合成生物学在食品微生物制造中的应用与前景研究.pdf
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1、拓展食物边界拓展食物边界合成生物推动新食品加速创新合成生物推动新食品加速创新Chapter 1 Chapter 1 技术驱动下的新食品技术驱动下的新食品合成生物学成为推动新食品发展的关键技术05Chapter 3 Chapter 3 替代蛋白:未来食品的重要构成替代蛋白:未来食品的重要构成市场拐点取决于成本竞争力和消费者偏好16Chapter 4 Chapter 4 食品添加:食品工业边界拓展食品添加:食品工业边界拓展低成本替代天然提取、高附加值新型产品开发21Chapter 5 Chapter 5 微藻:极具潜能的植物基新食品微藻:极具潜能的植物基新食品经济性和环境友好的细胞工厂2947展望
2、展望48版权说明版权说明导语导语03Chapter 2 Chapter 2 新食品全球政策环境新食品全球政策环境全球政策利好进一步加强402023合成生物学在食品微生物制造中的应用与前景研究导语:合成生物推动新食品加速创新导语:合成生物推动新食品加速创新3自1953年沃森和克里克解密DNA双螺旋结构后,人类进入到了基因时代;1976年基因测序方法问世;2000年人类基因图谱绘制完成,对基因组的研究进一步深入,从此开启合成生物学的新纪元。生物学的研究已经由定性描述发展为定量描述,直至今天的生命创造。合成生物学旨在通过设计和构建人工的生物系统,在基因组学、代谢组学、生物信息学等基础生物学认知之上,
3、对生物系统进行标准化、解耦和抽提。合成生物学的研究和操作对象可以是某一个基因、代谢通路、细胞、多细胞乃至生物个体,也可以是利用生物学原理的体系如分子芯片、生物传感器等。识别和定义生物学元件使之标准化为确定的输入输出关系,将其在复杂的生物学功能中解耦为简单的要素,再抽提要素建立关系使之构建为可调用的模块化部件,最终通过各类部件实现目标功能。借助工程化思维,可以构建基因电路、基因组人工合成、理性设计细胞网络。在应用层面,合成生物学作为一种生物制造生产方式,随着技术的发展,其产业已覆盖医药制造、化工生产、创新能源、新材料、食品、农业等多个行业,在食品领域也不断取得引人注目的研究成果,如血红蛋白、母乳
4、中关键成分2-岩藻糖基乳糖,以及乳铁蛋白的合成等。2021年12月29日农业农村部印发“十四五”全国农业农村科技发展规划,明确“突破合成生物技术,构建高效细胞工厂和人工合成生物体系”,发展未来食品制造的“合成蛋奶油、功能重组蛋白等营养型食品的培养和制造技术”。2022年5月10日国家发改委印发“十四五”生物经济发展规划,是中国首部生物经济五年规划,确定了生物导语:合成生物推动新食品加速创新导语:合成生物推动新食品加速创新4经济发展的具体任务,明确提出“发展合成生物学技术,探索研发人造蛋白等新型食品,实现食品工业迭代升级,降低传统养殖业带来的环境资源压力。”2022年10月16日,党的二十大报告
5、中提出“树立大食物观”、“构建多元化食物供给体系”,推动包括生物技术在内的战略性新兴产业发展,构建新的增长引擎。“大食物观大食物观”拓展了传统的食物边界拓展了传统的食物边界,“新食品新食品”应运而生应运而生。从生命活动角度看,能量是生物体运转的保障,食物即能量的来源,要从耕地资源生产食物,转变为全方位、多途径开发食物资源,向植物、动物、微生物等要热量要蛋白。创新蛋白来源、食品原料和食品工业配料,开发用于食品生产的细胞工厂,以科技手段赋能食品产业,拓展食品边界,运用新技术将更多的生产场景引入食品领域,成为“新食品”的关键推动力。以合成生物学为技术革新的源头,带动一系列产业变革。以构建细胞工厂为主
