分子生物学复习题(有详细答案).doc

绪论

思考题：（P9）
1. 从广义和狭义上写出分子生物学的定义？
广义上讲的分子生物学包括对蛋白质和核酸等生物大分子结构与功能的研究，以及从分子水平上阐明生命的现象和生物学规律。
狭义的概念，即将分子生物学的范畴偏重于核酸（基因）的分子生物学，主要研究基因或DNA结构与功能、复制、转录、表达和调节控制等过程。其中也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。
2、现代分子生物学研究的主要内容有哪几个方面？什么是反向生物学？什么是后基因组时代？
研究内容： DNA的复制、转录和翻译；基因表达调控的研究；DNA重组技术和结构分子生物学。
反向生物学：是指利用重组DNA技术和离体定向诱变的方法研究已知结构的基因相应的功能，在体外使基因突变，再导入体内，检测突变的遗传效应，即以表型来探索基因结构。
后基因组时代：研究细胞全部基因的表达图式和全部蛋白质图式，人类基因组研究由结构向功能转移。
3、写出三个分子生物写学展的主要大事件（年代、发明者、简要内容）
1953年Watson和Click发表了“脱氧核糖核苷酸的结构”的著名论文，提出了DNA的双螺旋结构模型。
1972~1973年，重组DNA时代的到来。H.Boyer和P.Berg等发展了重组DNA技术，并完成了第一个细菌基因的克隆，开创了基因工程新纪元。
1990~2003年美、日、英、法、俄、中六国完成人类基因组计划。解读人类遗传密码。
4、21世纪分子生物学的发展趋势是怎样的？
随着基因组计划的完成，人类已经掌握了模式生物的所有遗传密码。又迎来了后基因组时代，人类基因组的研究重点由结构向功能转移。相关学说理论相应诞生，如功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学。生命科学又进入了一个全新的时代。

第四章

思考题：（P130）

1、 基因的概念如何？基因的研究分为几个发展阶段？
概念：基因是原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是遗传的基本单位和突变单位以及控制形状的功能单位。
发展阶段：20世纪50年代以前，主要从细胞的染色体水平上进行研究，属于基因的染色体遗传学阶段。
20世纪50年代以后，主要从DNA大分子水平上进行研究，属于分子的生物学阶段。
近20年来，直接从克隆目的基因出发，研究基因的功能及其表型之间的关系，反向生物学阶段。

