磁共振波谱联合减影技术在高级别胶质瘤影像组学分级预测的研究.pdf
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1、技术研究Technical Articles磁共振成像 2023年6月第14卷第6期 Chin J Magn Reson Imaging,Jun,2023,Vol.14,No.6http:/磁共振波谱联合减影技术在高级别胶质瘤影像组学分级预测的研究宋静1,宗会迁2*,张娅2,柳青2,魏昊业2,杨存2,解立志3作者单位:1.河北医科大学第二医院医学影像科,石家庄 050000;2.河北医科大学第二医院医学装备部,石家庄 050000;3.通用电气医疗系统贸易发展(上海)有限公司,上海 201203*通信作者:宗会迁,E-mail:中图分类号:R445.2;R730.264 文献标识码:A DOI
2、:10.12015/issn.1674-8034.2023.06.009本文引用格式:宋静,宗会迁,张娅,等.磁共振波谱联合减影技术在高级别胶质瘤影像组学分级预测的研究J.磁共振成像,2023,14(6):59-65.摘要 目的在常规影像组学分析中引入磁共振波谱(magnetic resonance spectroscopy,MRS)和减影技术,鉴别高级别胶质瘤分级。材料与方法回顾性分析60例经病理证实为高级别脑胶质瘤患者(级25例、级35例)的影像数据,基于对比增强T1加权成像(contrast-enhanced T1-weighted imaging,CE-T1WI)图像以及减影图像提取形
3、状、纹理特征等影像组学特征,使用t检验、带有交叉验证的最小绝对收缩和选择算子进行特征筛选,结合MRS的3种代谢物峰值比,使用随机森林算法构建高级别胶质瘤分级鉴别模型并评估模型性能。结果基于CE-T1WI图像构建的模型的测试集曲线下面积(area under the curve,AUC)为 0.78;基于减影图像构建的模型的测试集 AUC为 0.81;基于 MRS的代谢物峰值比构建的模型的测试集 AUC为0.80;基于CE-T1WI图像及MRS的3种代谢物峰值比构建的模型的测试集AUC为0.95。结论基于CE-T1WI图像、减影图像及MRS序列的影像组学,在鉴别级和级胶质瘤方面均具有较好的表现,
4、在单序列模型中,减影模型表现最好,在联合序列模型中,CE-T1WI联合MRS模型表现最好。多模态影像组学分析可为鉴别级和级胶质瘤提供有效临床辅助。关键词 高级别胶质瘤;磁共振波谱;磁共振成像;影像组学;减影MRS combined with subtraction technique in the prediction of high grade glioma radiomics gradingSONG Jing1,ZONG Huiqian2*,ZHANG Ya2,LIU Qing2,WEI Haoye2,YANG Cun2,XIE Lizhi31Department of Medical I
5、maging,the Second Hospital of Hebei Medical University,Shijiazhuang 050000,China;2Department of Medical Equipment,the Second Hospital of Hebei Medical University,Shijiazhuang 050000,China;3General Electric Medical Systems Trading Development(Shanghai)Co.,Shanghai 201203,China*Correspondence to:Zong
6、HQ,E-mail:Received 9 Feb 2023,Accepted 5 May 2023;DOI:10.12015/issn.1674-8034.2023.06.009ACKNOWLEDGMENTS Research Fund of Hebei Provincial Health and Health Commission(No.20230518).Cite this article as:SONG J,ZONG H Q,ZHANG Y,et al.MRS combined with subtraction technique in the prediction of high gr
7、ade glioma radiomics gradingJ.Chin J Magn Reson Imaging,2023,14(6):59-65.Abstract Objective:Magnetic resonance spectroscopy(MRS)and subtraction techniques were introduced in the conventional imaging omics analysis to identify high-grade glioma grade.Materials and Methods:The imaging data of 60 patie
8、nts with pathologically confirmed high-grade glioma(25 patients with grade and 35 patients with grade)were retrospectively collected,and radiomic features such as shape and texture features were extracted based on contrast-enhanced T1-weighted imaging(CE-T1WI)images and subtracted images,and feature
