代谢组和转录组联合解析青花菜芽苗黄酮类物质对外源ABA的响应机制.pdf
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1、中中 国国 瓜瓜 菜菜试验研究2024,37(3):35-44收稿日期:2023-09-08;修回日期:2023-12-13基金项目:湖南省自然科学基金项目(2022JJ30297,2023JJ20027);湖南农业大学黄埔创新研究院项目(2022xczx085)作者简介:唐晨晨,女,在读硕士研究生,研究方向为蔬菜品质调控。E-mail:通信作者:王军伟,男,副教授,研究方向为蔬菜品质调控与设施蔬菜栽培生理。E-mail:JunweiWDOI:10.16861/ki.zggc.202423.0594代谢组和转录组联合解析青花菜芽苗黄酮类物质对外源 ABA 的响应机制唐晨晨,张文霞,陈芳珍,武志
2、健,黄科,王军伟(农业农村部园艺作物(蔬菜、茶叶等)基因资源评价利用重点实验室 湖南农业大学黄埔创新研究院 园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心 蔬菜生物学湖南省重点实验室 湖南农业大学园艺学院长沙410128)摘要:为探究植物激素脱落酸对青花菜芽苗黄酮类物质合成的作用机制,以青花菜品种耐寒优秀为试材,以清水为对照,外源喷施 50 molL-1的 ABA,对处理后的青花菜芽苗进行代谢组和转录组的联合分析。结果表明,代谢组共检测出 14 类物质,包含黄酮共 212 种,具有明显差异的黄酮共 30 种。其中,儿茶素没食子酸酯、表儿茶素没食子酸酯和桑色素含量明显上升,柚皮苷、银锻苷和枸橘苷
3、含量明显下降。通过代谢组和转录组联合分析,黄酮合成途径、苯丙烷合成途径以及 ABA 信号通路共筛选出 13 个相关调控基因,其中 LOC106337270、LOC106329559、LOC106326133 对儿茶素没食子酸酯、表儿茶素没食子酸酯和桑色素含量呈明显正相关,推测上述基因可响应 ABA信号参与调控黄酮类化合物的生物合成。综上所述,研究结果表征了青花菜芽苗响应外源 ABA 并调控黄酮类化合物合成的关键基因,为后续黄酮类化合物的生物合成调控奠定了科学理论基础。关键词:青花菜;黄酮;转录组;代谢组;外源 ABA中图分类号:S635.9文献标志码:A文章编号:1673-2871(2024)
4、03-035-10The metabolome and transcriptome jointly resolve the response mecha-nism of flavonoids in broccoli sprouts to exogenousABATANG Chenchen,ZHANG Wenxia,CHEN Fangzhen,WU Zhijian,HUANG Ke,WANG Junwei(Key Laboratory of Evaluation and Utilization of Genetic Resources of Horticultural Crops(Vegetab
5、les,tea,etc.),Ministry of Agricul-ture and Rural Affairs/Whampoa Innovation Research Institute,Hunan Agricultural University/Engineering Research Center of Horticul-tural Crop Germplasm Innovation and New Variety Breeding,Ministry of Education/Hunan Provincial Key Laboratory of Vegetable Biol-ogy/Co
6、llege of Horticulture,Hunan Agricultural University,Changsha 410128,Hunan,China)Abstract:In order to investigate the mechanism of action of the phytohormone abscisic acid on the synthesis of flavo-noids in broccoli sprouts,the cauliflower Naihan Youxiu was used as the test material.The metabolome an