6、要思路,涉及基因工程、代谢工程、蛋白质工程等一系列生物技术,是生物食品产业中最前沿与最活跃的领域。配合下游发酵技术、分离纯化技术等科学方法,是把理论研究发现转化为实际产品、生产过程和系统服务的全面产业,创造新的生产模式和经济形态。本报告选取合成生物技术在新食品中应用的典型场景本报告选取合成生物技术在新食品中应用的典型场景,重点关注替代蛋白重点关注替代蛋白、食品添加食品添加剂与食品原料的创新;同时剂与食品原料的创新;同时,微藻作为新兴的植物基食品微藻作为新兴的植物基食品,亦可作为合成生物的底盘细亦可作为合成生物的底盘细胞胞,本报告也将关注其应用与发展潜力本报告也将关注其应用与发展潜力。5技术驱动
7、下的新食品技术驱动下的新食品合成生物学成为推动新食品发展的关键技术合成生物学成为推动新食品发展的关键技术Chapter 1Chapter 1合成生物学:构建高效表达的细胞工厂合成生物学:构建高效表达的细胞工厂分子水平理性构建细胞合成生物为食品生产带来新方法精密发酵:生产放大的必经之路精密发酵:生产放大的必经之路原料与设备,决定生产成本的两个关键项发酵革新,向理性设计迈进分离纯化:高效率获得目标产物分离纯化:高效率获得目标产物技术与商业化成熟度技术与商业化成熟度食品成为全球合成生物市场重要增长极市场、政策双推动,新食品赛道走向下半场价值链各环节极具潜力的研发方向合成生物学:构建高效表达的细胞工厂
8、合成生物学:构建高效表达的细胞工厂6关键技术关键技术时间时间概述概述生物开关和振荡模型2000年利用生物基因元件在大肠杆菌中构建逻辑(门)线路,将工程科学的研究理念引入生命科学领域青蒿素前体生物合成2003年在大肠杆菌底盘细胞中,采用异源基因元件,成功合成青蒿素前体,展示了合成生物技术提升代谢工程能力的巨大应用前景氨基酸代谢生物燃料2008年通过改变大肠杆菌氨基酸生物合成途径,生产出生物原料异丁醇原核生物基因组合成2010年第一个完全由合成基因组构成的丝状支原体原核生物CRISPR-Cas92012年利用CRISPR-Cas9技术对目标DNA剪切,从而达到基因编辑的目的,成为基因编辑手段的里程
9、碑真核生物染色体合成2014年首次组装起真核生物合成染色体,并在酵母细胞内正常发挥功能人工合成最小细菌2016年构建出只有473个基因的原核生物大麻素合成2019年首次在酵母菌中合成大麻素及其相关衍生物CO2人工合成淀粉2021年首次实现二氧化碳到淀粉的从头合成表1丨2000-2022年合成生物学研究代表性进展(来源:公开资料、DeepTech)1900年孟德尔遗传规律的重新发现标志着遗传学的诞生,1953年DNA分子双螺旋结构模型的建立标志着对生命的研究进入基因时代,2000年具有“逻辑线路”的基因元件在大肠杆菌细胞中被构建,生命科学的发展从此进入合成生物学时代,一场跨越百年的生物学革命,带
10、领人类迅速由“观测和描述”进入“创造”阶段。即使人类对生命的本质认识还远远不够,仍然抵挡不住生命科学的工程化进程,合成生物学为生命科学研究提供了可定量、可计算、可预测的全新方法论,为人类社会发展的重大问题提供了全新的生物学解决方案。2004年麻省理工科技评论将合成生物学评为当年十大突破性技术之一,下表梳理了2000-2022年合成生物学研究代表性进展。7合成生物学在分子水平上对生命系统开展了重新设计和改造合成生物学在分子水平上对生命系统开展了重新设计和改造,形成了三大技术领域的分支,分别是“基因电路”、“基因组人工合成”、“理性设计细胞工厂”。合成生物学实现了理论方法和应用实践螺旋上升的态势,
