基于高光谱的水稻稻曲病早期监测研究.pdf
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1、2023年9 月第54卷第9 期农学报业机械doi:10.6041/j.issn.1000-1298.2023.09.029基于高光谱的水稻稻曲病早期监测研究谢亚平全晓刚王晓慧(太原工业学院电子工程系,太原0 30 0 0 8)摘要:为了快速、精准地感知水稻稻曲病的发生,实现稻曲病大面积早期监测,利用机载UHD185高光谱仪采集带有发病区域的多组水稻冠层高光谱图像数据,对图像数据进行预处理并建立数据集。对健康区域和发病区域进行分类训练,建立支持向量机(SVM)识别模型和主成分分析(PCA)加人工神经网络(ANN)的识别模型,通过验证样本来检验识别模型的准确性,达到识别发病水稻的目的。支持向量机
2、识别模型选用两组特征波长下的假彩色图像:第1组波长组合(TZH1)为6 54、8 38、8 98 nm;第2 组波长组合(TZH2)为6 30、7 6 2、8 0 6 nm,两组数据的错分误差/漏分误差总体分别达到4.2 4%和5.41%;其中S型核函数的SVM模型诊断性能最好,总体分类精度最高可达到95.64%,Kappa系数可达到0.94,基本达到了准确识别水稻稻曲病的目的。主成分分析加人工神经网络的识别模型选用前3个主成分,贡献率分别为93.6 7%、2.8 0%、1.2 4%,作为最优波长建立人工神经网络识别模型;其中非线性分类的效果优于线性分类的效果,总体分类精度达到了96.41%,
3、Kappa系数可达到0.95。通过两个实验组数据的支持向量机诊断结果可知,使用支持向量机识别模型分类精度整体平稳,4种核函数的诊断效果没有比较明显的差异。就总体分类精度而言,主成分分析加人工神经网络识别模型中的非线性分类比支持向量机识别模型的S型核函数分类高0.7 7 个百分点。因此,主成分分析加人工神经网络模型的非线性分类更适用于水稻稻曲病的早期监测。关键词:稻曲病;高光谱;支持向量机;主成分分析;人工神经网络中图分类号:S432.4+4文献标识码:A文章编号:10 0 0-12 98(2 0 2 3)0 9-0 2 8 8-0 9OSID:Early Monitoring of Rice
4、Koji Disease Based on HyperspectroscopyXIE YapingTONG XiaogangWANG Xiaohui(Department of Electronic Engineering,Taiyuan Institute of Technology,Taiyuan 030008,China)Abstract:In order to detect the occurrence of rice koji disease quickly and accurately,and realize theearly monitoring of rice koji dis
5、ease in a large area,the airborne UHD185 hyperspectrometer was used tocollect multiple sets of rice canopy hyperspectral image data with the disease area,and the image datawas preprocessed to establish data sets.The classification training of healthy and diseased areas wascarried out,and the recogni
6、tion model of support vector machine(SVM)a n d p r i n c i p a l c o mp o n e n tanalysis(PCA)plus artificial neural network(ANN)was established to identify diseased rice,and theaccuracy of the recognition model was verified by validating the samples.The support vector machinerecognition model selec
7、ted false color images under two sets of feature wavelengths.The first group ofwavelength combination(T ZH 1)w a s 6 54 n m,8 38 n m a n d 8 98 n m,a n d t h e s e c o n d w a v e l e n g t hcombination(TZH2)was 630 nm,762 nm and 806 nm.The total commission error/omission error of thetwo sets of dat
8、a reached 4.24%and 5.41%,respectively.Among them,the SVM model of the S-typekernel function had the best diagnostic performance,and the overall classification accuracy could reach95.64%and the Kappa coefficient was 0.94,which basically achieved the purpose of accuratelyidentifying rice disease areas
