《RNA剪切加工》PPT课件.ppt
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1、第第6 6章章 RNARNA剪切加工剪切加工1 1精选课件精选课件pptppt本次内容1 1、转录后加工、转录后加工2 2、RNARNA剪切剪切3 3、真核生物与原核生物、真核生物与原核生物mRNAmRNA比较比较2 2精选课件精选课件pptppt转录后加工转录后加工 多数转录的初始产物无生物活性,在生物体内进多数转录的初始产物无生物活性,在生物体内进行加工处理后才具有生物活性。行加工处理后才具有生物活性。转录后加工转录后加工(post-transcriptional modification)(post-transcriptional processing):是指将各种前体是指将各种前体RN
2、A分子加工转变成有功能的、分子加工转变成有功能的、成熟的各种成熟的各种RNA(mRNA、rRNA或或tRNA等等)的过程的过程 3精选课件ppt加工的三种形式是:加工的三种形式是:减少部分片段减少部分片段:如切除:如切除5端前导序列,端前导序列,3端尾巴和中部的内含子;端尾巴和中部的内含子;增加部分片段增加部分片段:5加帽加帽,3加加ploy(A)和通过编辑加入一些碱基;和通过编辑加入一些碱基;修饰:修饰:对某些碱基进行甲基化等对某些碱基进行甲基化等4精选课件ppto原核生物tRNA和rRNA加工o真核生物tRNA和rRNA加工1.1 tRNA 1.1 tRNA 和和 rRNA rRNA 的加
3、工的加工5精选课件ppt1 1.1.1 tRNA.1.1 tRNA加工加工 原核生物原核生物tRNA初始转录本有三种初始转录本有三种(1)多数为串连在一起的)多数为串连在一起的多顺反(多顺反(polycistron)(2)少数为单顺反子少数为单顺反子(3)由)由tRNA和和rRNA串连组成串连组成原核生物原核生物tRNAtRNA和和rRNArRNA的加工的加工6精选课件ppt7精选课件ppt原核生物有两种类型的原核生物有两种类型的tRNAtRNA基因基因:1、具具CCA序列序列 型型tRNA CCA下游仍有一段序列,需在酶的作用下切除下游仍有一段序列,需在酶的作用下切除 2、无、无CCA序列序
4、列 型型tRNA 需在酶的作用下添加需在酶的作用下添加CCA序列序列8精选课件ppt9 9精选课件精选课件pptppt1010精选课件精选课件pptppt(1)RNaseP(由蛋白质和由蛋白质和RNA组成的复组成的复合体合体)可切除可切除E.coli前体前体tRNA 5的前导序的前导序列(列(41nt)。)。该酶不识别特殊的序列,而该酶不识别特殊的序列,而是识别二级结构是识别二级结构发夹所组成的发夹所组成的tRNA。(2)去尾,形成去尾,形成3OH末端。由内切酶和末端。由内切酶和外切酶共同参与。外切酶共同参与。11精选课件ppt(3)修饰修饰修饰修饰。在前体的一些专一部位的碱基需要通。在前体的
5、一些专一部位的碱基需要通。在前体的一些专一部位的碱基需要通。在前体的一些专一部位的碱基需要通过过过过甲基化酶,硫醇酶,假尿嘧啶核苷化酶甲基化酶,硫醇酶,假尿嘧啶核苷化酶甲基化酶,硫醇酶,假尿嘧啶核苷化酶甲基化酶,硫醇酶,假尿嘧啶核苷化酶等的作等的作等的作等的作用进行修饰成为特殊的碱基。用进行修饰成为特殊的碱基。用进行修饰成为特殊的碱基。用进行修饰成为特殊的碱基。1212精选课件精选课件pptppt2.rRNA2.rRNA的加工的加工 在在E.coli中中rRNA有有7个转录单位个转录单位,每个转录单位含每个转录单位含有有16S、23S、5S rRNA 及一个或几个及一个或几个tRNA。rRNA
