医学文献检索(PubMed).ppt

美国医学文献数据库 PubMed了解 PubMed检索方法 检索结果的解读与处理主要内容Part 1Part 2Part 3 同类推荐Part 4Part 1 了解PubMedPubMed溯源溯源http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedlNIH 美国国立卫生研究院lNLM 美国国立医学图书馆lNCBI 美国国立生物技术信息中心PubMed(Medline)PubMed(Medline)由美国国立医学图书馆（由美国国立医学图书馆（NLMNLM）、国际）、国际MEDLARSMEDLARS成员（中国为成员（中国为第第1616个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。Part 1 了解PubMedPubMed收录学科收录学科主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。的内容。20002000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。Part 1 了解PubMedPubMed收录范围收录范围 PubMed PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括：界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括：DNADNA与蛋白质序列，基因图数据，与蛋白质序列，基因图数据，3D3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等；线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等；PubMed PubMed医学文献检索服务系统，其数据主要来源有：医学文献检索服务系统，其数据主要来源有：MEDLINEMEDLINE、OLDMEDLINEOLDMEDLINE、Record in processRecord in process、Record supplied by Record supplied by publisherpublisher等。等。数据类型：期刊论文、综述、以及与其它数据库链接。数据类型：期刊论文、综述、以及与其它数据库链接。Part 1 了解PubMedMedline收录1946年至今出版的80多个国家39个语种的5600多种生物医学期刊的文摘及题录数据，总数达1944多万条。每条记录都进行主题词、特征词等规范化标引，记录末尾标有PubMed-indexed for MEDLINE Part 1 了解PubMedIn-process citations临时存放尚未标引MeSH主题词、文献类型的最新数据，待数据完成标引后再转入MEDLINE，记录末尾标有PubMed-in ProcessPart 1 了解PubMedPublisher supplied citation出版商提供的未被MEDLINE收录的非生物医学专业的文献，记录末尾标有PubMed-as supplied by publisher Part 1 了解PubMedOLDMEDLINE存放1965年以前出版的、未进行标引的数据，这些记录中没有MeSH字段和摘要字段，末尾标有PubMed-OLDMEDLINEPart 1 了解PubMedNOTEDLINENIH资助的研究人员的手稿、向PubMedCentral提交全文的生命科学期刊论文、及接受NLM评审的文献，这些记录均不被MEDLINE收录，末尾标注为PubMedPart 1 了解PubMed注意注意许多出版商通过电子期刊平台发布最新的文献信息，这些先于印刷版期刊发表的电子期刊文献加标Epub ahead of printPart 2 检索方法主界面常用检索途径检索方法Part 2 检索方法主界面主界面检索区检索区PubMed功能服务区功能服务区NCBI功能服务区功能服务区数据库选择数据库选择检索输入框检索输入框Part 2 检索方法常用检索途径常用检索途径检索字段检索字段含义含义检索字段检索字段含义含义AD第一著者的单位、地址PT文献类型ALL可供检索的所有字段SB子集AU著者FAU著者全名1AU第一著者LASTAU排名最后的著者MAJR主要主题词TI题名SH副主题词TIAB题名/摘要MH主题词VI期刊卷号NM化学物质名称IP期刊的期号PA药理作用PG文献起始页码Part 2 检索方法检索方法检索方法 基本检索基本检索 (search)(search)期刊检索期刊检索 (Journals(Journals Database)Database)其他检索功能其他检索功能 高级检索高级检索(Advanced(Advanced search)search)主题检索主题检索 (MeSH(MeSH Database)Database)Part 2 检索方法检索方法检索方法基本检索(search)：主界面默认的检索方法自动词语匹配（Automatic Terms Mapping）精确检索截词检索字段限定检索著者检索期刊检索逻辑组配检索Part 2 检索方法基本检索基本检索-自动语言匹配自动语言匹配对输入的有实际意义的检索词、短语，系统会自动进行词语的匹配转换，并返回检索结果。