2023国产测序仪行业研究报告-近30款产品宣布商业化市场重塑窗口期.pdf
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1、前言前言国产测序仪的崛起已经成为令人瞩目的焦点。根据蛋壳研究院统计,截至 2023 年 12 月 31 日,除开 Sanger 测序仪,目前中国有近 20 家企业披露了其自主研发的测序仪,其中近 30 款已经宣布商业化,8款获得了 NMPA 批准。高通量测序仪,以及新兴的单分子测序仪都有中国企业在深耕。然而实现大规模商业化落地对于国产测序仪来说仍是一大挑战,这需要企业持续提高产品稳定性和可靠性,切中目标市场真实需求,合理拓展应用领域。2023年国产测序仪行业研究报告旨在探寻国产测序仪爆发背后的驱动因素,分析如何加速实现国产测序仪商业化落地。基于此,蛋壳研究院调研了 8 家测序仪企业、3 家基因
2、测序服务商,访谈了 11 位行业专家,撰写了此报告。核心观点:资本寒冬影响不明显资本寒冬影响不明显。中国基因测序仪行业累计有 13 家企业完成了 54 笔融资,融资总金额 132.34 亿人民币,融资表现远胜于精准检测和生命科学仪器众多细分赛道。特别是,IVD 和测序服务板块竞争日益激烈,测序仪的战略地位越发突出,圣湘生物、安图生物、金域医学等多家产业资本出手投资测序仪企业。高通量测序仪应用生态成熟高通量测序仪应用生态成熟,国产品牌在高通量测序仪国产品牌在高通量测序仪板块板块的话语权在迅速加强。的话语权在迅速加强。目前,一共有 10 家企业的 19 款高通量测序仪宣布商业化。多数新势力企业从中
3、低通量切入,头部企业已经完整覆盖高中低不同通量范围。在未来一段时间内,高通量测序仪将继续占据主要市场地位。纳米孔测序仪或许是新势力企业弯道超车的机会纳米孔测序仪或许是新势力企业弯道超车的机会。根据统计,国内自主研发国产纳米孔测序仪的企业有 9 家,其中有 3 家企业的 6 款纳米孔测序仪已经商业化。对于纳米孔测序仪的准确性和成本优化问题,国内企业从芯片、生化性能、模型算法等角度着手,已经有好的解决方案。目录第一章 国产测序仪的崛起与爆发.11.1 测序技术存在不可能三角,各类技术互为补充.11.1.1 Sanger 测序是“金标准”,但不是最理想的测序方法.21.1.2 高通量测序:推动基因测
4、序在临床各领域广泛应用.31.1.3 单分子测序:凭借长读长优势,大放异彩.41.2 测序仪爆发核心驱动力:政策引领、需求驱动与人才支撑.61.2.1 测序仪国产替代已上升至国家战略层面.71.2.2 下游市场越来越宽广,新需求涌现.81.2.3 人才沉淀,中国企业已具备硬核实力.10第二章 技术进步、商业化推动资本加快布局.152.1 一级市场累计融资 132.34 亿人民币,产业资本活跃.152.2 二级市场:国产测序仪强劲增长,新兴测序技术处于起步阶段.19第三章 近 30 款国产测序仪商业化,大规模商业化前景光明.223.1 产品洞察:国产高通量测序仪进展相对快,纳米孔测序仪是新热点.