9、 screening was performed using t-test and least absolute shrinkage and selection operator cross-validation,combined with the peak ratios of three metabolites of MRS,and a random forest algorithm was used to construct a high-grade glioma grading discrimination model and evaluate the model performance
10、.Results:The area under the curve(AUC)of the model constructed based on CE-T1WI images was 0.78 in the test set;the AUC of the model constructed based on subtracted images was 0.81 in the test set;the AUC of the model constructed based on metabolite peak ratios from MRS was 0.80 in the test set;and
11、the AUC of the model constructed based on CE-T1WI images and three metabolite peak ratios from MRS was 0.95 in the test set.Conclusions:Radiomics based on CE-T1WI images,subtraction images and MRS have good performance in identifying both grade and grade gliomas,with the subtraction model performing
12、 best in the single sequence model and the CE-T1WI combined with MRS model performing best in the combined sequence model.Multimodal radiomic analysis can provide a useful clinical aid for identifying grade and gliomas.Key words high-grade glioma;magnetic resonance spectroscopy;magnetic resonance im
13、aging;radiomics;subtraction0前言高级别胶质瘤是一种常见的原发性中枢神经系统恶性肿瘤1。有研究指出级和级胶质瘤具有不同的遗传特征,适合个性化的治疗方法2。病理检查是目前肿瘤分级的金标准,但由于活检样本数量有限,存在固有的取样误差的局限性3-4。影像组学从标准医疗影像中挖掘定量图像特征,并将提取出的数据应用于临床决策,以提高诊断、预后和预测的准确性5。近年来,影像组学在胶质瘤中的应用广泛,在预测胶质瘤组织学级别、基因表型等方面显示出优异的性能6-10。影像组学结合机器学习方法可以提高胶质瘤分级的准确性和效率11。MRI对比收稿日期:2023-02-09 接受日期:202
14、3-05-05基金项目:河北省卫生健康委科研基金项目(编号:20230518)59磁共振成像 2023年6月第14卷第6期 Chin J Magn Reson Imaging,Jun,2023,Vol.14,No.6http:/技术研究Technical Articles增强 T1 加权成像(contrast-enhanced T1-weighted imaging,CE-T1WI)序列是影像组学方法鉴别胶质瘤分级的常用序列,且多项研究表明在多模态MRI单一序列组学模型中,基于CE-T1WI图像建立的分类模型表现最好7-8。TIAN等9和NAKAMOTO等10均发现在多个MRI序列图像中,从C
15、E-T1WI图像中提取的纹理特征对预测级和级胶质瘤的最佳特征子集贡献最大。MRI功能序列的引入可以提高影像组学的模型性能,多模态MRI影像组学在一定程度上可以提高分级的准确性,但是在MRI功能序列选择上未有定论。磁共振波谱(magnetic resonance spectroscopy,MRS)通过表征大脑中感兴趣区域的生化组成,帮助深入了解正常脑组织和肿瘤之间的生化组成的差异12,是一种用于临床胶质瘤诊断的先进MRI功能序列。VAMVAKAS等13应用常规MRI序列和弥散张量成像、灌注成像及MRS功能成像序列对高低级别胶质瘤进行分类预测,使用留一交叉验证评估预测效果,准确率为 95.50%,
16、曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.96。采用图像处理技术可以深入挖掘医学影像图像,对常规MRI序列做图像预处理,显著提高图像对比度,有利于肿瘤检测、定量分级和进展评估14。MRI T1加权成像(T1-weighted imaging,T1WI)序列和CE-T1WI序列是胶质瘤分级的常规序列,将两者图像进行“相减”,得出“减影”可以突出图像差别,挖掘单一序列所不具备的图像特征,对于高级别胶质瘤进一步细化分级具有重要作用。2021年,GORYAWALA等15采用减影预处理技术,评估多参数MRI图像在区分总肿瘤区的不同区域和评估胶质瘤等级方面的性能,发现该技术在区分
17、低级别和高级别病变方面提供了最高的准确性。MRS和减影技术对胶质瘤分级均展示出出色的性能,但目前还没有研究基于影像组学方法,联合MRS和减影对胶质瘤进行分级。因此本研究将MRI功能序列MRS纳入研究,并采用图像预处理减影技术,对高级别胶质瘤进行分级,拟将患者术前MRI CE-T1WI图像、减影图像和MRS定量数据相结合进行影像组学分析,探索其在鉴别高级别胶质瘤分级中的作用。1材料与方法1.1 研究对象回顾性分析2016年9月1日至2022年9月30日于河北医科大学第二医院就诊的胶质瘤患者影像信息。纳入标准:(1)经病理组织证实的级和级胶质瘤患者;(2)MRI扫描前,患者未经过任何激素、放化疗、