5、什么是C值和C值矛盾？主要表现有哪些？
C值：真核生物单倍体基因组所包含的全部DNA量成为该物种的C值。
C值矛盾（悖理）：指真核生物中DNA含量的反常现象。
主要表现：C值不随生物的进化程度和复杂性增加
关系密切的生物C值相差甚大
真和生物DNA的量远远大于编码蛋白质等物质所需的量
6、断裂基因、外显子和内含子的概念是什么？它们的关系如何？
断裂基因：基因内部插入了不编码序列，使一个完整的基因分隔成不连续的若干区段，这样的基因叫做不连续基因或断裂基因。
外显子：真核生物不连续基因中有编码功能的区段称为外显子。
内含子：无编码功能的区段称为内含子。
关系：真核生物基因组中的不连续基因无论存在于何种组织，表达或不表达，其序列都保持不变，但内部的外显子和内含子数目、位置及长度却是可变的。
内含子与外显子之间的连接位点：共同保守序列、无序列同源性和互补性
7、重叠基因最初是在什么生物中发现的？重叠基因的存在有何意义？
&X174噬菌体；
重叠基因存在意义：提高基因利用率。
8、分别写出病毒、原核、真核生物基因组的概念，请比较它们各自的特点及其异同。
病毒基因组：病毒中所含的一整套基因,包括构成基因和基因之间区域的所有DNA。
基因组特点：与细菌相比较，病毒的基因组很小，含遗传信息少，只能编辑少数蛋白质。
基因组可由DNA或RNA组成，但每种病毒只含一种核酸。核酸的结构可以是单链或双链、闭合环状或线状分子。
病毒基因组通常有重叠。重叠基因使用共同的核苷酸序列，但转录的mRNA有不同可读框。有些基因又相同可读框，但起始密码子或终止密码子不同。
病毒基因组的大部分序列用来编码蛋白质，基因之间的间隔序列非常短。非编码区占很小部分
病毒基因组中在功能上相关的基因一般集中成簇，在特定的部位构成一个相对的功能单元或转录单元。转录产物一般为多顺反子mRNA，之后加工成各蛋白质的mRNA。
噬菌体的基因是连续的。
原核生物基因组：原核生物染色体、质粒中所含有的一整套基因。
特点：基因通常仅由一条环形或线形双链DNA分子组成。
只有一个复制起始点。
有操纵子结构数个相关的结构基因串联在一起，受统一调控区调节，合成多顺反子mRNA。
编码蛋白质的结构基因为单拷贝的，但rRNA基因一般为多拷贝的。
非编码DNA所占比例很少，类似于病毒基因。
基因组DNA具有多种调控区。如复制起始区、复制终止区、转录启动子、转录终止区等特殊序列，以及还有重复序列，比病毒基因组复杂。
与真核生物基因类似，也具有可移动的DNA序列组分。
真核生物基因组：真核生物的单倍染色体组、细胞器中所含的一整套基因。
特点：真核基因组的分子质量大。相当的复杂度。
线状染色体，每条染色体多个复制起点。
细胞核DNA与蛋白质稳定的结合，形成染色质的复杂高级结构。
基因表达中，转录和翻译在时间和空间上被分隔，不偶联。
大量重复序列，且单位长度不一，重复程度各异。
基因一般以点拷贝形式存在，转录产物为单顺反子mRNA。
存在着可移动的DNA序列。
绝大多数真核生物基因都含有内含子，基因编码区是不连续排列的。
异同：红色标记相同点；绿色为不同点
9、简要叙述真核生物的DNA序列的几种类型。
单拷贝的DNA序列
低度重复的DNA序列，有2~10个拷贝数；
中度重复的DNA序列，有几十至数十万个拷贝数
高度重复DNA，重复次数上万至数百次。
10、内含子有什么功能？其存在有何意义？
促进重组。
增加基因组的复杂性。
含有可读框
基因组中外显子和内含子是相对的，有些内含子具有编码序列，能产生蛋白质或功能RNA.
含有部分剪接信号
产生核仁小RNA.
内含子对基因表达有影响。
存在意义：有利于变异与进化，增加重组机率，提高进化率。
14、人类基因组研究哪些内容？研究人类基因组有何重大意义？
研究内容：对人类全基因组作图，或染色体作图（包括遗传连锁作图和物理作图），也就是对基因组进行标记和划分，为基因或特定DNA序列在染色体上的位置提供标志。进一步还包括绘制转录图谱。
对基因组DNA进行裂解切割和基因克隆。把几百甚至几千碱基长度的DNA片段按已知的标识进行有序的排列。
测定基因组的全部DNA序列。对全部DNA进行序列分析，按其在染色体上的位置进行排列，得到在染色体上DNA序列的全部。
基因的鉴定，即确定每个基因的结构，分离和鉴定具有重要功能以及与重大疾病相关的基因。
建立基因的信息系统、基因信息的储存、处理以及开发相应的软件。
重大意义：
16、什么是功能基因组学？基因芯片？蛋白质组学？生物信息学？
功能基因组学：是指利用结构基因组学提供的信息，以大规模实验方法及统计与计算分析，全面系统地分析全部基因功能的学科。
基因芯片： 是利用原位合成法或将已合成好的一系列寡核苷酸探针分子以预先设定的排列方式固定在固相支持界面表面（硅片、玻片、尼龙膜等），形成形成高密度寡核苷酸阵列，与样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。
蛋白质组学：指研究某一基因组在某一特定细胞、特定时间内所表达的全部蛋白质的集合体，以及所有蛋白修饰后的各种形态。
生物信息学：
17、分子生物学信息数据库主要有哪4大类？
基因组数据库；
核算和蛋白质一级结构序列数据库；
生物大分子三围构象数据库；
由以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。
18、名词解释：基因家族 基因簇 假基因 HGP STS SAGE BAC YAC ORF
基因家族：是真核生物基因生物基因组中来源相同、结构相似、功能相关的一组基因。
基因簇：基因家族中各成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位，定位于染色体的特殊区域，他们属于同一个祖先的基因扩增产物。基因簇中也包含没有生物功能的假基因。通常，基因簇内各序列的同源性大于基因族间的各序列的同源性。
假基因：在多基因家族中，有些成员的DNA序列结构与有功能的基因相似，但不表达产生有功能的基因产物，这些基因称假基因。
HGP: Human genome project 人类基因组计划。
STS: Sequence-tagged site 序列标签位点。为一段300~500bp的已知序列，在染色体上有一定的位置。
SAGE: serial analysis of gene expression 基因表达系统分析 原理是cDNA3‘端有一段9~11bp的短序列包含了能代表该转录本的足够信息，能够区分该基因组中95﹪的基因，这段特定序列称为SAGE标签。显示所代表基因是否被表达，及表达程度。
BAC: bacterial artificial chromosome 细菌人工染色体
YAC: yeast artificial chromosome酵母人工染色体
ORF:可读框