11、基因电路的研究建立模块化工具库,特别是基因编辑技术的突破,空前加快了细胞代谢网络调控,工程应用的提升扩大了合成生物学的研究领域;面对生命科学的复杂问题,积极引进AI等数字化技术,建立结构化和抽象化的科研,提升研究效率,赋能产业化。分子水平理性构建细胞分子水平理性构建细胞图1丨合成生物三大技术领域(来源:公开资料、DeepTech)基因电路基因电路 构建细胞控制系统,使细胞进入多种稳定状态 模拟生物发育过程信号进而调控细胞 积累模块化基因元件 生物开关、逻辑门、振荡模型等突破性技术0202基因组人工合成基因组人工合成 构建更小的生物基因组 建立高度可控和可预测的生物细胞 取得了原核生物基因组合成
12、、真核生物染色体合成等成果01010303理性设计细胞工厂理性设计细胞工厂 改造和转移一系列基因,理性设计人工生物体系 代谢网络调控,实现天然产物的从头合成 代表成果有青蒿素前体生物合成、氨基酸代谢生物燃料、大麻素合成、CO2人工合成淀粉等合成生物为食品生产带来新方法合成生物为食品生产带来新方法8科学家通过调整代谢通路中各种基因元件的表达,通过“设计-构建-测试-学习”循环的工程方法,构建高效细胞工厂。以理性设计细胞网络为手段,降低副产物,减少抑制物,提升生产效率,其产业已覆盖医药制造、化工生产、创新能源、新材料、食品、农业等多个行业。在食品领域在食品领域,合成生物学为合成生物学为研发研发赋能
13、赋能,为大规模食品生产建立新方法为大规模食品生产建立新方法,开发多种功能的替代蛋白、合成天然稀有产物、提供微生物油脂、生产食品添加剂和食品原料,研发风味、质构、形态可控的食品产品,实现更安全、更营养和更可持续的食品获得方式。值得注意的是,用作食品领域的底盘细胞需要较为谨慎的选择,尽管欧美等其他国家对大肠杆菌等非食品级的细胞所表达的产物接受程度较高,但选择食品安全级底盘细胞仍然非常有必要,如酵母菌、枯草芽孢杆菌、谷氨酸棒杆菌等都是比较好的选择,对此类底盘细胞的合成生物学开发尚需加速成熟。类别类别释义释义应用举例应用举例替代蛋白以食品技术替代动物蛋白来源细胞培养肉微生物发酵蛋白:酵母蛋白人造奶:乳
14、清蛋白、酪蛋白肌红蛋白鱼肉食品添加剂改善食品品质的化学合成或天然物质甜味剂:赤藓糖醇、甜菊糖苷、阿洛酮糖甜味蛋白:索马甜、巴西甜蛋白营养强化剂:母乳寡糖色素:-胡萝卜素、花青素维生素:维生素E香精香料:香兰素其他:抗氧化剂、防腐剂新食品原料无传统食用习惯的新研制食品原料透明质酸、拟微球藻、莱茵衣藻功能食品原料营养或调节生理活动的食品成分人参皂苷、胶原蛋白、四氢嘧啶、麦角硫因表2丨合成生物细胞工厂在食品领域应用(来源:公开资料、DeepTech)精密发酵:生产放大的必经之路精密发酵:生产放大的必经之路9发酵,即借助微生物的生命活动,来获得微生物菌体、直接代谢产物或刺激代谢产物的过程。中国有着悠久
15、的发酵历史,如酸奶、酒类、泡菜、酱油等都是传统的发酵食品。随着近代工业的发展,氨基酸工业(谷氨酸钠为代表)、有机酸工业(柠檬酸为代表)、酶制剂工业(淀粉酶为代表)、淀粉糖工业和酵母工业等,形成了中国相当规模的发酵工业体系。中国作为发酵产业的生产大国,在维生素、抗生素、氨基酸等领域始终处于国际产量前列,但仍然存在着较大的产业升级空间,截至2021年核心菌种自主率不足20%,其中氨基酸的菌种自主率不足5%,大量核心技术和精密设备依赖于进口,产业数字化进程缓慢等都是面临的巨大挑战。精密发酵作为发酵领域的一个分支,以微生物为细胞工厂,通过发酵获得高纯度目标产物。精密发酵并非新鲜事物,在中国有着较成熟的