9、.The recognition model of principal component analysis plus artificial neuralnetwork used the first three principal components,and the contribution rates were 93.67%,2.80%and1.24%,respectively,which were used as the optimal wavelength to establish the ANN recognitionmodel.In the classification resul
10、ts,the nonlinear classification was better than the linear classification,the overall classification accuracy was 96.41%and the Kappa coefficient was 0.95.The results showed收稿日期:2 0 2 2-10-2 0 修回日期:2 0 2 2-12-0 6基金项目:山西省教育厅科技创新项目(2 0 2 0 L0630)和山西省高等学校科技创新项目(2 0 2 0 L0673)作者简介:谢亚平(1990 一),女,讲师,主要从事农
11、作物病害和图像处理与模式识别研究,E-mail:12 16 316 6 8 5 q q.c o m289谢亚平等:基于高光谱的水稻稻曲病早期监测研究第9 期that through the diagnostic results of the support vector machine in the data of the two experimentalgroups,it can be seen that the classification accuracy of the recognition model using the support vectormachine was stabl
12、e overall,and there was no obvious difference in the diagnostic effect of the four kernelfunctions.In terms of overall classification accuracy,the nonlinear classification in the principalcomponent analysis plus artificial neural network recognition model was 0.77 percentage points higherthan that o
13、f the S-type kernel function classification of the support vector machine recognition model.Therefore,the nonlinear classification model in principal component analysis plus artificial neural networkmodel was more suitable for early monitoring of rice koji disease.Key words:rice koji disease;hypersp
14、ectroscopy;support vector machine;principal componentanalysis;artificial neural networks0引言近年来,稻曲病的发生范围和危害有逐年上升趋势,已成为水稻主要病害。病害不仅直接导致水稻产量减少,而且使水稻的品质严重降低,甚至会引发食品安全事故 1-2 。防治病害的传统方法是喷洒农药,但是这种方法既费时又费力,且不可能实时大面积地监测水稻发病区域和严重程度。高光谱成像作为一种融合图像处理和光谱学的信息获取技术,能同时获取目标的图像信息和光谱信息,从而更直观表达目标的特征 3。目前,已经有很多学者将高光谱技术应用在
15、农作物病害检测方面并做了大量研究 4-12】,这些农作物主要包括水稻 13-14 、小麦 15 、黄瓜 16-18 等等。曹益飞等 19 利用高光谱成像装置选取450 90 0 nm的水稻叶片作为样本,提出将光谱分形维数作为定量描述水稻白叶枯病害的监测光谱指数,实现对白叶枯病害的监测。梁栋等 2 0 利用高光谱成像技术区分冬小麦白粉病与条锈病,得到识别白粉病的敏感波长为519、6 43、696、7 6 4、7 95、8 13n m,条锈病的敏感波长为494、630、6 37、6 98、7 55、8 0 5n m。雷雨等 2 1 提出了一种基于高光谱成像技术的小麦条锈病病害程度分级方法,正确率达
16、98.15%。秦立峰等 2 2 通过温室黄瓜早期霜霉病高光谱图像数据,选取特征波长,建立了黄瓜霜霉病早期检测模型,对染病2 d到发病12 d的黄瓜均能取得10 0%的检测识别率;对染病1d的黄瓜检测识别率达到95.8 3%。刘莉等 2 3 利用近红外梨叶片的高光谱数据能够有效识别炭疽病与黑斑病。高光谱成像技术是一种能够获得目标对象三维信息的成像方法,包括二维图像信息和一维光谱信息,图像信息能够反映目标物质大小、形状和缺陷等外部特征,光谱信息能够反映目标物质的内部物理、化学成分,从而实现物质的识别 2 4。植物叶片的光学特征参数是在各种生物和非生物胁迫下监测植物生长状况的重要参数,不同植物的生理
17、组分不同,这可以直接表征在光谱维上,体现出很明显的光谱差异性,植物受到病害侵袭后,会改变其内部的结构和生物化学特性,在外形上会表现出一定程度的叶片发黄、枯萎、调零等现象,同时其光谱特征也会随着变化,而且这种变化间接反映了植物在病害胁迫下的生理特性,因此可以根据光谱的差异来监测植物的生长状况 2 5。本文使用450 998 nm原始反射光谱,通过对光谱特征数据分析和主成分分析,选出特征波长,建立两种识别水稻稻曲病的模型,分别为支持向量机(SVM)识别模型和主成分分析(PCA)加人工神经网络(ANN)识别模型,并检验两种识别模型的准确性,为水稻稻曲病的早期监测提供理论依据与技术基础。1数据采集与处