第六章 DNA的损伤、修复和基因突变
思考题：（P186）

1、 什么是DNA的损伤？DNA的结构的改变有哪两种类型？其危害有哪些？。
DNA损伤指在生物体生命过程中DNA双螺旋结构发生的任何改变。
DNA的结构发生的改变主要有两种类型：单个基因的改变；双螺旋结构的异常扭曲。
危害：单个碱基改变只影响DNA序列而不影响整体构象，当DNA双螺旋被分开时并不影响转录或复制过程，而是通过序列的变化改变子代的遗传信息。
双螺旋结构的异常扭曲对DNA复制或转录可产生生理性伤害。
2、 DNA分子碱基自发性化学改变可造成哪几种损伤？
互变异构移位
脱氨基作用
DNA聚合酶的打滑
活性氧引起的诱变
碱基丢失
3、 化学因素引起的DNA损伤主要有哪几种？写出要点？
烷化剂对DNA的损伤：烷化剂是一类亲电子的化合物，很容易与生物体中大分子的亲核位点起反应。碱基烷基化、碱基脱落、断裂、交联（具体见课件）

碱基类似物对DNA的损伤：人工可以合成一些碱基类似物用作促突变剂或抗癌药物，如5-溴尿嘧啶（5-BU）、5-氟尿嘧啶（5-FU）、2-氨基腺嘌呤（2-AP）等。

4、 什么事DNA的修复？细胞对DNA损伤的几种修复系统是什么？
DNA修复： 是指针对已发生的缺陷而进行的补救机制。是指生物体细胞在长期进化过程中形成的一种保护功能。
修复系统： 切除修复（excision repair）：碱基切除修复和核苷酸片段切除修复
错配修复：（mismatch repair）校正活性所漏校的碱基使复制的保真性提高100～1000倍
直接修复：(direct repair)是把被损伤的碱基回复到原来状态的一种修复。

重组修复：(recombination repair)机体细胞对在复制起始时尚未修复的DNA损伤部位可以先复制，再修复，这种方式为~
易错修复: (error prone repair) SOS反应诱导的修复系统中的易产生差错的修复。易产生差错的修复是由于SOS反应能诱导产生缺乏校对功能的DNA聚合酶，使之在DNA链的损伤部位即使出现不配对碱基，复制也能继续进行，从而增加细胞存活的机会。同时，这个过程带来高突变率。

5、 什么是SOS反应？SOS反应由什么物质引起的？意义如何？
SOS反应：许多能造成DNA损伤或抑制DNA修复的过程能引起一系列复杂的诱导效 应，这种诱导效应称为应急效应（SOS response）。
引起物：SOS反应由RecA蛋白和LexA阻遏物相互作用引起。
意义：DNA的修复
导致变异
在DNA复制受到阻碍的情况下避免因细胞分裂而产生不含DNA细胞，或者使细胞有更多重组和修复的机会。

