基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝附子汤“异病同治”类风湿关节炎与冠心病的作用机制.pdf
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1、24云南中医中药杂志2024年第45卷第2 期基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝附子汤“异病同治”类风湿关节炎与冠心病的作用机制李思泽,黄菁”,曲鹏达,陈雪松,汤小虎1.4(1.云南中医药大学,云南昆明6 50 50 0;2.昆明医科大学第三附属医院/云南省肿瘤医院,云南昆明6 50 118;3.武警云南省总队医院,云南昆明6 50 111;4.云南省中医医院,云南昆明6 50 0 2 1)摘要:目的运用网络药理学的方法探讨桂枝附子汤“异病同治”类分湿关节炎(RA)与冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选桂枝附子汤的主要活性成分和作用靶点,通过Genecards、T T
2、 D、OMIM、Ph a r mG k b、D r u g Ba n k 数据库数据库搜集RA和CHD的相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点通过Uni-prot校正后,取交集靶点,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物活性成分靶点网络,获取关键活性成分;通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape3.9.1中的CytoNCA插件对交集靶点进行分析,筛选出核心靶点;运用R4.1.3软件进行GO功能富集和KEGG通路分析,比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取关键活性成分及核心靶点,应用AutoDockvina进行分子对接验证。结果筛选出桂枝附子汤活性成分1
3、54个,主要成分包括榭皮素、柚皮素、山奈酚等;疾病交集靶点146 个,核心靶点为AKT1、ST A T 3、M A PK 1、MAPK3、T P53等;GO分析结果表明桂枝附子汤治疗RA与CHD主要涉及氧化应激反应、活性氧代谢过程、脂代谢等生物学过;KEGG结果表明桂枝附子汤可能通过调控脂质与动脉粥样硬化通路、AGER A G E信号通路、P13K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等发挥对RA与CHD的“异病同治”作用。分子对接结果表明桂枝附子汤关键活性成分与核心靶点结合稳定。结论桂枝附子汤治疗RA与CHD涉及多成分、多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有稳定的对接活性,可为
4、后续临床应用与实验研究提供理论参考。关键词:桂枝附子汤;网络药理学;异病同治;类风湿关节炎;冠心病中图分类号:R593.22文献标志码:A文章编号:10 0 7-2 349(2 0 2 4)0 2-0 0 2 4-0 9类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,R A)是一种以侵蚀性关节炎为主要临床表现的自身免疫病,基本病理表现为滑膜炎、血管增生,并逐渐出现关节软骨和骨破坏,最终导致关节畸形和功能丧失,可并发肺部疾病、心血管疾病、恶性肿瘤及抑郁症等 。RA的死亡病例中,约50%与心血管疾病(cardiovasculardisease,CVD)2相关,类风湿关节炎患者心血管病变发生
5、率达2 4.2%左右,其中以冠心病较为常见 3。冠心病(coronary heart disease,CHD)是以冠状动脉发生粥样硬化引起管腔闭塞或狭窄最终导致心肌缺血缺氧或坏死为主要病理特征的临床常见病、多发*基金项目:云南省卫生科技计划项目(2 0 17 NS165);云南省“高层次人才培养支持计划”(“名医”专项);云南省教育厅科学研究基金项目(2 0 19 J1290);云南省科技厅科技计划项目(2 0 2 0 0 1AY070001-245)第一作者简介:李思泽(19 9 6),男,硕士研究生,研究方向:风湿病的中医防治研究。通信作者:汤小虎,E-mail:tigerlet_病 41