6、前体的加工由前体的加工由RNase 负责。负责。13精选课件ppt1414精选课件精选课件pptppt1515精选课件精选课件pptppt1616精选课件精选课件pptppt真核生物真核生物 tRNA tRNA 和和 rRNArRNA的加工的加工 1.tRNAtRNA的加工的加工 真核真核tRNAtRNA的基因与原核不同:的基因与原核不同:1 1)真核的前体分子)真核的前体分子tRNAtRNA数目多、单顺反子、成簇排列、数目多、单顺反子、成簇排列、有基因间隔区。有基因间隔区。例如:爪蟾例如:爪蟾 tRNAtRNA基因数目基因数目200200拷贝,酵母约有拷贝,酵母约有400400个个tRNAt
7、RNA基因,是一种重复序列;基因,是一种重复序列;2 2)真核的前体分子)真核的前体分子 tRNAtRNA中含有内含子。中含有内含子。其加工过程要剪接内含子,都要加其加工过程要剪接内含子,都要加CCACCA 17精选课件ppt1818精选课件精选课件pptppt酵母酵母tRNA前体前体的体外剪接的体外剪接在未处理前电泳在未处理前电泳只出现一条带只出现一条带加入核酸内切酶加入核酸内切酶出现两条带出现两条带1919精选课件精选课件pptppttRNA半分子tRNA半分子半分子2020精选课件精选课件pptppt2121精选课件精选课件pptppt真核真核tRNAtRNA内含子的切除和其他内含子的切
8、内含子的切除和其他内含子的切除是不同的:除是不同的:1 1)没有交界序列,没有内部引导序列)没有交界序列,没有内部引导序列;2 2)切除是依赖于蛋白质的)切除是依赖于蛋白质的RNaseRNase;3 3)不是转酯反应;)不是转酯反应;4 4)其剪切原则上是依赖于对)其剪切原则上是依赖于对tRNAtRNA共同的二级结构的识别。共同的二级结构的识别。22精选课件ppt2323精选课件精选课件pptppt 2.真核真核rRNArRNA的加工的加工 真核生物的真核生物的18S、5.8S和和28S rRNA基因串联在一基因串联在一起形成一个转录本,初级转录本为起形成一个转录本,初级转录本为45S前体,前
9、体,5S RNA与它们分开转录,这和原核的与它们分开转录,这和原核的rRNA基因不同。基因不同。1 1)真核)真核rRNArRNA基因中没有内含子。基因中没有内含子。2 2)在转录时或转录后有)在转录时或转录后有110110个甲基化酶立即结合个甲基化酶立即结合导转录本上:保持到导转录本上:保持到rRNArRNA加工成熟。加工成熟。18S RNA 结合结合39个甲基化酶(胞质中加上个甲基化酶(胞质中加上4个)个)28S RNA 结合结合74个甲基化酶个甲基化酶 表明甲基化用于标明转录本的加工区域表明甲基化用于标明转录本的加工区域24精选课件ppt2525精选课件精选课件pptppt1.2 前体前
10、体mRNAmRNA的加工的加工1.2.1 原核前体原核前体mRNAmRNA的加工的加工1.2.2 真核前体真核前体mRNAmRNA的加工的加工27精选课件ppt1.2.1 原核前体原核前体mRNAmRNA的加工的加工 原核生物的原核生物的mRNAmRNA一般不经过加工,由一般不经过加工,由于转录和翻译偶联,中间没有加工的时间。于转录和翻译偶联,中间没有加工的时间。少数情况:多顺反子少数情况:多顺反子mRNAmRNA先被内切酶先被内切酶切成较小的单位再作为翻译的模板。切成较小的单位再作为翻译的模板。28精选课件ppt2929精选课件精选课件pptppt1.2.2 真核真核mRNAmRNA的加工的