6、 基因突变的概念如何？简要写明基因突变的几种类型。什么是突变热点？

基因突变：基因内的遗传物质发生可遗传的结构和数量的变化，通常产生一定的表型。
类型：碱基替换（点突变）：DNA错配碱基在复制后被固定下来，由原来的一个碱基对被另一个碱基对所取代。包括转换（嘌与嘌、嘧与嘧）和颠换（嘌与嘧，嘧与嘌）两种类型。
插入突变：基因的序列中插入了一个碱基或一段外来DNA导致的突变。两种方式：拷贝或复制移动，指一个位点上的序列被复制后插入到令一个位点；非拷贝移换，DNA序列从一个位点直接移动到另一个位点。
同义突变：基因突变改变了密码子的组成，但由于密码子的简并性而未改变所编码氨基酸的突变。又称无声突变或中性突变。
错义突变：基因突变改变了所编码的氨基酸的种类或位置的突变，能不同程度的影响蛋白质和酶的活性。
无义突变：基因突变使氨基酸的密码子变成终止密码子时，导致翻译提前结束。
移码突变：是由一个或多个非三正倍数的核苷酸对插入的缺失，导致编码区该位点后的三联体密码子可读框改变，从而使错误的氨基酸都发生错误，使基因产物完全失活。
缺失突变：指一个或多个碱基从一段DNA序列中被删除，或较长核苷酸序列丢失引起的突变，这种突变难以回复。
渗漏突变：是突变基因的产物尚有部分活性的错义突变，是表型介于野生型与完全突变型之间的某种状态。

回复突变：从突变体又恢复原野生型的突变过程。
突变热点：DNA分子上任意位点发生的频率并不相等，在某些位点发生突变的频率远远高于其平均数，称为突变热点。
7、 导致DNA分子发生诱变的诱变剂主要有哪些？
碱基类似物
碱基的修饰剂
嵌入染料
紫外线和电离辐射
8、 名词解释：
MRS SSB MEC
MRS: Mismatch Repair Systerm错配修复系统（组成及作用见课件）
SSB:
MEC: Mismatch correct enzyme 错配矫正酶（组成及应用见课件）

第七章DNA的重组与转座

复习题（P212）

1、 简述DNA重组的概念与意义。
概念：DNA分子内或分子间发生遗传信息的重新组合，称为遗传重组，或基因重排。
意义：迅速增加群体的遗传多样性；使有利突变与不利突变分开：通过优化组合积累有意义的遗传信息；参与许多重要的生物学过程，为DNA损伤或复制障碍提供了修复机制；某些基因的表达受到DNA重组的调节。
2、 DNA重组包括哪些过程？与DNA重组有关的酶主要有哪些？
DNA重组Holliday模型的四个关键步骤：
①两个同源染色体DNA排列整齐；
②一个DNA的一条链断裂并与另一个DNA对应的链连接，形成的连接分子，称为Holliday中间体；
③通过分支移动产生异源双链（hetero duplex)DNA；
④Holliday中间体切开并修复，形成两个双链重组体DNA。
主要的酶：RecA 蛋白催化双链和单链 DNA 的反应阶段

RecBCD（外切核酸酶Ⅴ）具有ATP解旋酶（再旋）活性、可被ATP增强的内切核酸酶活性、依赖于ATP的外切核酸酶活性、

原核同源重组的其它蛋白
a、 RuvA 识别 Holliday 结构的连接点，4聚体
b、 RuvB 为分枝迁移提供动力（ATPase 10～20bp/s） ，6聚体
c、 RuvC 核酸内切酶---专一性识别 Holliday 结构的连接点,
体外切断连接点以拆分重组体,识别不对称的四核苷酸5’A/TTTG/C.
d、 DNA聚合酶和DNA连接酶进行修复合成

3、 什么是同源重组？什么是Holiday模型？什么是特异位点重组？
同源重组：又称一般性重组，由两条同源区的DNA分子，通过配对、链断裂和再连接，而产生的片段间交换的过程。
Holiday模型：同源重组的分子模型。
Holiday中间体：同源重组中连接两个DNA双链的交换中间物,含有4股DNA链，在连接处为了转换配对所形成交叉链的连接点,这种结构称Holiday中间体