7、d transcriptomewere jointly analyzed in treated broccoli sprouts with exogenous spraying of 50 mol L-1ABA while using water ascontrol.The results showed that a total of 14 categories of substances were detected in the metabolome,including 212flavonoids.Among them,there were 30 kinds of flavonoids wi
8、th significant differences.The content of catechin gallate,epicatechin gallate and morin hydrate increased significantly,while those of naringin,argyragin and lycioside decreasedsignificantly.A total of 13 regulatory genes related to flavonoid synthesis pathway,phenylpropane synthesis pathway andABA
9、 signaling pathway were screened by combining metabolome and transcriptome analysis.Among them,LOC106337270,LOC106329559 and LOC106326133 showed significant positive correlation with the content ofcatechin gallate,epicatechin gallate and morin hydrate.Therefore,we speculated that these genes could b
10、e involved inregulating the biosynthesis of flavonoids in response to ABA signals.In summary,this study characterized the key genesof broccoli sprouts in response to exogenous ABA and regulation of flavonoid synthesis,which lay a scientific theoreticalfoundation for the subsequent regulation of flav
11、onoid biosynthesis.Key words:Broccoli;Flavonoids;Transcriptome;Metabolome;ExogenousABA35中国瓜菜第37卷试验研究青花菜(Brassica oleracea L.var.italica)是十字花科芸薹属一二年生蔬菜作物,起源于欧洲,又名意大利芥蓝、西蓝花等,因其营养丰富且富含多种生物活性物质,被称为“蔬菜皇冠”1-2。青花菜可食用部位以花球为主,但随着研究的深入,发现青花菜芽苗内的生物活性物质含量远高于成熟植株,且青花菜芽苗具有生长周期短、病虫害少等优点3-4,近年来逐渐成为研究热点。植物生物活性物质多为次生
12、代谢产物,具有抵御生物或非生物逆境以及作为信号分子等作用。植物的次生代谢响应环境变化,在植物的生长、发育等方面发挥重要作用。研究显示,青花菜的次生代谢物质主要包括硫代葡萄糖苷、多酚、黄酮等5-6。黄酮类化合物是一类广泛存在于植物中的多酚次级代谢产物,可分为二氢黄酮、二氢黄酮醇、黄酮醇、黄烷酮等,在植物抵御逆境胁迫中起重要作用,对人体具有抗氧化活性、抗炎症等作用7。黄酮类化合物的合成会受多种因素影响,包括生物和非生物因素,如激素等8。有研究表明,脱落酸(ABA)会促进拟南芥中查尔酮合成酶(CHS)、二氢黄酮醇还原酶(DFR)的表达,从而诱导黄酮醇的积累9。相似的研究结果在番茄中也有报道,通过对番
