生物信息学基础教程4讲正则表达式教程市公开课一等奖百校联赛特等奖课件.pptx
《生物信息学基础教程4讲正则表达式教程市公开课一等奖百校联赛特等奖课件.pptx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《生物信息学基础教程4讲正则表达式教程市公开课一等奖百校联赛特等奖课件.pptx(38页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、生物信息学基础教程第第4讲:正则表示式教程讲:正则表示式教程正则表示式与模式匹配正则表示式与模式匹配第1页本节内容本节内容n正则表示式n正则表示式定义与表示方法n正则表示式中元字符(metacharacter)nVIM编辑器ngrep命令nsed编辑器nawk工具第2页正则表示式n所谓正则表示式(regular expression,RE),指是符合某种模式字串,惯用于从文件中或者字符串中查找和替换一些符合某种规则字串第3页VIM教程linux下最惯用文本编辑器第4页VIM编辑器n三种模式:各种模式之间切换n从命令行模式到插入模式:按下i键n从命令行模式到附加模式:按下a键n返回命令行模式:按
2、下ESC键n退出编辑n保留并退出:在命令行模式按下:wqn不保留退出:在命令行模式按下:q!n保留:在命令行模式按下:wn另存为其它文件名:按下:w filename第5页VIM编辑功效n光标跳到文件头:命令行模式下按2下gn光标跳到文件尾:按下:$n光标跳到行首:按下n光标跳到行末:按下$n跳到100行:按下100g第6页VIM查找功效n底行模式下输入/pattern/回车,对应符合pattern文本就会显示为高亮n底行模式下输入:m,n/pattern/,就会在第m行到第n行查找pattern并高亮显示第7页grep教程教程正则表示式应用第8页grep介绍n是Global search r
3、egular expression(RE)and Print out the line缩写n强大文本搜索工具,使用正则表示式搜索文本,并打印匹配行n在一个或者多个文件中搜索字符串模式,搜索结果输出到屏幕,不影响文件内容第9页grep使用方法ngrep option pattern input_files第10页惯用惯用grep命令选项命令选项-?n?为数值,同时显示匹配行前后?行ngrep-2 grep test.txt同时显示匹配行前后2行-cn-count,只打印匹配行行数,而不输出匹配行-f file从输入文件中提取模式-i-ignore-case,忽略大小写-q-quiet,取消显示-
4、ln仅打印匹配模式文件清单-ln打印不匹配模式文件清单-n-line-number,在匹配行前打印行号-s-silent,不显示错误信息-vn-revert-match,只显示不匹配行-wn-word-regexp,假如被引用,就把表示式作为一个单词搜索第11页grep正则表示式元字符正则表示式元字符n锚定行开始ngrep匹配全部以grep开始行$n锚定行结束ngrep$匹配全部以grep结束行.n匹配一个非换行符任意字符ngr.p匹配gr后跟一个任意字符,后为p行*匹配0个或多个先前字符n*grep匹配全部0个或多个空格紧跟grep行n匹配一个指定范围字符nGgrep匹配包含Grep或gre
5、p行n匹配不在指定范围内一个字符nA-FH-Zrep匹配全部不在A-F和H-Z范围内字符后跟rep行()n标识匹配字符n(love)中能够匹配love,且love被标识为1n分别锚定一个单词起始和结束n匹配以grep结束单词x5,x5,,x5,10nx恰好重复5次行、最少重复5次行、重复次数在5-10次之间行w=A-Za-z0-9W=A-Za-z0-9n匹配全部单个(非)字母和数字字符bgrepb只匹配单词grep,不匹配egrep等第12页练习题:这些命令都能干啥?1.ls l|grep a2.grep test d*3.grep test aa bb cc4.grep a-z5 aa5.g
6、rep w(es)t.*1 aa6.grep n datafile7.grep 4$datafile8.grep 5.datafile9.grep.5 datafile10.grep wesn datafile11.grep A-ZA-Z A-Z datafile12.grep ss*datafile13.grep a-z9 datafile14.grep datafile第13页sed教程教程非交互性文本编辑非交互性文本编辑第14页sed介绍n首先用which sed查看一下sed位置n一个非交互性文本编辑器,编辑文件或标准输入导出文件拷贝nsed能够随意编辑小文件或者大文件n一次性处理全部
7、改变,高效率n经过行号和正则表示式指定需要编辑行第15页sed使用方法n从文件一个文本行或标准输入中读取数据,并将其拷贝到一个编辑缓冲区n读取命令行或者脚本第一条命令,并用该命令查找模式或定位行号并编辑,重复过程直到命令结束nsed option sed_command input_filensed option f sed_script_file input_filensed_script_file option input_file第16页sed命令选项-nnQuiet,不自动打印编辑行,默认是打印-e下一命令是编辑命令,使用多项编辑时加入此选项-f其后加sed脚本文件第17页sed定位行
8、号方法 x行号,指定某一行 x,yn指定x-y范围行 xy从第x行开始,每隔y行 /pattern/n查询包含该模式行 x,y!n查询不包含指定行号x和y行第18页基本sed编辑命令p打印匹配行sed n 2,3p test.txtsed n/movie/p temp.txt=显示文件行号sed e/music/=temp.txta在定位行号后附加新文本sed/jack/a“here add new line”p temp.txti在定位行号后插入新文本sed 4 i“here add new line”p temp.txtd删除定位行sed/music/d temp.txtn从另一个文本中读
9、取下一行,并附加到下一行sed/movie/n temp2.txt temp.txtc用新文本替换定位文本sed 4 c“i like it”temp.txtsn用替换模式替换对应模式sed s/source/okstr/”add before”&/p temp.txtr从另一个文本中读取文本sed/name/r temp2.txt temp.txtw写文本到另一个文件sed s/name/”my”&/w temp2.txt temp.txt第19页练习题:这些命令能干什么?sed s/.$/g temp.txtsed e/abcd/d temp.txtsed s/*/g temp.txtse
10、d s/*/g temp.txtsed s/.*/g temp.txtsed/$/d temp.txtsed s/./g temp.txtsed s/COL()/g temp.txtsed s/g temp.txt第20页AWK教程教程文件模式提取教程文件模式提取教程第21页AWK介绍介绍nLinux下awk有三个版本:awk、nawk、gawk,普通所说awk是指/bin/awk,也就是gawk(GNU awk)nawk功效:n基于指定规则从文件或者字符串中分解抽提信息n基于指定规则输出数据第22页awk三种执行方式1.awk option awk_script input_file1 in
11、put_file2 2.将awk_script放入脚本文件并以#!/bin/awk f 作为首行,并赋予该脚本可执行权限,然后在shell下调用该脚本名称执行awk_script内容:awk_file input_file3.将全部awk_script放入一个单独脚本文件,然后用awk f awk_file input_file(s)执行脚本第23页awk脚本组成n可由一条或多条awk_cmd组成,两条awk_cmd之间普通以NEWLINE分割nawk_cmd由两部分组成:awk_pattern actions nawk命令普通形式awk BEGIN actions awk_pattern1
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 生物 信息学 基础教程 正则 表达式 教程 公开 一等奖 联赛 特等奖 课件
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【快乐****生活】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【快乐****生活】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。