18、穿刺等治疗或手术史;(3)术前接受本院MRI扫描,包括头颅T1WI、三维CE-T1WI及MRS序列。排除标准:(1)术前影像资料和/或病理组织学资料为外院者、病理组织学结果不明确者;(2)MRI图像质量不佳(存在运动伪影、金属伪影等)。本研究遵守 赫尔辛基宣言,经河北医科大学第二医院科研伦理委员会批准(批准文号:20230518)并免除受试者知情同意。1.2 MRI采集及后处理本研究影像数据涉及三台MRI扫描仪,分别为荷兰 PHILIPS Achieva 3.0 T X-series扫描仪、美国GE Signa EXCTTE 3.0 T HD MR 扫描仪和美国 GE Optima MR 36
19、0 MR 1.5 T扫描仪。扫描序列包括头颅 T1WI、三 维 CE-T1WI、MRS。由 于 美 国 GE Signa EXCTTE 3.0 T HD MR扫描仪缺乏部分软硬件,无法进行MRS扫描。增强扫描MRI对比剂使用钆喷酸葡胺注射液,剂量为0.1 mmol/kg。MRS采用2维多体素点分辨波谱技术,感兴趣区(region of interest,ROI)选取肿瘤实质区,避开囊变、坏死、出血、骨骼和气体区域,扫描时打开匀场,定位时需避开脑脊液和邻近颅骨等组织。由后处理医师使用后处理工作站对MRS数据进行处理,包括相位和频率校正、基线去除以及含胆碱(choline,Cho)、肌酸(crea
20、tine,Cr)和N-乙酰天门冬氨酸(N-acetyl-aspartate,NAA)的峰高估计,并计算NAA/Cr、Cho/Cr、Cho/NAA的峰值比。主要扫描参数如表1所示。1.3 影像组学处理1.3.1 数据预处理使用 Python 包将所有 MRI T1WI、CE-T1WI 图像从医学数字成像和通信格式转换为神经影像信息技术倡议格式,并对所有图像进行标准化。将T1WI图像与 CE-T1WI 图像进行配准,插值到相同分辨率,之后将 CE-T1WI与 T1WI进行减影获得减影数据,如图1所示。表1 MRI扫描具体参数Tab.1 Specific parameters of MRI scan
21、s扫描参数重复时间/ms回波时间/ms反转时间/ms层厚/mm层间距/mmPHILIPS Achieva 3.0T X-seriesT1WI2088.85.9960.05.01.0CE-T1WI9.53.9450.01.50.0MRS1500.0144.0GE Optima MR 360 MR 1.5 TT1WI1784.120.4720.05.01.0CE-T1WI7.73.0450.01.50.0MRS2208.0111.1GE Signa EXCTTE 3.0 T HDT1WI2000.06.0960.05.01.0CE-T1WI9.53.9450.01.50.0注:CE-T1WI为对比
22、增强T1加权成像;MRS为磁共振波谱;“”表示此序列不涉及该参数。60磁共振成像 2023年6月第14卷第6期 Chin J Magn Reson Imaging,Jun,2023,Vol.14,No.6http:/技术研究Technical Articles1.3.2 ROI的标定和分割由两名工作经验超过五年的放射科主治医师使用开源软件 ITK-SNAP 3.8分别独立进行 ROI标定、分割。ROI基于CE-T1WI序列手动勾画,有研究表明胶质母细胞瘤的异质性不仅局限于肿瘤边缘,还涉及瘤周区域,约90%的多形性胶质母细胞瘤患者经历复发16,故本研究选取的 ROI 为肿瘤区和瘤周水肿区。在勾画
23、前两名主治医师对患者的临床信息和病理结果均不知情,两名主治医师之间的勾画差异被用于评估观察者间的一致性。勾画示例及MRS后处理如图2所示。1.3.3 特征提取使用Python中的Pyradiomics包基于CE-T1WI、减影图像分别提取影像组学特征。每个序列各提取出三类共 107个组学特征:描述肿瘤形状尺寸的特征,描述体素强度分布的一阶统计特征以及反映肿瘤全局属性的三维纹理特征(灰度共生矩阵、灰度相关矩阵、灰度行程矩阵、灰度区域尺寸矩阵、邻域灰度差矩阵)。MRS 的 3 个代谢物峰值比分别取多个ROI的平均值。使用提取的组学特征值以及 MRS的Cho/NAA、Cho/Cr、NAA/Cr三个平
24、均值进行分析。1.3.4 特征筛选为降低学习任务的难度,提升模型的效率,需要对特征进行优先性排序。过滤法通常用作预处理步骤,特征选择完全独立于任何机器学习算法,它是根据各种统计检验中的分数及相关性的各项指标来选图1女,42岁;影像诊断为肿瘤。1A:T1WI图像;1B:插值后的T1WI图像;1C:对比增强T1WI图像;1D:减影图像。Fig.1Female,42 years old,imaging diagnosis of tumor.1A:T1WI;1B:Interpolated T1WI;1C:Contrast-enhanced T1WI;1D:Subtraction.图2女,42岁,影像诊
25、断为肿瘤,病理结果为胶质母细胞瘤(WHO)。2A:对比增强T1WI图像;2B:感兴趣区分割图;2C:磁共振波谱图像;2D:MRS后处理图像。Fig.2 Female,42 years old,imaging diagnosis of tumor,pathological findings of glioblastoma(WHO).2A:Contrast-enhanced T1WI;2B:The segmentation of region of interest;2C:Magnetic resonance spectroscopy(MRS);2D:MRS post-processed imag
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