13、茄进行外源 ABA 处理后,番茄果实内总黄酮含量逐渐升高10。类黄酮类化合物以苯丙烷为合成前体,其合成过程受一系列酶基因和调控基因的影响,其中调控基因可以直接或间接调控类黄酮生物合成相关结构基因的表达水平,进而影响黄酮类化合物的生物合成11。目前已报道的黄酮类化合物合成途径的关键酶主要有苯丙氨酸解氨酶(PAL)、肉桂酸4-羟化酶(C4H)、查尔酮合成酶(CHS)、查尔酮异构酶(CHI)、黄酮合酶(FNS)、黄酮醇合成酶(FLS)、无色花色素还原酶(LAR)等12。有研究显示,外源ABA 会影响 PAL、C4H、FLS、CHS 等基因表达进而影响黄酮类化合物的生物合成13,但是目前关于ABA 调
14、控黄酮合成的具体机制尚未明确。近年来,随着分子生物学技术的迅速发展,组学技术作为一种检测方式日趋成熟。其中,代谢组学是最接近植物表型的组学,可直接用于对植物产生的代谢物进行定性定量分析。转录组学是基因表达和调控检测的有力手段,可对机体生理变化过程进行转录层面的剖析14-16。转录组和代谢组的关联分析可将基因和表型建立联系,通过差异基因和差异代谢物的分析,从“因”和“果”两方面明确植物的代谢途径,进一步揭示植物的代谢调控网络17。有研究报道,通过转录组和代谢组的联合分析发现,外源亚精胺18、茉莉酸甲酯19、蓝光20等均可调控黄酮类化合物的合成。笔者的研究通过转录组和代谢组联合分析,建立植物表型和
15、基因型之间的联系,明确外源 ABA 处理后青花菜芽苗中黄酮类物质的代谢差异和基因表达差异,并进一步挖掘青花菜芽苗响应外源 ABA 并调控黄酮类化合物合成的关键基因,为后续黄酮类化合物生物合成调控提供基因资源和技术手段。1材料和方法1.1材料试验材料为青花菜品种耐寒优秀,具有耐寒、长势旺等优良特性,种子购于广东金作农业科技有限公司。脱落酸(ABA)购买于索莱宝公司,型号为A8060。1.2方法试验于 2022 年 11 月在湖南农业大学人工气候室进行。将珍珠岩装于育苗托盘内(长、宽、高分别为 32.5、24.5、4.5 cm),深度约为 2.5 cm。选取颗粒饱满的耐寒优秀种子,室温浸种 6 h
16、 后置于纱布上并放入 25 的人工光照培养箱内进行黑暗催芽处理,待其露白后均匀点播于珍珠岩上,每盘 300 粒,并覆盖一层珍珠岩,随后置于人工气候室内进行培养。人工气候室环境条件设置为温度 22、相对湿度 70%80%。待种子发芽露根在 85%以上,随即置于光照下进行培养,光照条件为光强20000lx,光周期12 h/12 h(昼/夜)。采用随机区组设计,每个处理 3次重复(共 3 个托盘)。外源 ABA 处理浓度选择以前期的试验结果为依据,采用 50 molL-1ABA 处理青花菜芽苗。光照下缓苗 1 d 后进行处理,每次09:00 进行外源 ABA 喷施(50 molL-1),以清水为对照
17、,每盘喷施 20 mL,连续喷施 7 d,并于第 7 天15:00 进行随机取样,分别用于检测转录组和代谢组,取样后立即放于液氮中速冻,存贮于-80 冰箱保存备用。1.3测定指标及方法1.3.1广泛靶向代谢组测定样品提取:将样品置于冻干机中真空冷冻干燥后使用研磨仪研磨(30 Hz,15 min)至粉末状,称取 50 mg 样品粉末置于 2 mL 离心管中,并加入 1200 L 内标提取液后立即涡旋,每 30 min 涡旋 1 次,每次 30 s,共涡旋 6次。随后 1200 rmin-1离心 3 min,取上清液,经微孔滤膜(0.22 m)过滤后保存于进样瓶中,用于36第3期,等:黄酮类物质对
18、外源ABA的响应机制试验研究UPLC-MS/MS 检测。液相色谱条件主要包括,色谱柱:AgilentSB-C18 1.8 m,2.1 mm100 mm;流动相:A 相为超纯水(加入 0.1%的甲酸),B 相为乙腈(加入 0.1%的甲酸);洗脱梯度:0 min B 相比例为5%,9 min 内 B 相比例线性增加到 95%,并维持在95%1 min,1011.1 min B 相比例降为 5%,并以 5%平衡至 14 min;流速 0.35 mLmin-1;柱温 40;进样量 4 L。质谱条件主要包括:电喷雾离子源(Electrospray ionization,ESI)温度 550;离子喷雾电压
19、(IS)5500 V(正离子模式)/-4500 V(负离子模式);离子源气体(GS),气体(GS)和气帘气(CUR)分别设置为 50、60 和 25 psi,碰撞诱导参数设置为高。通过去簇电压(Declustering potential,DP)和碰撞能(Collision energy,CE)的优化,对每个时期的洗脱代谢物进行检测。代谢物定性定量分析:通过数据库 MWDB(Metware database),根据二级谱信息进行物质定性分析。通过 3 重 4 级杆对碎片离子进行过滤和筛选,排除干扰离子后进行质谱分析,对所有物质色谱峰进行峰面积积分,并对其中同一代谢物在不同样本中的质谱出峰进行积
