基于网络药理学、分子对接技术及体外实验验证探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制.pdf
《基于网络药理学、分子对接技术及体外实验验证探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《基于网络药理学、分子对接技术及体外实验验证探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制.pdf(12页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、天然产物研究与开发NatProdResDev2023,35:1782-1793基于网络药理学、分子对接技术及体外实验验证探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制温馨,胡锦航1*,程敏1,2*,宋忠兴1陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育)陕西省创新药物研究中心,咸阳7 12 0 8 3;商洛学院,商洛7 2 6 0 0 0摘要:基于网络药理学和细胞实验探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库、Swiss-Target-Prediction和文献挖掘等方法收集龙葵的活性成分7 种,通过GeneCards数据库收集与乳腺癌相关靶基因110 个,
2、运用Cyto-scape3.8.0软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,将潜在靶点导入STRING11.5数据库中获取PPI网络,使用DAVID数据库对潜在靶点进行GO及KEGG富集分析。GO功能富集分析发现6 94个结果。KEGG通路富集分析发现12 8 个结果(P0.05),涉及癌症、PI3K/Akt、M A PK 等相关的信号通路。运用AutoDock-vina1.1.2软件对龙葵中的7 种关键活性成分,皮树脂醇、-胡萝卜素、谷笛醇、薯皂苷元、澳洲茄碱、胆固醇及皮素与潜在靶点AKT1、ESR1、EG FR、SRC、M A PK 1进行分子对接,结果显示预测的关键成分薯皂苷元与核心靶
3、点AKT1和ECFR等具有较好的结合性。细胞实验结果表明,不同浓度的薯皂苷元可抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231的增殖并促进细胞凋亡,薯皂苷元可调控EGFR、A K T 1以及p-AKT1蛋白的表达,同时薯皂苷元可下调抗凋亡蛋白Bcl-2表达、上调促调亡蛋白Bax表达。综上结果表明,龙葵抗乳腺癌的潜在作用机制可能与调控MDA-MB-231细胞增殖及凋亡等过程相关,且通过两个关键靶基因AKT1 和EGFR发挥作用。关键词:龙葵;乳腺癌;网络药理学;分子对接;薯皂苷元;细胞调亡中图分类号:R285D0I:10.16333/j.1001-6880.2023.10.015Mechanism of So
4、lanum nigrum in treatment of breast cancer based on networkpharmacology,molecular docking and in vitro experimental verifcation Shaanxi Innovative Drug Research Center,State Key Laboratory of Research&Development of CharacteristicQin Medicine Resources(Cu l t i v a t i o n)Co-c o n s t r u c t i o n
5、 Co l l a b o r a t i v e In n o v a t i o n Ce n t e r f o r Ch i n e s e M e d i c i n eResources Industrialization by Shaanxi&Education Ministry,Shaanxi University of Chinese Medicine,Xianyang 712083,China;Abstract:To explore the mechanism of action of Solanum nigrum in the treatment of breast ca
6、ncer based on network pharma-cology and cellular experiments.The TCMSP database,Swiss-Target-Prediction and literature mining were used to collect sev-en active ingredients of S.nigrum.One hundred and ten target genes related to breast cancer were collected through the Gene-Cards database,and Cytosc