6、。RA与 CHD 目前的共同发病机制、疾病之间的相互作用机制尚不明确。中医药治疗复杂的多系统疾病有独到的优势,RA属于中医“痹证”的范畴,素问痹论提出“风寒湿三气杂至,合而为痹”的发病学观点,吴生元 5 教授认为“阳虚邪凑”为痹证的关键病机。冠心病属于中医“胸痹”的范畴,本病的发生与寒邪内侵、情志失调、饮食不节、劳倦内伤、年迈体虚等因素有关,“阳微阴弦”为本病的基本病机 6 。由此可见,阳气不足与寒邪内侵是二者共同的发病因素,可能是中医“异病同治 的基础。2024年第45卷第2 期桂枝附子汤出自金匮要略,主治“伤寒八九日,风湿相搏,身体疼烦,不能自转侧,不呕不渴,脉浮虚而涩者”,由桂枝、附子、
7、甘草、生姜、大枣5味中药组成,具有温阳散寒、除湿通络之功,广泛应用于风湿性疾病、心血管疾病的治疗 7-8 。中药复方是在辨证论治理论和中医整体观念指导下,根据药物性味与临床病机,依据君臣佐使、七情和合等配伍原则组成 )。中药复方中的成分与临床作用机制极其复杂,其临床功效的发挥往往依赖于多途径、多成分、多靶点的协同 10-1。桂枝附子汤以其温阳散寒的核心功效应用于类风湿关节炎与冠心病的治疗,现阶段对于桂枝附子汤治疗 RA 与 CHD的共同机制尚不明确,本研究运用网络药理学以及分子对接的研究方法,对桂枝附子汤异“异病同治”RA与CHD的机制进行分析,以期为其临床应用与基础研究提供参考。1资料与方法
8、1.1桂枝附子汤活性成分及靶点筛选通过访问TCMSP数据库平台,分别以“桂枝”、“附子”、“生姜”“大枣”“甘草”为关键词,在数据库收集桃红四物汤药效成分信息,以DL0.18和OB30%为筛选条件,搜索该数据库中所包含桂枝附子汤有效活性成分及其靶点。1.2桂枝附子汤与RA和CHD疾病靶点与交集靶点获取通过 Genecards、T T D、O M IM、Ph a r mG k b、D r u g-Bank数据库,以“rheumatoid arthritis”为关键词检索治疗RA的靶点,以coronary heart disease”为关键词检索治疗冠心病的靶点。经筛选与去重后,通过DrawVen
9、nDiagram网站分析并获取桂枝附子汤治疗RA和CHD的交集靶点,绘制Venn图。1.3药物靶点疾病网络构建将筛选的交集靶点及活性成分交集靶点导人Cytoscape3.9.2软件,利用 Analyze Network 功能,基于自由度、紧密度、介度中心性等参数以评估节点在网络中的重要性,构建“药物-靶点一疾病”网络。1.4蛋白相互作用网络构建及核心靶点筛选将交集靶点导入STRING数据库,设定物种为人类,设定最小蛋白互作置信度阈值为0.9,隐藏孤立靶点1个,得到蛋白相互作用网络,导人Cytoscape3.9.2软件,云南中医中药杂志运用Analyze Network功能对靶基因进行拓扑分析,
10、通过CytoNCA插件筛选核心靶点。1.5GO与KEGG分析运用R软件的BiocManag-er、c l u s t e r Pr o f i l e r、p a t h v i e w 等程序包把基因简称(Sym-bol)转化为基因 ID(EntrezID)并进行GO 功能富集分析与KEGG通路富集分析。1.6分子对接验证选取度值排名前3的中药活性性成分作为配体,查阅文献后选取相关核心靶点作为受体蛋白进行分子对接分析。从PDB数据库中下载靶蛋白的3D结构,保存为“pdb”格式的文件,在Pum-Chem中下载3种成分的小分子配体2 D结构,通过Chem3D软件将2 D结构转化为3D结构并优化结
11、构,通过Pymol软件进行去水,加氢等操作。运用AutoDock1.5.7软件将小分子配体与核心蛋白基因pdb格式转为pdbqt格式并设置合适的对接参数,运行Vina进行分子对接,在Pymol中将部分结果可视化。2结果2.1桂枝附子汤活性成分与靶点经过 TCMSP数据库检索及筛选,得到桂枝附子汤活性成分154种,其中包括桂枝7 种,附子2 1种,生姜5种,大枣2 9种,甘草9 2 种,通过UniProt数据库去重并校对后得到2 2 9 个作用靶点。OB值前50 活性分,见表1。2.2检索疾病交集靶点检索 OMIM、G e n e Ca r d s、TTD、Ph a r mG k b、D r u
12、 g Ba n k 数据库,经筛选及合并去重后得到RA相关疾病靶点2 9 6 5个、CHD相关靶点7515个,桂枝附子汤与RA、CH D 的交集靶点146 个,见图1。2.3桂枝附子汤治疗类风湿关节炎和冠心病的“药物靶点疾病”网络构建及分析将桂枝附子汤与RA、CH D 的交集靶点导入Cytoscape3.9.1软件,对“药物靶点-疾病”进行网络构建,见图2。该网络由2 53个节点和12 0 4条边组成,经分析得到Degree排名前10 的成分为quercetin(皮素)、kaempferol(山奈酚)、naringenin(柚皮素)、7-Methoxy2-methyl isoflavone(7