11、加工 真核真核mRNAmRNA的加工一般要经过四个步骤:的加工一般要经过四个步骤:1 1)mRNAmRNA的的55端加帽端加帽 2 2)mRNAmRNA的的33端多聚腺苷酸化(加尾)端多聚腺苷酸化(加尾)3 3)切除内含子)切除内含子 4 4)修饰(对某些碱基进行甲基化)修饰(对某些碱基进行甲基化)30精选课件ppt1.2.2.11.2.2.1 mRNAmRNA的的55加帽加帽n成熟的真核生物并没有游离的成熟的真核生物并没有游离的55端,只有所谓的帽子结构端,只有所谓的帽子结构,该,该结构是通过转录加工加上去的。结构是通过转录加工加上去的。nmRNA的的5加帽是一个多步加工过程,加帽是一个多步
12、加工过程,第一步是鸟苷转移酶(第一步是鸟苷转移酶(guanylyl transferase)将一个)将一个鸟苷酸鸟苷酸加在加在5 RNA5 RNA的前端的前端,产生,产生5-5对接的对接的磷酸二酯键磷酸二酯键。第二步由鸟嘌呤甲基转移酶(第二步由鸟嘌呤甲基转移酶(quanine methyl transferase)将一个)将一个甲基基团甲基基团加到嘌呤环的加到嘌呤环的7位氮原子使位氮原子使5帽子鸟嘌呤转变帽子鸟嘌呤转变为为7-甲基鸟嘌呤甲基鸟嘌呤。1.2.2 真核真核mRNA的加工的加工31精选课件ppt存在于各类帽子中存在于各类帽子中存在于存在于类帽子中类帽子中存在于存在于类帽子中类帽子中真
13、核生物的帽子结构有三类真核生物的帽子结构有三类真核生物的帽子结构有三类真核生物的帽子结构有三类Type 0 cap:mType 0 cap:m7 7GpppXGpppXTypeTypecap:mcap:m7 7GpppXmGpppXmTypeTypecap:mcap:m7 7GpppXmYmGpppXmYm 帽结构的形成与甲基化位点帽结构的形成与甲基化位点帽结构的形成与甲基化位点帽结构的形成与甲基化位点CH3CH33232精选课件精选课件pptpptmRNA 5mRNA 5加帽的功能主要表现在加帽的功能主要表现在4 4个方面:个方面:1 1)保护)保护mRNA5mRNA5端不被降解端不被降解
14、细胞内存在许多细胞内存在许多RNA酶酶(RNase),),它们可攻击游离的它们可攻击游离的RNA分子。分子。RNA酶的降解从酶的降解从5端起始,端起始,当在当在mRNA的的5端加上端加上m7GpppG帽子后,带有帽子后,带有3个连接磷酸的个连接磷酸的5帽可阻止帽可阻止RNase切割。切割。2 2)为核糖体识别)为核糖体识别mRNAmRNA提供信号,提高翻译效率提供信号,提高翻译效率 真核生物真核生物mRNA必须通过必须通过5帽结合蛋白才能接触核糖体,起始翻译。缺少帽结合蛋白才能接触核糖体,起始翻译。缺少加帽的加帽的mRNA由于不能被由于不能被5帽结合蛋白识别,其翻译效率比加帽的帽结合蛋白识别,
15、其翻译效率比加帽的mRNA低二十倍。低二十倍。33精选课件ppt 3 3)作为进出细胞核的识别标记。)作为进出细胞核的识别标记。凡由凡由凡由凡由PolPol II II转录的转录的转录的转录的RNARNA均在均在均在均在55端加帽,包括端加帽,包括端加帽,包括端加帽,包括snRNAsnRNA,这是,这是,这是,这是RNARNA分子分子分子分子进出细胞核的识别标记。进出细胞核的识别标记。进出细胞核的识别标记。进出细胞核的识别标记。大多数大多数大多数大多数snRNAsnRNA转录后在细胞核中接收转录后在细胞核中接收转录后在细胞核中接收转录后在细胞核中接收55端单甲基端单甲基端单甲基端单甲基m7Gm
