基于GEO数据库建立上皮性卵巢癌分子预后风险评分模型.pdf
《基于GEO数据库建立上皮性卵巢癌分子预后风险评分模型.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《基于GEO数据库建立上皮性卵巢癌分子预后风险评分模型.pdf(5页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、:/肿瘤多学科研究专题基于 数据库建立上皮性卵巢癌分子预后风险评分模型王兴国 马 刚 董 健 徐智阳 刘淑娟(空军军医大学西京医院妇产科 陕西 西安 解放军第 部队医院 吉林 延边 空军军医大学西京医院消化内科 陕西 西安)基金项目:陕西省重点研发计划项目()作者简介:王兴国 硕士研究生 从事妇科肿瘤学研究:通信作者:刘淑娟:网络首发:/()摘要 目的 探索上皮性卵巢癌预后特征基因并构建分子预后风险评分模型 方法 从 数据库中下载 数据集 其中包括 例上皮性卵巢癌患者和 例正常对照组织的表达数据和相应的临床数据 将上皮性卵巢癌患者分为训练组(例)和验证组(例)在 数据集中筛选差异表达基因并从训
2、练组中识别预后相关基因 对共有的基因进行 和逐步回归 筛选出最佳预后基因 通过多因素 比例风险回归确定预后特征基因的回归系数 并构建风险评分模型 受试者工作特征曲线()、()生存分析和十折交叉验证用于评估其预测能力 结果 筛选出、共 个与卵巢癌预后显著相关的基因 根据 个基因的 系数构建风险评分模型进行预后预测分析 生存曲线显示高风险组的患者预后更差()曲线显示、年的曲线下面积分别为 、结论 本研究构建的风险评分模型可以较好地预测上皮性卵巢癌患者的预后 为临床医生提供可靠的预后评估工具并辅助临床治疗决策关键词 数据库 卵巢癌 基因特征 预后预测中图分类号 文献标志码 ()()()()():/卵
3、巢癌是妇科常见的恶性肿瘤之一 在全球范围内发病率居妇科恶性肿瘤第 位 死亡率居第 位上皮性卵巢癌是卵巢癌最常见的组织学类型 手术和化疗是上皮性卵巢癌的主要治疗方法 由于卵巢癌早期缺乏典型症状 且无有效的早期筛查手段 以致的患者在确诊时已处于晚期 年生存率仅为 随着手术、化疗、靶向及免疫治疗等手段的联合应用 近年来卵巢癌患者的生存获益改善明显但其预后仍不尽人意 通常 临床分期、肿瘤细胞减灭术的实施情况和对化疗药物的敏感性是预测卵巢癌患者预后的基本因素 然而 上皮性卵巢癌是一种具有复杂分子特征和遗传物质改变的高度异质性疾病 以致临床特征相似病例的生存率和治疗反应差异很大 故探索基于分子水平的预后评
4、估显得尤为重要随着生物信息学的发展 挖掘在线数据库已成为当下热门 然而 在基因表达谱数据中 预测变量远远大于样本含量且各变量之间常具有强相关性 呈现高维度和共线性 最小化绝对收缩和选择算子()回归算法可在系数的绝对值之和上增加一个约束条件来对高维资料进行降维 实现变量选择的目的 逐步回归的基本思想是逐个引入新变量 每引入一个新变量时考虑是否剔除已选变量 直至不再引入新变量 这种方法所得的回归方程的变量较少 并保留了影响最显著的重要变量 回归联合逐步回归的优势在于可筛选出相关度更高的预后变量本研究基于高通量基因表达()数据库中的 数据集 利用 回归联合逐步回归向后法对上皮性卵巢癌预后相关基因进行
5、筛选与模型构建 为评估上皮性卵巢癌患者的预后及个体化治疗方案的制定提供了一个较为准确的工具 对象与方法 对象在 公共数据库(:/)检索并获取 的基因表达谱数据 数据集基于 平台()其中包含 例原发性上皮性卵巢癌样本和 例正常卵巢表面上皮样本的基因表达信息 是一种覆盖 个充分表征人类基因的单阵列 可用于探索疾病的发生发展 例未经治疗的晚期(/期)高级别(/级)原发性上皮性卵巢癌患者均接受肿瘤细胞减灭术联合术后含铂类化疗 其中满意减瘤术患者 例 不满意减瘤术患者 例 方法 差异表达基因()的筛选 通过利用 软件中“”包分析芯片表达矩阵数据从而筛选出 筛选标准:将()的基因作为上调差异基因()()的
6、基因作为下调差异基因()预后特征基因的筛选及评估基于 软件按照 将患者随机分为训练集(例)和验证集(例)利用“”“”包对训练集进行单因素 回归分析 筛选出卵巢癌患者预后相关的基因()然后将预后相关基因与 取交集进而获得重叠候选基因 通过“”包对重叠候选基因进行 回归分析 来缩减预后基因的数量 采用逐步回归向后法进一步筛选与预后显著相关的基因 根据赤池信息准则()获得最优特征基因集 基于数据集 分析预后特征基因在卵巢癌组织与正常组织中的表达差异 最后 利用 (:/)数据库在线分析预后特征基因改变的情况 预后模型的构建与评估 通过多因素 比例风险回归确定预后特征基因的回归系数 并构建风险评分模型
7、最后 利用“”函数实现风险模型的 可 视 化 受 试 者 工 作 特 征()曲线和 ()生存分析用于评估模型预测的准确性 公式为:风险评分()()预后模型的验证 为了更好地验证模型的效能使用“”包的十折交叉验证 即将全部样本随机划分为 个样本量相同的子集 依次将其中 个作为验证集 其余 个为训练集 使用“”包绘制 曲线 统计学分析利用 ()完成数据统计分析 采用 法进行生存分析 两组生存曲线比较空军军医大学学报 年 月 第 卷第 期 :/采用 检验 比例风险回归模型用于单变量和多变量分析 表示差异有统计学意义 结果 筛选 经筛选后得到 个 其中包括 个 个 卵巢癌预后特征基因的筛选与评估对训练
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 基于 GEO 数据库 建立 上皮 卵巢癌 分子 预后 风险 评分 模型
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【自信****多点】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【自信****多点】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。