miRNA相关分析网站.doc
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1、精选文档miRNA数据库及靶基因分析软件1.miRBase:http:/www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。2.miRecords:http:/mirecords.biolead.org/动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, m
2、iRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.3.PMRD: http:/BioIPMRD是一个关于植物microRNA数据库,包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等,并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。4.CoGeMiR:http:/cogemir.tigem.it/CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microR
3、NA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。5.MicroRNAdb:MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库,MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今,该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。6.miRWalk:http:/www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/miRWalkis是一个综合性数据库,提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。7.TarBase:http:/diana.cslab.ece.ntua.
4、gr/tarbase/TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因,区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。8.miRGator:http:/genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.htmlmiRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测,可以对miRNA的生物学功能进行推测。9.miRGen:http:/www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.htmlmiRGen是一个整合型数据库,包括:(i)动物miRNA和基因
5、组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。10.miRNAMap:http:/mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因,其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。11.Vir-Mir:http:/alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgiVir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。12.ViTa:http:/vita.mbc.nctu.edu.tw/ViTa数据库搜集来
6、自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据,包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由 miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释,包括人类miRNA的表达情况,病毒感染的组织等。13.ASRP Database:http:/asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息,这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。14.miRNApath:http:/lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.phpmiRNApath是一个关于miRNA、靶
7、基因以及代谢通路的的数据库。15.miRex:http:/miracle.igib.res.in/mirex/miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库,搜集,整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据,它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。16.PolymiRTS:http:/compbio.uthsc.edu/miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.17.SeqBuster:http:/estivill_lab.crg.es/seqbuster/a bioinformatic web inter
8、face able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.18.WMD3:http:/wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgiWMD3 d
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