18、理1.1实验地点本研究的实验地点为浙江省杭州市水稻田,该地区夏季闷热,冬季?爽,降水充沛,为稻曲病感染创造了有利条件,水稻自然发病。1.2数据采集Cubert UHD185是一种全画幅、非扫描式、实时成像光谱仪,采用全画幅快照式高光谱成像技术,集高速相机的易用性和高光谱精度为一体,其搭载在无人机(起飞质量18 kg,静载荷不小于8 kg,单组续航达30 min)上时,可在1/10 0 0 s内得到波长450 1000nm范围内137 个波段的高光谱影像。UHD185全画幅式高光谱仪如图1所示。cubed图1UHD185全画幅式高光谱仪Fig.1Frametype high spectromet
19、er农2023年290机报业学械由于各波长下光强度分布的不均匀性及高光谱相机的非线性和暗电流的存在,需要对原图像进行校正。校正公式为R,-R.R,=R.-R,100%(1)式中R校正后的图像反射率R,原始图像反射率R一关上光源,拧上镜头盖后采集的全暗参考图像反射率R.一扫描反射率为99%的标准白板全白参考图像反射率黑白标定后进行数据采集,采集时镜头与被测目标平行,距离被测目标2 0 30 cm。在水稻的生长期,选择光线明亮、无云、无风的天气,利用机载UHD185全画幅式高光谱仪采集带有发病区域的多组水稻冠层高光谱图像数据,选取健康水稻和发病水稻中对比显著的冠层图像,共计198 幅,该数据用于稻
20、曲病识别。选用450 998 nm之间的548 个光谱带,采样间隔为4nm。采集的每幅图像由137 个波段组成,最终得到尺寸为10 0 0 像素10 0 0 像素的高光谱图像数据。采集的水稻稻曲病高光谱图像不但拥有二维的平面图像信息而且整个图像上每个像素都存在着连续光谱信息。如图2 所示,使用ENVI5.1软件,在健康稻穗和患病稻穗区域分别选取一个50 像素30 像素的长方形作为感兴趣区域(Regionofinterest,RO I),计算整个ROI的平均光谱,作为代表该感兴趣区域中心点像素的反射光谱。0.6健康稻穗0.5一患病稻穗0.40.30.20.15006000700800900100
21、0波长/nm(a)选取ROI区域(b)光谱反射率曲线图2健康和患病水稻光谱曲线Fig.2Spectral curves of healthy and diseased rice由图2 可见,在450 7 2 0 nm可见光谱段范围内和7 8 0 90 0 nm的近红外光谱段内患病稻穗光谱反射率明显下降。在可见光波段450 7 8 0 nm,色素主导光谱特性,其中叶绿素起着关键作用,因此该波段的光谱反射率相比其他波段较低。其中,叶绿素在蓝波段(450 nm)和红波段(6 7 0 nm)具有较强的吸收能力,在这两处会形成吸收谷,在黄绿波段(550600nm)会出现一个反射峰,因此健康的稻穗会呈现黄
22、绿色。受到稻曲病菌侵染后,细胞中色素被破坏,可见光波段反射率下降,同时对红蓝波段的吸收能力下降,因此稻穗呈现黄色、黑色等异常颜色 2 6 。近红外7 8 0 10 0 0 nm波段的光谱特性由植物体内细胞结构决定。稻曲病菌破坏了稻穗细胞结构,大量细胞坏死,细胞内部间隔增大,对光的多重散射减少,患病稻穗光谱反射率出现明显下降。1.3数据预处理高光谱仪采集光谱图像时易受到外界条件影响,包括天气、仪器电流噪声、外界噪声和光照等,造成光谱谱线重叠等问题,因此需要进行噪声消除、敏感波段选择等预处理,去除余数据,提高模型准确度和稳定性。平滑算法能够有效去除光谱内部随机误差,经常用于噪声消除。平滑算法需要估
23、算最佳平衡点,基于平衡点将前后若干个点相关联,取平均值,从而达到消除噪声的目的,因此经过平滑算法处理的每个高光谱波段是原始数据和相邻多个波段的加权和 2 7 。平滑算法包括Norris Derivative平滑、移动窗口平均法和最小二乘拟合法 2 8 等,本文采用移动窗口平均法。该方法通过平滑窗口在光谱上移动,对平滑窗口内的光谱求平均。移动窗口平均法的算法步骤如下:确定窗口大小,根据窗口大小对光谱首尾进行补零处理。对处于移动窗口内的光谱进行平滑。移动平滑窗口,不断重复步骤直至结束。2分析模型光谱曲线反映了水稻对光线的吸收和反射特征,因水稻的内部结构不同,水稻的吸收和反射特征不同,同一水稻在不同
24、生长时期也呈现出一定规律的变化,提取能够体现水稻病害变化规律的敏感波段并建立对应的识别模型,具有良好的建模效果。使用ENVI5.1影像处理软件分析预处理过的高光谱数据,通过选择ROI区域找出健康稻穗与发病稻穗光谱曲线之间的关系或者通过降维处理,得到发病稻穗的特征波段组合,建立不同的识别模型,并通过验证样本来检验识别模型的准确性。图3为稻曲病识别技术路线图。2.1支持向量机(SVM)识别模型支持向量机(SVM)是目前应用比较广泛的分类方法,其兼顾训练误差和泛化能力,在解决小样本、非线性、高维数、局部极小值等模式识别问题中表现出许多特有的优势。通过核函数将非线性问题转化为高维空间中的线性问题,从而
25、完成分类识别。采用线性、多项式、径向基、S型4种核函数的SVM建模算法对发病稻穗进行识别;对影像分类后的结果进行精度验证,验证方法包括混淆矩阵、Kappa统291谢亚平等:基于高光谱的水稻稻曲病早期监测研究第9 期不同病害水稻试验田光谱图像采集光谱特征数据分析主成分分析降维特征图像提取特征波长选取支持向量机分类神经网络分类结果检验得出结论图3稻曲病识别技术路线图Fig.3Technical route image for identificationof rice koji disease计等。2.1.1样本及参数选择选取ROI区域来获取训练和验证样本,获取与4种核函数分别对应的训练样本,4组
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