13、-甲氧基-2 甲基异黄酮)、lico-chalcone a(甘草查尔酮a)、f o r mo n o n e t i n(刺芒柄花素)、isorhamnetin(异鼠李素)、shinpterocarpin(甘草)、b e t a c a r o t e n e(胡萝卜素)、Licoagrocarpin(葡糖苷),见表2。2526Mol IDMOL012940SpiradineAMOL002311GlycyrolMOL012992Mauritine DMOL008647MoupinamideMOL002421ignavineMOL004990 7,2,4-trihydroxy-5-methoxy
14、-3-arylcoumarinMOL002419(R)-NorcoclaurineMOL004904licopyranocoumarinMOL004891 shinpterocarpinMOL005017 PhaseolMOL004841Licochalcone BMOL004810glyasperin FMOL0014844InermineMOL000500VestitolMOL00803421302-79 4MOL005007glyasperins MMOL004941(2R)-7-hydroxy-2-(4-hydroxy-71.12phenyl)chroman-4-oneMOL00495
15、9 1-MethoxyphaseollidinMOL000392 formononetinMOL002398 KaranjinMOL003410 Ziziphin_qtMOL004863 3-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-MOL004903 liquiritinMOL004808 Glyasperin BMOL004829 CGlepidotin BMOL004855Licoricone桂枝附子汤(229)24图1桂枝附子汤与RA、CH D 交集靶点云南中医中药杂志表1OB值前50 活性成分分子名称OBDL药物Mol ID113.500.61大枣MOL0049141,3-
16、dihydroxy-8,9-dimethoxy-90.780.67甘草89.130.45大枣MOL004835Glypallichalcone86.710.26大枣MOL004907Glyzaglabrin84.080.25附子MOL001736(-)-taxifolin83.710.27甘草MOL005000Gancaonin GMOL004824(2S)-6-(2,4-dihydroxyphenyl)-82.540.21附子80.360.65甘草80.300.73甘草78.770.58甘草MOL0048493-(2,4-dihydroxyphenyl)-8-76.760.19甘草75.84
17、0.54甘草75.180.54甘草MOL004328naringenin74.660.21甘草MOL000787Fumarine73.520.77大枣MOL005003Licoagrocarpin72.670.59甘草MOL0048388-(6-hydroxy-2-benzofuranyl)-58.440.18甘草MOL004576taxifolin69.980.64甘草MOL002388Delphin_qt69.670.21甘草MOL005360malkangunin69.560.34附子MOL005012Licoagroisoflavone66.950.62大枣MOL002395Deoxy
18、andrographolide66.370.41甘草MOL000211Mairindihydroxye-8-(3-methylbut-2-MOL005018Xambioonaenyl)chromoneMOL000492(+)-catechin65.690.74甘草MOL005020dehydroglyasperins C65.220.44甘草MOL0049938-prenylated eriodictyol64.460.34甘草MOL004908Clabridin63.580.47甘草MOL004910GlabraninMOL004879Glycyrin(7515)CHD50561014691
19、1012024年第45卷第2 期分子名称OBDL药物62.900.53甘草6-benzofurano3,2-cchromenone61.600.19甘草61.070.35甘草60.510.27桂枝60.440.39甘草60.250.63甘草2-(2-hydroxypropan-2-yl)-4-methoxy-2,3-dihydrofuro3,2-gchromen-7-one(1,1-dimethylprop-2-enyl)-7-hydroxy-5-methoxy-coumarin2,2-dimethyl-5-chromenol表2 Degree排名前10 主要活性成分MOL ID成分MOL00