特异位点重组：是由整合酶催化在两个DNA序列的特异位点间发生的整合。但位点不一定是同源性的，不依赖于DNA序列的同源性，而依赖于能与某些酶特异结合的DNA序列。

4、 细菌基因转移的机制有哪些？
接合作用(conjugation）：细菌细胞相互接触时遗传信息可由一个细胞转移到另一个细胞，称为~
转化(transformation)：细菌品系由于吸收了外援DNA（转化因子）而发生遗传性状改变的现象。
转导（transduction）：是通过噬菌体将细菌基因从供体转移到受体细胞的过程。两种类型：普遍性转导、局限性转导
细胞融合（cell fusion）：细胞质膜融合导致基因转移和重组。
5、 简述转座子的概念，转座子如何分类？什么是插入序列（IS）？
转座子：基因组中可移动的一段DNA序列。它们可以直接从基因组的一个位点移到另一个位点（供体和受体）
转座：一个转座子由基因组的一个位置转移到另一个位置的过程称为转座。
分类：由转座子的构成分插入序列（IS）和复合型转座子（Tn）
插入序列（IS）：最简单，是细菌染色体、质粒和某些噬菌体的正常组分
长度 750～1550bp
特点：a）只有转座酶基因,两端IR为转座酶的识别位点（反向重复序列）
b）插入靶位点后会出现靶位点的正向重复（5～9bp）
c)比较小，0.75-1.5kb

6、 复合型转座子（Tn）与IS元件有什么异同点？
共同特征：a）两端有15～25bp的Inverted repeat ,IR反向重复序列。为转座酶所必需
b）具有编码转座酶（transposase）的基因
c)转座后两端有正向重复序列
不同点：Tn转座子中除了有转座酶基因外，还带有药物抗性基因(或其相关基因)标志，因结构较大而复杂。

7、 简述复制型转座与非复制型转座的机制。
复制型转座：转座子元件被复制并被移动到受体位点，最终转座过程扩增了转座子的拷贝（供、受点）特征：
1）转座后原来位置上的转座因子保持不变；
2）在新的位置上的转座因子的两侧出现顺向重复序列
3）转座过程中有一共合体(cointegrate

非复制型：又称保留性转座。转座元件直接由一个部位转移到另一个部位，在原来的部位没有保留。主要是利用供体和靶DNA序列的直接连接，只需要转座酶。
非复制型转座过程:
（1）转座酶使转座子从供体DNA中释放出来；
转座酶使受体DNA靶位点形成交错切口；
（2）转座子插入交错切口(转座酶--转酯反应) ，
（3）连接并修复缺口单链，受体DNA产生同向重复序列。

8、 转座子转座的特征有哪些方面？

①能从基因组的一个位点转移到另一个位点，从一个复制子转移到另一个复制子；

②不以独立的形式存在(如噬菌体或质粒DNA)，而是在基因组内由一个部位直接转移到另一部位；

③转座子编码其自身的转座酶，每次移动时携带转座必需的基因一起在基因组内跃迁，所以转座子又称跳跃基因；

④转座的频率很低，且插入是随机的，不依赖于转座子(供体)和靶位点(受体)之间的任何序列同源性；

⑤转座子可插入到一个结构基因或基因调节序列内，引起基因表达内容的改变，例如使该基因失活，如果是重要的基因则可能导致细胞死亡。

• 不依赖供体序列与靶位点间序列的同源性,即不依赖于recA.
• 转座后靶序列重复
• 转座插入的靶位点并非完全随机（插入专一型）.
• 转座具有排他性(转座免疫性).如Tn3对排斥类转座因子的插入
• 转座具有极性效应:结构基因功能丧失,表达水平下降.
• 活化临近的沉默基因.
• 区域性优先.

9、 DNA转座引起了什么遗传学效应?
1、可引起基因突变——插入或切离；
2、插入位置染色体DNA重排可以产生新基因；
3、转座产生染色体畸变（缺失、倒位等）
4、产生新的变异，有利于进化。

10、 什么是逆转录转座子？逆转录子对基因组功能有哪些重要的影响？

逆转录转座：从DNA到RNA再到DNA的转移过程称为反转座或逆转录转座。
逆转录子：一类移动因子在转座过程中需要以RNA为中间体，经过逆转录过程再分散到基因组中，称为~。
影响：对基因表达的影响（启动基因表达、编码有关逆转录酶，影响基因表达等）
逆转录子介导基因的重排
生物进化中起重要作用