16、7G加帽,然后转加帽,然后转加帽,然后转加帽,然后转移到细胞质与移到细胞质与移到细胞质与移到细胞质与snRNPsnRNP蛋白结合。蛋白结合。蛋白结合。蛋白结合。在细胞质中在细胞质中在细胞质中在细胞质中snRNAsnRNA 5 5帽需再修饰成为三甲基带帽结构帽需再修饰成为三甲基带帽结构帽需再修饰成为三甲基带帽结构帽需再修饰成为三甲基带帽结构m2m2,2 2,7G7G,随后重新返回细胞核参与,随后重新返回细胞核参与,随后重新返回细胞核参与,随后重新返回细胞核参与mRNAmRNA的剪接加工。的剪接加工。的剪接加工。的剪接加工。U6 U6 snRNAsnRNA由由由由PolIIIPolIII转录,在其
17、转录,在其转录,在其转录,在其55端保留的三磷酸基团无帽子结构,端保留的三磷酸基团无帽子结构,端保留的三磷酸基团无帽子结构,端保留的三磷酸基团无帽子结构,因而不能输出细胞核。某些突变型中被输送到细胞质中的因而不能输出细胞核。某些突变型中被输送到细胞质中的因而不能输出细胞核。某些突变型中被输送到细胞质中的因而不能输出细胞核。某些突变型中被输送到细胞质中的snRNAsnRNA由于由于由于由于不能合成三甲基带帽结构,不能返回细胞核。不能合成三甲基带帽结构,不能返回细胞核。不能合成三甲基带帽结构,不能返回细胞核。不能合成三甲基带帽结构,不能返回细胞核。4 4)提高提高mRNAmRNA的剪接效率。的剪接
18、效率。5 5帽结合蛋白涉及第一个内含子剪接复合物的形成,直接影响帽结合蛋白涉及第一个内含子剪接复合物的形成,直接影响帽结合蛋白涉及第一个内含子剪接复合物的形成,直接影响帽结合蛋白涉及第一个内含子剪接复合物的形成,直接影响mRNAmRNA的剪接效率。的剪接效率。的剪接效率。的剪接效率。34精选课件ppt1.2.2.21.2.2.2 mRNAmRNA的加尾(的加尾(33端多聚腺苷酸化)端多聚腺苷酸化)n几乎所有真核生物成熟的几乎所有真核生物成熟的mRNAmRNA末端都有一串约末端都有一串约250250个腺嘌呤核苷酸个腺嘌呤核苷酸尾巴。尾巴。它们并非模板它们并非模板DNA编码,而是在转录完成后由编码
19、,而是在转录完成后由poly(A)多聚酶合成。多聚酶合成。加尾位置不在转录物的最末端,而是在接近末端的内部位点。加尾位置不在转录物的最末端,而是在接近末端的内部位点。在切除在切除mRNA 3末端的一段序列后,再加上多聚腺苷酸。末端的一段序列后,再加上多聚腺苷酸。n真核生物真核生物mRNA poly(A)mRNA poly(A)长度并非固定不变。长度并非固定不变。细胞核中的细胞核中的poly(A)长度平均为长度平均为21020 nt,细胞质,细胞质poly(A)长度长度19020 nt。输送到细胞质中的输送到细胞质中的mRNA其其poly(A)可由可由RNase切短,但又能经细胞质切短,但又能经
20、细胞质poly(A)酶重新加长,保持有限的长度。)酶重新加长,保持有限的长度。细胞质中细胞质中mRNA的的poly(A)长度总的趋势是逐渐变短,直到丢失大部分或长度总的趋势是逐渐变短,直到丢失大部分或全部全部poly(A),此时),此时mRNA的寿命亦接近终点。的寿命亦接近终点。1.2.2 真核真核mRNA的加工的加工35精选课件ppt加尾信号加尾信号新合成的新合成的mRNAmRNA的的3-3-端含两个明显的加尾信号。端含两个明显的加尾信号。第一个加尾信号位于第一个加尾信号位于poly(A)上游约上游约10 20个核苷酸处。个核苷酸处。其一致顺序为其一致顺序为5 AAUAAA 3。该加尾信号中