匹配原理 输入的检索词、短语依次在多个词表（MeSH转换表、刊名转换表、著者转换表、著者索引表、合作者转换表及合作者索引表）中进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH词、刊名或著者，再将短语、构成短语的单词分别在所有字段中检索，输出检索结果。Part 2 检索方法基本检索基本检索-自动词语匹配自动词语匹配检索词 MeSH转换表(主题词、副主题词)刊名转换表(全称、缩写、ISSN)著者转换表(著者全名)著者索引表(著者缩写)合作者转换表(合作者全名)合作者索引表(合作者缩写)转换为相应的MeSH词、刊名或著者，再将检索词在所有字段中检索，输出检索结果。Part 2 检索方法基本检索基本检索-精确检索精确检索精确检索亦称强制检索。在短语上加双引号“”，避免自动词语匹配时将短语拆分造成的误检，系统会将该短语作为一个整体在所有字段中进行检索。精确检索时PubMed会关闭自动词语匹配功能。Part 2 检索方法精确检索与自动词语匹配精确检索与自动词语匹配自自动词语匹配的匹配的结果果实际执行的行的检索式索式精确精确检索索结果果实际执行的行的检索式索式Part 2 检索方法基本检索基本检索-截词检索截词检索使用无限通配符“*”，可实现截词检索。PubMed会关闭自动词语匹配功能，在所有字段中执行检索。各检索词间为逻辑OR关系。在所有字段在所有字段检索前索前缀为acupunctur的的检索索词Part 2 检索方法基本检索基本检索-字段限定检索字段限定检索在检索词后输入检索字段标识可进行字段限定，以提高查准率。输入格式为：检索词字段标识。如检索标题中含Diabetes（糖尿病）的论文，可输入Diabetes TI；要检索综述文献可输入ReviewPT。字段限定检索时，系统关闭自动词语匹配功能，只在限定的字段检索输入的检索词。检索出篇名中出索出篇名中出现糖尿病的糖尿病的综述文献述文献Part 2 检索方法基本检索基本检索-著者检索著者检索在检索框中输入著者姓名时，通过“自动词语匹配”，系统会自动执行著者检索。使用著者字段进行限定检索可实现特殊的检索要求。如检索某著者作为第一作者或排名最后的作者发表的论文时，即可用字段限定检索来实现。检索2002年前的论文时要求姓前名后，姓用全称，名用首字母缩写。2002年以后的论文还可用姓和名的全称检索，且前后顺序不限。输入Huang w1AU，可检索出Huang w作为第一作者发表的文献；输入Huang wLASTAU，可检索出Huang w作为排名最后的作者发表的文献。Part 2 检索方法基本检索基本检索-期刊检索期刊检索在检索框中输入刊名全称、标准的MEDLINE刊名缩写或期刊的ISSN时，通过“自动词语匹配”，系统会自动检索出该刊被PubMed收录的文献。当刊名与MeSH词相同时，如Blood、Cell、Cancer等，采用刊名字段限定检索，可避免自动词语匹配造成的误检。如输入BloodTA，即可检索出期刊Blood被PubMed收录的所有文献。Part 2 检索方法基本检索基本检索-逻辑组配检索逻辑组配检索基本检索界面支持布尔逻辑运算组配检索，运算符为AND、OR、NOT，大写。同时输入多个检索词，系统默认检索词之间是逻辑AND关系。当检索式中存在多种逻辑关系时，先运算AND，再按从左到右的顺序运算，加括号可改变运算的优先顺序。如：输入逻辑检索式cancer and liver or lung or stomach和输入lung or stomach or liver and cancer的检索结果相同。Part 2 检索方法高级检索高级检索检索构建器检索历史选择其他检索方式Part 2 检索方法高级检索高级检索-检索构造器检索构造器点点击Edit可在文本框内可在文本框内编辑检索式索式选择逻辑运算符选择逻辑运算符点击点击Search执行检索执行检索点击点击Add to history，在下方的检索历史中显示结果数量，在下方的检索历史中显示结果数量选择检索选项选择检索选项 输入检索词输入检索词 通过索引表正确选词通过索引表正确选词检索构建步索构建步骤：1diabitis3456Part 2 检索方法高级检索高级检索-检索历史检索历史可查看检索历史，还可对检索式进行逻辑组配检索。该界面可保存100条检索式，最多可保留8个小时。从左到右依次显示检索式序号、添加键、检索式、检索结果数量及检索时间。点击结果数量，可浏览检索结果。点击序号可对该检索式进行逻辑组配检索。Part 2 检索方法主题检索主题检索输入检索词，点击search，查找该检索词对应的主题词acupuncturePart 2 检索方法主题检索主题检索-主题词列表主题词列表主题词列表按相关度排序，根据注释信息确定主题词，点击主题词主主题词主主题词注注释主主题词收收录时间Part 2 检索方法主题检索主题检索-检索界面检索界面可可组配的副主配的副主题词列表列表限定限定为主要主主要主题词不不进行行扩展展检索索款目款目词历史史标引引相关参相关参见树状状结构构Part 2 检索方法主题检索主题检索-检索界面检索界面点点击此此键，将，将检索式添索式添加到加到检索构建器索构建器勾勾选要要组配的副主配的副主题词点点击“search pubmed”执行行主主题词检索索Part 2 检索方法主题检索主题检索-优点优点采用主题词检索能保证较好的查全率采用主题词检索能保证较好的查准率主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。