第十二章 原核生物基因表达调控

1、 什么是基因表达调控？基因表达调控有什么意义？
基因表达调控：是生物体内基因表达的调节控制机制，使细胞中基因表达的过程在时间、空间上处于有序状态，并对环境条件的变化做出适当反应的复杂过程。
基因表达调控的意义：基因表达调控是生物体内细胞分化、形态发生和个体发育的分子基础。适应环境、维持生长和增殖维持个体发育与分化。
2、 基因表达调控主要在那些水平上进行？
基因水平 、转录水平、转录后水平、翻译水平、翻译后水平

3、 原核基因表达调控有什么特点？
原核生物基因表达调控存在于转录和翻译的起始、延伸和终止的每一步骤中，多以操纵子为单位进行。
细胞要控制各种蛋白质在不同时期的表达水平，虽然可通过转录水平和翻译水平的调控，但主要发生在转录水平，有正负调控两种机制。主要以负调节为主。，其调节因子的活性主要受变构效应调节。
在转录水平上对基因表达的调控决定于DNA的结构、RNA聚合酶的功能、蛋白质因子及其它小分子配基的相互作用。原核生物的调节原件种类少，主要包括上游的启动区域调控原件和激活蛋白和阻遏蛋白的结合位点。

4、 以乳糖子为例，说明操纵子学说的建立对分子生物学研究有何重要意义？

5、 简述色氨酸操纵子的阻遏系统和弱化系统？
阻遏系统：是色氨酸生物合成途径的第一调控，主管转录是否启动。
当色氨酸过量时，它与阻遏蛋白形成复合物，并结合到操纵基因上阻止结构基因转录，即以终产物组织基因转录。
弱化系统：第二水平控制，它决定着已经启动的转录是否能继续进行下去。当mRNA合成起始以后，除非培养基中完全没有色氨酸，否则转录总是在前导区内终止。转录终止发生的区域称为弱化子或衰减子。前导区可分为四个区域，这四个区域的片段以两种不同的方式进行碱基配对，由核糖体经过前导区继续翻译的功能控制着这两种结构的转换，它决定mRNA是否形成终止所需的结构，从而产生弱化效应。

6、 名词解释：
顺式作用原件 ：对基因表达有调节活性的DNA序列，其活性只影响与其自身同处在一个DNA分子上的基因；这种DNA序列通常不编码蛋白质，多位于基因旁侧或内含子中。
反式作用因子：编码基因与其识别或结合的靶核苷酸序列不在同一个DNA分子上。
结构基因 ：编码蛋白质或RNA的基因。
操纵子：原核生物在分子水平上基因表达调控的单位，由调节基因、启动子、操纵基因和结构基因等序列组成。通过调节基因编码的调节蛋白或与诱导物、辅阻遏物协同作用，开启或关闭操纵基因，对结构基因的表达进行正、负控制。
IPTG ： 异丙基硫代—β—D—半乳糖苷
(p)ppGpp：细菌应急应答反应引起的ppGpp（鸟苷的5‘位和3’位上分别连有二磷酸基团）和pppGpp（鸟苷的5‘位上连有3个磷酸基团而3’位上连有二磷酸基团）两种异常核苷酸的大量增加它们合称为~。(p)ppGpp的产生能关闭许多基因的表达，而且它的作用能影响许多操纵子，故又称为超级调控因子。
CAP
cAMP-CAP

