lammps初学者in文件中文解析.doc
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1、Lammps初学者in文件中文解析(1)初始化Units:Units命令是用来设定模拟的原子类型。Units style(lammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron)LJ是硬球模型Real是真实的原子模型Metal是金属原子模型Si是硅(半导体)原子模型CgsElectron是电子模型Dimension:Dimension命令是用来定义模拟的维度,默认情况为三维。Dimension N (N=2,3)Boundary:Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。Boundary x y z (x,y,z=p,s,f,m四种类型中的一种或者两
2、种)P是周期性边界条件S是自由边界条件(但是具有收缩性)F是固定边界条件M是具有最小值的自由边界条件(但是具有收缩性)Atom-style:Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms:Pair-style:Pair-style定义了相互作用力场类型,即势函数。(2)原子定义1、Read-data/read-restart:Read-data或read-restart为从data或restart文件中读取内容来定义原子。2、Lattice:lattice是用来原子类型构建模型晶格结构。Lattice style scale keyword values.Style表
3、示点阵类型,点阵类型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale表示构建的点阵类型的单位长度Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字,关键字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。各关键字意思为:Region:Create-box:Create-box命令用于在region box命令指定的区域内创建一个模拟的盒子。Create_box N region-IDN为使用该原子类型进行模拟Region-ID为使用区域的ID使用模拟域Create-atoms:Create-atoms用于在所创建的
4、模拟的盒子中填充某种原子。Create_atoms type style args keyword values .(3)设定:力场系数Pair-coeff:模拟参数NeighborNeighbor是定义Neighbor skin styleSkin为Style可取bin、nsq、multiNeighbor-modify:Group:Timestep:Timestep是定义模拟的时间步长。Timestep dtDt为时间步长(时间单位),默认为1psReset-timestep:FixFix为定义对部分原子或者对系综的操作。http:/lammps.sandia.gov/doc/fix.htm
5、lFix ID group-ID style argsID=指定的操作名称编号(如1、2、3.)Group-ID=制定操作范围的原子(如all)Style=操作内容,如何操作Args=相关操作内容的相关操作参数Fix-nvt:恒定N(原子数量)、V(体积)、T(温度)对时间积分Fix-npt:恒定N、P、T对时间积分Unfix:Compute/compute-modify:输出选项Thermo:Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。Thermo N每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件Thermo_style:Thermo_style命令主要是用来说明采样的内
6、容,即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。(http:/lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html)Thermo_style style argsStyle=one、multi、customArgs=特定的参数列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of attributesPossible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、Evdwl、ecoul、epair、
7、ebond、eangle、edihed、eimp、Emol、elong、etail、Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、c_ID、c_IDI、c_IDIJ、f_ID、f_IDI、f_IDIJ、V_nameDump:Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。Dump ID group-ID style N file argsID:自己给这
8、个dump命令定义的一个代号(自定义)group-ID:那些信息需要被输出的原子群(预先定义好group)Style:类型N:每经过多少时间步输出信息File:输出名称Args:相关参数(每个类型不同)Restart:(4)运行Run:Minimize:例一units metal # 单位为lammps 中的metel 类型boundary p p p # 周期性边界条件atom_style atomic # 原子模式lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数,也即区域大小cr
9、eate_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称run 0 # 运行0 步,仅为启动lammps 的热力学数据计算variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数print the number of atoms & system energy now are $N $E # 打印信息c
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