7、ape 3.8.0 software was used to construct the drug-active-ingredient-target-disease network.Thepotential targets were imported into the STRING 11.5 database to obtain the PPI network,and GO and KEGG enrichment ana-lyses were performed on the potential targets using the DAVID Database.Go function enri
8、chment analysis found 694 items.KEGG pathway enrichment analysis found 128 items(P 0.05),involving cancer,PI3K/AKT,MAPK and other signalingpathways related to S.nigrum.Molecular docking of seven key active ingredients medioresinol,B-carotene,sitosterol,diosge-nin,solanocapsine,cholesterol and querce
9、tin from S.nigrum with potential targets AKTI,ESR1,EGFR,SRC,MAPK1,using收稿日期:2 0 2 3-0 4-2 0基金项目:国家自然科学基金(8 2 10 42 30);陕西省科技创新团队(2 0 2 2 TD-56);秦岭特色生物资源综合开发利用项目(2 0 19ZY-CXPT-09);咸阳市2 0 2 0 重大科技专项(2 0 2 0 K01-20)*通信作者 E-mail:,文献标识码:AWEN Xin,HU Jin-hang*,CHENG Min-*,SONG Zhong-xing2 Shangluo Universi
10、ty,Shangluo 726000,China接受日期:2 0 2 3-0 7-2 8文章编号:10 0 1-6 8 8 0(2 0 2 3)10-17 8 2-12Vol.35AutoDock-vina 1.1.2 software.The molecular docking results showed that the predicted key component,diosgenin,showedgood binding to the core targets,such as AKT1 and EGFR.The results showed that different concen
11、trations of diosgenin inhib-ited the proliferation and promoted apoptosis of triple-negative breast cancer cells MDA-MB-231,and diosgenin regulated theexpression of EGFR,AKT1 and p-AKT1 proteins,meanwhile diosgenin also down-regulated the expression of anti-apoptoticprotein Bcl-2 and up-regulated th
12、e expression of pro-apoptotic protein Bax.The above results suggest that the potential mecha-nism of action of S.nigrum against breast cancer may be related to the regulation of MDA-MB-231 cell proliferation and apop-tosis,and through two key target genes AKT1 and EGFR.Key words:Solanum nigrum;breas