第十三章 真核生物的基因表达

1、真核生物基因表达调控涉及哪些生命活动过程？
真核基因的表达调控，贯穿于从DNA到有功能的蛋白质的全过程。染色体 和染色质的活性、转录、转录初始产物的加工、翻译等的调控是基因调控的重要调节过程。
2、简要概括真核生物基因表达调控的7个层次？
染色体和染色质水平上的结构变化与基因活化调节
转录水平上的调控，包括基因的开与关，转录效率的高和低。
RNA加工水平上的调控，包括对初始转录产物的特异性剪接、修饰、火花、编辑等。
转录后加工产物在从细胞核向细胞质转运过程中所受到的调控。
翻译水平的控制，对哪一种mRNA结合核糖体进行翻译的选择以及蛋白质合成量的控制。
蛋白质合成以后选择性的被激活的控制，蛋白质和酶分子水平上的剪切、活性水平的控制。
控制mRNA的选择性降解的调控。
3、真核生物基因表达调控与原核生物相比有什么异同点？
不同点：（新书P390）
原核细胞的染色质是裸露的DNA，而真核生物细胞染色质则是由DNA与组蛋白紧密结合形成的核小体。在原核生物中，染色质结构对基因的表达没有明显的调控作用，而在真核生细胞中这种作用十分明显。
在原核基因转录的调控中，既有用激活物的调控（正调控），也有用阻遏物的调控（负调控），二者同种重要，（新书P410真核与原核生物转录水平的调节控制第3小点第5行”原核生物通常以负调控为主。。。。。”）而真核细胞中虽然也有正调控成分和负调控成分，但主要是正调控，且一个真核基因通常都有多个调控序列，必须有多个激活物同时特异地结合上去并协同作用，才能调节基因的转录。
原核基因的转录翻译通常是偶联的，而真核生物在时空上是分开的，调控更复杂。
调控特异性表达机制（细胞特异性或组织特异性）。
相同点：转录水平调控和转录后水平调控，并以转录水平调控为重要
结构基因上游和下游（甚至内部）存在许多特异的调控成分，并依靠异蛋白质因子与这些调控成分的结合与否调控基因的转录。
共同的起源与相同的分子基础
4、简述转录水平真核生物与原核生物调控的区别？
①原核生物功能相关的基因常组织在一起构成操纵子，作为基因表达和调节的单元；真核生物基因不组成操纵子，每个基因都有其自身的基本启动子和调节元件，单独进行转录，但在相关基因之间也存在着协同调节，拥有共同顺式作用元件和反式作用因子的基因组成基因群(gene battery)；
②原核生物的调节元件种类较少，主要包括上游的启动区域调控元件和激活蛋白(activator)、以及阻遏蛋白(repressor)的结合位点；而真核生物的调节元件种类很多，包括上游调节元件，如组成型元件、增强子和沉默子以及反式作用因子如激活因子、阻遏因子等。它们由许多短的共有序列组成，能独立活化基因表达，在基因组中的许多中等重复序列也可作为调节元件；
③无论是原核还是真核生物，其转录都受反式调节因子(转录激活因子或抑制因子)的调节。这类调节可在两个水平上进行：一是通过调节因子的生物合成(即对其种类和数量的调节)，其过程缓慢而持续，主要涉及到细胞的分化等；二是通过对它们进行构象转变或共价修饰(即对其活性的调节)。真核生物以正调节为主．真核生物基因表达的调节因子主要以共价修饰为主，如磷酸化与去磷酸化的调节。

④真核生物具有染色质结构，基因活化首先需要改变染色质的状态，使转录因子能够接触并作用于启动子，称此过程为染色质改型(chromatin remodeling)。染色质水平的调节主要涉及真核生物发育与细胞分化等调节。

5、什么是增强子？其特点如何？增强子对转录有哪些正调控作用？
增强子：是指能使与它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列。其发挥作用的方式通常与方向、 距离无关，而且具有组织特异性。它一般与转录激活因子结合，通过作用于转录起始复合物增强RNA聚合酶的活性 ，从而促进转录。

增强子作用特点：
增强转录作用明显
可位于基因组任何位置,没有基因专一性
不具有方向性
可远距离作用
增强效应具有组织或细胞特异性,只有特定的蛋白质参与才发挥作用
大多为重复序列,一般长50bp
核心序列: (G)TGGA/TA/TA/T(G)
许多增强子受外部信号调控
增强子对转录的正调控作用：
增强子和UPE都可以被反式作用的调控因子结合，引起DNA构象变化，甚至DNA螺旋弯曲，形成环状结构。结合到增强子上的各种反式作用因子之间相互作用，并接触作用于启动子上的各种蛋白质因子，促进转录起始物（PIC）组装，从而激活转录。
增强子序列原件是一些特异蛋白质因子的结合位点，它能使模板DNA固定在细胞核特定结构如核基质上，有利于DNA拓扑异构酶发挥作用。

