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增值税专用发票认证与抵扣的有关问题

《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号）规定，防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票分无法认证、认证不符、密文有误、重复认证、认证时失控、认证后失控和纳税人识别号认证不符（发票所列购买方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）等类型。
从2006年5月1日起，属于无法认证、纳税人识别号认证不符和认证不符的发票代码号码认证不符（密文与明文相比较，发票代码或号码不符）的发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销售方重新开具。属于重复认证、密文有误和认证不符（不包括发票代码号码认证不符）、认证时失控和认证后失控的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。《国家税务总局〈关于修订增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）进一步明确了上述规定。增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分比对不符、缺联和作废等类型。
凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由税务管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
通过了认证的发票在抵扣时还应该注意：
增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
下列情况认证通过的专用发票也不能抵扣：①国税发〔2006〕156号规定，专用发票应按下列要求开具：项目齐全，与实际交易相符；字迹清楚，不得压线、错格；发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；按照增值税纳税义务的发生时间开具。开具的专用发票有不符合上列要求者，不得作为扣税凭证，即使认证通过，也视为违规专用发票不得抵扣。②《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）、《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》（国税发〔2000〕182号）规定，无论是“善意”还是“恶意”取得虚开的专用发票都不能抵扣。③《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电〔2004〕37号）规定，在辅导期内，商贸企业取得的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书和废旧物资普通发票以及货物运输发票应在交叉稽核比对无误后，方可予以抵扣。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发〔2003〕17号）规定，增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额；增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。根据上述规定，购货方如果因为发票超过认证期未认证抵扣，不可将发票退回，销货方不可以作废或冲红后重新开具。《国家税务总局关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知》（国税函〔2003〕962号）规定，增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售转让以及原蓝字专用发票填开错误等情况时，销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记账联作账务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票来扣减销项税额，然后再开具正确的正数专用发票进行记账。“如果不小心丢失了专用发票，有没有补救办法？”
国税发〔2006〕156号明确，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票联到主管税务机关认证，专用发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
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