5、233.1.1 高通量测序仪往更高通量、更灵活、更低成本方向发展.233.1.2 纳米孔测序仪或许是新机会,成本、准确性优化是重点.253.1.3 单分子荧光测序国内布局企业少,或许是专利影响.273.1.4 Sanger 测序技术有独特生态位,部分企业在加深布局.283.2 资质洞察:35 款获 NMPA 批准,多款基于 DNBSEQ 技术.293.3 产品体系洞察:打造端到端的解决方案.323.4 商业模式洞察:多元化商业策略应对多元化场景需求.353.5 招投标洞察:三甲医院占 40%,国产品牌占 60.3%.38第四章 未来趋势:百舸争流,在激烈的竞争中脱颖而出.424.1 更换国产平
6、台没有想象中困难,性能是关键.424.2 广布局、深探索,契合高频、真实市场需求.424.3 出海,参与国际竞争.43第五章 企业案例.42赛陆医疗:兼具测序仪和空间组学产品,实现国产替代和超越.45华大智造:测序仪产品矩阵完整,端到端解决方案更具优势.47图表目录图表 1测序仪在生态链中所处的位置.1图表 2Sanger 法测序原理.2图表 3高通量测序技术主流技术路线.3图表 4基因测序技术分类.6图表 5全球及中国基因测序上游市场规模(亿美元).7图表 6测序仪国产替代相关政策.8图表 72022 年下游各板块中国地区市场规模(亿人民币).9图表 8中国测序仪企业核心团队概况.11图表
7、9部分测序仪企业已授权专利数量.13图表 10中国测序仪行业融资概况.15图表 11测序仪行业融资年份对比.17图表 12测序仪行业融资轮次分布.18图表 13产业资本在测序仪行业的相关动作.18图表 142023 年上半年华大智造测序仪业务板块按收入地区划分.19图表 15自研国产测序仪发布年份分布(不包含 Sanger 测序仪).22图表 16已经宣布商业化的国产高通量测序仪.23图表 17已商业化的国产纳米孔测序仪.26图表 18已商业化的国产单分子荧光测序仪.28图表 19已经商业化的国产 Sanger 测序仪.29图表 20获得 NMPA 批准的测序仪分类.30图表 21获得 NMP
8、A 批准的高通量测序仪.30图表 22获得 NMPA 批准的 Sanger 测序仪.31图表 23国内测序仪企业产品体系搭建情况.33图表 24华大智造测序仪器收入和测序试剂耗材收入占比.34图表 25不同国产测序仪优势应用场景.36图表 26测序仪采购产品类别统计.39图表 27高通量测序仪招投标品牌分布.39图表 28测序仪采购方统计.40图表 29测序仪采购区域分布统计.41图表 30赛陆医疗产品矩阵.45图表 31华大智造测序产品线布局.47第 1 页 共 50 页第一章第一章 国产测序仪的崛起与爆发国产测序仪的崛起与爆发基因测序技术是指获得目标 DNA 片段碱基(包括腺嘌呤 A、胸腺
9、嘧啶 T、胞嘧啶 C 与鸟嘌呤 G)排列顺序的技术。在医学诊断、生物技术开发、法医生物学、系统生物学、微生物学等应用领域中,基因测序已经成为核心技术之一。基因测序产业链分为上中下游三部分。上游是基因测序相关仪器、耗材及试剂供应商,开发并制造基因测序所需的设备、材料和试剂,为整个行业提供基础的支持。中游是基因测序服务提供商,包括实验室、研究机构和测序服务公司等,其构建大规模测序平台,并为其他用户提供测序服务,开发基因测序相关应用,细分领域较多,竞争相对上游更加激烈。下游则是以科研机构、药企、医院及广大人群为代表的测序相关应用或服务的终端消费者。图表 1 测序仪在生态链中所处的位置数据来源:公开资