16、产业基础,如利用基因工程改造微生物来生产人类胰岛素、生长激素、酶,以及维生素和部分营养补充剂等。相较于传统发酵,精密发酵作为最“年轻”的发酵技术之一,承担着合成生物学下游生产的巨大任务。小试小试 提高发酵产率 确定最佳工艺路线 工业原料替代化学试剂中试中试 验证和使用方法 确定经济技术指标 提供少量产品产业化产业化 技术参数稳定 重资产、高投入 提供大量标准化产品研发研发 概念验证 细胞工厂构建 从0到1产品开发图2丨精密发酵从研发到产业化路径(来源:DeepTech)原料与设备,决定生产成本的两个关键项原料与设备,决定生产成本的两个关键项10精密发酵另一个重要领域是培养基的研发精密发酵另一个
17、重要领域是培养基的研发,由于细胞工厂的底盘细胞和目标产物不同,需设计针对性的培养基。在成熟的发酵产业链中,各参与企业的竞争,实质上是对工艺、成本、稳定性和规模的控制,培养基与发酵菌种的适配,简化工艺流程,提升整个生物反应效率,降低成本,提升产品批次间的稳定性,才能真正实施于大规模生产。在生产过程中,培养基总成本占有较大比重,按菌种和产物的不同,成本可达38%-72%,有机碳源通常是发酵成本中的主要组成。在培养基成分上选择天然物料,优先考虑农业生物质废料作为原料,可以实现成本可控、环境友好,如以木质纤维素替代蔗糖、淀粉等碳源;除生物质外,甘油和C1(CO、CO2、甲烷和甲酸盐等)资源作为碳源也受
18、到了广泛关注。发酵原料发酵原料精密发酵精密发酵目标产物目标产物碳源氮源生长因子诱导剂杂质替代蛋白食品添加剂新食品原料功能食品原料图3丨精密发酵原料、产物(来源:DeepTech)在培养基中避免或减少使用昂贵的生长因子和诱导剂有利于进一步降低成本。由于工业级培养基存在较多的抑制剂和不可发酵组分等杂质,需要深入解析底盘细胞的耐受机制并针对性改造。发酵设备全球产能仍然有限发酵设备全球产能仍然有限,用于精密发酵的发酵设备仅占3%,占比低的原因是由技术和市场双重决定的,一方面精密发酵要求工艺设备的溶氧、pH、温度、进排气控制的精度高;另一方面由于产物附加值比较高,往往生产规模较小。同时,中国工艺设备自主
19、率仍然比较低,发酵产线的建造和调试依赖进口。发酵革新,向理性设计迈进发酵革新,向理性设计迈进11发酵过程微生物的生长状态尚未完全解析发酵过程微生物的生长状态尚未完全解析,与合成生物学对细胞的理性设计不同,目前对发酵的工艺控制仍以经验为主,尚未有数学模型能完全预测生物发酵过程。合成生物学的不断发展,通过不同条件不同发酵阶段的样品多组学分析解析代谢特征,以实现发酵过程的定向调控,提升目标产量,减少杂质产生。一旦微生物在大规模发酵的生长代谢状态被清晰描绘,就可以颠覆现有的发酵工业逻辑,由“自上而下”的经验摸索,转变为“自下而上”的理性设计。与此同时,传统化工行业的巨头也没有坐以待毙,如杜邦、巴斯夫、
20、LG化学、帝斯曼等都已在合成生物方面有了很多布局,而他们有着更多的产业化成功经验。黎明前的黑暗,风平浪静却又危机四伏,如何打通产业链上下游是摆在已度过早期研发阶段公司面前的现实问题。精密发酵在传统工业的革新上,生物医药领域已经给出了可借鉴的路径,CMO合同加工外包在已发展出成熟的商业模式,甚至已经成为了中国新药获批上市的加速器。在精密发酵领域,是否能够创新出相似于CMO的生产模式(而非现有的OEM代工生产模式),以知识技术密集型服务,图4丨发酵竞争力影响因素(来源:Trends in Biotechnology)最大程度发挥生产经验、资源和技术优势,有待市场和创新者的实践。随着工业4.0的进程