6、简述Britten—Davidson模型。该模型有何特点？
通过特定的激活因子可以同时控制含有相同受体基因的许多结构基因的协同表达。含有相同受体基因的结构基因组成一组（set）。
（1）多重调节基因：如果一个传感基因可以控制几个整合基因，可同时产生几种激活因子，那么，不同组的基因也可以同时被激活进行协同表达。

（2）多重受体基因：如果一个结构基因的邻近具有几个不同的受体基因，每个受体基因可以被一个特异性的激活因子所识别，那么这个结构基因就能在不同情况下表达。
特点：许多基因可同时被调控，其调节单位（整合基因和受体基因）可能是一些重复性的DNA序列。

7、反式作用因子的DNA结合结构域有哪些？
DNA结合结构域；转录激活结构域；二聚化结构域。
8、常见的蛋白质与DNA结合区域的一些特殊结构基序有那些种类？
螺旋—转角—螺旋结构基序螺旋—突环—螺旋结构基序锌指结构基序亮氨酸拉链结构基序碱性结构基序β折叠
9、名词解释
绝缘子：绝缘子(insulator)是近年发现的一类特殊顺式作用元件，它不同于增强子，其功能是阻止激活或阻遏作用在染色质上的传递，使染色质的活性限定于结构域之内。
HTH: helix-turn-helix螺旋—转角—螺旋结构基序：2个a螺旋被一个b转角隔开。识别螺旋，与DNA在大沟中特异结合。另一段螺旋，与DNA非特异结合

HLH: Helix-loop-helix 螺旋—突环—螺旋结构基序：40～50aa，同时具有DNA结合和形成蛋白质二聚体的功能，含2个亲脂性a-helix（15~16aa）, 由连接区（9~20aa）连接；两性螺旋形成两个面,一个代表疏水氨基酸,另一面代表带电氨基酸.这个蛋白质通过两个螺旋相应表面的疏水残基的相互作用,可形成同源二聚体和异源二聚体.这些两亲性螺旋形成二聚体的能力是所有HLH蛋白质都具有的,环的作用可能仅仅使两个螺旋区自由独立的作用.
ZF: zinc finger锌指结构基序含有7-11个锌和9个有规律重复单位.。每个单位有约30个AA残基组成独立的结构域,23个残基构成锌指的突出部分.锌离子是形成和维持这一结构的关键.。锌指头部进入DNA分子大沟中,每个指结合5个碱基对,共45个碱基对,与5SrRNA基因启动子长度接近.

第十四章
1、 写出逆转录病毒与逆转录病毒基因组的特点。

2、 逆转录酶有哪三种酶的活力？简述逆转录过程？

三、选择题
1、RNA 合成的底物是------ ---------。
A dATP, dTTP , dGTP , d CTP BATP, TTP , GTP , CTP
C ATP ,GTP, CTP,UTP D 、GTP, CTP,UTP，TTP
2．模板DNA的碱基序列是3′—TGCAGT—5′，其转录出RNA碱基序列是：
A．5′—AGGUCA—3′ B．5′—ACGUCA—3′
C．5′—UCGUCU—3′ D．5′—ACGTCA—3′
E．5′—ACGUGT—3′
3、转录终止必需　　　 。
　A、终止子　　B、ρ因子　C、DNA和RNA的弱相互作用　 D上述三种
4、在转录的终止过程中，有时依赖于蛋白辅因子才能实现终止作用，这种蛋白辅因子称为---- -----。
A σ 因子 B ρ因子 C θ因子 D IF因子
5．识别RNA转转录终止的因子是：
A．α因子 B．β因子 C．σ因子 D．ρ因子 E．γ因子
6．DNA复制和转录过程有许多异同点,下列DNA复制和转录的描述中错误的是：
A．在体内以一条DNA链为模板转录，而以两条DNA链为模板复制
B．在这两个过程中合成方向都为5′→3′
C．复制的产物通常情况下大于转录的产物
D．两过程均需RNA引物
E．DNA聚合酶和RNA聚合酶都需要Mg2+
7、核基因mRNA 的内元拼接点序列为　　　 。
　　A、AG……GU　　B、GA……UG　　C、GU……AG　 D、UG……GA
8、真核生物mRNA分子转录后必须经过加工，切除---------，将分隔开的编码序列连接在一起，使其成为蛋白质翻译的模板，这个过程叫做RNA的拼