20、分校正。1.3.2转录组测序mRNA 提取:每个处理随机取20 根芽苗为 1 组,共设置 3 次重复,使用琼脂糖凝胶电泳、Qubit 2.0 荧光剂、Agilent 2100 生物分析仪检测 RNA 的完整性和污染程度。文库构建:利用大部分真核生物 mRNA 都带有 polyA 尾的结构特征,通 过 Oligo(dT)磁 珠 富 集 带 有 polyA 尾 的mRNA,随后加入 fragmentation buffer 将 RNA 打断成短片段,以短片段 RNA 为模板,用六碱基随机引物(Random hexamers)合成第一链 cDNA,然后加入缓冲液、dNTPs(dTTP、dATP、dG
21、TP 和 dCTP)和DNApolymerase I 以合成第二链 cDNA,随后利用AMPure XP beads 纯化双链 cDNA。纯化的双链cDNA 再进行末端修复,加 A 尾并连接测序接头,然后用 AMPure XP beads 进行片段选择,最后进行PCR 富集得到最终的 cDNA 文库。文库质检:文库构建后,使用 Qubit 2.0 进行初步定量,使用 Agilent2100 对文库的 insert size 进行检测,最后使用 qPCR对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度2 nmolL-1)。上机测序:库检合格后,不同文库按照目标下机数据量进行 pooling,用 Ill
22、umina 平台进行测序。1.4数据分析将转录组和代谢组的测量数据统一转换为Log2值,使用皮尔逊相关系数(PCC)和对应的 P 值筛选出差异代谢产物和相关调控基因,筛选条件为|PCC|0.80 且 p-value 0.05。PCA 用 R 软件(www.r-project.org/)的内置统计 prcomp 函数,设置prcomp 函数参数 scale=True,对数据进行 UV(Unitvariance scaling)处理。为了更好地在代谢物和基因之间建立联系,通过转录-代谢联合分析得到coefficient 值及 p-value 值,使用 Cytoscape 3.10 绘制 PPI(P
23、rotein-Protein Interaction)互作网络图。所有涉及图表均使用 GraphPad Prism 8.0 和 IBMSpss Statistics 21 绘制,数据处理使用 MicrosoftExcel2021 筛选。通过 Fisher LSD 检验的双向ANOVA 进行统计分析。2结果与分析2.1代谢组主成分分析通过对样品之间的相关性分析,将皮尔逊相关系数(Pearson s Correlation Coefficient)作为生物学重复相关性的评估指标。如图 1-A 所示,CK 的 3个样本之间的 PCC 值均大于 0.99,表明 CK 的 3 个样本之间的重复性较好。A
24、BA 的 3 个样本之间,ABA2 和 ABA3 之间重复性较好,但与 ABA1 重复性较差。进一步通过主成分分析(Principal Compo-nent Analysis,PCA)发现,ABA 处理与 CK 之间发生了明显的分离(图 1-B)。上述结果表明,代谢组测试结果可用于进一步差异代谢物筛选分析。2.2代谢组代谢物类别分析为明确 ABA 处理后青花菜芽苗代谢物的变化趋势,通过 UPLC-MS 平台广泛靶向代谢组技术对样品中的代谢物进行鉴定。基于自建数据库对处理组和对照组样本的代谢物进行质谱定性定量分析,通过 3 重 4 级杆筛选共检测出 14 类共 1875 种代谢物,其中苯及其衍生
25、物(Benzene and substitutedderivatives)446 种、酚酸类(Phenolic acids)174 种、核苷酸及其衍生物(Nucleotides and derivatives)80种、黄酮(Flavonoids)212 种、醌类(Quinones)24 种、木脂素和香豆素(Lignans and Coumarins)73 种、脂质(Lipids)200 种、有机酸类(Organic acids)102 种、生物碱(Alkaloids)197 种、鞣类(Tannins)5 种、萜类(Terpenoids)78 种、其 他(Others)284 种(图2-AB)。
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