系统默认对主题词进行扩展检索（Explode），即同时检索该 主题词的下位主题词。可与专指的副主题词组配，限定检索主题词某方面的文献。可将主题词限定为主要主题词（MAJR），从而使检索结果更准确。Part 2 检索方法主题检索主题检索-注意事项注意事项单独采用主题词检索可能会造成漏检，实际检索时应结合其他检索方法。PubMed系统中只有MEDLINE数据库中的记录进行了主题词标引，所以主题词检索只对MEDLINE中的记录有效，而PubMed中其他来源的记录不支持主题词检索。主题词检索时需注意主题词的收录时间。如上例中“stroke”是2000年收录为主题词的，故检索结果均是2000年以后发表的文献，检索2000年之前的文献要结合其他主题词或结合基本检索。Part 2 检索方法期刊检索期刊检索可可输入主入主题、刊名全称或、刊名全称或缩写、写、ISSNPart 2 检索方法其他检索功能其他检索功能单篇引文匹配器(Single Citation Matcher)可通过输入已知的作者、期刊名称(全称或标准缩写)、出版年月日、卷、期、起始页码或篇名中的任意词准确查找到所需的单篇文献。批量引文匹配器(Batch Citation Matcher)按指定格式将需要查找的记录信息输入到下方的文本框中，检索结果可通过邮件发送或直接保存到文件中。临床试验(Clinical Trials)点击Clinical Trials进入Clinical Trials.gov页面，可检索来自全球178个国家的12万个实验信息。临床查询(Clinical Queries)专为医生设计的检索服务，输入疾病名称后，可选择查询临床研究分类（Clinical Study Categories）、系统评价（Systematic Reviews）和医学遗传学（Medical Genetics）三大类文献，仍可再细分。特定专题查询(Topic-Special Queries)整合了 PubMed提供的其他专题检索功能，包括对临床医生和健康服务人员查询、对不同学科子集及不同的期刊子集的查询。Part 3 检索结果的解读与处理检索结果显示检索结果输出显示格式排序方式筛选与提炼Part 3 检索结果的解读与处理选择显示格式、每示格式、每页显示示记录数和排序方式数和排序方式更改更改设置后点置后点击“Apply”其他其他栏目信息目信息结果显示结果显示Part 3 检索结果的解读与处理显示格式显示格式Summary 系统默认的显示格式Summary（text）Summary格式的纯文本形式显示。Abstract Summary格式所有信息，加上著者单位、摘要、出版类型、MeSH主题词、化学物质等信息。以Abstracts格式显示可获得更多的全文链接。Abstract(text)Abstract格式的纯文本形式显示。MEDLINE 显示记录中的全部字段信息，是显示字段最全的格式。XML 显示XML格式的信息，方便在Web上进行转换和描述。PMID List 显示每条记录的PMID号，是显示字段最少的显示格式。Part 3 检索结果的解读与处理排序方式排序方式 最近新增（最近新增（最近新增（最近新增（Recently AddedRecently Added）第一著者（第一著者（第一著者（第一著者（FirstFirstAuthorAuthor）排名最后的著者（排名最后的著者（排名最后的著者（排名最后的著者（LastLastAuthorAuthor）刊名刊名刊名刊名(Journal)(Journal)篇名篇名篇名篇名(Title)(Title)出版出版出版出版时间时间（Pub DatePub Date）相关度相关度相关度相关度(Relevance)(Relevance)Part 3 检索结果的解读与处理筛选筛选-过滤器过滤器过滤检索索结果果按摘要或全文按摘要或全文过滤文献文献按出版按出版时间过滤文献文献按研究按研究对象物种象物种过滤文献文献按文献按文献类型型过滤按原始文献按原始文献语种种过滤Part 3 检索结果的解读与处理筛选筛选-过滤器过滤器选择其他其他过滤器器选择其他其他过滤器器研究研究对象性象性别研究主研究主题期刊期刊类别研究研究对象年象年龄检索字段索字段Part 3 检索结果的解读与处理筛选筛选-过滤器过滤器过滤发表在核心期刊上的可表在核心期刊上的可获取免取免费全文的全文的综述文献述文献设置置过滤器后，器后，对以后的每以后的每一步一步检索都起作用索都起作用清除清除过滤器器Part 3 检索结果的解读与处理结果的输出结果的输出选择输出方式出方式vFile(文件)将选中的记录以文件形式保存。vClipboard(剪贴板)将选中的记录暂存到剪贴板（500条）中，作集中处理。vCollection（收藏）将选中的记录（1000条）进行收藏（需注册My NCBI）。vE-mail(电子邮件)将选中的记录（200条）发送到指定的邮箱。vOrder(定购)向NLM订购全文。vMy Bibliography(我的参考文献)注册My NCBI方可选用。vCitation manager 将选中的记录保存（200条）为文献管理软件支持的格式。感谢聆听。The End.