10、料整理,蛋壳研究院制图1.11.1 测序技术存在不可能三角,各类技术互为补充测序技术存在不可能三角,各类技术互为补充基因测序技术包括 Sanger 测序技术、高通量测序技术、单分子测序技术。此处需要先明晰一下各个测序技术之前的关系。Sanger 测序、高通量测序、单分子测序之间并非是代际关系,不适合用“一代”“二代”“三代”或“四代”来进行指代。各个测序技术之间方法学不同、测序原理不同,在测序精确度、单位时间数第 2 页 共 50 页据产量、平均序列读长、单位数据量成本等主要评价指标上各有优劣,各自有独特的定位和适用场景,更多是互补关系。1.1.1 Sanger 测序是“金标准”,但不是最理想
11、的测序方法1975 年,英国生物化学家 Fred Sanger 发明了采用 DNA 聚合酶和双脱氧链终止测定 DNA 核苷酸序列的方法,此后这种方法又被称为 Sanger 测序法。Sanger 测序法的原理是:由于 ddNTP 的 2和 3都不含羟基,其在 DNA 的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断 DNA 合成反应,在 4 个 DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的 ddNTP(分为:ddATP,ddCTP,ddGTP 和 ddTTP),通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的 DNA 序列。图表 2 Sanger 法测序原理图片来源:三
12、代基因组测序技术原理简介Sanger 测序的独特优势是一次可以读取 600-1000bp 左右的碱基,读长高于高通量测序,同时准确率高,可达到 99.99%,是验证测序准确性的“金标准”。不过,Sanger 测序技术一个反应只能得到一条序列,测序通量低,且测序成本较高,一次人全基因组测序可能需要花费上千万美金,无法满足现代科学发展对生物基因序列获取的迫切需求。第 3 页 共 50 页1.1.2 高通量测序:推动基因测序在临床各领域广泛应用高通量测序是一种大规模平行测序法,是将待测基因处理成短的 DNA 片段,通过簇生成或者单分子多拷贝聚集的方式“种”在检测芯片表面,然后通过生化循环完成一个个酶
13、促反应实现循环列阵合成测序。高通量测序包含三种主要方式,分别是桥式 PCR 扩增与边合成边测序结合的测序技术、乳液 PCR 与半导体合成测序技术、DNA 纳米球与联合探针锚定聚合技术结合的测序技术。图表 3 高通量测序技术主流技术路线数据来源:动脉橙产业智库,蛋壳研究院制图高通量测序技术以其出色的成本效益、高通量和准确性,成功弥补了 Sanger 测序在成本、通量和人力需求等方面的不足。它能够一次性对数百万至数十亿条核酸分子进行序列测定,显著降低了测序成本,提高了测序速度,并保持了高准确性。这一技术突破使得个人全基因组测序成本从数十万美金降低至数百美金,有力推动了基因测序技术在各个领域的广泛应
14、用。第 4 页 共 50 页然而,高通量测序技术的读长较短,一般为 50bp-300bp,在结构变异检测和基因组组装等对读长有更高要求的场景中,这一缺陷变得尤为明显。另外,高通量测序建库的时间和方法相对单分子测序更具挑战性。因此,高通量测序技术需要提升读长和操作(特别是建库)的简便性。1.1.3 单分子测序:凭借长读长优势,大放异彩尽管高通量测序技术具有高通量和高准确性的优势,但由于读长较短,导致其只能覆盖人类基因组约 85%的区域。越来越多的证据表现,尚未覆盖的 15%,特别是其中的结构变异等区域,与疾病的发生发展有更密切的关系。比如,在罕见病诊断中,高通量测序的检出率大概只有 50%,在遗
15、传性乳腺癌诊断中,大约只能发现 10%明确的致病位点。长读长测序有望解决这些问题,成了基因测序技术重要的发展方向。2023 年 1月,Nature Methods杂志将“2022 年度方法”授予长读长测序技术。2022年 4 月,科学杂志刊登的人类基因组完成最后 8%,就是利用了长读长测序的优势。目前,长读长测序的典型技术是单分子测序。单分子测序技术测序过程无需进行PCR 扩增,实现了长读长和单分子级别的测序,一次可读取长达数万碱基的片段,大大降低了拼接难度,减少了过去无法定位的漏洞。不过,相较高通量测序技术,单分子测序技术的单个碱基错误率在 1%-10%左右,高于高通量测序技术。单分子测序技
