生物信息学分析方法介绍省公共课一等奖全国赛课获奖课件.pptx

生物信息学分析方法介绍葡萄基因查询与分析第1页引言 20世纪后叶现代生物科学尤其是分子生物学取得了一系列突破性成就，使得生命科学在自然科学体系中位置发生了革命性变化，成为二十一世纪带头学科。葡萄作为世界第二大水果，葡萄不仅有许多优良生产特点，而且独具很多生产发展优势。一旦数据库中拥有了葡萄全基因组参考序列信息，再对其不一样种重测序就将变得十分便捷和廉价。这将为生物科学家揭示各种生物体遗传、发育、疾病、进化机制打开科学之门。第2页基础知识惯用氨基酸密码5到3：起始密码ATG终止密码TGA TAA TAG3到5 ：起始密码CAT终止密码TCA TTA CTA 反向互补第3页工具网站葡萄基因检索对比网站http:/s.fr/cgi-bin/blast_server/projet_ML/blast.pl翻译工具http:/web.expasy.org/translate/功效分析工具http:/prosite.expasy.org/scanprosite/第4页在NCBI中搜索目标基因在此输入第5页如搜索CO基因第6页选取目标功效区1.在筛选结果依据该物种于目标物种（如葡萄）亲缘关系（如同界，同科）2.直接选取CDS区，复制于word文档下待用a)或在Analyze this sequence下，点击Run BLAST对比寻找，然后选取CDS区，复制于word文档下待用b)如仍未找到适当目标区段，则重复第1步3.屡次筛选找到适当目标CDS区，复制于Word下，去除数计，标明物种起源和公布机构第7页在葡萄基因网站下贴入基因片段进行比对分析第8页对比分析依据我们筛选基因区段于葡萄基因库对比分析结果普通似度大于200最少在80以上假如存在，统计基因号以及详细区段号码然后在葡萄基因网站下Browser中检索出对比过葡萄基因片段，复制语翻译工具中翻译第9页基因扩增点击扩增第10页翻译在此贴入（基因序列）第11页筛选筛选依据选择右上方mRNA物种核酸或核苷酸长度提交机构第12页翻译结果第13页起始与终止密码获取技巧采取重复翻译法 将基因片段直接贴入翻译工具中翻译，三个碱基翻译一个蛋白质，需要注意是明确翻译方向和翻译起始位。先跟据翻译结果粗略剪切（Ctrl+X）,此处不能直接删除，利用剪切假如剪切过多能够复制（Ctrl+V）恢复原序列。如此重复剪切13次，此时翻译结果中距离起始或终止密码只剩个数位蛋白质，数清蛋白质个数然后乘以三，进行准确删除。最终依据翻译方式和起始和终止密码，在开始或末尾删除多出一个或两个碱基，得到准确基因序列。第14页翻译区段处理翻译方式53 Frame 1 53 Frame 2 53 Frame 3 35 Frame 1 35 Frame 2 35 Frame 3寻找起始密码Met和终止密码Stop，如在任意翻译方式中同时存在起始和终止密码，且翻译区段有一定长度。则原网页返回改用第二种翻译方式，然后选取翻译区段复制于功效分析网站，进行可行性分析。假如翻译序列中一端缺乏起始或终止密码，则在葡萄网站中向前或向后扩展，常扩展数为300，然后继续翻译和可行性分析。第15页可行性分析在此贴入第16页分析结果处理假如有功效区，则留用该基因，而且删除无用葡萄基因序列，复制删后基因片段属于葡萄基因网站确定基因准确位置整理葡萄基因位置，详细区段碱基序列，翻译蛋白质序列和可行性分析图于文档中保留。第17页第18页