21、,以机器人、智能传感器、人工智能、物联网和大数据作为主要推动力的新技术,为未来食品的发展提供无限想象。分离纯化:高效率获得目标产物分离纯化:高效率获得目标产物12产物分离纯化作为大规模生产流程中的最下游,在传统的食品工业发酵中并非高成本环节,发酵用微生物往往作为产品的一部分(如发酵乳制品、活性酵母),或以混合物作为最终产品(如酱油、泡菜等)。在新食品产业中在新食品产业中,产品的分离纯化成为了不可或缺的一个环节产品的分离纯化成为了不可或缺的一个环节,成本占比随之提升成本占比随之提升,如食品添加剂、香精香料、乙醇、柠檬酸等,都需要以纯物质作为产品。在细胞工厂中,产物大都在细胞内积累,首先需要对细胞
22、进行破碎,此过程往往产生大量的能源消耗;然后采用过滤、沉淀、离心、干燥等技术将目标产物分离。值得注意的是,此分离纯化的方式仍然较为粗放,仍需进一步精制,但提纯技术在近些年并未有重大突破,在食品组分要求更加清晰的替代蛋白、食品添加剂、新食品原料、功能食品原料等领域,提纯技术亟待更大的突破。研究如何从混合物中把一种或几种物质分离出来,是一个应用性很强的领域,涉及物理、化学、生物学等方面的知识和操作技术。参考生物医药领域,生产环节下游需要通过分离纯化提高产品的纯度和收率,保障产品质量和稳定性,因此分离纯化成为生物药成本降低的重要环节。以生物技术指导下的未来食品的发展,将会更多地依赖分离纯化技术,食品
23、作为消费类产品,成本控制势必成为市场竞争的关键环节。构建细胞工厂构建细胞工厂底盘细胞底盘细胞原核生物真核生物无细胞系统理性设计理性设计元件基因组代谢网络筛选生产细胞筛选生产细胞精密发酵精密发酵分离纯化分离纯化发酵原料发酵方式原料控制放大路径产品产品研发阶段产业化阶段图5丨合成生物学从研发到产业化历程(来源:DeepTech)食品成为全球合成生物市场重要增长极食品成为全球合成生物市场重要增长极13据CB Insights预测,到2024年全球合成生物学市场规模将从2020年的68亿美元,跃升至189亿美元。从不同下游行业应用来看,波士顿咨询(BCG)预测到2026年,医疗、科研和工业化工产品三大
24、应用行业的全球市场规模都将超过60亿美元,食物和饮料、农业和消费品将迎来大幅提升,将迎来超过40%的高增长率。麦肯锡预测生物技术的革命在食品领域将聚焦于CRISPR技术、微生物组、蛋白质技术的应用;革命性的能力在于细胞构建、高精度控制、细胞改造能力提升、高通量研发手段等。230427.7722.25723.8020004000600080002019202020212026e图6丨食品饮料行业全球合成生物市场规模(单位:百万美元;数据来源:BCG)现有现有(-20222022)短期短期(20232023-20302030)中期中期(20302030-20402040)长期长期(20402040
25、-)食品添加剂生产基因工程作物食品溯源追踪替代蛋白基于微藻的产品微生物组应用功能性营养组分细胞培养肉食品品质控制减少碳排放增强光合作用作物表3丨合成生物学技术在食品各应用领域爆发加速点预测(数据来源:麦肯锡、DeepTech)市场、政策双推动,新食品赛道走向下半场市场、政策双推动,新食品赛道走向下半场14近年合成生物学在食品领域垂直赛道中,我们明确的看到了一些变化,企业逐步从平台型全能企业,分化出专注于某一垂直领域的企业,在细分市场站稳脚跟后,开始布局更有技术优势和产品壁垒的新兴市场;上下游产业链逐步贯通,从专注于研发到产业链建设,树立领域内产业化标杆。合成生物研发型企业大多已基本完成技术体系
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