13、t cancer;network pharmacology;macromolecular docking;diosgenin;apoptosis乳腺癌是全球女性中最常见的恶性肿瘤之_1,也是女性癌症相关死亡的主要原因2 。乳腺癌的患病风险与很多因素有关,如年龄,遗传,生殖因素以及肥胖等3。目前,激素疗法、手术、化疗和放疗是乳腺癌治疗的主要策略,然而,由于乳腺癌是一种复杂且高度异质性疾病,多药耐药和严重的副作用限制了这些治疗方法的治疗效果,因此,迫切需要开发更有效、更安全的抗乳腺癌药物4.5。在癌症治疗中,中药和天然产物具有多层次、多途径、多靶点、高效且副作用小等优势,展现出良好的抗肿瘤效果6.
14、7 。而中药及其活性化合物抗乳腺癌具有疗效确切,毒副作用小、靶点丰富及机制多样等特点,中药来源的抗乳腺癌药物具有良好的开发和应用前景。龙葵(Solanum nigrumL.)是茄科的一种药用植物,广泛分布于欧洲、亚洲和美洲。龙葵具抗癌、抗炎,抗氧化、抗菌和抗癫痫等作用,其主要的生物活性成分包括留体皂苷、生物碱、酚类和多糖8.9。现代研究表明,龙葵及其活性成分(主要为笛体类、有机酸类、木脂素类及其他类)可用于治疗不同类型的癌症,如肝癌10 、宫颈癌1、胰腺癌12 、乳腺癌13 等。龙葵甲醇提取物可诱导乳腺癌细胞MDA-MB-468发生自噬和凋亡14,龙葵水提物和乙醇提取物对乳腺癌细胞 MCF-7
15、具有细胞毒性,并诱导MCF-7 细胞发生凋亡和周期阻滞1315,除此之外,龙葵也可通过表观遗传调节发挥抗乳腺癌的作用16 。薯皂苷元是一种来源于薯属植物的天然笛体皂苷元,具有较好的抗肿瘤活性,研究表明薯皂苷元可通过抑制Vav2活性抑制MDA-MB-231乳腺癌细胞的迁移,并影响细胞的迁移行为,揭示薯皂苷元可能具有抗转移潜能17 。尽管上述研究取得了一定的进展,但龙葵抗乳腺癌的物质基础、作用靶点及详细的分子机制尚不完全明确。本研究基于网络药理学和分子对接相结合的技术方法,构建多层次、多角度的“药物-靶标-通路-疾病”网络关温馨等:基于网络药理学、分子对接技术及体外实验验证探讨龙葵治疗乳腺癌的作用
16、机制后得到乳腺癌的相关疾病靶点。1.3收集龙葵活性成分治疗乳腺癌潜在靶点将挖掘到的乳腺癌相关疾病靶点和龙葵活性成分相关靶点导人线软件VENNY2.1(h t t p s:/b i o i n-b.csic.es/tools/venny/)进行分析,筛选映射获取交集得到龙葵治疗乳腺癌的潜在作用靶点,并绘制维恩Venn图。1.4蛋白质相互作用(PPI)网络的构建将龙葵治疗乳腺癌作用映射的交集靶点输人STRING10.5在线软件(https:/string-db.org)构建蛋白相互作用网络,然后将PPI网络数据导入Cyto-scape 3.8.0进行拓扑分析,并通过插件MCODE聚类分析共同靶点的
17、度值大小筛选出核心靶点。1.5GO功能分析和KECG通路富集分析利用生物学信息注释数据库(DAVID,https:/david.ncifcrf.gov/summary.jsp,Version 6.8)将潜在1783系,并结合体外细胞实验进行验证,明确了龙葵有效成分薯皂苷元可抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231的增殖并诱导细胞发生调亡,初步探讨了薯皂苷元的作用分子机制,为龙葵治疗乳腺癌的进一步研究提供参考。1材料与方法1.1龙葵活性成分筛选及作用靶点获取采用 TCMSP(http:/ l18)为筛选依据,获得龙葵的活性成分。此外,通过PubChem(https:/pubchem.ncbi.nlm.
18、nih.gov/)数据库和 SwissTargetPredicition(h t t p:/w w w.s w i s s t a r-getprediction.ch/)数据库19 收集龙葵有效成分及其作用靶点,筛选后利用UniProt数据库(https:/www.uniprot.org/)进行蛋白靶点矫正。1.2收集乳腺癌相关靶点使用 GeneCards(h t t p s :/w w w.g e n e c a r d s.o r g/)数据库以“breast cancer”为关键词进行检索,去重1784作用靶点Symbol录人,Identifier选择为“OFFICIAL_GENE_S
19、YMBOL”,物种选择为“Homo sapiens”,列表类型选择为“Gene List”,进行 GO 功能分析和KEGG通路富集分析。根据P值筛选得到GO生物学功能分析结果和KEGG通路富集分析结果,并将获得的结果通过微生信分析平台(http:/w w 3.8.0中构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图。网络中各节点(node)分别代表活性成分和关键靶点基因;网络中边(edge)用来连接活性成分与关键靶点基因;连接到网络的节点以度值(degree)为单位进行表示。网络中节点度值越大,表明该有效成分发挥的作用越强。1.7分子对接将筛选得到的龙葵核心成分与乳腺癌疾病关键靶点进行分子对接,分析来