21、最多的变异。该加尾信号中最多的变异发生在第二个碱基,其它位置的碱基代换将使发生在第二个碱基,其它位置的碱基代换将使Poly(A)加尾加尾效率急剧下降。效率急剧下降。第二个加尾信号位于第二个加尾信号位于5 AAUAAA 3顺序下游约顺序下游约15-24 bp位置处,有一段富位置处,有一段富GU序列,紧随其后通常有一串富序列,紧随其后通常有一串富T的顺的顺序:序:5-AAUAAA-24 bp-GTGTGTTGGAATTTTTTGTGT-3 36精选课件pptCPSF:cleavage and polyadenylation specifity factorCstF:cleavage stimula
22、tion factor3737精选课件精选课件pptppt3838精选课件精选课件pptppt如果改变如果改变5 AAUAAA 3位置,加尾位点改位置,加尾位点改变。变。缺失缺失5 AAUAAA 3顺序,则不发生顺序,则不发生加尾。加尾。富富GU序列和紧随其后的富序列和紧随其后的富T序列对正常的加尾不序列对正常的加尾不可缺一,如保留富可缺一,如保留富GU顺序,除去富顺序,除去富T顺序,加尾顺序,加尾效率仅及对照的效率仅及对照的30%。如保留富如保留富T顺序,除去富顺序,除去富GU顺序,加尾效率降至顺序,加尾效率降至10%。同时缺失。同时缺失GU序序列和富列和富T序列,即使保留序列,即使保留5
23、AAUAAA 3顺序顺序也不能进行加尾。此外,也不能进行加尾。此外,GU/T序列与序列与5 AAUAAA 3顺序的相对位置也很重要,顺序的相对位置也很重要,如在如在5 AAUAAA 3顺序的下游插入顺序的下游插入16 bp,加尾效率只有正常的,加尾效率只有正常的10%。如在。如在GU序列和富序列和富T序列之间插入序列之间插入5 bp,加尾效率丧失,加尾效率丧失70%。39精选课件ppt4040精选课件精选课件pptpptmRNA的多聚腺苷酸化的多聚腺苷酸化mRNA的多聚腺苷酸化涉及两个步骤的多聚腺苷酸化涉及两个步骤,首先必须在加尾的核苷酸位置,首先必须在加尾的核苷酸位置切断切断RNA,然后在游
24、离的,然后在游离的3末端进行多聚腺苷酸化。末端进行多聚腺苷酸化。有许多蛋白质参与有许多蛋白质参与poly(A)的加尾事件。的加尾事件。1 1)参与参与Poly(A)加尾的蛋白质称为加尾的蛋白质称为切割与多聚腺苷酸化专性因子切割与多聚腺苷酸化专性因子(cleavage and polyadenylation specificity factor,CPSF),),CPSF专一性与加尾信号专一性与加尾信号5 AAUAAA 3结合。结合。2 2)另一个蛋白即另一个蛋白即切割激发因子切割激发因子CstF(cleavage stimulation factor,CstF)特异附着在富)特异附着在富GU区。
25、因此区。因此CPSF和和CstF实际结合的实际结合的位置处于切割与多聚腺苷酸化位点两侧。位置处于切割与多聚腺苷酸化位点两侧。CPSF或或CstF单个因子与信单个因子与信号顺序结合都是不稳定的,只有两者同时附着在两个信号位置才保持号顺序结合都是不稳定的,只有两者同时附着在两个信号位置才保持稳定状态。稳定状态。3 3)此外还有另两个蛋白对此外还有另两个蛋白对RNA的切割必不可少,它们分别是切割因的切割必不可少,它们分别是切割因子子I和和II(cleavage factors I and II,CFI和和CFII),可与),可与RNA结合。结合。poly(A)多聚酶,)多聚酶,CFI和和CFII与与
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