cox比例风险回归模型和其R程序省公共课一等奖全国赛课获奖课件.pptx
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1、CoxCox回归分析回归分析刘瑞红第1页利用生存率函数S(t,X)与风险函数h(t,X)关系可导出 很好地处理截尾值问题 反应了协变量X与生存函数关系 Cox模型基本形式 第2页全部危险原因为0时基础风险率,它是未知,但假定它与h(t,X)是呈百分比。右侧可分为两部分:h0(t)没有明确定义,分布无明确假定,参数无法预计,为非参数部分;另一部分是参数部分,其参数能够经过样本实际观察值来预计,正因为Cox模型有非参数和参数两部分组成,故又称为半参数模型。第3页 若若 i0,则,则RR1,该原因为危险原因;,该原因为危险原因;若若 i0,则,则RR0,说明该个体死亡风险高于平均水平;l若PIj0,
2、说明该个体死亡风险低于平均水平。第27页3经过预计生存率,对群体定量地进行预后评价。l因为生存率与基础生存率相关,故只要预计出基础生存率,再结合各原因偏回归系数就能够预计出生存率,即 第28页第29页ti 时刻基础生时刻基础生存率公式存率公式 ti 时时 刻刻 基基 础础累累计计风风险险函函数数公公式式在在tk时时刻死亡人数刻死亡人数 ti 时时刻刻生生存存率率计计 算算 公公 式式 2.Breslow法第30页5.Cox模型拟合优度考查l可将研究对象按个体预后指数恰当地分组,用乘主动限法预计各组生存率曲线,并与按Cox模型预后指数分类生存率曲线在同一坐标系内进行比较,若两种曲线含有一致性,说
3、明模型拟合较理想。也能够使用卡方检验方法。第31页百分比风险假定(百分比风险假定(PH假定):假定):lPH假定检验方法大致能够分为图法和正规检验方法图法和正规检验方法。l图法:即经过观察散点图中散点分布或趋势是否满足既定模型基本假设下形状来判断资料是否满足或近似满足模型假定,主要方法有:比较COX-KM生存曲线、基于累计风险函数图示法、Schoenfeld残差图、Score残差图;l正规检验方法:经过结构满足既定模型基本假定下服从某一已知分布统计量,利用P值来检验资料是否满足或近似满足模型假定。主要方法有:时协变量法、线性相关检验、加权残差Score检验、三次样条函数法l.Cox百分比风险回
4、归模型诊疗及预测相关问题研究_余红梅.caj.caj第32页对数线性假定对数线性假定l主要方法:多重法;鞅残差法;改进鞅残差法;结构变量法Cox回归影响点分析鞅残差,剩下残差,得分残差,Schoenfeld残差,加权Schoenfeld残差第33页R程序:程序:l在survival包中函数:lcoxph(formula,data,weights,subset,na.action)l formula:反应变量要有Surv()函数定义lcox.zph(fit,transform=,global=T/F)检验百分比风险假定lbasehaz(fit,centered=T/F)计算基础风险率函数第34页
5、getwd()setwd(C:/Users/Administrator/Desktop)my-read.csv(pharynx.csv,header=T)attach(my)my-myCOND!=9&GRADE!=9,#去掉两个缺失值 CONDCOND=3|COND=4-2CONDCOND=0-1aa-table(COND)aamydata-my,-c(1,11)l library(survival)lfit-coxph(Surv(TIME,as.numeric(STATUS).,data=mydata)l#cox百分比风险模型函数lplot(survfit(fit)l summary(fit
6、)第35页lbasehaz(fit)#基础风险函数laa-cox.zph(fit)#百分比风险假定检验lprint(aa)lplot(aa6)第36页多重分数多项式模型多重分数多项式模型llibrary(mfp)lf-mfp(Surv(TIME,as.numeric(STATUS)fp(AGE,df=4,select=0.05)+INST+SEX+TX+GRADE+COND+SITE+T_STAGE+N_STAGE,select=0.15,family=cox,data=mydata)lprint(f)l(rsq=1-sum(f$residuals)2/sum(mydata$TIME-mean
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