16、术可以细分为两种技术,分别是纳米孔测序和单分子荧光测序。纳米孔测序具备长读长、小巧便携、灵活等特点纳米孔测序的核心是利用直径为 1-2nm 的纳米孔,该纳米孔被固定在电阻膜上,再利用膜两边的电势差配合马达蛋白的牵引力,将单个单链核酸分子进入纳米孔,通过识别各种碱基通过纳米孔时产生的信号变化,从而实现测序。根据技术路径,可以将纳米孔测序技术分为链测序法、标签测序法和外切酶测序法;根据纳米孔类型,可以将纳米孔测序仪分为生物纳米孔和固态纳米孔。目前最具有代表性的纳米孔测序仪来自 Oxford Nanopore,其采用的是生物纳米孔。国内,齐碳科技采用的是生物纳米孔,儒翰基因、罗岛纳米、丽纳芯、纳生科
17、技采用的是固态纳米孔。纳米孔测序技术的优势体现在多个方面:第 5 页 共 50 页(1 1)长读长长读长:纳米孔测序的读长可达到 5000bp 以上,相比高通量测序的 50bp300bp,能够更快地完成测序,使得基因组拼接更加完整。(2 2)实时测序实时测序:高通量测序在上机测序之后,需等到测序完成后,才能够拿到数据报告进行分析。纳米孔测序可以实时传输数据、实时分析,研究人员能够更快地获得数据并进行后续分析。(3 3)小巧、便携)小巧、便携:高通量测序一般仪器较大,且基于荧光学原理,拥有大量精密零件,仪器移动后需要专业工程师校准后再使用。纳米孔测序仪小巧,便携性强,方便在各种场景下使用。(4
18、4)DNADNA、RNARNA 直接测序直接测序:纳米孔测序可以直接对 RNA 链进行测序,能够保留并检测 RNA 碱基修饰信息,对 poly(A)尾长进行相对准确的估算,同时进行全长异构体分析,还原真实 RNA 特征。基于这些优势,疾控、海关、医院等场所对纳米孔测序的需求在快速增长。单分子实时测序准确性极高但成本较高目前全球最具有代表性的单分子荧光测序技术是 PacBio 的单分子实时测序(SMRT)技术平台,核心是一种被称为零模波导(Zero-Mode Waveguide,ZMW)的纳米结构。其测序原理是:DNA 聚合酶和模板结合,4 色荧光标记 4 种碱基,在碱基配对阶段,不同碱基的加入
19、,会发出不同光,根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。同时这个 DNA 聚合酶是实现超长读长的关键之一,读长主要跟酶的活性保持有关,主要受激光对其造成的损伤所影响。单分子实时测序技术的优势体现在:(1 1)准确性准确性:通过滚环复制,消除了碱基读取不准的缺陷,实现了超过 99.9%的准确率。简单来说就是单分子测序反应中产生的每个错误都被记录下来,通过多次重复测序进行纠正。(2 2)长读长长读长:提供 15000-20000 个碱基对或更长的读长,使研究者能够更好地组装参考级基因组和测序全长 RNA 转录本。(3 3)均一的基因组覆盖率均一的基因组覆盖率:通过消除 PCR 扩增所带来的偏差,使
20、研究者能够分析其他技术通常难以获取的基因组区域,如难以测序的 AT 和 GC 富含区域、高度重复区域、长同源聚合物和回文序列。第 6 页 共 50 页(4 4)直接甲基化检测直接甲基化检测:通过直接从样本中提取 DNA 进行测序而不进行扩增,可以通过测量碱基的插入动力学来检测碱基修饰。这允许在单个实验中捕获序列和甲基化信息,无需额外的预处理步骤。单分子实时测序技术的不足是成本高昂,仪器也较大,优缺点明显,更适合对单分子测序准确性要求高,对成本不敏感的客户。图表 4 基因测序技术分类数据来源:公开资料整理,蛋壳研究院制图综上,基因测序技术存在“通量、成本、速度”不可能三角,各个测序技术在通量、成
