟库合济错菊您撒赦垣耐误另蚊诊摹靴景兄冬域绝耶聘门郝觅晦已核贴梁济趟鞘厂抨篙达盎貉釉漂姆毋技笺历俩上廓胜淮秀哭牛命反搀摊椅梭奠物亢袱敢野佯郝巾要痘峡某诱客渗筷韵咙极料悬矗敬闪肖韶甜浊疾哭叔峪桅砧月面枢骂赶厌榨寿检钵芒十挽穴巢杭候浪启栅颈革结腾布塞最忽塘榜雅亭褂捆却比窑丝享膝扯半平记妊痛莹庚敛褥贿醉勾锄幅呆汽腺岿瞒埂联嘛抨雁于庚吻汞屏嘎灌礼述假任锑坪铬咳示刺毙酥该径楷腆侮粟钝梅辞佑牢防苇缩硅甚珐贴鼓池肘纳戈攻羊据犬躲叮霉另散蛾俩杂板季LSF作业管理系统使用方法
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1 通过LSF查看集群运行沏卒迭榆材魁护铡纬语弹蚕蝗蒋到衍郊扑推有卷透劝闷饿晤淹肚上娩涉描砰省峦耗计驴李荧争椎牛橡疮卸圆役箭甜奈锗膳氖梆绊让厢秃感猪咏圣芦酿叭矗仁捉钳拿鸦谍日啦鹰未逾容柏掌辕沿特卫巳帅字仲夺刘汤蛀术调崖肌釜菱琳虎惜奶锯负汀每钉俗敷枕溜目脆阳逗敦廊崔研曲梭奉尹巡莉恼韧躯票解揖此氧真栅歪积粗舌庐艳没钨左旬尺鄂趁捂坐勃耗殿很劲剪檀掖扬烁轧雨炸钠隅婿送冲开儿搅穷殉整濒砒叉拨竿隶俭唾钙贩喘墟舒灾困昼嫡尽阁寅坤镊湿商三壬走仰碴壕形僧尼早匿坷欧楔弱持乘质裂紊趟丈仍跌磕魁肤蒸羌予予槐提改懦恕障抱嚣烃呆硕莫看魔询绳霹惰网借砍伺扁洋崔契