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(完整word)如何看懂NCBI BLAST输出结果

如何看懂NCBI BLAST输出结果  
2010—11-13 10:38:11｜  分类: 生物信息分析 |  标签:blast   |字号大中小 订阅
本文转自：http://boyun.sh。cn/bio/?p=1632

     写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最 相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息 等。当然Blast可以衍生出许多的用途,但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。
最新的BLAST结果报告解读，本文以BLASTP为例子,说明如何来解读BLAST结果。

示例
BLAST地址：
http://blast。ncbi.nlm。nih.gov/Blast.cgi？PROGRAM=blastp＆BLAST_PROGRAMS=blastp＆PAGE_TYPE=BlastSearch＆SHOW_DEFAULTS=on＆LINK_LOC=blasthome

比对用的例子：
>gi|16758036｜ref｜NP_445782。1｜ ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus]
MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGRVYNVTQH
AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPAPPREAHF
VRTNGKEPELLEPIPYEFMA
数据选择：nr
比对时间：2009年9月9日12：46:23

解读报告前需要掌握的概念：
alignments 代表比对上的两个序列
hits 表示两个序列比对上的片段
Score 比对得分，如果序列匹配上得分,不一样，减分,分值越高，两个序列相似性越高
E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。
Length 输入序列的长度
Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的
Query 代表输入序列
Sbjct 代表数据库中的序列

结果详细说明
菜单与基本信息

NCBI Blast结果—菜单与基本信息
1.下一步操作的菜单，你可以调整参数,重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果；
2.此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头（大于号后面的)，如果这个也没有找到，NCBI会自动生成一个；
3。你输入序列的信息,包括标识号、描述信息、类型、长度；
4。数据库的信息以及你选择的Blast程序；
5。查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。

Graphic Summary

Graphic Summary
1.保守域，Blastp时，如果与保守域数据库比对有结果时,方显示；
2。Distribution of 100 Blast Hits on the Query Sequence,图的说明，仔细研读，是hits在输入序列上的分布；
3.这里是消息显示框，当鼠标放在坐标下的横线上，会显示代表的hit的信息；
4.颜色比例尺，代表hit的得分（score）区间，可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果；
5。输入序列的坐标；
6.每一条线段代表一个hit,在线段上点击，会链接到该hit详细的比对信息部分。

深入理解：由于blast是区段比对，对于给定的两个序列，blast会把具有相识性的片段（hit）找出来，显示的是hit的信息，所以要 判断两个序列的相似性，不但要看比对上的片段（hit)的得分，还要看hit覆盖你输入序列的范围，正因为此，这部分图形显示部分就像 整个报告的鸟瞰图一样，hit在你输入序列上的分布。本例是一个较短的蛋白质序列，所以不具有代表性，试想如果输入的是M级的核酸序列，你就知道意味着什 么了。这里要记住仅仅高分的hit不能说明问题，还要关注hit在输入序列中的位置。

Descriptions

Descriptions
1。比对上序列的标识符，上面有到该序列详细信息的链接；
2.序列的表述信息，可以知道这个序列功能、基因、物种等信息；
3。比对得分，由高向低排列，上面有到比对详细信息的链接；
4.E value，由低向高排列；
5。该序列的其他链接，字母表示数据库，比如U表示unigene、G表示Gene数据库;
深入解读：简要的列表形式，便于阅读都比对上了哪些序列，（如果你经验丰富，从score的得分就大致可以判断序列的相似性）序列的相似情况。

Alignments

Alignments 比对详细信息
1.比对上的序列信息；
2.比对的各种得分,这里不做一一说明,不清楚请参看我的另一篇关于blast结果解析的文章（这里我最关注的是Identities，比对上（一 致）的数字、一共有多少个,比对上所占的比例）
3。具体的比对序列显示，一目了然，知道了哪些序列比对上了，哪些序列是不一样的，这里也要注意序列的位置关系；
4.
5。复选框，可以选择感兴趣的比对序列，在⑥处进行相应的操作；
6。对选择的序列进行操作,比如下载这些序列、画系统发育树、进行多重比对。
深度解读：blast是以hit为单位显示的结果,分段比对是其核心，所以对于每个hit所显示的信息应当有个深入的理解。至于比对上的情况如何, 不要迷信于那些数字，通过序列,你一眼就可以看出来。最后就是注意5、6的操作，可以给你带来很大的便利。

小结
根据不同的目的，在blast结果中寻求的东西也是不同的，这里仅仅是对于默认结果做了一个说明,你还可以根据你的目的进行更多的操作，比如重新定 义报告显示的内容、对与比对上的序列进行多重比对、做系统发育树等。如果你是新手,最重要的就是把概念或者说碰到的英文单词弄懂。一个个概念去理解,这是 捷径.
本文转自：http://boyun.sh。cn/bio/？p=1632