21、本、速度、准确性上的表现各不相同,现阶段来看,高通量测序和单分子测序更多属于互补关系。单分子荧光测序技术和纳米孔测序技术的发展时间实际上和高通量测序技术差距不大,但发展速度相对慢一些。高通量测序成本以超摩尔定律的速度下降,但单分子实时测序和纳米孔测序的成本还没有降到“人人可及”或者说“各应用可及”的水平,在成本和质量上还有提升空间,在终端的应用价值有待验证,在 NMPA 资质上也还处于空白。未来,单分子实时测序和纳米孔测序进一步降低成本、提高准确率是趋势,到时单分子测序和高通量测序之间会呈现出更多的竞争关系。1.21.2 测序仪爆发核心驱动力:政策引领、需求驱动与人才支撑测序仪爆发核心驱动力:
22、政策引领、需求驱动与人才支撑近两年,多款国产测序仪扎堆发布。蛋壳研究院认为,国产测序仪集中爆发的背后,是国产替代政策、终端需求变化,以及国产测序仪人才沉淀等多重因素共同作用的结果。第 7 页 共 50 页1.2.1 测序仪国产替代已上升至国家战略层面随着测序成本迅速下降,终端应用场景日益成熟,全球测序仪市场保持高速增长。目前测序仪厂家主要包括 Illumina、赛默飞、华大智造、Oxford Nanopore、PacBio等。在全球测序仪市场,Illumina 正占据领导地位。根据 Grand View Research 的数据,2019 年全球测序行业上游市场规模约为 41.38 亿美元,I
23、llumina 的市场占有率约为 74.1%,为全球高通量测序仪行业龙头,赛默飞的市场占有率约为 13.6%。2022 年,全球测序行业上游市场规模约为 44 亿美元,华大智造占上游市场份额的 5.2%。预计 2032 年全球基因测序上游市场规模将增长至约 242 亿美元。根据灼识咨询的数据,中国测序仪及耗材市场规模从 2015 年的约 17 亿元增至2022年的约44亿元,预计2032年可达到约298亿元,复合年增长率约为21.0%。研究表示,Illumina 等外企在中国测序仪及耗材市场的占有率超过 50%。图表 5 全球及中国基因测序上游市场规模(亿美元)数据来源:公开资料整理,蛋壳研究
24、院制图长期以来,我国测序仪市场一直被 Illumina、赛默飞等跨国巨头垄断,限制了中游基因检测企业的议价权。为了实现关键领域的技术自主可控,政府加大了对国产测序仪研发的投入和支持,连续发布多条高端科学仪器国产替代政策,进一步限制进口设备的采购,为国产替代提供了良好的政策环境,测序仪国产替代浪潮来袭。第 8 页 共 50 页图表 6 测序仪国产替代相关政策数据来源:公开资料整理,蛋壳研究院制图2021 年版政府采购进口产品审核指导标准中明确,测序仪(二代测序平台)要求 100%国产采购。另外,在广东 2021 年发布的进口产品目录清单中,测序仪被移出进口清单。这既表明政府支持国产测序仪的态度明
25、确,也表明国产测序仪已具备足够的竞争力,获得了认可。中华人民共和国政府采购法也有明确规定,国产药品和医疗器械能够满足要求的,政府采购项目原则上须采购国产产品,逐步提高公立医疗机构国产设备配置水平。1.2.2 下游市场越来越宽广,新需求涌现近些年,市场教育成熟,测序仪市场规模不断扩大,新需求涌现,带来了新的机会,驱动更多企业投入到国产测序仪研发中。首先,下游各个应用场景市场规模的扩大,将进一步催生对测序仪的需求。第 9 页 共 50 页测序仪下游可分为科研市场、临床市场(主要包括 NIPT、肿瘤精准诊断、病原体检测等)以及海关、司法、农业、疾控等新兴市场。根据蛋壳研究院统计,基因测序下游各个应用
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