20、0098quercetinMOL000422kaempferolMOL004328naringeninMOL0038967.-Methoxy-2-methyl isoflavone1709MOL000497MOL000392MOL000354MOL004891RAMOL002773(2965)MOL00500359.620.43甘草59.290.21甘草59.260.83大枣58.810.58甘草0.38甘草57.840.27桂枝57.760.28附子57.710.63大枣57.280.49甘草56.300.31附子55.380.78大枣54.850.87甘草54.830.24大枣53.820
21、.37甘草53.790.4甘草53.250.47甘草52.090.31甘草52.610.47甘草Degree102382621licochalcone a21formononetin19isorhamnetin19shinpterocarpin18beta-carotene18Licoagrocarpin172024年第45卷第2 期云南中医中药杂志27L000T87MOL0O4BB4MOLO07213.00239MOL00022MOL004849LOO48PGL01287MOLO0O096MOL00144MOLOO43SMCLOO0D4MOL0O111BCLAAPKMOL0O4MoL0o2m
22、3MOL004B4LOO409BCL2PACMOL002395MOLOOCR11CRPINE一MOLOO4B82ONOEEABRABRA.004HSPA.00485MOL005020MOL00S018PUA005003MOLCMOL012892MOLOO4MOLO0401004827MOL0023827MOL004B24MOL00238MOLDD4DEMOLOOCR39MOMOL004B14MOLOOS0MOLOD4811MOLGO428MOLOOOEMOL001822MOL004974MOLL004B66MOL004820MOLOODMOLOOAD1SMOLOSD16MOUL004857MO
23、LoOOMOL0O4911MOLOOO4OMOL002565MOLOOSOOBMOL004814MOLOHSMOL005012图2 桂枝附子汤治疗RA与CHD的“药物靶点-疾病”网络图图注:黄色代表附子、红色代表桂枝、紫色代表甘草、绿色代表大枣、蓝色代表生姜2.4交集靶点PPI网络构建及核心靶点分析根据靶点蛋白与药物的关系可以构建“药物一靶点一疾病”网络,将数据导入STRING数据库,获得包含146个节点和6 0 3条边的PPI网络,输出PPI网络为TSV格式并导人Cytoscape3.9.1进行网络拓扑分析,通过CytoNCA插件筛选出大于中位数值的核心靶点,构建核心靶点的筛选策略图,见图3
24、。最终经两次筛选获得包含15个节点和7 9 条边的核心靶点PPI网络,涉及到的疾病核心靶点包括STAT3、M Y C、H IFA、ESR 1、MAPK3、T P53、M A PK 1、R ELA、H SP9 0 A A 1、FO S、AKT1、M A PK 14、CCND 1、EG FR、CD K N1A。2.5GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析结果通过R软件进行了富集分析,GO功能富集分析显示,见图4。生物过程(BP)主要参与对脂多糖的反应、对氧气水平的反应、对活性氧的反应、对氧化应激的反应、细胞对缺氧的反应;细胞成分(CC)中主要富集于脂筱、膜微区、囊腔、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合
25、物、膜小凹;分子功能(MF)中主要与DNA转录因子结合位点、核受体的活动、配体激活的转录因子活性、RNA聚合酶II特异性 DNA-结合转录因子结合、转录辅助调节因子结合相关。KEGG通路富集结果表明,见图5。类风湿关节炎和冠心病与脂质和动脉粥样硬化通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉硬粥样硬化通路、P13KA k t 信号通路、白介素17 信号通路、TNF信号通路等密切相关。28云南中医中药杂志2024年第45卷第2 期TP53CCND1MYCMBC16.36BC6217CC0.50CC0.21EOPRHFuDC7NC3.5EC0.04LAC2.66CDKN1AFOSHIF1AE
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