20、计算网络中关键枢纽的亲和力。配体的三维(3D)结构从PubChem数据库下载。利用RCSB数据库(http:/www.rcsb.org/)获得受体的三维结构。配体和受体由 mgltools_win32_1.5.6软件修复,并保存为PDBQT文件。AutoDock Vina 1.1.2软件(http:/vina.scripps.edu/)用于测试关键活性成分和目标蛋白质之间对接的亲和力。1.8实验细胞人乳腺癌细胞株MDA-MB-231购自江苏凯基生物技术股份有限公司。细胞株用含10%胎牛血清的L15培养液培养,并置于37,10 0%空气,饱和湿度条件下恒温培养。1.9主要试剂薯皂苷元(批号:S2
21、29101,纯度为10 0%,Selleck生物科技有限公司),用1.2 0 59mL的乙醇将50 mg纯度为10 0%的薯皂苷元溶解,终浓度为10 0 mmol/L,-20 保存;Annexin V-FITC/PI 试剂盒(批号:A211-01,南京诺唯赞生命科技股份有限公司);MTT(批号:90 6 M501,北京索莱宝科技有限公司)、SDS-PAGE凝胶配制试剂盒(批号:P1200-2,北京索莱宝科技有限公司)、Hoechst33342(批号:2 0 2 110 15,北京索莱宝科技有限公司);蛋白Marker(批号:912 2 7 18 9,Thermo公司);BCA蛋白浓度测定试剂盒
22、(批号:PA115,天根生化科技有限公天然产物研究与开发司);ECL化学发光底物(批号:18 0-50 0 1,上海天能生命科学有限公司);兔抗p-AKT1单克隆抗体(批号:90 18 S,Cell Signaling Technology);兔抗AKT1单克隆抗体(批号:N12151652,沈阳万类生物科技有限公司)、兔抗ECFR单克隆抗体(批号:N08180628,沈阳万类生物科技有限公司);鼠抗Bax单克隆抗体(批号:10 0 0 50 17,武汉三鹰生物技术有限公司)、鼠抗Bcl-2单克隆抗体(批号:10 0 2 2 354,武汉三鹰生物技术有限公司)、鼠抗-action单克隆抗体(批
23、号:10 0 2 17 8 7,武汉三鹰生物技术有限公司)、HRP标记的山羊抗兔IgG(批号:2 0 0 0 0 2 58,武汉三鹰生物技术有限公司)、HRP标记的山羊抗鼠IgG(批号:2 0 0 0 0 37 4,武汉三鹰生物技术有限公司)。1.10MTT法检测薯皂苷元对三阴性乳腺癌MDA-MB-231细胞增殖的影响将对数生长期的细胞接种于96 孔培养板中,加人不同浓度的薯皂苷元培养48 h,弃去上清,每孔加入18 0 L无血清的培养基和2 0 L5mg/mL的MTT溶液,继续培养4h后,弃去上清,加人150 LDMSO溶解 MTT甲瓒沉淀,混匀后,使用酶标仪检测490 nm处的吸光度(A)
24、。按公式计算肿瘤细胞生长抑制率:抑制率=(1-A样品/A对照)10 0%,以细胞抑制率对药物浓度对数作图,计算出薯皂苷元对 MDA-MB-231 细胞的 ICso值。1.11Hoechst 33342检测细胞形态将细胞接种至2 4孔板中,接种密度为110 个/孔;细胞贴壁后用不同浓度的薯皂苷元对细胞进行处理。用免疫染色固定液固定细胞,PBS洗3次,按照Hoechst 33342试剂盒中的说明书进行染色,使用荧光显微镜观察并拍照。1.12汤流式细胞术检测细胞凋亡率将对数生长期的细胞接种于6 孔培养板中,培养2 4h后用不同浓度的薯皂苷元进行处理,48 h后消化细胞并离心收集细胞。使用细胞调亡检测
25、试剂盒对细胞进行染色,利用流式细胞仪检测细胞的调亡并用Flowjo软件分析。1.13Western blot检测相关蛋白的表达细胞处理同“1.12”,收集细胞,使用RIPA裂解液,提取细胞总蛋白。通过BCA定量法测定蛋白浓度,将等量的蛋白样品进行SDS-PAGE电泳。采用湿转电转移的方法,将蛋白转移至 PVDF膜上,用5%的脱脂奶粉(TBST配制)37 封闭PVDF膜1Vol.35Vol.35h,去除封闭液,孵育一抗(1:2 0 0 0),4过夜,TBST洗膜三次,室温孵育二抗(1:50 0 0)1h,TBST洗膜三次后用ECL发光液显影,使用ChemiDoc XRS图像系统结合Image L
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 基于 网络 药理学 分子 对接 技术 体外 实验 验证 探讨 治疗 乳腺癌 作用 机制
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,个别因单元格分列造成显示页码不一将协商解决,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【自信****多点】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【自信****多点】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。